Diagnostico por secuenciación de

síndromes asociados a DI:

Síndrome de Rett
Carolina Pía Garay Fernández
Residente de 2° año de Neurología Pediátrica
Hospital de Niños Roberto del Rio
Rotación CEDINTA
Mayo – Junio 2019
 Temario
• Introducción
• Mecanismos de producción de la patología
• Genes asociados e implicaciones fenotípicas
• Diagnostico actualizado
 INTRODUCCION
• Discapacidad intelectual (DI), previamente
retraso mental, se define como:
– APA trastorno con inicio durante el periodo de
desarrollo, el que incluye déficits tanto intelectuales
como de funcionamiento en dominios conceptuales,
sociales y prácticos.
– AAIDD  trastorno caracterizado por limitaciones
significativas tanto en el funcionamiento intelectual y
en el comportamiento adaptativo, los cuales
involucran las habilidades diarias sociales y practicas.
Esta discapacidad se inicia antes de los 18 años.
 INTRODUCCION
• Afecta al 1-3% de la población mundial
• Predominio en hombres 1,3:1= H:M

Clasificación de DI
– Clínica
• Sindromica
– Malformaciones congénitas, Epilepsia, Autismo, déficit sensorial
• No sindromica
– Según severidad (IQ)
• Leve
• Moderada
• Severa

Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
Nature Reviews Genetics | AOP, published
online 27 October 2015; doi:10.1038/nrg3999
 Nature Reviews Genetics | AOP, published
online 27 October 2015; doi:10.1038/nrg3999

Gene name Inheritance Associated Phenotype description and OMIM ID Year of publication
 Síndrome de Rett
• Trastorno progresivo del neurodesarrollo
• Una de las principales causa de Discapacidad intelectual en
sexo femenino (2° causa)
• Prevalencia estimada entre 0,5 a 1 en 10.000 RN
• Primera descripción Andreas Rett 1966 pero reconocido como
síndrome internacionalmente cuando Hegberg et al.
describieron 35 casos, en 1983

Matijevic Glavan, Tanja & Knezevic, Jelena & Slavica, Marko & Pavelic, Jasminka. (2009). Rett Syndrome: From the Gene
to the Disease. European Neurology. 61. 3-10. 10.1159/000165342.
 Genotipo
• Herencia:
– Rasgo dominante ligado al X
– Mutaciones autosómicas de novo

• Genes asociados
– MECP2 locus Xq28
• 80% casos SR clásico
• 40% SR atípico
– CDKL5  locus en Xp22
• SR con Epilepsia precoz
– FOXG1 locus en 14q12
• SR variante congénita
 DI Rett like
• Angelman
• Pit –hopkins
• Cristiansen
 MECP2

Matijevic Glavan, Tanja & Knezevic, Jelena & Slavica, Marko & Pavelic, Jasminka. (2009). Rett Syndrome: From the Gene to the Disease.
European Neurology. 61. 3-10. 10.1159/000165342.
 MECP2 y Neurodesarrollo
• Se ha descubierto que MECP2 puede silenciar ciertos
genes  Factor neurotrófico derivado del cerebro:
– Plasticidad neuronal
– Aprendizaje
– Memoria

• Su expresión aumenta con la edad, en relación a la

maduración neuronal
Matijevic Glavan, Tanja & Knezevic, Jelena & Slavica, Marko & Pavelic, Jasminka. (2009). Rett Syndrome: From the Gene
to the Disease. European Neurology. 61. 3-10. 10.1159/000165342.
Guy, 2011; Vichithra, 2014
Mutaciones de MECP2
 Correlación Genotipo - Fenotipo
Localización
de la Bases moleculares del sindrome de Rett, una mirada actual,
rev chil pedatr. 2015; 86(3):142-151; pantaleon, juvier
mutación
Patrón de
inactivación Carácter de la
del mutación
cromosoma X

Fenotipo
Espectro clínico del Síndrome de Rett
SR clásico

Variante SR con
congénita del Regresión
SR tardía

SR con SR con
Epilepsia Lenguaje
precoz conservado
Espectro Rett – like

Esquema representativo de
superposición fenotípica de
los genes ya identificados
como causantes de
trastornos del desarrollo
neurológico y el fenotipo
RTT. Los fenotipos se mezclan
claramente, lo que sugiere
que el espectro RTT todavía
puede seguir creciendo.
Lopes, 2016
 RTT
RTT típico
atípico o
o clásico
variante
4/4 2/4
Un periodo de Un periodo de
regresión seguido regresión seguido
de recuperación de recuperación o
o estabilización 2/2 estabilización

5/11

Considerar diagnóstico de Rett cuando hay desaceleración del crecimiento cefálico

Neul, 2010
 Diagnostico genético de DI

Paediatric genomics diagnosing rare disease in childrens NATURE wright2018

(1)Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
 Diagnostico por secuenciación de
síndromes asociados a DI
SECUENCIACION  Determinación del orden de los
nucleótidos en la molécula de DNA
 Método molecular para el análisis de mutaciones:

• Secuenciación de gen único

• Secuenciación de nueva generación

(1) Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
(2)Thevenon, J., Duffourd, Y., Masurel-Paulet, A., Lefebvre, M., Feillet, F., El Chehadeh-Djebbar, S., … Rivière, J. B. (2016). Diagnostic odyssey in
severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clinical Genetics, 89(6), 700–707.
(3) Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability Christian Gilissen1 *, Jayne Y. Hehir-Kwa1 *, Djie Tjwan Thung.
doi:10.1038/nature13394
 Secuenciación de gen único
• Sintetiza de manera secuencial una hebra de ADN
complementaria una hebra de cadena simple (molde)
– Requiere tiempo (analiza base por base) 1 gen a la vez
• Variantes detectadas por el análisis de secuencias:
– Deleciones/inserciones intragénicas pequeñas (<15pb)
– Mutaciones missense, nonsense y de sitio splicing
• Variantes no detectadas
– Deleciones de uno o más exones, o del gen completo en el cr. X.
– Reordenamientos estructurales, Duplicaciones del gen
• En DI con fenotipo característico Sd Rett
– secuenciación de MECP2  1.5% en niñas con DI moderada
a severa
(1) Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
(2)Thevenon, J., Duffourd, Y., Masurel-Paulet, A., Lefebvre, M., Feillet, F., El Chehadeh-Djebbar, S., … Rivière, J. B. (2016). Diagnostic odyssey in
severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clinical Genetics, 89(6), 700–707.
(3) Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability Christian Gilissen1 *, Jayne Y. Hehir-Kwa1 *, Djie Tjwan Thung.
doi:10.1038/nature13394
 Secuenciación de MECP2 – mutaciones

Rett syndrome is caused by mutations in X-linked MECP2, encoding methyl-CpG-binding protein 2, Ruthie E. Amir, Ignatia B. Van den Veyver, Mimi
Wan, Charles Q. Tran, Uta Francke & Huda Y. Zoghbi, nature genetics • volume 23 • october 1999 185
 Secuenciación de Nueva generación
(NGS)
Termino que describe secuenciación de alto
rendimiento del genoma humano
Alta sensibilidad detectar:
Variantes nucleótido único y del/ins
Cambios heterogéneos (variante de interés solo en 1 copia
de cr,)
Variantes mosaico (presentes solo en un grupo de células)
• Secuencia rápidamente fragmentos mas extensos de
ADN
(1) Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
(2)Thevenon, J., Duffourd, Y., Masurel-Paulet, A., Lefebvre, M., Feillet, F., El Chehadeh-Djebbar, S., … Rivière, J. B. (2016). Diagnostic odyssey in
severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clinical Genetics, 89(6), 700–707.
(3) Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability Christian Gilissen1 *, Jayne Y. Hehir-Kwa1 *, Djie Tjwan Thung.
doi:10.1038/nature13394
 Secuenciación de Nueva generación
(NGS)
Panel genético
• Secuencia una lista de genes en busca de mutaciones especificas asociadas al Fenotipo
• Detecta deleciones exones pequeñas (< 10kb)

WES
• secuencia porciones de DNA que codifica genes. No limitado a genes conocidos
asociados a fenotipo
• Detecta largas CNVs (> 500 kb)
• NO DETECTA
• INTRONES, REGIONES PROMOTORAS, expansion de tripletes, metilacion anormal

WGS
• secuencia los 3 millones de nucleótidos, incluye intrones

(1) Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
(2)Thevenon, J., Duffourd, Y., Masurel-Paulet, A., Lefebvre, M., Feillet, F., El Chehadeh-Djebbar, S., … Rivière, J. B. (2016). Diagnostic odyssey in
severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clinical Genetics, 89(6), 700–707.
(3) Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability Christian Gilissen1 *, Jayne Y. Hehir-Kwa1 *, Djie Tjwan Thung.
doi:10.1038/nature13394
 TECNICA NGS - WES

Extraído de curso Medichi “ WES y su aplicación al diagnostico clínico” – Dr. Victor Faundez
 Estrategias de diagnostico genético

Paediatric genomics diagnosing rare disease in childrens NATURE wright2018

Nature Reviews Genetics | AOP, published
online 27 October 2015; doi:10.1038/nrg3999
 Rendimiento diagnostico en DI

Puri RD, Tuteja M, Verma IC. Genetic Approach to Diagnosis of Intellectual Disability. Indian J Pediatr. 2016;83(10):1141-9.
 VENTAJAS Y DESVENTAJAS

Xue Y1, Ankala A1, Wilcox WR2, Hegde MR1. Solving the molecular diagnostic testing conundrum for Mendelian disorders in the era
of next-generation sequencing: single-gene, gene panel, or exome/genome sequencing. Genet Med. 2015 Jun;17(6):444-51.
doi: 10.1038/gim.2014.122. Epub 2014 Sep 18
 CONCLUSIONES
• Discapacidad intelectual es una condición clínica de etiología variada con importante
componente genético, el cual es heterogéneo y fenotípicamente variable
• Con el advenimiento de nuevas técnicas genéticas el conocimiento de genes asociados
a DI ha aumentado de manera exponencial
• Ante DI sindrómico, el estudio etiológico es escalonado y orientado por la sospecha
clínica
• Single gen test es el gold estándar en condiciones con fenotipo característico como
Síndrome de Rett clásico o típico, sin embargo cada vez se describen variantes en
diferentes y nuevos genes.
• Panel genético es una forma practica de aproximarse al diagnostico de enfermedades
con fenotipo que se asocia a un grupo de genes identificados.
• WES tiene alto rendimiento y esta indicado en condiciones genéticamente
heterogéneas y aquellas con presentación clínica inusual.
• Es imprescindible conocer las indicaciones, ventajas y limitaciones de cada técnica de
NGS para lograr el mejor rendimiento y uso juicioso de estas.
• Se requiere un trabajo colaborativo entre clínicos y bioquímicos para la correcta
utilización de estas técnicas e interpretación de sus resultados
Gracias