PROTENAS

M.C. ANA ISABEL GARCA SANTIAGO

 Las protenas son los productos finales de la informacin gentica. Una clula
necesita miles de protenas diferentes que deben sintetizarse en respuesta a las
necesidades celulares, ser transportadas a la localizacin celular adecuada y
degradarse cuando cuando ya no se necesite su presencia.
 Estructura de las protenas
Existen 20 aminocidos, donde cada uno tiene
un radical diferente.
 Aminocidos hidrfobos

Alanina (Ala) Valina (Val) Leucina (Leu) Isoleucina (Iso)

Prolina (Prl)

Metionina (Met) Fenilalanina (Fen) Triptfano (Trp)

 Aminocidos polares hidroflicos

Serina (Ser) Treonina (Tr)

Glutamina (Gln)

Asparagina (Asn) Cistena (Cis) Glicocola (Gli)

Tirosina (Tir)
 Aminocidos cidos y bsicos
AMINOCIDOS BSICOS AMINOCIDOS
(carga positiva) CIDOS
(Carga negativa)

Lisina (Lis) cido asprtico

(Asp)

Arginina (Arg)
cido glutmico (Glu)

Histidina (His)
 Enlace peptidico
Los aminocidos se unen por medio del enlace peptdico.
Se forma un enlace peptdico entre el grupo carboxilo de un aminocido
(aminocido 1) y el grupo amino de otro aminocido (aminocido 2).
El cdigo gentico: ARN y protenas
Def. Es la regla de correspondencia que existe entre la secuencia de
bases del ARN con la secuencia de aminocidos en las proteinas.
El idioma del ARN con las protenas, es un cdigo, llamado Cdigo
Gentico, formado por tros de bases (tripletes), donde tres nucletidos
del ARN codifican a los aminocidos en protenas.
El ARN usa cuatro "letras": A, U, G y C.
La protena puede tener 20 "letras": los aminocidos.
De qu manera codifica el ARN a la protena?
Si una base del ARN codificara a un aminocido,
el ARN solamente podra codificar a 4 aminocidos.
No seran suficientes para codificar a los 20 aminocidos.
Si dos bases de ARN codificaran a un aminocido, el AR podra codificar a
16 aminocidos.
Tampoco seran suficientes para codificar a los 20 aminocidos. Si 3 bases
de ARN codificaran a un aminocido, el ARN podra codificar a 64
aminocidos.
Ms que suficientes para cubrir a los 20 aminocidos
 El cdigo gentico tiene una serie de
caractersticas
Es universal, pues lo utilizan casi todos los seres vivos conocidos. Solo existen algunas
excepciones en unos pocos tripletes en bacterias.

No es ambigo, pues cada triplete tiene su propio significado

Todos los tripletes tienen sentido, bien codifican un aminocido o bien indican
terminacin de lectura.

Es degenerado, pues hay varios tripletes para un mismo aminocido, es decir hay codones
sinnimos.

Carece de solapamiento,es decir los tripletes no comparten bases nitrogenadas.

Es unidireccional, pues los tripletes se leen en el sentido 5-3.

 El cdigo gentico
AUG: codn de inicio,
codifica a la metionina
UAA,UAG, UGA:
codones de fin,
funcionan como seal
de alto
Cdigo gentico
degenerado: en la
mayora de los casos,
hay ms de un codn
por aminocido
(mximo 6)
 Evidencia de porqu son tripletes
Los estudios en mutaciones muestran que el cdigo gentico es un cdigo de
tripletes.
Si se cambia una sola base del cdigo gentico, en el ADN, el ARNm codificara a
otro polipptido. Esto se conoce como mutacin
 Excepciones a la Universalidad del Cdigo

Significado en
Significado en
Cdigo
Organismo Codn Cdigo
Mitocondria
Nuclear
l
Todos UGA FIN Trp
Levadura CUX Leu Thr
Drosophila AGA Arg Ser
Humano, bovino AGA, AGC Arg FIN
Met
Humano, bovino AUA Ile
(iniciacin)
AUU, AUC, Met
Ratn Ile
AUA (iniciacin)

