R

UNP- VERANO 2020

HORARIO Y EXPECTACIONES

• 5 dias
• 9:00 a 12:00 Lectura con break de 15 minutos,
• 12:00 a 12:30 tiempo abierto (podemos terminar temprano)
• Trae laptop cargado con paquetes y programa descargado
SOBRE MI
SOBRE MI
SOBRE MI
SOBRE MI
SOBRE MI
SOBRE MI
 PRESENTACIONES

• Nombre
• ¿Que taxón estudian/quieren estudiar?
• ¿Que tipos de preguntas te interesa?
• Experiencia en estadísticos
 ESTRUCTURA DEL CURSO

• Yo -> Nosotros -> Ustedes -> Otros

• Varios maneras de decir lo mismo cosa
• Datos pasado por WhatsApp, descárgalo antes del clase!

• Si tiene sus propios datos, acercase después del clase y podemos

trabajarlo juntos
 PLAN DE TRABAJO

Día:
1. Demonstraciones, organización de datos, partes de R, trayendo datos, paquetes

2. Formar objetos, tubos ,Manipulando Tablas

3. Figuras y diagramas

4. Pruebas estadísticos

5. Repitiendo, juntando todo, shinyR

OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
¿QUE ES R?
• R es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque al análisis
estadístico
• Muy utilizado en investigación científica
• “fuente abierto”
1
2
DEMONSTRACIÓN 1: MANEJANDO DATOS
DEMONSTRACIÓN 2: GRÁFICOS
DEMONSTRACIÓN 3: CURVAS DE
ACUMULACIÓN
DEMONSTRACIÓN 4: SHINY
DEMONSTRACIÓN 5:ARBOL DE DECISIONES
 ANTES QUE EMPEZAR
1.Todos tienen:
1. Rstudio
2. R
3. Datos
OBJETIVOS EN GENERAL

1. Entender como leer código

2. Entender como buscar soluciones
3. Reconocer los posibilidades
4. Tener confianza en sus habilidades
IDEA GENERAL

?
PROCESO IDEAL DE INVESTIGACIONES

?
??
PROCESO IDEAL DE INVESTIGACIONES
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
PROCESO IDEAL DE INVESTIGACIONES
OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
 REGLAS PARA DATOS
1. Se consistente
2. Hazlo un rectángulo
3. Una fila para cada punto de datos
4. Una columna por tipo de información
5. Cada celda contiene un valor
6. Minimice la redundancia usando múltiples tablas
7. No use colores, fuentes ni nada puramente visual
8. Utilice buenos valores nulos (no -999, NA)
9. Guardar datos en archivos de texto sin formato (.csv, .txt)
10. Usa buenos nombres (no “carpeta1”, si “condores.observaciones”)
IDENTIFICA PROBLEMAS CON LOS DATOS
ACTIVIDAD 1: 15-20 MINUTOS

• Juntar con tu vecino(s)

• Abre “ejemplo.formato.mal.xls”
• Identificar 5 cosas que hicieron mal
• Arreglalo
OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio y de gramatica
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
PARTES DE
R
•Objeto<-función(argumento1, argumento2)

•Objeto=función(argumento1, argumento2)

•?función

•#comentarios
OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio y de gramatica
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
 TRAYENDO DATOS PARTE 1:
DONDE ESTAMOS TRABAJANDO

1. Ser bruto
2. Establecer WD
3. Empezar Proyecto
 TRAYENDO DATOS PARTE 2:
TRAYENDO DATOS
1. Objecto<-Read.csv(“nombre.csv”)
2. Objecto<-Read.csv(“direccion/nombre.csv”)
3. Importar
4. files
 TRAYENDO DATOS PARTE 3:
REVISANDO DATOS
1. Head(objecto) ##commentarios
2. Tail(objecto)
3. Names(objecto)
4. Summary(objecto)
5. Str(objecto)
6. Objecto[1:10,]
7. Objecto[,1]
8. Objecto$columno
 EJERCICIO 2: 15-20 MINUTOS

• Abre Rstudio
• Cambiar apariencia
• Practica 2+2 etc.
• Formar un objecto
• Traer tus buenos datos a R
• Escribir comentario
OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio y de gramatica
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
INSTALLANDO/ACTIVANDO PAQUETES

• Que es un paquete??
• Los paquetes en R son colecciones de funciones y conjunto de datos desarrollados por
la comunidad.

