Aminoácidos y Proteínas

Estructura
 AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS
CONTENIDOS
● Proteínas: Definición.

●Aminoácidos: Estructura General-Grupos funcionales en el Carbono α

(Alfa).

●Concepto de Isomería Óptica-Formas L y D- Aplicación a los

aminoácidos.

●Características de la cadena lateral-Reconocimiento y clasificación de los

aminoácidos por su cadena lateral.

●Propiedades ácido-básicas de aminoácidos. Influencia del pH sobre las

cargas.
 AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS
CONTENIDOS (CONTINUACIÓN)
● Concepto de punto isoeléctrico.

● Unión Peptídica-Concepto de Hidrólisis.

Niveles de organización estructural de las Proteínas: Estructuras

●

Primaria, Secundaria, Terciaria y Cuaternaria.

● Funciones biológicas de las Proteínas-Relación estructura/función.

● Concepto de desnaturalización. Agentes que la producen

 CÓMO USAR ESTE TUTORIAL

●Si Ud. desea recorrer los conocimientos fundamentales del

tema le aconsejamos que preste atención a las pantallas con
fondo azul. No se detenga en aquéllas que tienen fondo celeste.

●Si además desea transitar por contenidos complementarios,

adicionales o de menor importancia considere también las
pantallas con fondo celeste.

●Es aconsejable hacer primero un recorrido corto por el núcleo

fundamental de contenidos (Pantallas de fondo azul) y luego
una segunda mirada que incluya los contenidos
complementarios (Pantallas de fondo celeste).
 PROTEÍNAS - DEFINICIÓN

Las Proteínas son Biopolímeros constituidos

●

por unidades monoméricas básicas

denominadas Aminoácidos.

● Son macromoléculas, compuestos de elevado

peso molecular.

●Son polímeros de 20 aminoácidos que se

encuentran en el organismo.
 PROTEÍNAS Y PÉPTIDOS: FUNCIONES

Catálisis Enzimática.
●

Transporte y Almacenamiento.
●

Soporte Mecánico-Funciones Estructurales.

●

Protección Inmunitaria.
●

Coagulación.
●

Control de Crecimiento y Diferenciación.

●

Funciones Hormonales (proteínas reguladoras).

●

Receptores y Canales de Membrana.

●

Contractilidad y Motilidad.
●
 Aminoácidos - Estructura General

Átomo de Hidrógeno
● Tienen una estructura Carbono α (Alfa)
general común.

● Consiste en un átomo de R C
Carbono α (Alfa) al que
están unidos:

● Un ácido carboxílico. Acido Carboxílico

● Un grupo amino
Grupo Amino
● Un átomo de hidrógeno
● Una cadena lateral R Cadena Lateral
 Aminoácidos - Estructura General

● La cadena lateral R es
R
diferente para cada uno
de los 20 aminoácidos.
Cα
● El átomo de Carbono se H
encuentra en el centro NH3

de un tetrahedro con los

COOH
cuatro sustituyentes en
los cuatro vértices.
 El Carbono α es Asimétrico
● Está unido por cada una de sus
cuatro valencias a átomos o
grupos de átomos diferentes.
R

● Esta afirmación se cumple para

todos los aminoácidos excepto
para la glicina cuya cadena Cα
lateral es sólo un átomo de
Hidrógeno. H
NH3

● Le confiere a la molécula COOH

actividad óptica, es decir
capacidad para girar el plano de
la luz polarizada.
 L y D Aminoácidos
H H H H
C O C O
H C H H C H
HO C H H COH
H 2N C H H C NH2
H C OH H C OH
C O C O
H H OH OH
L-Gliceraldehido D-Gliceraldehido L-Alanina D-Alanina

● Las configuraciones absolutas de los sustituyentes en torno al Carbono

α (marcado con el círculo celeste) comparadas con las del Carbono
asimétrico de la molécula de Gliceraldehido (marcado con el círculo
rojo) determinan la pertenencia a la familia L ó D.

