DIVERSIDAD Y FUNCIONALIDAD DE

LOS MICROORGANISMOS DEL SUELO

Walter Osorio, Ph.D.

Profesor Asociado, Facultad de Ciencias

Director Grupo de Investigacin en Microbiologa del Suelo
Universidad Nacional de Colombia, Sede Medelln
nwosorio@unal.edu.co
Contenido
Diversidad microbial
Microorganismos
Aplicaciones:
Industriales
Medicina
Ambientales
Agricultura: nutricin vegetal & control biolgico
Interacciones entre fsica del suelo y microorganismos

Remediacin de suelos degradados

Microbiologa del Suelo
Es la ciencia que estudia los microorganismos del suelo,
sus actividades e interacciones con la matriz slida
del suelo, las plantas y sus aplicaciones para:

Mejorar la calidad y salud del suelo

Mejorar la nutricin vegetal
Bioremediar suelos degradados / contaminados
Potenciales aplicaciones industriales, ambientales,
medicina
Microorganismos del Suelo
Bacterias, Hongos, Actinomicetos,
Cianobacterias, Protozoos, Algas
Diversidad microbial en el
suelo
Torsvik et al. (1990) en un gramo de suelo puede
encontrarse 4,000-10,000 especies diferentes de
microorganismos, muchos de ellos no conocidos
debido a que no pueden ser cultivados (90%).

En general, las bacterias son ms abundantes,

aunque los hongos (por su mayor tamao)
representan alrededor del 70 % de la biomasa.
 Diversidad microbial
Alta densidad de microorganismos
En general, en un 1 g
de suelo seco
es posible encontrar :
106-108 bacterias
106-107 actinomicetos
104105 hongos
Algas 103-106
Protozoos 103-105
Nematodos 101-102
Diversidad microbial tipo de suelos
Tabla 4.1. Presencia de microorganismos en el horizonte A de suelos del trpico (unidades formadoras de
colonia, UFC, por g de suelo seco). Fuente: Lab. Microbiologa del Suelo, Univ. Nacional de Colombia.
Suelo Bacterias Actinomicetos Hongos

Oxisol (Hawaii) 54x106 700 6.8x104

Andisol (Colombia) 5x106 15x104 3.5x105
Mollisol (Colombia) 120x106 30x105 3.0x104

Horizonte A

Horizonte B1

Horizonte B2

Horizonte C
Diversidad microbial tipo de horizonte
10 1
20

Actinomicetos (10 5 g-1 suelo)

Bacterias (10 6 g-1 suelo)

8
0,75

Hongos (10 3 g-1 suelo)

15
6
0,5
10
4
0,25
2 5

0
0 0
A B C
A B C A B C
Horizonte Horizonte Horizonte

Presencia de microorganismos del suelo en diferentes horizontes de

un Inceptisol del Suroeste Antioqueo. Fuente: Lab. Microbiologa del
Suelo, Univ. Nacional de Colombia.
Bacterias del suelo
Ms pequeos y numerosos microorganismos del suelo

Viven en forma libre o asociados con las plantas

Se estima que se pueden encontrar 1x109 clulas bacteriales por g de suelo

seco, sin embargo, en suelos muy frtiles el valor puede llegar hasta 1x1010.

La biomasa bacterial del suelo en los primeros 15 cm de profundidad es cerca de

4500 kg ha-1 (350-7000 kg ha-1).

Los gneros ms abundantes son Arthrobacter, Pseudomonas y Bacillus, llegan

a representar 75-90 % de la poblacin bacterial del suelo.

Aerbico/ anaerbico
Bacterias del suelo
Las actividades diversas y, en algunos casos, esenciales para la vida
misma

Rhizobium: reduce N2 atmosfrico y establece asociaciones simbiticas

con leguminosas.
Anabaena: reduce N2, forma asociacin simbiotica con el helecho
Azolla
Azotobacter: reduce N2 atmosfrico sin establecer asociaciones
simbiticas.
Azospirillum: reduce N2 atmosfrico sin establecer asociaciones y
estimula el crecimiento vegetal
Nitrosomonas: oxida NH4+ para formar NO2-.
Nitrobacter: oxida NO2- para formar NO3-.
Bacterias del suelo
Thiobacillus: oxida S y sulfuros para formar SO42-.