El cdigo gentico mitocondrial es la nica excepcin a la universalidad del cdigo, de

manera que en algunos organismos los aminocidos determinados por el mismo
triplete o codn son diferentes en el ncleo y en la mitocondria.
EL PROCESO DE TRADUCCIN: LA
BIOSNTESIS DE PROTENAS
La ltima etapa del flujo de informacin gentica

M.C. Ana Isabel Garca Santiago

 Procariota
Traduccin es simultnea con transcripcin
Los ARNm suelen tener una vida menor
Los ARNm sufren procesos de sntesis mucho ms
sencillos, la traduccin puede empezar antes de que
finalice la transcripcin.
En los ARN policistrnicos existe una secuencia de Shine-
Dalgarno* en el 5UTR por cada cistrn.
Sistemas de traduccin en: citosol
El transcrito primario resultante de la transcripcin se
puede utilizar directamente como ARNm para la
codificacin de protenas
*sirve como sitio inicial de anclaje del ARNm al ribosoma, a
travs de su interaccin con parte del extremo 3 de la
molcula de ARNr 16S
Eucariota
Traduccin: separacin espacial y temporal
Los ARNm suelen tener una vida mayor
Los ARNm sufren procesos de sntesis mucho ms
complejos. La transcripcin y la traduccin ocurren en
lugares distintos
No presentan la secuencia de de Shine-Dalgarno,
presentan la secuencia Kozak
Sistemas de traduccin en: citosol, mitocondria y
cloroplastos
La cadena polipeptdica recin liberada del ribosoma no
suele ser funcional y requiere de procesos de
plegamiento y procesamiento postraduccional
 OTRAS DIFERENCIAS
Secuencia Shine Dalgarno - Procariotes

5'--UAAGGAGGU(5-10 bases) AUG mRNA

3'--AUUCCUCC........ 16S rRNA

Secuencia Kozak - Eucariotes

5'--ACCAUGG- mRNA
 EL PROCESO DE TRADUCCIN
Requiere:
Ribososmas
ARNm
Aminocidos activados
ARNt
Energa (ATP, GTP,)
Iones de magnesio
Factores proteicos no ribosomales (interaccionan con molculas de
aminoacil-ARNt, con los ribosomas y el ARNm)
Enzimas no ribosomales
RIBOSOMAS: es una compleja maquinaria molecular formado por
mas de 50 protenas y rARN, que se desplaza sobre el mARN
capturando molculas de tARN y uniendo los aminocidos que
transportan, para formar la cadena proteica
 Ribosomas
Componentes moleculares de la sntesis
Son organelos celulares donde el ARNm es
traducido. Esta formado por dos
subunidades, y cada una de ellas contiene
ARNr y protenas ribosomales.
En la traduccin, el ARNm pasa a travs del
ribosoma, donde los codones son Subunidad grande
Subunidad
reconocidos por los ARNt que van unidos a
pequea
su aminocido especfico.
Cada subunidad ribosomal esta compuesta
por ARNt (ARN ribosomal) y protenas 3'
ribosomales.
En las clulas eucariticas, las unidades
grandes son las 60S y contienen a los ARNt
28S, 5.8S y 5S ms cerca de 50 protenas ARNm
5'
ribosomales. La unidad pequea es 40S y En eucariotas: se almacenan generalmente
contiene al ARNt 18S, ms cerca de 30 en el lumen del RER. Luego maduracin en
protenas. Golgi. Estan presentes citosol mitocondria y
citoplasma
 Salida