● Si el grupo amino se encuentra a la izquierda (como el oxhidrilo del

Carbono asimétrico del L-Gliceraldehido), el aminoácido pertenece a
la familia L. Si está a la derecha, corresponde a la familia D.
 L Y D AMINOÁCIDOS

Los aminoácidos encontrados en las proteínas del

●

organismo son L - α Aminoácidos.

●La capacidad de hacer girar el plano de la luz

polarizada hacia la derecha (dextro-rotatorio) ó a la
izquierda (levo-rotatorio), es independiente de la
pertenencia a las series D o L.

●En el caso de los Dextrorrotatorios se anotan con el

signo + . Los Levorrotatorios se anotan con el signo -
 Aminoácidos
Clasificación según la estructura de la cadena lateral
Aminoácidos de cadena lateral alifática no polar

Átomo de
Glicina
Hidrógeno

Metilo Alanina

Valina

Cadena Lateral Leucina

Ramificada

Isoleucina
 Aminoácidos - Clasificación
Aminoácidos con anillos aromáticos

Grupo Fenilalanina
bencénico

Grupo Fenol Tirosina

Grupo Indólico Triptofano

 Aminoácidos - Clasificación
Aminoácidos con grupos R azufrados

Grupo Tiol
Cisteína

Metilo
Metionina
 Aminoácidos - Clasificación
Aminoácidos Ácidos y sus Amidas

Acido Glutámico Acido Aspártico

Ácido Carboxílico

Grupo Amida

Glutamina Asparragina
 Aminoácidos - Clasificación
Aminoácidos Básicos

Grupo Amino en
Lisina
Carbono ε (Epsilon)

Grupo Guanidino Arginina

Grupo Imidazol Histidina

 Aminoácidos - Clasificación
Aminoácidos de cadena lateral alifática con grupos hidroxilos

Alcohol Primario Serina

Alcohol Secundario Treonina

Iminoácido

Prolina
 AMINOÁCIDOS
CLASIFICACIÓN SEGÚN SU POLARIDAD

Apolares: Valina, Leucina, Isoleucina, Alanina, Cisteína,

●

Metionina, Fenilalanina , Prolina y Triptofano.

De polaridad intermedia: Glicina, Tirosina, Treonina, Serina.

●

Polares: Lisina, Arginina, Histidina, Glutamato, Aspartato,

●

Glutamina, Asparagina.
 AMINOÁCIDOS ESENCIALES
●Esenciales: Valina – Leucina – Isoleucina
Fenilalanina – Triptofano – Lisina – Treonina
– Metionina.

Relativamente Esenciales: Arginina –

●

Histidina.
 AMINOÁCIDOS DERIVADOS

●Cistina.
●Hidroxiprolina.

●Hidroxilisina.

●Desmosina.

●Isodesmosina.

●Ácido Gama Carboxi – Glutámico.

 Propiedades Ácido-Base

C H3

+H
3N
C H R C O R C O + H+
OH O-
C O
O- R NH3+ R NH2 + H+
L-Alanina

● Los Aminoácidos tienen por lo menos dos grupos

ionizables en su estructura (son los grupos
funcionales de su estructura general común).
 Propiedades Ácido-Base

C H3 Ácido Carboxílico Ion Carboxilato

+H C R C O R C O + H+
3N H
OH O-
C O
OH R NH3+ R NH2 + H+

L-Alanina Ion Amonio Grupo Amino

● El ácido carboxílico y el ion amonio (en amarillo y verde

respectivamente) son los miembros protonados de esos
equilibrios.
● El grupo amino y el ion carboxilato son las bases conjugadas o
aceptores de protones.
 Propiedades Ácido-Base
C H3 Ácido Carboxílico Ion Carboxilato

R C O R C O + H+
+H C
3N H OH O-
C O
R NH3+ R NH2 + H+
O-
L-Alanina Ion Amonio Grupo Amino

● A pH biológico (7.4) los grupos carboxílicos existen

casi completamente como su base conjugada el ion
carboxilato (en blanco).
● Al mismo pH, los grupos amino se encuentran como
grupos protonados amonio (en verde).
 Propiedades Ácido-Base

C H3
R C O R C O + H+
+H C
3N H OH O-
C O
R NH3+ R NH2 + H+
O-
L-Alanina

● Los aminoácidos se encuentran ionizados en soluciones acuosas como se

puede observar en la estructura de la L-Alanina en el panel superior izquierdo.

