UNIVERSIDAD AUTONOMA DE CHILE-TALCA FACULTAD DE CIENCIAS DE LA SALUD INSTITUTO DE CIENCIAS BIOMEDICAS ENFERMERIA

ASIGNATURA: BIOQUIMICA

PROFESORES:

IVAN AHUMADA DIAZ ORLANDO ALVA GALVEZ

QUIMICA GENERAL

PRERREQUISITOS:

REGIMEN:
CARACTER: NIVEL: FECHA:

SEMESTRAL
OBLIGATORIO 200 AGOSTO - 2011

ENTREGAR LOS CONOCIMIENTOS FUNDAMENTALES Y GENERALES DE LA BIOQUIMICA PARA ENTENDER A NIVEL MOLECULAR EL

FUNCIONAMIENTO DE UN ORGANISMO VIVO, ENFATIZANDO EL ROL

DE LA ENERGIA, LA REGULACION Y LA RELACION DE LAS DISTINTAS VIAS METABOLICAS

UNIDADES DE ESTUDIO
UNIDAD N1: Diseo molecular del proceso viviente
UNIDAD N2: Enzimas UNIDAD N3: Fundamentos del metabolismo UNIDAD N4: Metabolismo intermediario de glcidos UNIDAD N5: Metabolismo de lpidos UNIDAD N6: Metabolismo nitrogenado

PRINCIPIOS DE BIOQUIMICA

LEHNINGER A. EDITORIAL OMEGA. 1993 STRYER N. EDITORIAL REVERTE. 1995 ROSKOSKI R. ED. INTERAMERICANA 2001

BIOQUIMICA

BIOQUIMICA

BIOLOGIA MOLECULAR DE LA CELULA ALBERT B Y COLABORADORES EDITORIAL OMEGA 1994

CALENDARIO DE EVALUACIONES 2011

PRIMERA PRUEBA PARCIAL: SEGUNDA PRUEBA PARCIAL: TERCERA PRUEBA PARCIAL: LABORATORIO: PRUEBA RECUPERATIVA: EXAMEN FINAL:

05 DE SEPTIEMBRE (25%) 03 DE OCTUBRE (20%) 07 DE NOVIEMBRE (30%) 20% 14 DE NOVIEMBRE (30%)

Prcticamente todas las reacciones qumicas que tiene lugar en los seres vivos estn catalizadas por ENZIMAS La enzimas son catalizadores especficos: cada enzima cataliza un slo tipo de reaccin, y casi siempre acta sobre un nico sustrato o sobre un grupo muy reducido de ellos. La sustancia sobre la que acta la enzima se llama SUSTRATO.

El sustrato se une a una regin concreta de la enzima, llamada CENTRO ACTIVO.

El centro activo comprende: un SITIO DE UNION formado por los aminocidos que estn en contacto directo con el sustrato y un SITIO CATALTICO, formado por los aminocidos directamente implicados en el mecanismo de reaccin. Una vez formados los productos, la enzima puede comenzar un nuevo ciclo de reaccin.

Transferencia de electrones o hidrgenos de un sustrato a otro

2e-

Catalizan la transferencia de un grupo qumico (distinto del hidrgeno) de un sustrato a otro.

Catalizan la ruptura de enlaces por la adicin de una molcula de agua

Clase de enzimas que catalizan la ruptura de C-C, C-O y C-N y otros enlaces por medios ajenos a la hidrlisis o la oxidacin

Catalizan la interconversin de ismeros

Catalizan la unin de dos sustratos con hidrlisis de un nuclotido trifosfatado (ATP, GTP, etc)

Las enzimas pueden actuar de diversas formas, pero, siempre dando lugar a una disminucin del valor de G

La energa de activacin en qumica y biologa es la energa que necesita un sistema antes de poder iniciar un determinado proceso

Diferentes catalizadores reducen la energa de activacin de una reaccin

MODELO DE LA LLAVE-CERRADURA

MODELO DE AJUSTE INDUCIDO

MODELO LLAVE CERRADURA

MODELO AJUSTE INDUCIDO

En algunos casos, el centro activo adopta la conformacin idnea slo en presencia del sustrato. La unin del sustrato al centro activo del enzima desencadena un cambio conformacional que da lugar a la formacin del producto

MODELO AJUSTE INDUCIDO

Para estudiar la cintica enzimtica se mide el efecto de la concentracin inicial de sustrato sobre la velocidad inicial de la reaccin, manteniendo la cantidad de enzima constante. Si representamos Vo frente a [S] obtenemos

Cuando [S] es pequea, la velocidad inicial es directamente proporcional a la concentracin de sustrato, y por tanto, la reaccin es de primer orden. A altas [S], el enzima se encuentra saturada por el sustrato, y la velocidad ya no depende de [S]. En este punto, la reaccin es de orden cero y la velocidad es mxima (Vmax).

VELOCIDAD DE UNA REACCIN CATALIZADA POR UNA ENZIMA EN FUNCIN DE LA CONCENTRACIN DE SUSTRATO

Km= constante que recibe el nombre de Michaelis-Menten. La Km se define como aquella concentracin de sustrato que permite a las enzimas trabajar a la mitad de su velocidad mxima (velocidad semimxima).

