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UNIVERSIDAD DE PUEBLA S.C.

INSTITUTO DE PUEBLA

LICENCIATURA EN QUMICO FARMACOBILOGO

ASIGNATURA:
MICROBIOLOGA AGRCOLA

DOCENTE:
M. en C. ALFONSO MORA BOLAOS
El rbol de la vida

Pace, N.R. (2006) Time for a change. Nature p. 289.


Microbiologa del
suelo
El suelo:

Un biotopo,
prcticamente
ignorado
EL SUELO

Es el principal medio en el que crecen las plantas.

Es el soporte fsico que continuamente les


proporciona:
Los nutrientes inorgnicos
El agua
El entorno gaseoso adecuado para los sistemas
radicales.
Los nutrientes inorgnicos
que utilizan las plantas
provienen de la atmsfera y
de la meteorizacin de las
rocas de la corteza terrestre.
Meteorizacin de la corteza terrestre

Los minerales son compuestos inorgnicos que normalmente


estn formados por dos o ms elementos en proporciones de
peso determinadas
Ejemplo:
El cuarzo( SiO2 )
La calcita (CaCO3).
Las rocas se dividen en tres grupos segn su origen y
formacin:
gneas
Granito, basalto, cuarzo, feldespato

Sedimentarias
esquistos, areniscas, piedra caliza

Metamrficas
Areniscascuarcita,
Esquisto pizarra
Piedra caliza mrmol
Procesos de meteorizacin

desintegracin fsica y descomposicin qumica de los
minerales y las rocas superficiales

producen los materiales inorgnicos que formarn los suelos
Los suelos tienen
diferente origen y
composicin
Por lo tanto la
microfauna asociada a
ellos tambin
La meteorizacin implica procesos:
Mecnicos
congelamiento y descongelacin
calentamiento y enfriamiento,

Qumicos
El agua se introduce entre las partculas, y los materiales
solubles se disuelven en ella.

Biolgicos
CO2 de la respiracin y otras sustancias descomponen las
rocas
Meteorizacin mecnica

El agua y el viento transportan fragmentos


de roca a grandes distancias desgaste que
las fracciona en partculas ms pequeas
Meteorizacin qumia (corrosin)

H2O + SO2 Disuelven


cidos materiales
H2O + NO2 (NO3) menos solubles
Meteorizacin orgnica-biolgica

Los cidos producidos por plantas y las bacterias


pueden afectar las rocas.
La formacin del suelo puede ocurrir en:
El mismo sitio donde la roca es
meteorizada
Pueden ser transportados a otros sitios
por :
La gravedad
El viento
El agua
Los glaciares.
Materia orgnica del suelo

Origen de la materia orgnica del suelo:


Bacterias, hongos, algas, lquenes, musgos y plantas que
crecen sobre o entre los minerales y las rocas erosionadas
Plantas y animales muertos
Los microbios en el suelo

Contribuyen a la formacin Controlan la


de materia orgnica disponibilidad de
muchos nutrientes
la convierten en cido importantes para las
carbnico o cidos plantas
orgnicos

disuelven rocas.
La actividad microbiana La actividad microbiana
es limitada por el agua es clave en la
(sequa,humedad ) y productividad de los
estado de los nutrientes suelos.
Los microbios pueden existir varios
cientos de metros por debajo de la
superficie de la Tierra

Los mecanismos de sobrevivencia an no


se conocen
Seccin vertical del suelo:
Variaciones en el color
Cantidad de materia orgnica viva o muerta (incluye
microorganismos)
Porosidad
Estructura
Grado de meteorizacin.
Horizontes del suelo