• 2 pasos: 1 instalar, 2 activar

1. Install.packages(“nombre”) o Packages->install
2. Library(nombre)
OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio y de gramatica
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
ESTILO
 ESTILO

• ES IMPORTANTE:
• EJEMPLO:
Buenos días. Mi nombre es Morgan. Soy de los EE.UU.
O
bUENosDias.MINombreeSmOrgan.sOy delOSee.uU.
Cual es mas fácil leer?
• Reglas ESTILO
• Ser consistente
• Utiliza comentarios
• Library() arriba
• Nombres especificios y únicos (No re-utilizar nombres)
• Mayuscula es importante (Nombre no es igual a nombre)
• Utiliza espacio (R no lo reconoce pero el mente si)
• Despues de , y operadores
• Ej. Range(x, x + 10)
• Utiliza indentaciones
• Cuando un conjunto de código utiliza varios líneas
• Ej. Objecto<-data%>%objecto<-data.frame(
filter() site.id=c(1,2,3,4),
Objecto type=c(“control”,”control”
)
OBJETIVOS DE HOY
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio y de gramatica
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
 EJERCICIO 3(ULTIMO): 15 MINUTOS

• Abre el código “mal.estilo.R”

• Haz 5 cambias para mejorar el estilo
• Guarda el código de hoy

PARA MANANA:
Instalar “dplyr”, “tidyr”, “ggplot2”, “magrittr”
R DIA 2
UNP- VERANO 2020
TRABAJANDO CON DATOS (DPLYR)
 PLAN DE TRABAJO

Día:
1. Demonstraciones, organización de datos, partes de R, trayendo datos, paquetes

2. Formar objetos, tubos ,Manipulando Tablas

3. Figuras y diagramas

4. Pruebas estadísticos

5. Repitiendo, juntando todo, shinyR

OBJETIVOS DE AYER
1. Revisar estructura del curso
2. Presentación de posibilidades en R
3. Revisar como organizar, entrar y guardar datos
4. Identificar los partes de R studio y de gramatica
5. Traer datos de excel
6. Instalar paquetes
7. Escribir comentarios
OBJETIVOS DE HOY
1. Formar objectos
2. Entrar datos directamente
3. La importancia de reproducibilidad
4. Usar funciones
5. Revisar y cambiar el estructura de un DF
6. Tubos
7. subsetear
DEMONSTRACION 2.1

• Reproducibilidad
• Hacer trabajos a mano y con funciones
• Rondeo
• Promedio
• Raiz quadrada
• Hacer listas
 EJERCICIO 2.1(15 MIN)

• Revisar su “working directory”

• Resolver:
• 3/20
• 20*30
• (14+6)/2
• Promedio(mean) de 14 y 6
• Raiz quadrada(sqrt) de 11
• Rodondeo 2.117 a 2.12 y 2

• Hacer 3 comentarios
DEMONSTRACION 2.2

• Juntando varios funciones

• Uno adentro del otro
• Tubos (pipes)
EJERCICIO 2.2 (12 MIN)

• Formar una lista de 10

números
• toma su raíz quadrada
• rondea los resultado a 2
decimales
DEMONSTRACION 2.3

• Entrando caracters
• Formando tablas(DF)
• Escogiendo porciones con listas/vectores
• Exportar
• transposar
EJERCICIO 2.3(12 MIN)
• Formar un data frame con 5 especies,
sus familias y su peso promedio
en gramos
• Escoger el peso del 3ro
• Escoger el columna de peso
• Escoger numero 4
• Exportar el data frame
DEMONSTRACION 2.4

• Escogiendo columnas
• Haciendo cambios a un columna
EJERCICIO 2.4 (8 MIN)