RIBOSOMAS Tunel

Peptidiltransferasa

Aminoacido

GTPasa

Iniciacin en Procariota
 FUNCIONES DE LOS RIBOSOMAS
Traen al templete la molcula con el amino cido apropiado.
Durante el funcionamiento las subunidades pueden asociarse y disociarse.
La decodificacin: Se mueven a lo largo del mRNA descifrando el cdigo para la
conversin de un nucletido a su secuencia de amino cidos. En condiciones
normales, el error es mnimo: un aminocido equivocado por cada 10.000 lecturas.
La actividad de transferencia peptdica, o peptidil-transferasa: Catalizan la
formacin del enlace peptdico entre amino cidos utilizando ATP o GTP. La
peptidil-transferasa es una actividad enzimtica ligada a la subunidad mayor del
ribosoma.
Altman y Cech descubrieron en 1981 que ciertos RNA pueden estar dotados que
capacidad enzimtica. Premio Nobel de Qumica en 1989.
Translocacin: cambio de los ARNt de posicin en el ribosoma.
Funcionamiento del ribosoma en la
traduccin
Al principio las dos subunidades estn separadas,
ensamblndose en el codon de iniciacin.
Luego se desplaza y va leyendo y colocando
aminocidos.
Al final se disocia del mensajero, se suelta y
vuelve a empezar.
Si al mismo mensajero se asocian varios ribosomas
(polirribosoma o polisoma) se producen varias
protenas polipptidos simultneamente de un solo
ARNm
 Componentes moleculares de la
sntesis 3: ARNt
Los ARNt llevan a los aminocidos a los
ribosomas durante la traduccin, para ser
ensamblados en una cadena polipeptdica.
Los ARNt son codificados por los genes.
Todos los ARNt tienen tamao y forma
similar.
Todos los ARNt tienen el triplete CCA en la
terminal 3', donde los aminocidos se
pegan.
La otra "terminal" de la molcula de ARNt
es el anticodn, el cual durantte la
traduccin, "lee" que coincida el codn del
ARNm.
 Los componentes moleculares de la
sntesis 1: ARNm
El ARN mensajero tiene un principio, una secuencia y un final.
El ARNm vara en longitud.
La secuencias del ARNm varan debido a que las secuencias de los aminocidos
codificados difieren, al principio y al final.

Presentan estructuras tridimensionales y funciones diferentes

 ARN mensajero (ARNm)
una gran inestabilidad metablica, por lo tanto, para la
sntesis continua de una determinada protena debe existir
una sntesis permanente de su ARNm
El precursor nuclear del ARNm maduro = ARN heterogneo
nuclear (ARNhn).
El ARNm se une en el citoplasma, a las dos subunidades
ribosomales, constituyendo el ribosoma activo, que es la
estructura celular responsable de la sntesis de protenas.
El ARNm especifica la secuencia en que deben de insertarse
los aminocidos en la sntesis de polipptidos. Se traduce
en la especificacin de la estructura primaria de las
protenas.

ARNt
Los ARNt tienen entre 73 y 93 residuos nucleotticos. Como mnimo cada ARNt tiene 8
bases modificadas.
Sus bases no tiendan tambin a emparejarse segn la ley de la complementariedad.
La presencia de bases modificadas es comn en los ARNt.
Hay al menos un ARNt para cada aminocido, pero algunos aminocidos requieren ms de
un ARNt especficos de ese aminocido= denominados ARNt isoaceptores.

_Los ARNt portan su

aminocido
correspondiente en su
extremo aceptor.

_Los ARNt se unen por su Brazo Aceptor

extremo anticodn a su
secuencia de bases
Brazo T C:
complementaria en el de Brazo D: de
reconocimie reconocimiento
ARNm. nto del de la aminoacil-
ribosoma ARNt sintetasa
Brazo
variable
Los 20 aminocidos =
aminoacil-ARNt = complejos
aa + ARNt.
 Codn-anticodn y teora de wobble

Pareo codn-anticodn:
Pueden reconocer ms de
un codn.
Ocurre el pareo de
wobble: aplica a la
primera del anticodn o
tercera del codn
 Fases proceso de traduccin
Activacin de los aminocidos
Iniciacin
Crecimiento (elongacin)
Terminacin
Modificaciones o procesamiento
TRADUCCIN EN PROCARIOTAS
 ACTIVACIN DEL AMINOCIDO
Def: es la unin del aminocido con el ARNt
especfico
Formacin de aminoacil-adenilato: los amino
cidos se convierten en una forma ms reactiva
antes que ocurra la polimerizacin.
Ocurre en el citosol y es catalizado por sintetasas
de aminoacil-tRNA.
Ocurre en dos pasos.
ATP y magnesio
 ACTIVACIN DE
LOS
AMINOCIDOS

Una enzima llamada

aminoacil-ARNt
sintetasa agrega los
aminocidos correctos
a los ARNt.