Horizonte A
Horizonte B
Horizonte C

Mara Cecilia Arango Jaramillo


Horizonte A: Contiene la mayor parte
del material orgnico del
suelo, vivo o muerto:
Capa superior del suelo Grandes cantidades de
La regin ms partes de plantas y hojas
muertas
superficial y de mayor
Insectos y otros artrpodos
actividad fsica qumica pequeos
y biolgica. Lombrices de tierra
Organismos
descomponedores
Nemtodos
O2, N2, CO2
Inorgnicos
Desechos Lluvia O2, NH3, granulados
orgnicos CH4, H2S
Residuos
orgnicos, humus
Suelo: Horizonte A Agua (inundado,
Rocas, silicatos mojado)
Gases (disueltos y
difusos)
Sistemas
Capa de agua biolgicos (races,
insectos,
microobios)
Mara Cecilia Arango Jaramillo
En un gramo de suelo del horizante A pueden
haber:
2500 millones de bacterias
+
medio milln de hongos
+
50 000 algas
+
30 000 protozoos
Horizonte B:

Regin de
acumulacin

Mara Cecilia Arango Jaramillo


El horizonte B: Algunos materiales
Contiene mucho del horizonte A,
menos material llegan al B por
orgnico y est filtracin del agua a
menos meteorizado travs del suelo:
que el horizonte xido de hierro
superior. Partculas arcillosas
Pequeas cantidades
Hay pocos de material orgnico
microorganismos
Horizonte C:

Compuesto por rocas y minerales


fragmentados y meteorizados de
los cuales se ha formado el suelo
verdadero de los horizontes
superiores.
Los microorganismos son
escasos.
Composicin del suelo
Los suelos estn Poro Pelcula de Agua
formados de
materia slida y Materia orgnica
espacio poroso O2 Arena
El espacio poroso CO2,
H2S,
es ocupado por CH4
diferentes Arcilla
proporciones de
aire y agua,
dependiendo de las
condiciones de Hifa
humedad. Bacterias
Los fragmentos de roca y minerales en el
suelo varan en tamao:

Partcula Dimetro
en micrmetros
Arena gruesa >200 - 2000
Arena fina >20 - 200
Limo 2 - 20
Arcilla <2
Los suelos estn divididos segn su
textura:

Arenoso arcillosos: 35% o ms de


arcilla y 45% o ms de arena
Limo-arcillosos: 40% de arcilla y 40% o
ms de limo
Margosos o francos: contienen igual
proporcin de arena, limo y arcilla.
Ideales para la agricultura.
La textura del suelo
influye en las
comunidades de
microorganismos
porque de ella depende
la aireacin y la
disponibilidad de agua
Intercambio de catinico

Los nutrientes
inorgnicos para Cl Cl
microorganismos HCO3 --
-
-
+ K
+ NO
y plantas estn Na Na + 3
presentes en la SO4-2 OH-
solucin del suelo Ca+ + Arcilla - Na+
como iones. -
Ca+ + OH
SO4-2 Na+
K+ H+
HCO3- OH-
NO3- HCO3-
Intercambio catinico:
Los cationes apresados por
las partculas de arcilla
pueden: Partculas de
Ser reemplazados por otros cationes arcilla:
Ser liberados a la solucin del suelo para
ser tomados por plantas y componentes
microorganismos. esenciales de
los suelos
productivos.
El fosfato, no puede
Los aniones (NO3-, ser arrastrado, ya que:
SO4-2, HCO3-, y OH-) Forma precipitados
son lixiviados del insolubles
suelo ms Es absorbido o
rpidamente que los adsorbidoen la
cationes ya que no superficie de
pueden fijarse a las compuestos que
partculas de arcilla. contienen hierro,
aluminio y calcio.
La acidez o Los suelos varan
basicidad del suelo mucho en su pH, y
est relacionada con muchos
la disponibilidad de microorganismos
nutrientes tienen un estrecho
inorgnicos para el margen de
crecimiento de tolerancia.
plantas y microbios.
La gente desconoce
que cuando tiene
un gramo de tierra
en el hueco de la
mano, tiene entre
un milln y mil
millones de seres
vivos en esa mano.
Una muestra de
suelo contiene:
Insectos pteros
Arcnidos
Sobretodo
filamentos de
hongos y de
bacterias.
La cuenta de La riqueza de
grmenes por especies y la
suspensin- complejidad de la
dilucin muestra delgada capa
ms de un milln de cultivable
grmenes por condicionan la vida
gramo de tierra sobre la tierra, del
arable mismo modo que la
fotosntesis.
Ciclo de la materia orgnica
CO2
Restos vegetales
Fotosntesis desaparecen bajo
la accin de la
microfauna y la
Cada de ramas, microflora del
hojas, frutos..
suelo