Ferrobacillus: reduce Fe3+ a Fe2+.

Pseudomonas: forma siderforos que quelatan Fe2+.

Bacillus: solubiliza compuestos fosfatados del suelo.

Geobacter: reduce MnO2 a Mn2+.

Cellulomonas: descompone celulosa.

Otras bacterias participan en la descomposicin de materia orgnica,

como fitopatgenos de plantas (Xanthomonas campestris, Erwinia), en
control biolgico de fitopatgenos (Pseudomonas aeruginosa) e
insectos plaga (Bacillus thuringiensis).
Hongos del suelo
La masa fngica usualmente es superior a las bacterias.

Conteos convencionales de hongos en el suelo: 104-105 UFC g-1

suelo
10 m hifa g-1 suelo

biomasa de 500-5000 kg ha-1

Dificultad para hacer conteo de UFC de hongos: al tomar y preparar la

muestra del suelo se puede fragmentar el micelio de un individuo y cada fragmento
se constituira as en una UFC.
Aerbicos
Hongos del sueloactividades
Descomposicin de la materia orgnica, particularmente en las
primeras etapas (abundan los azucares)

Formar la asociacin micorrizal con el 90 % de las plantas) (p.e.

Glomus, Gigaspora)

Descomponer lignina Phanaerochaete chrysosporium

Solubilizar fosfatos (Penicillium, Aspergillus, Mortierella)

Producir fosfatasa, fitasa (Penicillium, Aspergillus)

Hongos del sueloactividades
Establecer relaciones fitopatgenas (Fusarium, Phytophtora, Pythium)

Control biolgico de patgenos e insectos plaga (Metharrizum,

Trichoderma, Beauveria)

Produccin de alimentos (championes)

Produccin frmacos como el LSD (Basidiomicetos)

Descomponer xenobiticos (remediacin)

Actinomicetos/actinobacterias del suelo
Grupo de microorganismos no-taxonmico de los procariotes-
bacteriales

Morfologa de los hongos

Abundantes en el suelo: 105-108 UFC g-1 (10-50 %)

Hetertrofos

Aerbicos

Intolerantes a la saturacin de agua o a la extrema acidez.

Actinomicetos del suelo
Streptomyces es uno de los gneros ms importantes en la sntesis de
antibiticos
estreptomicina, neomicina, eritromicina y tetraciclina

70-90% del total de actinomicetos

El olor caracterstico del suelo recin labrado es debido a la presencia de una

sustancia llamada geosmin producida por actinomicetos
Frankia son capaces de fijar N2 simbiticamente cuando se asocian con las
races de algunas especies forestales como Alnus
Otros gneros abundantes son Nocardia que puede representar 10-30 % y
Micronospora 1-15 %.
Algas del suelo
103-106 UFC g-1

Foto-auttrofas

Aerbicas

Contienen clorofila, crecen en la superficie de suelos hmedos para as captar

la luz solar.

Tolerantes a la salinidad

Productores primarios de materia orgnica.

La biomasa de algas 10 a 300 kg ha-1 y en algunos casos puede llegar a 1500 kg

ha-1.
Cianobacterias
1-8 x 105 UFC g-1 de suelo

cianobacterias presentan requerimientos similares a

las algas y por la apariencia morfolgica de sus colonias
fueron llamadas errneamente y durante mucho
tiempo algas verde azules
Clorofila y otros pigmentos fotosintetizadores

