Elementos de Bioestatistica

R aplicado a Epidemiologia
Suzi Alves Camey

Luciana Neves Nunes
Departamento Estatística - UFRGS

R
• Página do R:
– http://www.r-project.org/
• Página com excelente tutorial do R:
– http://leg.ufpr.br/~paulojus/
• Página com material do curso:
– http://euler.mat.ufrgs.br/~camey/
R: Links para download
> CRAN
> http://cran.br.r-project.org/
> Windows
> base
> R-2.7.2-win32.exe
Para instalação execute o arquivo

Pacotes Epidemiológicos
• Epi
• epibasix
• epicalc
• epiR
• epitools
• rmeta (Meta-analysis)
• survey (Complex survey analysis)
Instalar e carregar pacotes
• Instalar:
> Pacotes
> Instalar pacote(s)
> Brazil(PR)
> OK
> <escolher pacote>
> OK
Instalar e carregar pacotes
• Carregar:
> Pacotes
> Carregar pacote
> <escolher pacote>
> OK
Epi
• Título: A package for statistical analysis in epidemiology.
• Autores:
– Bendix Carstensen, Martyn Plummer, Esa Laara, Michael Hills et. al.
• Conteúdo:
– Funções para análise demográficas e epidemiológicas no Diagrama de
Lexis, isto é, registro e acompanhamento de dados de coorte, incluindo
intervalos com dados censurados e representação de multiestados de
dados. Também apresenta algumas funções úteis para tabulação e
gráficos. Contém alguns bancos de dados epidemiológicos.
• Endereço: http://www.pubhealth.ku.dk/~bxc/Epi/
Epi
• ROC:
data(births)
help(births)
attach(births)
ROC(gestwks,(1-lowbw),plot="ROC“,MI=FALSE)
epibasix
• Título: Elementary Epidemiological Functions for a Graduate
Epidemiology Course
• Autor: Michael A Rotondi <mrotondi@uwo.ca>
• Conteúdo: Esse pacote contém ferramentas elementares para

análise de problemas epidemiológicos comuns, tais como cálculo
de tamanho de amostra, análise de tabelas 2x2 e medidas de
concordância (kappa, sensibilidade/especificidade). Saídas e
resumos apropriados são produzidos de maneira a facilitar a
interpretação sempre que possível. Esse pacote está em
desenvolvimento, portanto comentários e sugestões são bem
vindos. O código é comentado para facilitar modificações.
epibasix
• Tamanho da amostra para ensaio clínico
randomizado:
– Suponha que uma nova droga promete
reduzir o risco da doença de 0.10 para 0.03.
n4props(0.03, 0.10, AR=1, alpha=0.05, power=0.80)
epicalc
• Título: Epidemiological calculator
• Autor: Virasakdi Chongsuvivatwong

cvirasak@medicine.psu.ac.th
• Conteúdo: Funções para fazer o R fácil para cálculos

epidemiológicos.
• Endereço: http://CRAN.R-project.org/
• Dica: Curso On Line - Próxima turma Jan/09
epicalc
• Medidas de efeito
table1 <- make2x2(25,70,22,7)

cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)
cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)
table1 <- make2x2(70,7,22,25)

cc(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)
cs(outcome=NULL, exposure=NULL, cctable=table1)
epiR
• Título: Functions for analysing epidemiological data
• Autores:
– Mark Stevenson <M.Stevenson@massey.ac.nz> with contributions from
Telmo Nunes, Javier Sanchez, and Ron Thornton.
• Conteúdo: Um pacote para analisar dados epidemiológicos. Contém

funções para ajustar, direta ou indiretamente, medidas de
freqüências das doenças.
• Endereço: http://epicentre.massey.ac.nz
epiR
• Estimação de prevalência:
Uma amostra aleatória simples de 150 mulheres é selecionada de
uma população de 2560.
Cada mulher é avaliada por um instrumento rastreador de
depressão.
– Sensibilidade = 96%
– Especificidade = 89%
– Casos positivos = 23
epi.prev(23, 150, 2560, se = 0.96, sp = 0.89, conf.level = 0.05)
epitools
• Título: Epidemiology Tools
• Autor: Tomas Aragon <aragon@berkeley.edu>
• Conteúdo: Pacote R para dados e gráficos

epidemiológicos.
• Endereço: http://www.epitools.net
epitools
• Risco relativo pessoa/ano
– Exemplo: Rothman 1998, p. 238
bc <- c(Unexposed = 15, Exposed = 41)

pyears <- c(Unexposed = 19017, Exposed = 28010)
rateratio.wald(bc,pyears)
Rcmdr
• Instalação como os demais pacotes
• Carregar:
– Na primeira vez vai solicitar a instalação de
pacotes auxiliares
Rcmdr: banco de dados
Rcmdr: banco de dados - texto
Rcmdr: banco de dados - SPSS
Rcmdr: banco de dados - Excel
Rcmdr: banco de dados - Excel
Rcmdr: Descritivas
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
O R representa os números com

notação científica.
7.764e-09 = 0.000000007764
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
O Rcmdr só permite análises

compatíveis com o tipo de variável
que há no banco de dados
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Qui-quadrado
Rcmdr: Regressão logística
•A função summary não exibe a

estimativa do O.R.
•Usar função logistic.display

do pacote epicalc para obter
O.R.
• Para usar a função o pacote

deve estar carregado
• Digitar o comando e clicar

em submeter
• Comando para regressão logística
condicional (caso-controle
pareado).
• Precisa do pacote survival
Rcmdr: Regressão de Poisson
• Precisamos dos pacotes carregados