● Como al pH biológico contienen cargas positivas y negativas sobre la misma

molécula, se dice que son iones dipolares, anfolitos o anfóteros (zwitterion).

● Pueden comportarse como ácidos o como bases.

 Propiedades Ácido-Base

C H3 C H3 C H3

+H C +H C H 2N C H
3N H 3N H
[H+] [H+]
C O C O C O
OH O- O-

L-Alanina

● En soluciones ácidas fuertes (la flecha roja hacia la izquierda del gráfico), el ion
dipolar (en este caso la Alanina), capta un protón en su grupo carboxilato (en
amarillo). Se comporta como base y el aminoácido adquiere carga positiva.

● En soluciones alcalinas fuertes (hacia la derecha del gráfico) el protón del ion
amonio (en verde) es cedido al medio. Se comporta como ácido y el aminoácido se
carga negativamente.

● La carga neta de un aminoácido depende del pH del medio en el que se encuentra

 Propiedades Ácido-Base
C H3 C H3 C H3

+H C +H C H 2N C H
3N H 3N H
[H+] [H+]
C O C O C O
OH O- O-
Carga + Carga 0 Carga -

● Existe un valor de pH en el cual la disociación de cargas

positivas y negativas se iguala y por lo tanto la carga neta es 0.
Este valor de pH es el denominado Punto Isoeléctrico.
 Unión Peptídica
● En los péptidos y proteínas los bloques constituyentes, los aminoácidos,
están unidos por medio de enlaces covalentes que se establecen entre el
grupo carboxilo de uno con el grupo amino de otro.

● En el proceso de unión se pierde una molécula de agua y el enlace

resultante es de tipo amida.

● Al conformar las moléculas peptídicas los aminoácidos se convierten en

C H3 de aminoácidos.
residuos C H3

H 2N C H C H3 H 2N C H
C H3
O H N C O
C
+ H C
OH N C H
H C O H2O
L-Alanina H C
OH O
L-Alanina OH
Enlace Peptídico
 ESTRUCTURA DEL ENLACE PEPTÍDICO

EL ENLACE PEPTÍDICO TIENE ALGUNAS

PROPIEDADES MUY IMPORTANTES PARA LA
ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

Es más rígido y corto que un enlace C-N simple.

●

●Posee carácter parcial de doble enlace: no se permite giro

alrededor del enlace -C-N-. No hay libertad de rotación en los
enlaces que unen al carbono carbonílico y al nitrógeno.

●Los átomos que participan (O, C, N, H) son co-planares. La

rigidez generada por el enlace peptídico impone ciertas
condiciones a las estructuras superiores de las proteínas.

●El grupo de átomos alrededor del enlace peptídico puede

adoptar dos configuraciones posibles: trans y cis.
 Estructura del Enlace Peptídico

Átomos Coplanares
del enlace peptídico

Cadena Lateral

Átomo de Oxígeno
R
Átomo de Nitrógeno

Carbono Carbonílico

Átomo de Carbono α

Enlaces de libre rotación

 Unión Peptídica
C H3

C H3 C H3 C
H 2N H
C H3
H N C O
H 2N C H + H C
N C H
C O H C O H2O
OH OH H C O
OH
L-Alanina L-Alanina Dipéptido Alanil-Alanina

● Si se unen dos aminoácidos se forma un dipéptido con una sola unión

peptídica.

● Los péptidos y las proteínas tienen una dirección. El primer residuo es

el que corresponde al extremo amino-terminal; el último es el que
posee el carboxilo terminal.
 PÉPTIDOS

●Los aminoácidos presentes en los péptidos se llaman residuos de

aminoácidos. Se nombran reemplazando los sufijos - ato, - ina de los
aminoácidos libres por – ilo ó il. (glutamilo – leucilo – alanilo).

Por ejemplo el tripéptido formado por Alanina, Cisteina y Glicina se

●

nombra: Alanil-Cisteinil-Glicina . La terminación ina de la Glicina denota

que el carboxilo alfa de ella no participa en la formación de un enlace
peptídico.