Foto-autotrofas
Cianobacterias
Ecolgicamente cumplen tres funciones importantes:
fijan C, por ende, producen materia orgnica
fijan N2 atmosfrico en forma libre o formando simbiosis
producen O2 durante la fotosntesis

la simbiosis cianobacteria Anabaena azollae y el helecho

acutico Azolla

Gnero Nostoc forma lquenes con hongos (colonizadores de

rocas, corteza de arboles)
Protozoarios del suelo
Representan la microfauna del suelo

Hetertrofos, aerbicos, que participan en la descomposicin de la materia

orgnica y depredacin sobre poblaciones bacteriales

Conteos tradicionales indican valores de 104-105 protozoos g-1

Biomasa de 50-200 kg ha-1

Su importancia en la descomposicin de la materia orgnica es bien conocida,

ellos pueden disolver sustancias orgnicas, sin embargo su funcin ms
destacable esta en la depredacin de las bacterias, hongos, algas y otros
microorganismos
Protozoarios del suelo
Mantienen una poblacin microbial fisiolgicamente joven y ms
activa

la presencia de protozoarios favorece una descomposicin ms rpida

de la materia orgnica del suelo

Entre el 25 al 75 % del N tomado por las plantas es el resultado de la

predacin de bacterias por protozoarios

Una vez lo protozoos depredan las bacterias rompen los ciclos

bacterianos en los cuales se inmoviliza el N en suelos con alta C:N y
liberan NH4+ al suelo.
Rizosfera
Volumen del suelo que rodea la raz y que es afectado
por los exudados radicales. El espesor de la rizosfera es
de 1-2 mm (desde la superficie de la raz).

La rizosfera recibe 10-20% del C fijado por la planta a

travs de la fotosntesis
Rizosfera
Alta densidad de microorganismos: 109 UFC g-1 de suelo

Ambiente cido (pH 5-5.5): expulsin de H+ por la raz y

clulas microbiales

Ambiente ~anaerbico: alta demanda de O2

Alta biodiversidad

Lugar donde ocurre la nutricin vegetal y mltiples

interacciones microbiales
Rizosfera
Rizosfera (1-2 mm)

Rizoplano

Raz
C
Microorganismos
H+ rizosfricos
 Rizosfera
Nmero de bacterias en funcin de las distancia desde la superficie de la raz. Fuente: Paul y C
Distancia (mm) UFCx109 cm-3 suelol Tipos morfolgicos
0-1 120 11
1-5 96 12
5-10 41 5
10-15 34 2
15-20 13 2
Rizosfera
. Nmero de microorganismos (UFC g-1 suelo) en la rizosfera (R) de trigo (Triticum aestivum L.)
y en el suelo el no-rizosfrico (S) y su relacin R/S (modifiicado de Gray y Williams, 1971).
Microorganismos Rizosfera Suelo no-rizosferico Relacin R/S
Bacterias 1.2 x109 5.3 x107 23
Actinomicetos 4.6 x107 7.0 x106 7
Hongos 1.2 x106 1.0 x105 12
Protozoos 2.4 x103 1.0 x103 2
Algas 5.0 x103 2.7 x104 0.2
Ammonificadores 5.0 x108 4.0 x106 125
Denitrificadores 1.26 x108 1.0 x105 1260
Interacciones entre
microorganismos rizosfericos
Microorganismos pueden establecer relaciones de competencia por
nutrientes (particularmente C) entre s y parte de tal lucha se hace a travs
de antibiticos (con aplicaciones en medicina).

Microorganismos se asocian con plantas para establecer relaciones

simbiticas-mutualistas, se establece un reconocimiento (dialogo)
molecular planta-microbio (con aplicaciones directas en agronoma e
indirectas en medicina).