Funciones de Aminoacil-ARNt-sintetasa:
Se encargan de unir de manera especfica cada aminocido con su(s) ARNt
correspondiente(s)
Poseen capacidad autocorrectora o de lectura de pruebas, rompiendo el enlace
formado si la relacin aminocido-ARNt no es la correcta
El proceso se llama aminoacilacin o "carga".
Al haber 20 aminocidos, tambin hay 20 aminoacil-ARNt sintetasas.
Todos los ARNt con el mismo aminocido son cargados por la misma enzima.
ACTIVACIN DEL AMINOCIDO
EUCARIOTA PROCARIOTA
 PROCARIOTA
INICIACIN
PROCARIOTAS
El complejo de inicio se forma por
unin de las subunidades del
ribosoma y el iniciador (met-ARNt) al
principio del cdon del ARNm.
Interaccin del ribosoma 40S y el
metionil-ARNti se produce
directamente con el primer triplete
de iniciacin prximo al extremo 5
del ARNm (Secuencia Shine-Dalgarno)
+ Primer aa: N-formil-metionina.
(siempre)
COMPLEJO DE INICIACIN

N-formil-metionina en bacterias
Metionina en la clula eucariota.
 Iniciacin de la traduccin
Una vez reconocido este codn, se une la subunidad
grande al complejo de iniciacin 30S. Se forma entonces
el complejo de iniciacin 70S, en el que el extremo
aceptor del ARNt iniciador, unido al aminocido formil-
metionina (la metionina est formilada en el a -amino),
se encuentra en una cavidad de la subunidad grande
denominada centro peptidil-transferasa.

Se necesita de 3 factores de iniciacin diferentes (IF-1, IF-

2, IF-3) y GTP, para que el ribosoma se ensambla
alrededor de la zona 5 del ARNm, con la unin del
primer aminoacil-ARNt al sitio P (peptidilo) del ribosoma
y formacin del primer apareamiento codn-anticodn.
 FACTORES DE INICIACIN
IF3: Se une a la subunidad ribosmica 30S;
impide la asociacin prematura de la
subunidad 50S; mejora la especificidad Secuencia
Shine-Dalgarno complejo de
del sitio P hacia fMet-tRNAfMet pre iniciacin
IF2-GTP (forma activa): Se une al fMet-
tRNA y facilita la unin a la subunidad
ribosmica 30S. Estimula la unin de este
al complejo iniciacin
IF1: ??? Reciclaje ribosomas. Evita la
unin prematura del tRNA al sitio A

Los aa-tRNA llegan acompaados de un

factor (eIF-2) que se reciclar mediante el
factor eIF-2B.
complejo de
Cuando se une la subunidad grande se disocian iniciacin

todos los factores proteicos. IF3 salen pero

IF2 ha de hidrolizar el GTP para salir.
 Elongacin
La elongacin es similar en procariotas y eucariotas
Hay tres factores de elongacin:
EF-Tu eEF-1a
procariotas EF-Ts eucariotas eEF-1b
EF-G eEF-2

EF-Tu: Media la entrada del aminoacil tRNA

EF-Ts: Media liberacin de EF-Tu-GDP y regeneracin de EF-TU-GTP

EF-G: Translocacin del ribosoma; utiliza GTP.
El primer paso de esta fase consiste en la unin
del segundo ARNt al sitio A. Factores de
elongacin: EF-Tu, EF-Ts y EF-G
 Elongacin
El primer paso de esta fase consiste en la unin del segundo ARNt al
sitio A.

Accin de la peptidiltransferasa: mediante el ataque del grupo NH2 del 2

aminoacil-ARNt al enlace ster, del 1 aminoacil-ARNt.
Separacin ARNt del aminocido en locus P.
Translocacin o avance del ribosoma (5 3) sobre el ARNm:
movimiento del ARNt del sitio P al sitio E y del ARNt del sitio A al
sitio P y el sitio A vaco, lo que posibilita la entrada de una nueva
molcula de aminoacil-ARNt. El ARNm se mueve simultneamente con
los ARNt
Repeticin N veces

Factores de elongacin requeridos: EF-Tu, EF-Ts y EF-G

FACTORES DE INICIACIN
 Fin de la traduccin
La sntesis del polipptido se lleva a cabo hasta alcanzar el codn de fin
(alto). El polipptido se escinde del ltimo tRNA y el tRNA se desprende del
sitio P.
Se utilizan factores de liberacin terminacin (RF-1, RF-2, RF-3), que leen los
codones STOP: UAA, UGA y UAG.