• Formar una nueva columna

con peso en kilogramos
• Formar un Nuevo table con
solo especie y peso en
kilogramos
DEMONSTRACION 2.5

• Separando partes de los datos por un condición

EJERCICIO 2.5(10 MIN)

• Formar una nueva columna con

peso en kilogramos
• Formar un Nuevo table con solo
especie y peso en kilogramos
• Utilizan sus datos de especies
• Seperar los que tienen peso > un
valor
• Seperar los de una familia
R DIA 3
UNP- VERANO 2020
TRABAJANDO CON DATOS (DPLYR)
 PLAN DE TRABAJO

Día:
1. Demonstraciones, organización de datos, partes de R, trayendo datos, paquetes

2. Formar objetos, tubos ,Manipulando Tablas

3. Mas manipulando tablas…figuras y diagramas

4. Figuras y diagramas….pruebas

5. Pruebas estadísticos, Repitiendo, shinyR

OBJETIVOS DE AYER
1. Formar objectos
2. Entrar datos directamente
3. La importancia de reproducibilidad
4. Usar funciones
5. Revisar y cambiar el estructura de un DF
6. Tubos
7. subsetear
OBJETIVOS DE HOY
1. Sacar NA
2. Juntar filas
3. Juntar columnas
4. sumarizar
5. Datos en ancho vs flaco
6. Figuras…
DEMONSTRACION 2.6

• na.omit (en general y por columna)

EJERCICIO 2.6(15 MIN)

• Formar un Nuevo tabla que

contiene NA en varios lugares
• Sacar filas con NA en un column
• Sacar filass que tiene NA en
cualquier columna
DEMONSTRACION 2.7

• Juntando filas
• Simple
• agregacion
EJERCICIO 2.7(15 MIN)

• Jalar datos de roedores

• Agregar pies por especie,
tomando el promedio
DEMONSTRACION 2.8

• Juntando columnas
EJERCICIO 2.8(10 MIN)

• Juntar datos de capturas de

roedores y informacion de
los sitios
DEMONSTRACION 2.9

• Summarizando
• Cambiando estructura
• Fechas
• factores
EJERCICIO 2.9(12 MIN)

• Utiliza summarize para

contar los individuos de
cada especie en cada
tratamiento
• Revisa la estructura y
cambialo si es necesario
DEMONSTRACION 2.10(NO HAY EJERCICIO)

• Poniendo datos largo y ancho

• Cambiar na a 0
DEMONSTRACION 2.11 (NO HAY EJERCICIO)

• Seperando y uniendo valores de columnas

DEMONSTRACION 3.1

• Hacer un plot, histogramo y boxplot

 EJERCICIO 3.1

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

1. Un boxplot de altura por sector
2. Un plot de altitude y pesa
3. Un histograma de pesa
DEMONSTRACION 3.2

• Hacer un plot con ggplot y agregar titulos

 EJERCICIO 3.2

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

1. Un plot de altitude y peso con
titulus y axis
DEMONSTRACION 3.3

• Cambiar el color y tamano de puntos

 EJERCICIO 3.3

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

Un plot de pesa y altitude con
puntos medio claro, tamano
especificado y color
determinado por sectos
DEMONSTRACION 3.4

• Varios plots por un categoria

• Regresion lineal
 EJERCICIO 3.4

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

pesa x altura por cada ano
con regression lineal
DEMONSTRACION 3.5

•Histograms y boxplots
 EJERCICIO 3.5

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

un histogramo de peso
un boxplot de peso x sector
DEMONSTRACION 3.6

• Violin plot
 EJERCICIO 3.6

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

1. Un violin plot de pesa por sector
DEMONSTRACION 3.7

• Figura de torta
 EJERCICIO 3.7

• Utiliza cubertura.vegetal y hacer

1. Un figura de torta por sectores
DEMONSTRACION 3.8

• Incluyendo 2 datos en la misma figura

DEMONSTRACION 3.9

• Incluyendo barres de errores

DEMONSTRACION 3.10

• Guardando
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