Se producen metabolitos secundarios (cidos orgnicos , alcoholes, bio-

plsticos), gases (metano, H2, O2) con aplicaciones industriales y
energticas.
Antibiticos
Penicilina: hongos del gnero Penicillium

A. Flemming

Estreptomicina: actinomiceto Streptomyces

Selman A. Waskman, microbilogo del suelo, recibi en

1952 el premio Nobel.
Anticancergenos
FDA: 60% drogas anti cancergenas evaluados en USA
provenan de sustancias producidas por
microorganismos del suelo.
Industria
Aspergillus niger, Penicillum spp.:
hongos productores de acido ctrico

Azospirillum brasilense:
bacteria productor bio-polimeros
(bio-plsticos)

Levaduras: Sacharomyces sp. productoras de alcohol

Energa
Bacterias metanognicas
productora de metano en ambiente anaerbicos
CO2+ 8H+ + 8e- CH4 (g)+ 2H2O

Bacterias productoras de H2:

bacteria que reducen protones en ambientes anaerbicos
2H+ + 2e- H2 (g)

Bacterias con nitrogenasa (p.e. Rhizobium)

N2 + 8H+ + 8 e- 2NH3 + H2
 Ambiental
Degradacin de hidrocarburos (petrleo, ACPM)

Degradacin de TNT

Microorganismos usados en plantas depuradoras de

aguas residuales urbanas (bioslido)

Inmovilizadores de metales pesados

 Ambiental
Rehabilitacin biolgica de suelos degradados minera

Restituir ciclos biogeoqumicos en suelos degradados

por minera de aluvin en el Bajo Cauca (plantaciones
de Acacia mangium & pasturas de Brachiaria y man)

Hongos micorrizales
Bacterias fijadoras de N2
Microorganismos solubilizadores de P
Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico de:

Carbono

Nitrgeno

Fsforo

Azufre

Hierro y Manganeso
 Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico de Carbono

Algas del suelo

Fotosntesis
Cianobacterias del suelo

Respiracin microbial del suelo produce CO2 (descomposicin de MO)

Actividad microbial en suelos encharcados y sedimentos permite la produccin

de CH4 (metanogenicos, zona anaerbica): [CO2+ 8H+ + 8e- CH4 (g)+
2H2O]

Sedimentos (z. aerobica) metanotrofos [CH4 + 2O2 CO2 + 2H2O]

 Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico del nitrgeno

Fijacin biolgica de N2 [N2 +8H+ + 8e- + 25 ATP 2NH3 + H2]

2NH4+ Aminocidos protenas

Amonificacin: [R-NH2 NH4+]

Nitrificacin: NH4+ + O2 4H + + NO2- + 0.5O2 NO3-

Desnitrificacin: NO3- (-O2) NO2, NO, N2O, N2

 Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico del fsforo

Produccin de fosfatasas para liberar fosfato de la materia orgnica

[R-H2PO4 + (P-asa) R-OH + H2PO4-]

PSM: solubilizacin y desorcin : aerobicos

Ca5(PO4)3 (OH) + 7H+ + Oxalato= Oxalato-Ca2+ +3H2PO4- + H2O

[OX-OH Fe & Al]-H2PO4- + Oxalato= [OX-OH Fe & Al]-Oxalato + H2PO4-

Hongos micorrizales para aumentar la absorcin vegetal de fosfato

 Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico del azufre

Produccin de sulfatasas para liberar sulfato de la materia orgnica

[R-SO4 + (S-asa) R-OH + SO42-]

Oxidacin del S2 y sulfuros (Thiobacillus):

S2 + 3O2 + 2H2O 2H2SO4
FeS + 2O2 FeSO4

Reduccin de sulfatos en suelos anaerbicos & sedimentos

SO42-+ 10H+ + 8e- H2S + 4H2O
 Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico del hierro

Reduccin de hierro
Fe3+ + 1 e- Fe2+

Complejacin del hierro :

Microbio libera citrato
Se forma el complejo citrato-Fe (soluble, bio-disponible)
 Nutricin vegetal
Ciclo biogeoqumico del Manganeso

Reduccin de Mn
Mn4+ + 2 e- Mn2+

Complejacin del hierro :

Microbio libera citrato
Se forma el complejo citrato-Mn (soluble, bio-disponible)