Microfauna del suelo


Microorganismos del suelo
Mineralizacin Humificacin
CO2 Amontonamiento de acculas
Fotosntesis de varios centmetros.

Cada de ramas,
hojas, frutos..
Acidez frena actividad
microbiana

Acumulacin Microfauna del suelo


Descomponedores casi ausentes:
hongos y bacterias
Mineralizacin Humificacin
Papel de la microfauna del suelo:

Disgregacin de la materia orgnica


Diseminacin de la microflora
Diseminacin activa

Reincorporacin de microorganismos al suelo


ELECCIN
con las heces de la Reutilizacin
TRFICA:
microflora por otros
Disgregacin de la materia orgnica Rgimen
alimentario intestinal organimos
microfauna
Multiplicacin
Seleccionan de la
los alimentos microflora
para los de las heces
microbios

Heces
Aumentar
las Diseminacin
superficies pasiva Transporte Invasin por
de ataque accidental en la los microbios
para los superficie del del suelo
microbios.
cuerpo
Mara Cecilia Arango Jaramillo
Plantas y Los residuos
microflora: orgnicos no
organismos consumidos van a ser
complementarios, degradados por la
en la microflora. Son los
mineralizacin de hongos, en primer
la materia lugar, los que van a
orgnica atacar a la materia
orgnica fresca, y en
el siguiente orden
Mineralizacin de la materia orgnica
Descomposicin de hojas (Sucesin)
Tiempo (las fases pueden ser simultneas)

Hongos: Hongos Hongos


glucfilos celulolticos: lignolticos :
utilizacin de metabolismo degradacin
las de la celulosa de la lignina
sustancias
hidrosolubles

Bacterias: transforman residuos fngicos y


productos no consumidos por las hifas.
Plantas y microorganismos son
complementarios: unos fabrica materias
carbonadas, otros libera minerales
CAPA VEGETAL DEL SUELO
Materia inorgnica
Materia orgnica

Microorganismos

Material mineral
CO2
no utilizado por los
microorganismos
H 2O
Hojas de las
plantas
Races de las
plantas
Fotosntesis
Proteccin de los microorganismos ante
desequilibrios ambientales

Cuando se aade materia orgnica a


los suelos agrcolas, las bacterias
consumen todo el carbono
disponible.
Consecuencia: rarefaccin, e
incluso desaparicin, de los
microorganismos.

Para estos casos, la naturaleza ha


creado sistemas de proteccin para
que los microorganismos sobrevivan
Estructuras de proteccin de los hongos

Clamidospora: clula latente, con pared


gruesa y cuyo contenido es rico en reservas
Esclerote: esfera cuyo envoltorio externo est
constituido de hifas muertas de pared gruesa,
y el centro de filamentos vivos ricos en
reservas, en estado latente.
Estructuras de proteccin delas bacterias

Las (Gram+) Las Gram- estn desprovistas de


forman mecanismos de resistencia
endosporas. Forman agregados biolgicos
Susceptibles de cuando las condiciones son
sobrevivir desfavorables
muchos aos en La actividad celular y las
condiciones divisiones, se hacen ms lentas.
desfavorables.
Numerosos procariotas
para protegerse exudan Se forman cuando las
en su superficie condiciones ambientales
polisacridos que se llegan a ser
adhieren a lminas de desfavorables
arcilla.
Son estructuras que Desaparecen cuando las
permiten la condiciones pedolgicas
supervivencia de las vuelven a ser adecuadas
bacterias
Estas formaciones
tienen un dimetro que
vara de 10 a 1000 mm
y pueden contener
varios miles de
grmenes.
Los polisacridos tienen varias funciones:

La superficie de bacterias y arcillas tienen cargas


elctricas negativas, mientras que los azcares son
neutros, tienen por tanto un papel aislante.
Los azcares tienen tendencia a retener agua, evitan
evaporacin en perodos secos.
Para los microorganismos del
suelo vivir en el espacio
interagregado (poros) y el agregado
mismo (granos) tiene implicaciones
importantes
Este es el microhabitat
colonizado por las
bacterias Gram+, que
poseen la facultad de
En el espacio producir endosporas.
interagregado las
condiciones son Las esporas de los
drsticas: hongos y las de los
actinomicetos, son muy
La humedad y la
resistentes a la
aireacin varan muy
desecacin.
rpidamente.
Por el contrario, el Aparecern rpidamente
agregado mismo condiciones de anaerobiosis.
es recorrido slo En este medio tan estable
por finos capilares viven o sobreviven las
de alrededor 2 bacterias Gram-.
mm de dimetro, Aunque sensibles a las
que slo permiten modificaciones ambientales,
una circulacin permanecen vivas en suelos
lenta de aire y de secos durante ms de un ao
agua. gracias a la proteccin de los
agregados
La composicin qumica y fsica de los agregados es
variable.

El suelo es un medio muy


heterogneo
Est constituido de un mosaico de
microhabitats cuya composicin
biolgica vara cualitativa y
cuantitativamente en funcin del
tiempo, y de la fuente trfica
disponible.
Unos agregados pueden Los microorganismos que
formarse alrededor de colonizan estos
citina, desarrrollndose microhabitats difieren
en su seno los llamados
igualmente tanto por su
citinolticos.
morfologa, como por
Otros encerrarn sus requerimientos
residuos de lignina ecologicos.
permitiendo el
crecimiento de los
ligninolticos.
Influencia del ambiente
del suelo en las
poblaciones de
microorganismos
Nunca se dan
condiciones
Aunque los ambientales idnticas:
microorganismos son Las que favorecen la
ubicuos, en pocas reproduccin de un
situaciones existen microorganismo, o
poblaciones iguales. permiten la
sobrevivencia de otro,
pueden ser
desfavorables para la
existencia continuada
de un tercero.
El suelo de un pinar
suele ser muy cido y
Los suelos su contenido en
cultivados y de principios nutritivos es
jardn tienen bajo
abundancia de Los terrenos
oxgeno y agua y pantanosos estn
son ricos en inundados, tienen poco
nutrientes oxgeno y contienen
aportados por las abundante materia
fertilizaciones orgnica en
descomposicin.

Estas diferencias se reflejan en la microflora


Para comprender la influencia de
los factores que afectan la
microflora del suelo es necesario:
Conocer las condiciones normales de crecimiento
de los microorganismos
Los efectos que las condiciones extremas ejercen
sobre los distintos grupos.
Factores que afectan en mayor grado a las
poblaciones de microorganismos

pH DEL SUELO
Acidez- TEMPERATURA
Alcalinidad

POBLACIONES DE MICROORGANISMOS

DISPONIBILIDAD DE
OXGENO, AGUA Y
TCNICAS DE
SUSTANCIAS MANEJO DEL
NUTRITIVAS SUELO
Consideremos estos factores
separadamente,
pero deberemos tener en cuenta que
de ordinario son interdependientes.
Temperatura (Psicrfilos, Mesfilos y Termfilos).

TEMPERATURA DE CRECIMIENTO DE LOS


MICROORGANISMOS
Tipo de Temperatura Temperatura Ejemplo de
micro- ptima s lmite microorganismo
organismo
Psicrfilas Alrededor 5a30o C Achromobacter
20o C

Mesfilas 25 a 37o C 5 a 45o C Staphylococcus ,


Mayora de los
hongos.