Los RF se unen al sitio A (parecido estructural con los ARNt), y contribuyen a:

1) Hidrlisis (1 molcula de agua) del enlace peptidil-tRNA terminal.
2) Liberacin del polipptido sintetizada (abandona el ribosoma por medio de un
tnel que atraviesa la subunidad grande).

Disociacin del ribosoma 70S. La unin de los factores IF1 e IF3 a la subunidad 30S
evita que se una de nuevo a la subunidad50S.

-RF1 reconoce los codones UAG y UAA

- RF2 reconoce los codones UGA y UAA
-RF3 es una GTPasa, provoca la disociacin del complejo biosinttico (Clivaje
peptidil-tRNA)
Terminacin
 TRADUCCIN
EN EUCARIOTAS
La clula eucariotica requiere alrededor de 300 macromoleculas
diferentes para sintetizar un polipptido

70 ms tipos de protenas ribosmicas

20 o ms enzimas para activar los aminocidos
12 o ms enzimas auxiliares y factores para inicio, elongacin y finalizacin
de la sntesis del polipptido
100 o ms enzimas para la modificacin de los diferentes polipptidos
40 o ms molculas de ARN de diferentes tipos.

La sntesis proteica consume hasta el 90% de la energa qumica utilizada por

la clula en todas las reacciones biosintticas.
 BIOSNTESIS DE LAS PROTENAS EN
LOS EUCARIOTAS

Utiliza 13 factores de iniciacin.

Hay dos factores de crecimiento, eEF-1 y eEF-2 (lleva a cabo translocacin).
La terminacin en EUCARIOTAS usa los mismos codones: UAG, UAA, y UGA. Slo un
factor de terminacin se une a los tres codones de terminacin.
 Iniciacin en Eucariotas

1) Reconocimiento del Cap en el terminal 5 del RNAm.

4 a 6 factores
ATPasa helicasa
Forma el complejo de reconocimiento
2) Formacin del complejo de pre-iniciacin.
Met-tRNA, eIF-2a, GTP, subunidad menor del ribosoma.
3) Reconocimiento
Complejo de reconocimiento se une al complejo preininicador.
Se desenrrolla el mRNA
Rompe estructuraciones secundarias
Dependiente de ATP
4) Unin de las subunidades del ribosoma.
 Iniciacin en Eucariotas
La unin del ribosoma al extremo 5
requiere la existencia de un
extremo 3 funcional.
Debe de producirse una interaccin
entre ambos extremos del ARNm a
travs de factores proteicos
extrarribosomales.
Se produce la interaccin del
ribosoma con la caperuza que
permite la unin del ribosoma con
el ARNm: la interaccin de la
subunidad menor del ribosoma 40S
se unen primero a la caperuza por
medio de un factor de iniciacin
especfico (eFI-4E o CBP).
Modelo de la sntesis de protenas en
Eucariotas
Iniciacin: reconocimiento y escaneo
del AUG
La iniciacin de la sntesis proteica cerca del extremo con casquete 5: el
complejo de preiniciacin 43S se une a la estructura de casquete 5(m7 G) y
luego se desliza a lo largo del mRNA hasta alcanzar un codn de inicio AUG
aceptable, por lo general dentro de unos 100 nucletidos.

La iniciacin de la sntesis proteica sobre sitios de entrada internos del

ribosoma (IRES) de un mRNA: es menos frecuente y ocurre ms abajo del
extremo 5 y recorre el ARNm hasta hallar un codn de inicio AUG.

