Estructura de protenas, fuerzas que gobiernan el plegamiento
1. De la estructura unidimensional a la
estructura tridimensional
protenas nativas y protenas
desnaturalizadas
relaciones estructura-actividad
2. La informacin para el plegamiento
est contenida en la estructura
primaria. Las protenas nativas son
estables?
Christian Anfinsen y la
ribonucleasa A
3. Fuerzas que determinan el
plegamiento (desde adentro), con
una quimotripsina
enlaces disulfuro
enlaces inicos
enlaces de hidrgeno
fuerzas de van der Waals
4. Fuerzas que determinan el
plegamiento (desde afuera)
el agua y otros detalles
5. El problema de decidir la
estructura correcta
cuntos disulfuros puedes
formar?
la corta vida de una protena
6. Para ganar la carrera
los pequeos motivos de una
protena
un poco de ayuda: enzimas y
chaperonas moleculares
7. Resumen
1
Bibliografa

Anfinsen, C and Scheraga, H. Experimental and theoretical aspects of

protein folding. Adv. Prot. Chem 29, 205.
Edelhoch, H. and Osborne, J. Thermodynamic Stability of
Macromolecules. Adv. Prot. Chem.; 30; 200.
Rossmann, M. and Argos, P. Protein Folding. Ann Rev. Biochem. 50; 497.
Dressler, D. And Potter, H.; Discovering Enzymes; Scientific American
Library, Vol 34. Chap 4.
Kolata, G. Trying to crack the second half of the genetic code; Science,
233; 1039.
Dobson, C. Evans, P, Radford, S, Understanding how proteins Fold: The
Lysozyme Story so far, TIBS, 19, 31
Hartl, F. Hlodan, R. and Langer, T., Molecular Chaperones in protein
folding: The art of avoiding Sticky situations., TIBS 19, 20
Hartl, F. and Hayer-Hartl, M. Converging concepts of protein folding in vitro
and in vivo. Nature Structural & Molecular Biology 16: 574

2
Las protenas se pliegan en forma especfica y rpida 3
in vivo apenas son sintetizadas
 Son estables las Protenas nativas?

Formacin de
enlaces

Actividad biolgica
Estado energtico

Plegamiento proteico Plegamiento proteico 4

 Son estables las protenas nativas?
Qu
qu quiere quiere
decir decir
estable?
? estable?

ESTADO ESTADO ESTADO

METAESTABLE ESTABLE METAESTABLE
ENERGA

Qu consecuencias
tendra una u otra
hiptesis?

Coordenada de conformacin 5
2. La informacin para el plegamiento est
contenida en la estructura primaria
Christian Anfinsen y la ribonucleasa A

6
 3.- Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde adentro)

Con una quimotripsina

Pptido modelo:
Gly-Asp-Ser-Gly-Gly-Pro-Leu-Val-Cys-Lys-Lys-Asn-
Gly-Ala-Trp-Thr-Leu-Val-Gly-Ile-Val-Ser Trp
Aminocidos 193-216 7
8
9
10
Interacciones covalentes
Enlace disulfuro
Es un enlace covalente
Involucra a dos residuos de cistena
Implica el intercambio de dos electrones
(es decir, su formacin o ruptura es una
reaccin redox)

2 RSH + Oxidante RSSR + Producto

RSSR + Reductor 2 RSH + Producto

11
12
Interacciones de carga
Ion-Ion; Enlace inico; puente salino

+ -
Lisina Aspartato
Arginina Glutamato
Amino terminal Carboxilo terminal
(Histidina) (Cistena)

q1q2 = constante dielctrica

Ek - vaco: =1
r - medio apolar: = 3-5
- agua: = 78 13
14
15
Interacciones con dipolos
1. Ion dipolo
d- O d+
+
NH3 NH

el dipolo se orienta y se atrae con una energa:

q1
Ek
r 2

16
17
18
Interacciones con dipolos
2. Dipolo dipolo
d- O d+

d- N H d+ NH

Los dipolos se ORIENTAN y se atraen con una energa:

1 2
Ek 3
r
pero adems los dipolos se SUMAN
19
d-

d+

20
Interacciones con dipolos
3. Enlace de hidrgeno. Bsicamente es una
interaccin dipolo-dipolo con un tomo de
hidrgeno en el medio

d- d+ d- d+ Altamente
N H O DIRECCIONAL
NH
donador receptor

2.7

E = 1-3 kcal/mol
21
 Interacciones con dipolos
3. Enlace de hidrgeno. Un enlace de hidrgeno
entre un receptor y un donador tiene mltiples
configuraciones posibles, por ejemplo

HC Serina HC
CH2 CH2
O O
H H

CH CH2
H O y todas tienen
C N
H HC C prcticamente la
O CH2 N H
misma energa
H
Asparagina
22
23
Interacciones de van der Waals
Son interacciones sumamente DBILES entre
molculas.
Implican dipolos instantneos y dipolos inducidos.
Dependen (entre otras cosas) del nmero de
electrones de la molcula (P.M.), por ejemplo:
CH4 Metano (gas)
C8H18 Nafta (lquido)
C40H82 Parafina (slido)
Son interacciones de contacto (E r-6).
Estn presentes en TODOS LOS CASOS.

24
25
Resumen de interacciones
Tipo de enlace Energa (kcal/mol)
Distancia () En el vaco En agua
Covalente 1.5 90 -200 90
Inico 2.5 80-200 ~3
Hidrgeno 3.0 4 13
van der Waals 3.5 0.1 0.1

Por supuesto que estos son valores promedio y

aproximados.
Pero destacan la importancia del AGUA
26
4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)

El agua y otros detalles (efecto hidrofbico)

Quin odia al agua?
Describamos el fenmeno:
Un soluto no polar en agua tiende a precipitar,
agruparse, huir, etc.