Como los péptidos tienen dirección, en el ejemplo anterior el residuo

●

Alanilo es el que corresponde al extremo amino terminal (el comienzo del

péptido).

●La Glicina posee el carboxilo terminal, es decir que constituye el final de

la molécula.
 Péptidos
● En caso de ser tres los aminoácidos constituyentes, se forma un
tripéptido, con dos enlaces peptídicos.
● Una molécula con varios aminoácidos es un polipéptido (entre 10 y 50).
● El límite entre polipéptidos y proteínas se ha establecido en un peso
molecular de 6000 D ( el correspondiente a la Insulina que tiene unos
50 aminoácidos).

S S
H 2N COO-
Cys Tyr Phe Glu Asp Cys Pro Arg Gli

1 2 3 4 5 6 7 8 9

●Este Nonapéptido posee Cisteína en su comienzo y Glicina en su

extremo final, carboxilo-terminal.
● Posee además un puente disulfuro entre las Cisteínas en posición 1 y 6.
 Hidrólisis
S S COO-
COO- H2N Gli
H2N Cys Tyr Phe Glu Asp Cys
H 2O
H 2O H 2O H 2O
H 2O COO-
H2N Pro Arg

● La ruptura de los enlaces covalentes peptídicos por medio de moléculas de

agua se denomina Hidrólisis.

● Se puede efectuar calentando a 110° en un fuerte medio ácido o básico o por

medio de enzimas ( Enzimas Digestivas: Tripsina – Quimotripsina -
Carboxipeptidasa).

● En la hidrólisis se reconstituyen los grupos amino y carboxilo a partir de los

cuales se forman los enlaces peptídicos.
 PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
PROPIEDADES ÁCIDO-BASE

●Las propiedades ácido-básicas de los péptidos y las proteínas

dependen mínimamente de los grupos carboxilo y amino
terminales y fundamentalmente de los grupos ionizables de las
cadenas laterales de los residuos de aminoácidos que las
componen.

●Del mismo modo como ocurre con los aminoácidos en forma

individual, el pH influye sobre la carga neta de los péptidos.

A un pH superior al PI de una proteína, ésta estará cargada

●

negativamente. A un pH inferior al PI tendrá carga positiva.

 PROPIEDADES ÁCIDO-BASE
La fuerza ácida relativa de los grupos ionizables (su tendencia a
●

disociar un protón) se puede expresar en términos del Logaritmo

negativo de su constante de disociación o pK.

●El pK para los grupos α amino de los aminoácidos se encuentra

entre 9 y11. El pK de los grupos carboxilo se halla entre 2 y 3.

●Para los aminoácidos que tienen un solo grupo carboxilo y

amino (por ejemplo la Alanina), el punto isoeléctico se calcula
sumando los dos pK de los grupos ionizables y dividiendo por
dos.

●Para los aminoácidos que poseen un grupo ionizable en su

cadena lateral, el procedimiento de cálculo es más complejo. Se
deben sumar los pK de los grupos que se encuentran a un lado y
otro de la especie isoiónica y luego se divide por dos.
 Proteínas Conjugadas: Ejemplos
Clase Grupo Prostético Ejemplos
Lipoproteínas Lípidos Lipoproteínas séricas

Glucoproteínas Carbohidratos Inmunoglobulinas

Fosfoproteínas Grupos Fosfato Caseína (leche)

Flavoproteínas Flavin Nucleótidos Enzimas

Hemoproteínas Hierro (Hem) Hemoglobina

Metaloproteínas Metales Ferritina-Enzimas-

(Fe-Zn-Cu-Ca) Calmodulina
 Proteínas Niveles de Jerarquía Estructural
Para comprender la organización y estructura de las proteínas ésta se ha
dividido en cuatro niveles de jerarquía estructural. Asimismo se describen
un par de sub-categorías.

● Estructura Primaria: número, calidad y secuencia de aminoácidos en

una cadena polieptídica.

