Comandos de manejo de

archivos
Bioinformática
Lista de comandos
• dir
• mkdir
• rmdir
• del
• copy
• copy con
• move
Redirección de archivos
La redirección de archivos permite cambiar de ubicación un archivo, un directorio o dirigir la instrucción de un
comando a un archivo. Por ejemplo: dir > dir.txt.
> Este símbolo toma la salida de un comando y la almacena a un archivo. Si el archivo existe se sobre
escribe y si no existe se crea. Por ejemplo el comando dir > dir.txt toma la salida del comando dir y la
coloca en el archivo dir.txt.
>> Este símbolo toma la salida de un comando y la almacena en un archivo. Si el archivo existe, los datos
se anexarán a los datos actuales del archivo en lugar de sobrescribirlos. Si no existe, creará un nuevo
archivo. Por ejemplo, el comando dir >> dir.txt tomará la salida del comando dir y lo añadirá a los
datos existentes en el archivo dir.txt si el archivo existe. Si dir.txt no existe, creará primero el archivo.
< Este redirector tomará la entrada para un comando de un archivo especificado. Por ejemplo, el
comando date espera la entrada de un usuario. Así que si tuviera la fecha de comando < date.txt,
tomaría la entrada para el programa de fecha de la información contenida en el archivo date.txt.
| Este redirector se llama ”pipe”. Tomará la salida de un comando y la canalizará en otro comando. Por
ejemplo dir | sort tomará la salida del comando dir y lo usará como entrada para el comando sort
Instrucciones para la instalación
de Blast
¿Cómo instalar Blast?

Mac & Win

Click Executables
 ¿Cómo instalar Blast?
Ambos
Click Latest 
MAC
Seleccionar
32-win32.. o 64-win64.. Win
Usuarios linux seleccionar
32-linux.tar…
64-linux.tar…

Click SAVE, después procura salvar el archivo en

una carpeta Blast previamente creada.
Una vez instalado, ir al directorio Blast
 cd c:/ después cd /Blast Windows Install:
./blast-2.2.20-ia32.win32.exe
 MAC Install: tar zxf blast-2.2.20-ia32-linux.tar.gz

 En la carpeta Blast apareceran 3 nuevos directorios

Todos los archivos de

Blast están contenidos
en esta carpeta.

Blast
documentación en
Algoritmos para formato html.
análsis estadísticos Visualizar en un
y búsqueda en web browser
bases de datos
Crear los archivos de configuración

Ir al directorio Windows (Win) En Mac, ir al directorio raíz

cat > ncbi.ini cat > .ncbirc
[NCBI] [NCBI]
Data="C:\Blast\data\“ Data=/Blast/data
Para salvar & salir. Presionar CTRL D Para salvar & salir. Presionar CTRL Z

NOTA: Este paso es innecesario o incluso problemático para

versiones recientes de Windows y MAC OS X

En algunos casos, sera necesario reiniciar el equipo.

Generación de ambiente para
uso de Blast
 Especificar la localización del programa Blast
• Crear el archivo de texto ncbi.ini
[NCBI]
Data="C:\path\data\"

• 1) Crear carpeta de Blast

• 2) Teclear "cd C:\”
• 3) Teclear "mkdir blast\db" y enter.
¿Cómo se crea un archivo de texto desde la
terminal?
COPY CON <archivo.txt>

A continuación, será posible añadir el contenido a dicho archivo, y

pulsando la combinación de teclas Ctrl+Z se finalizará.
Ahora que el programa Blast, está instalado…
Evalua como funciona el programa Blast usando una secuencia
simple y una base de datos.

 Formatdb Prepara la base de datos para el análisis.

Ejecutar formatdb -i myDbase -p F Anotar la ruta correcta.

/cygdrive/c/Blast/bin/formatdb -i ./TA496Seq1.txt –p F

-i el archivo a creaar en la base de datos.

-p T = base de datos de proteínas y F = base de datos de nucleotidos

 Formatdb creates index files

Output Files .nhr

with these .nin
extensions .nsq

 Blast
blastall -p blastn -d myDbase -i test.seq -o test.out
/cygdrive/c/Blast/bin/blastall -p blastn -d ./TA496Seq1.txt
-i ./TomatoSequence.seq –o out_tomato_blast

blastall: acceso a todos los programas blast.

blastn: selecciona el programa blastn para analizar secuencias nucleotidicas
-d: indica la base de datos a analizar por blast
-i: secuencia problema a analizar blast
-o: precede al nombre del archivo donde se depositaran los resultados.