Versin 1 Versin 2
Los solutos no El agua expulsa a los
polares odian al solutos no polares porque
agua por eso se van prefiere estar sola
27
4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)

Hay simpatas entre molculas?

DG = DH -TDS
El agua y los solutos van a hacer todo lo posible para que:

DH < 0
DG < 0
DS > 0
El efecto hidrofbico puede entenderse en trminos de la
energa de Gibbs del sistema
28
 4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)
H H
O H O H H O H O
H H
H H

O H O O H O
H H
H H
H
cadena peptdica O H O H H
H O H O
H
H
H
O H

H
O H
H + O H O
H disminuye (se forman enlaces) H
H
S aumenta (se liberan molculas)

DG < 0 29
4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)

Simpatas entre molculas

Escalas de hidropatas para cadenas laterales de aminocidos

Kyte y Doolittle (1982)

Arg Lys Asn Asp Gln Glu His Pro Tyr Trp
-4.5 -3.9 -3.5 -3.5 -3.5 -3.5 -3.2 -1.6 -1.3 -0.9

Ser Thr Gly Ala Met Cys Phe Leu Val Ile
-0.8 -0.7 -0.4 1.8 1.9 2.5 2.8 3.8 4.2 4.5

30
4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)
Esta escala no permite predecir estructuras tridimensionales
pero da indicios de algunas caractersticas mediante mapas
de hidropata

Albmina

31
http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=misc1
4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)
Esta escala no permite predecir estructuras tridimensionales
pero da indicios de algunas caractersticas mediante mapas
de hidropata

Hemoglobina

32
http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=misc1
4. Fuerzas que determinan el plegamiento
(desde afuera)
Esta escala no permite predecir estructuras tridimensionales
pero da indicios de algunas caractersticas mediante mapas
de hidropata

Citocromo oxidasa

33
http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=misc1
5. El problema de decidir la estructura
correcta
Cuntos disulfuros se pueden formar?
( 2n)!
Cistenas Disulfuros posibles Combinaciones posibles N n
2n n
2 1 1 2 n!
4 2 3
6 3 15
RNAsa A
8 4 105
Quimotripsina
10 5 945
12 6 10395
14 7 135135
16 8 2027025

34 17 6332659870762850000 Albmina srica

46 23 25373791335626300000000000000 Inmunoglobulina
34
Edad del universo (s) 432043200000000000
5. El problema de decidir la estructura
correcta
El plegamiento no puede ser un proceso de bsqueda
aleatoria. Debe existir un camino secuencial y ordenado
para llegar al estado nativo.
El camino debe proporcionar una ruta RPIDA e
INEQUVOCA hacia el estado nativo.
Adems, la ruta debe estar codificada en la secuencia
de aminocidos ya que muchas protenas se pliegan
espontneamente in vitro

Secuencia de
aminocidos ? Estructura 3D

alguna ayudita
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6. Para ganar la carrera
Los pequeos motivos de una protena

IN VITRO: Muchas protenas se pliegan a su estado nativo en

una secuencia ordenada de pequeos colapsos
que forman motivos de la estructura 3D.

1. El plegamiento de un polipptido enrollado al azar

comienza con la formacin de pequeas secciones de
estructura secundaria, como hlices a, giros b, etc., que
pueden funcionar como ncleos desde donde el
plegamiento se extiende.
2. Los ncleos que tienen la estructura adecuada pueden
crecer por la difusin, colisin o adhesin de dos o ms
ncleos, hasta formar los dominios de la protena
36
6. Para ganar la carrera

3. En protenas con ms
de un dominio, estos se
pueden juntar para
formar un glbulo
fundido que tiene la
estructura secundaria
correcta pero tiene una
estructura terciaria
desordenada, por
ejemplo, puede haber
residuos hidrofbicos
expuestos al
disolvente.
37
6. Para ganar la carrera

Un poco de ayuda
Isomerasas de disulfuros proteicos
Isomerasas de prolinas peptdicas cis-trans

El plegamiento de las protenas tiene algunos pasos

ms lentos como la formacin de enlaces disulfuro o
la isomerizacin cis-trans de los enlaces peptdicos de
prolina

Para acelerar estos procesos hay, por supuesto,

enzimas

38
6. Para ganar la carrera

Un poco de ayuda
Chaperonas moleculares
Protenas de shock trmico

Las chaperonas moleculares inhiben interacciones

inapropiadas entre superficies potencialmente
complementarias y rompen uniones inadecuadas para
facilitar asociaciones ms funcionales

Las Hsp se unen a cadenas polipeptdicas nacientes

cuando van emergiendo del ribosoma. Revierten la
desnaturalizacin y la agregacin de protenas
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40
41
 42
Netzer, WJ and Hartl, FU; TIBS, (1998) 23: 68
 Estructura de protenas, fuerzas que gobiernan el plegamiento
1. De la estructura unidimensional a la
estructura tridimensional
protenas nativas y protenas
desnaturalizadas
relaciones estructura-actividad
2. La informacin para el plegamiento
est contenida en la estructura
primaria. Las protenas nativas son
estables?
Christian Anfinsen y la
ribonucleasa A
3. Fuerzas que determinan el
plegamiento (desde adentro), con
una quimotripsina
enlaces disulfuro
enlaces inicos
enlaces de hidrgeno
fuerzas de van der Waals
4. Fuerzas que determinan el
plegamiento (desde afuera)
el agua y otros detalles
5. El problema de decidir la
estructura correcta
cuntos disulfuros puedes
formar?
la corta vida de una protena
6. Para ganar la carrera
los pequeos motivos de una
protena
un poco de ayuda: enzimas y
chaperonas moleculares
7. Resumen
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