● Estructura Secundaria: plegamiento de segmentos cortos contiguos

(hasta 30 residuos) en unidades ordenadas.
● Estructura Super-secundaria (Motifs): Combinación de
estructuras secundarias.

● Estructura Terciaria: disposición espacial de toda la estructura

polipeptídica.
● Dominios

● Estructura Cuaternaria: Conformación en el espacio de una proteína

formada por más de una cadena polipeptídica.
 ESTRUCTURA PRIMARIA

La estructura primaria de péptidos y proteínas se refiere al

●

número, al tipo y al orden de los residuos de aminoácidos

presentes.

●Es el orden lineal o secuencia de los residuos de aminoácidos

comenzando por el extremo amino terminal y concluyendo
por el extremo carboxilo terminal.

●Consiste en la estructura covalente de los residuos y la

localización de puentes disulfuro (cistinas).

●El tipo de enlace característico es el enlace covalente.

La secuencia de aminoácidos condiciona la estructura tridimensional de la proteína.

 ESTRUCTURA SECUNDARIA
●Consiste en las relaciones espaciales entre residuos cercanos
entre sí en la estructura primaria que dan origen a ciertas
regularidades locales en su conformación.

●Es el ordenamiento espacial de los residuos próximos entre sí en

la secuencia lineal que produce conformaciones regulares
extendidas o arrolladas de segmentos de la cadena peptídica.

●Estas estructuras son mantenidas por puentes de hidrógeno que

constituyen la forma de enlace característica de este nivel
estructural.

●Existen dos conformaciones estructurales regulares más

estables termodinámicamente, que se hallan con mayor
frecuencia en las proteínas: la Hélice α (Alfa) y la lámina β
(Beta).
 Hélice Alfa
Dirección
Eje Central de la Hélice del giro
● Es una Estructura Secundaria común
encontrada en proteínas globulares.

● Su formación es espontánea.

● Se estabiliza por puentes de hidrógeno

dentro de la misma cadena peptídica.
Puentes de
3,6 residuos Hidrógeno
● Estos se forman entre los Nitrógenos
amídicos y los carbonilos que se
encuentran a 4 residuos de distancia.

● Los grupos R (cadenas laterales) se

proyectan hacia el exterior en forma
perpendicular al eje de la hélice.
 Hélice Alfa

● Las cadenas laterales (grupos R) Eje Central de la Hélice

se proyectan hacia afuera de la
hélice. R

● Las proteínas del organismo (sólo R

contienen L-α aminoacilos) R Puentes de
desarrollan hélices α dextro- Hidrógeno
rotatorias, mucho más estables.
R

● Las hélices α se representan como

cilindros como puede verse en la
figura contigua.
R
R
 Lámina Beta (Antiparalela)

Puentes de Hidrógeno Dirección de las Cadenas

Carbonilo

● Conformadas por cadenas de residuos de

aminoácidos extendidas, una adyacente a la Átomo de Oxígeno
otra, que forman una hoja plegada (ondulada). Átomo de Nitrógeno
● Las cadenas de residuos adyacentes pueden Átomo de Carbono α
tener la misma dirección (paralelas) o estar
alineadas en dirección opuesta (antiparalelas). Carbono carbonílico
 ESTRUCTURA SECUNDARIA
●El enlace entre N y Cα se denomina con la letra griega fi (Ф)y el enlace
entre el Cα y el grupo Carbonilo se denomina psi (Ψ).

●Las conformaciones secundarias ordenadas surgen cuando los ángulos de

rotación de los enlaces covalentes adyacentes al enlace peptídico de los
residuos de aminoácidos adoptan ciertos valores similares.

Cuando los ángulos fi tienen -57° y los psi -47°, el segmento del
●

polipéptido adopta la conformación Hélice α.

Cuando estos ángulos tienen respectivamente -139° y +135°, se genera la

●

Lámina β antiparalela.

●Cuando los ángulos son de -119° y +113° se forma la Lámina β paralela

(más extendida y menos estable que la anterior).

●Los polipéptidos tienen además de estas conformaciones regulares

segmentos de disposición al azar, bucles y asas, curvas, giros, con
diferentes ángulos en los enlaces en los residuos involucrados.
 Estructura Super-Secundaria (Inglés: Motifs)

● Son asociaciones definidas

de elementos estructurales Hélice α
secundarios.