Termfilas Superior a 40 a 80o C Desulfovibrio,


45o C Thermoactinomyce
s, Algunas algas
verdes azules
Fermentacin del estircol:
La temperatura puede elevarse
hasta 65 o C, destruyendo todos los
microorganismos, excepto a los
termfilos, como el Bacillus
calfactor , Thermoactinomyces
spp y los hongos termfilos.
En suelos del piso trmico tropical y
premontano son ms frecuentes:
Fusarium, Aspergillus y Rhizopus

Penicillium crece mejor en suelos ms


fros.
REQUERIMIENTOS
NUTRITIVOS

Utilizacin de energa lumnica


Oxidacin quimioautotrfica de materias
inorgnicas
Respiracin hetertrofa de materia
orgnica
Fermentacin de materia orgnica
Existe competencia entre los
microorganismos por utilizacin
de los nutrientes orgnicos e
inorgnicos.
En el suelo la
materia orgnica
fcilmente utilizable
por los
microorganismos es
ordinariamente
reducida, lo que
limita su velocidad
de multiplicacin.
Al aadir al suelo materiales frescos,
estircol o desechos vegetales


el nmero de microorganismos aumenta
rpidamente

los nutrientes se agotan

poblacin de microorganismos vuelva nivel
anterior.
Como un microorganismo
determinado no puede utilizar
igualmente todos los substratos

su incidencia y proporcin varan de
acuerdo con las situaciones
Opionibacterium
acta como En el rumen utiliza
barrendero de cido lctico y
medios nutritivos glucosa producidos
parcialmente por las bacterias
degradados por celulticas y las del
microorganismos. cido lctico.
Lactobacillus
compite eficazmente
cuando existen
carbohidratos Crece bien en la
simples pero es leche y en el rumen
incapaz de pero no en el suelo.
metabolizar
sustancias como
lignina.
Otros
microorganismos
degradan lignina y
celulosa Pero no en leche,
donde compiten con
microorganismos
sobrevivien en el suelo como Bacillus y
y en el manto en Lactobacillus
descomposicin de
los bosques
En una poblacin mixta solo unos
pocos microorganismos son
capaces de metabolizar una
sustancia determinada, como
insecticidas y herbicidas, estos
microbios se ven libres de
competencia.
Los auttrofos no
compiten por Desarrollo de
nutrientes orgnicos Nitrosomonas y
con otros Nitrosobacter es
microorganismos. limitado por
compuestos
Slo compiten por luz. nitrogenados
apropiados.
OXGENO
Los requerimientos de oxgeno de los
microorganismos varan:

Aerobios
Anaerobios
Microanaerobios
Anaerobios
facultativos
El oxgeno
determina el
desarrollo de
poblaciones de
microorganismos
en detrimento de
otras.
En el ensilado, los forrajes son
comprimidos y recubiertos para:
Establecer condiciones de anaerobiosis con el fin de
promover el crecimiento de microorganismos anaerobios
tiles o microaerfilos como Lactobacillus
Mientras se impide el desarrollo de los que tienden a
descomponer el forraje (pudricin).
En suelos poco aireados
hay competencia por el
uso del oxgeno
El oxgeno es disponible y ello puede
esencial para llevar a un descenso en la
muchos proporcin de
microorganismos microorganismos aerobios
fijadores de
nitrgeno. En consecuencia
disminuye la fijacin de
nitrgeno y tambin de la
velocidad de degradacin
de la materia orgnica.
El nivel de aporte de oxgeno
tambin determina la forma de
metabolizacin de los nutrientes.