nessa ordem:
– epicalc
– Rcmdr
– lmtest
– sandwich
Clicar 2x em “poisson” para

mudar a função link
• O erro padrão da estimativa

apresentada nessa saída não
é robusta para resposta
binária.
• Nesse caso devemos usar
um estimador robusto.
• Antes de estimar o erro padrão

robusto temos que tratar os valores
faltantes adequadamente.
• Caso contrário não conseguimos

fazer a estimativa robusta.
• Comandos para comparar modelos e estimar

o erro padrão robusto.
O erro padrão cai de 0.2474

para 0.22185.
Comando para calcular a

exponencial do parâmetro e o
respectivo IC.
Estimativa e IC95%
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Primeiro testar se
as variâncias são
iguais!
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
p>0,05  variâncias iguais
p0,05  variâncias diferentes
Rcmdr: teste t
Rcmdr: teste t
Rcmdr: Anova
Primeiro categorizar variável

women em três grupos com
igual amplitude.
Rcmdr: Anova
Rcmdr: Anova
Para escolher mais do

que um fator
pressionar Ctrl
Rcmdr: Anova
• Essa tabela de Anova

não é a que usamos
tradicionalmente.
• Teremos que construir

a tabela tradicional.
Rcmdr: Anova
Rcmdr: Anova
Este é o comando
Tabela Anova
Rcmdr: Anova
• Comando para teste de Tukey para

comparações múltiplas.
• Novo modelo deve ser construído

para as comparações múltiplas do
fator principal a ser testado.
Rcmdr: Anova
• Comando para calcular médias
e IC para a interação dos dois
fatores.
• É necessário o pacote effects
Médias e IC para a
interação dos dois
fatores.
Rcmdr: Anova
• Comando para gráficos das

médias e IC para a interação
dos dois fatores.
Rcmdr: Anova
Plot of Means
14000
Prestige$women_cat
(-0.0975,32.5]
(32.5,65]
12000
(65,97.6]
mean of Prestige$income
10000
8000
6000
4000
2000
bc prof wc
Prestige$type
Rcmdr: Regressão linear
25000
20000
15000
income
10000
5000
0
20 40 60 80
prestige
lm(income ~ prestige)
Residuals vs Fitted Normal Q-Q
6
15000
Standardized residuals
GENERAL.MANAGERS GENERAL.MANAGERS
4
PHY SICIANS PHY SICIANS
Residuals
5000
OSTEOPATHS.CHIROPRACTORS OSTEOPATHS.CHIROPRACTORS
2
0
-5000
-2
2000 6000 10000 14000 -2 -1 0 1 2
Fitted values Theoretical Quantiles
Scale-Location Residuals vs Leverage

6
GENERAL.MANAGERS
1
2.0
GENERAL.MANAGERS
PHY SICIANS
4
PHY SICIANS 0.5

1.5
OSTEOPATHS.CHIROPRACTORS
LAWY ERS
2
1.0
0
0.5
-2
Cook's distance
0.0
2000 6000 R aplicado

10000 14000 a Epidemiologia
0.00 0.02 0.04 0.06
Fitted values Leverage

Rcmdr: Salvar – resultados
Rcmdr: Salvar – dados
Rcmdr: Salvar – sintaxe
Rcmdr: Exportar dados
Rcmdr: Exportar dados
BOM CONGRESSO!

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Suzi Alves Camey

Departamento Estatística - UFRGS

Para instalação execute o arquivo

• Autor: Michael A Rotondi <mrotondi@uwo.ca>

• Conteúdo: Esse pacote contém ferramentas elementares para

n4props(0.03, 0.10, AR=1, alpha=0.05, power=0.80)

• Autor: Virasakdi Chongsuvivatwong

• Conteúdo: Funções para fazer o R fácil para cálculos

• Dica: Curso On Line - Próxima turma Jan/09

table1 <- make2x2(25,70,22,7)

table1 <- make2x2(70,7,22,25)

• Conteúdo: Um pacote para analisar dados epidemiológicos. Contém

epi.prev(23, 150, 2560, se = 0.96, sp = 0.89, conf.level = 0.05)

• Autor: Tomas Aragon <aragon@berkeley.edu>

• Conteúdo: Pacote R para dados e gráficos

bc <- c(Unexposed = 15, Exposed = 41)

O R representa os números com

O Rcmdr só permite análises

•A função summary não exibe a

•Usar função logistic.display

• Para usar a função o pacote

• Digitar o comando e clicar

• Precisamos dos pacotes carregados

Clicar 2x em “poisson” para

• O erro padrão da estimativa

• Antes de estimar o erro padrão

• Caso contrário não conseguimos

• Comandos para comparar modelos e estimar

O erro padrão cai de 0.2474

Comando para calcular a

p>0,05  variâncias iguais

p0,05  variâncias diferentes

Primeiro categorizar variável

Para escolher mais do

• Essa tabela de Anova

• Teremos que construir

• Comando para teste de Tukey para

• Novo modelo deve ser construído

• Comando para gráficos das

Residuals vs Fitted Normal Q-Q

Fitted values Theoretical Quantiles

Scale-Location Residuals vs Leverage

PHY SICIANS 0.5

2000 6000 R aplicado

Fitted values Leverage

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