AUG suele estar formando

parte de la secuencia
GCCA/GCCAUGG o
secuencia de Kozak.
INICIACIN EN EUCARIOTAS
Complejo de
preiniciacin
Los organismos eucariotas necesitan muchos factores proteicos para la
colocacin de la subunidad pequea del ribosoma en el primer codon AUG de
iniciacin del mRNA.
 Factores de iniciacin en Eucariotas
eIF-1 y eIF-1A estabilizan el complejo de iniciacin adems de catalizar su
disociacin de este complejo .
eIF-3 podra ser una especie de pinza que, mediante interacciones con eIF-1 y
complementariedad con los rRNA, estabiliza el complejo 48S e interacciona con
eIF-4G.
eIF-4A (formado a su vez por los factores 4G, 4A, 4B, 4E). Reconoce el mRNA a
travs de la caperuza. Ayuda a la migracin del ribosoma en conjunto con eIF-
4Bpara buscar el AUG. Es una ATPasa dependiente de RNA con actividad RNA
helicasa cuya misin es relajar los 15 primeros nucletidos del mRNA. El mRNA no
est unido linealmente al ribosoma, sino formando una estructura circular por la
interaccin de PABP con eIF-4G. Sirve de punto de anclaje de formacin de todos
los factores que componen eIF-4F, adems de interaccionar con eIF-3 y PABP.
eIF-5 activa la actividad GTPasa de eIF-2 para indicar que el rastreo del AUG ha
concluido y liberar todos los factores. Gracias a eIF-5B, el Met-tRNAi se coloca
correctamente.
eIF-6, La subunidad mayor 50S estabiliza la subunidad 60S del ribosoma. La
subunidad mayor 50S unida a eIF-6 que sirve para mantenerla separada de la
subunidad
Iniciacin
 Elongacin

Una vez aceptado el ARNt correspondiente al

segundo codn del ARNm, el aminocido de su
extremo aceptor entra en la cavidad peptidil
tranferasa. Se produce un dipptido (dos
aminocidos unidos mediante enlace peptdico)
que queda unido al segundo ARNt.
 Elongacin en Eucariotas
Acoplamiento perfecto entre el aminocido, el anticodn y el
codn.
Requiere energa
Proceso envuelve cuatro pasos.
Unin de tRNA-aa en el sitio A del ribosoma.
Verificacin de que es el tRNA-aa correcto.
Formacin del enlace pptido
Translocacin
Adelantar el mRNA un codn.
Mover la cadena peptdica-tRNA del lugar A al lugar P en el
ribosoma.
Ocurre en la cavidad entre las unidades del ribosoma.
Utiliza factores de extensin (eEF).
 Terminacin en
Eucariotas
Ocurre cuando un codn terminal
llega al sitio A del ribosoma.
Participa un nico factor de
terminacin (eTF) que reconoce a
los tres tripletes de terminacin.
Se une al codon
Requiere uso de energa (GTP)
Hidroliza el enlace ester del
tRNA que contiene la cadena
polipeptdica.
Libera la cadena polipeptdica.
Se disocian las subunidades del
ribosoma.
Terminacin
 Modificaciones postraduccionales
Modificaciones bioqumicas:
Rompimiento proteoltico
Alteraciones N-terminal: deformilasas y
peptidasas.
Modificaciones: Fosforilaciones e hidroxilaciones.
Adicin de grupos prostticos: metales y
cofactores.
Formacin puentes de azufre.
Enlace de carbohidratos y lpidos, hidroxilaciones
 Degradacin de protenas
Protenas celulares y extracelulares son
degradadas continuamente y
reemplazadas por protenas acabadas de
sintetizar.
Protenas extracelulares son degradadas
por: proteasas lisosomales.
Protenas intracelulares utilizan proteasas
dependientes de ATP asociadas a
complejos grandes de protenas llamados
proteosomas

Proceso de degradar protenas en clulas

eucariticas: ubiquitinilacin. Cuando ubiquitina
se enlaza a una protena la destina para
degradarse.El proceso de degradacin ocurre en
los lisosomas o una estructura macromolecular
llamada proteosoma
 Reguladores
Inhibidores controlados por grupo heme.
Interferones: son protenas que interfieren
con la replicacin viral.
Antibiticos: puromicina, estreptomicina,
tetraciclina, eritromicina, cloranfenicol y
ciclohexamida.
Toxina de difteria: enzima secretada por
Corynebacterium diphtheriae