● Los tipos de uniones que las

caracterizan son los enlaces
Puentes de Hidrógeno y las
uniones hidrofóbicas.

Láminas β Paralelas
Estructura Super - Secundaria (Inglés: Motifs)
Hélice Asa Hélice (Hélices Alfa ) Estructura Beta-Alfa-Beta

NH2 Hélice α

Beta Hairpin

Láminas β Paralelas
 ESTRUCTURA TERCIARIA

●Son las relaciones espaciales de residuos distantes

entre sí en la secuencia primaria.
●La forma general de plegado de una molécula única

unida por enlaces covalentes.

●El arreglo tridimensional de la molécula en el

espacio.
●Enlaces característicos: uniones hidrofóbicas en

primer término; además puentes de hidrógeno,

uniones electrostáticas, fuerzas de Van der Waals,
puentes disulfuro.
 DOMINIOS

Se definen como regiones de plegado particulares dentro de una

●

misma proteína.

Son regiones compactas, semi-independientes que constan de

●

unos 100 a 150 residuos.

●Los diferentes dominios que forman parte de algunas proteínas

pueden cumplir funciones o propósitos específicos dentro de la
funcionamiento general de la proteína.

Enlaces característicos: uniones hidrofóbicas, par iónico, puentes

●

de hidrógeno, Van der Waals.

 PROTEÍNAS GLOBULARES Y FIBROSAS

●Las proteínas globulares son aquéllas que guardan relaciones

axiles (entre sus ejes) de no más de tres.

●Son compactas y aproximadamente esféricas porque ninguno de

sus ejes predomina sobre los otros.

La mayor parte de las enzimas y las proteínas transportadoras

●

de la sangre son globulares.

●En cambio, las proteínas estructurales poseen conformaciones

extendidas. Tienen relaciones axiles de 10 o más.

●En estas proteínas fibrosas, un eje predomina claramente sobre

los demás.
 Estructura Cuaternaria
● Consiste en la asociación de dos o más estructuras polipeptídicas
independientes, por medio de fuerzas no covalentes o por puentes
disulfuro, para dar origen a una proteína oligomérica o multimérica.

NH3+

● Proteína Dimérica
●Formada por dos subunidades o COO-
protómeros diferentes señalados
con las flechas.
●Una unidad (en celeste) posee 5
hélices α.
●La otra subunidad al frente (en
color rosa) posee solo 4 hélices α.

COO-
 ESTRUCTURA CUATERNARIA
Las unidades peptídicas individuales de esta proteína se denominan subunidades y
●

pueden ser idénticas o diferentes una de otra (homo y hetero-oligómeros).

Los tipos de enlaces que caracterizan este nivel estructural son: uniones
●

hidrofóbicas, electrostáticas, puentes de hidrógeno, fuerzas de Van Der Waals,

puentes disulfuro.
NH3+

COO-

COO-
 DESNATURALIZACIÓN

●Consiste en la ruptura de las uniones que determinan la

estructura secundaria terciaria y cuaternaria de una
proteína. Pierde su conformación nativa.
●En el proceso de desnaturalización se conserva la

estructura primaria.
●La proteína desnaturalizada pierde su actividad

biológica (función), y se torna insoluble.

●Agentes desnaturalizantes: calor, pH extremos, agentes

químicos, detergentes,etc.
 BIBLIOGRAFÍA

Devlin Thomas. Bioquímica Libro de Texto con aplicaciones clínicas.

●

Ed. Reverté 2ª Edición (1989).

● Stryer Lubert Bioquímica. Ed. Reverté 3ª edición (1990).

●Kuchel Philip, Ralston Gregory. Bioquímica General. Mc Graw Hill 1ª

edición (1994).

●Roskoski jr, Robert. Biochemistry. Saunders Company 1st edition

(1996).

●Murray R, Granner D, Rodwell V. Harper Bioquímica ilustrada. 17ª ed.

El Manual Moderno (2007).
●Blanco Antonio. Química Biológica. 7ª. Edición