Los anaerobios facultativos metabolizan los


polisacridos aerobicamente en presencia de
oxgeno, descomponiendolos hasta dixido
de carbono y agua con alta liberacin de
energa.
Cuando no hay oxgeno lo hacen
anaerobicamente, mediante el proceso de
fermentacin, en el cual la degradacin slo
es parcial y con poca liberacin de energa.
pH

Con pocas
El pH ptimo para la
excepciones estos
mayora de las
microorganismos no
bacterias, algas y
crecen por debajo de
protozoos est
un pH de 4 o por
alrededor de 7.
encima de un pH 9.
Los Thiobacillus,
actinomicetos y Acetobacter y la
las algas son bacteria fijadora de
sensibles a los nitrgeno
cidos y su pH Beijerinckia, son
ptimo est capaces de crecer y
entre 7.5 y 8. multiplicarse a pH
entre 2.5 y 3.5.
El pH ptimo para os hongos son
las levaduras y los resistentes a los
hongos vara entre cidos
3.1 y 6.0, mientras Algunas especies de
sus pH extremos de hongos crecen a pH
crecimiento son 1.6 y entre 1.6 y 2.0
9.5.
En suelos con pH
mayores a 7
predominan las
bacterias, en
especial los
actinomicetos, y en
menor proporcin los
hongos. micorrizas.
El efecto del pH afecta el desarrollo de
los microorganismos:

Cuando el pH baja:
Declina el nmero de bacterias
Mientras sube el de levaduras, hongos y
bacterias resistentes a la acidez.
A pH extremadamente bajos la proporcin
de bacterias puede disminuir hasta el
60%.
En suelos cidos suele
La acidez del envolverse la semilla en
suelo una capa de cal, que
influencia las neutraliza la acidez
bacterias de circundante, promueve la
los ndulos multiplicacin de
de la raz de Rhizobium y permite
las buena nodulacin de la
leguminosas leguminosa husped.
AGUA
Todos los
microorganismos
necesitan agua,
aunque sus
requerimientos
varan.
Las formas Las endosporas
vegetativas de las termoestables
bacterias son menos producidas por las
resistentes a la bacterias, como
desecacin que los Bacillus y Clostridium,
hongos o los son resistentes a la
actinomicetos. desecacin.
El exceso de agua en el suelo
suele causar encharcamiento y
prdida de oxgeno en los
capilares del suelo lo cual hace
que disminuyan los
microorganismos aerobios y
aumenten los anaerobios.
Las bacterias
esporuladas, los
actinomicetos y los
hongos son los
contaminantes ms
frecuentes del aire
porque son
resistentes a la
desecacin.
En los materiales de Los suelos
potencial osmtico salinizados suelen
alto el agua es poco tener presiones
asequible a los osmticas altas que
microorganismos. inhiben el crecimiento
de la mayora de los
microorganismos y
races, exceptuando
los halfilos.
Tcnicas de manejo del suelo

Las poblaciones de microorganismos del


suelo, se pueden:
Disminuir o erradicar por perturbaciones
importantes del suelo
Favorecer con prcticas adecuadas.
FACTORES LIMITANTES DE LA
MICROBIOTA DEL SUELO

Erosin y baja disponibilidad de nutrientes


Fertilizacin mineral y correctivos
Presencia de antagonistas, parsitos y
depredadores
Temperatura y pH extremos
Extremos en los contenidos de aire y
humedad
Textura del suelo y concentraciones
txicas de metales pesados
Uso de plaguicidas, especialmente los
de amplio espectro. Desinfeccin,
fumigacin y esterilizacin del suelo
Inundaciones y malos drenajes
Aradas profundas, volteo del suelo y
solarizacin.
Sistemas de produccin y explotacin
del suelo (monocultivo, cultivos intesivos
sin manejo adecuado, minera a cielo
abierto).
PRCTICAS QUE FAVORECEN LA
DENSIDAD Y LA ACTIVIDAD DE LOS
MICROORGANISMOS

Mantenimiento de la biodiversidad
dentro de los cultivos y en las fincas.
Coberturas vegetales, abonos
verdes y alcolchados
Inoculacin de suelos y semillas con
microorganismos y eliminacin de
competidores.
Incorporacin de compost, fracciones lquidas y slidas
de biodigestores, humos, excretas, restos de
cosechas y otros residuos vegetales
Agentes naturales de control: control biolgico,
plaguicidas botnicos, control cultural.