La representacin grfica de la ecuacin de Michaelis-Menten (Vo frente a [S]) es una hiprbola. La Vmax corresponde al valor mximo al que tiende la curva experimental, y la Km corresponde a la concentracin de sustrato a la cual la velocidad de la reaccin es la mitad de la Vmax.

Para determinar grficamente los valores de Km y Vmax es ms sencillo utilizar la representacin doble recproca (1/Vo frente a 1/[S]), ya que es una lnea recta. Esta representacin doble recproca recibe el nombre de representacin de Lineweaver-Burk

Representacin de Michaelis-Menten

Representacin de Lineweaver-Burk

La velocidad de reaccin de una enzima se ve afectada por la efectividad de la misma, el grado de afinidad de la enzima por el sustrato, el pH, la temperatura, la presencia de cofactores, las concentraciones del sustrato y de los productos finales, la presencia de inhibidores, etc. Ejemplo: La pepsina a pH 2 hidroliza 50.000 enlaces /min La pepsina a pH 5 hidroliza 12.000 enlaces /min

Efecto del pH sobre la actividad enzimtica

Las enzimas (protenas) poseen grupos qumicos ionizables (COOH, NH2, SH) Segn el pH del medio, estos grupos pueden tener carga elctrica positiva, negativa o neutra. Existe un pH ptimo para cada enzima en el cual la conformacin de la protena ser la ms adecuada para la actividad cataltica. Variaciones de este pH puede afectar severamente su actividad.

Un aumento en la temperatura provoca un aumento de la velocidad de reaccin hasta cierta temperatura ptima, ya que despus de aproximadamente 450 C se comienza a producir la desnaturalizacin trmica.

Algunas enzimas actan con la ayuda de estructuras no protecas. En funcin de su naturaleza se denominan

Cofactor. Cuando se trata de iones o molculas inorgnicas

Coenzima. Cuando es una molcula orgnica

VITAMINAS

FUNCIONES

Enfermedades carenciales

C (cido ascrbico)

Coenzima de algunas peptidasas. Interviene en la sntesis de colgeno

Escorbuto

B1 (tiamina)

Coenzima de las descarboxilasas y de las enzima que transfieren grupos aldehidos

Beriberi

B2 (riboflavina)

Constituyente de los coenzimas FAD y FMN

Dermatitis y lesiones en las mucosas

B3 (cido pantotnico)

Constituyente de la CoA

Fatiga y trastornos del sueo

B5 (niacina)

Constituyente de las coenzimas NAD y NADP

Pelagra

B6 ( piridoxina)

Interviene en las reacciones de transferencia de grupos aminos.

Depresin, anemia

B12 (cobalamina)

Coenzima en la transferencia de grupos metilo.

Anemia perniciosa

Biotina

Coenzima de las enzimas que transfieren grupos carboxilo, en metabolismo de aminocidos.

Fatiga, dermatitis...

 [S] Inhibidores Sitios alostricos Modificacin covalente

Moduladores
Clivaje proteoltico Expresin gnica [E]

Los inhibidores son sustancias que disminuyen la actividad de una enzima o bien impiden completamente la actuacin de la misma. Pueden ser perjudiciales o beneficiosos como, por ejemplo, la penicilina, que es un inhibidor de las enzimas que regulan la sntesis de la pared bacteriana, por lo que es til contra las infecciones bacterianas, y el AZT, que es un inhibidor de la transcriptasa inversa, por lo que retrasa el desarrollo del SIDA.

El inhibidor compite con el sustrato por el sitio activo. Usualmente son compuestos anlogos del sustrato.

el inhibidor competitivo es muy similar al sustrato normal de la enzima. Dada esa similitud estructural, este tipo de inhibidor se une reversiblemente al foco activo de la enzima

Inhibidores competitivos

COOCH2 COO-

Succinato deshidrogenasa
COOCH2 CH2 COOSuccinato SDH FAD FADH2 COOCH CH COOFumarato

Malonato

COOC O CH2 COOOxalacetato

La sulfanilamida (bactericida) interfiere con la sntesis del cido flico compitiendo con el cido p-aminobenzoico, de una forma competitiva

Sulfanilamida, vaginal
Antisptico, cicatrizante y regenerador de la piel.

Representacin directa Inhibicin competitiva

120

100

SIN INHIBIDOR CON INHIBIDOR

80

60

40

20

s
0 0 20 40 60 80 100 120

El efecto del inhibidor competitivo en la actividad enzimtica se revierte por un aumento en la concentracin del sustrato: a altas concentraciones todos los focos activos se combinan con el sustrato y la actividad enzimtica se normaliza

Inhibicin competitiva - Representacin recproca doble

1/v

0.07

0.06

CON INHIBIDOR

0.05

0.04

1/Vmax
0.03 0.02

SIN INHIBIDOR

-1/Km
0.01

1/s
0.00 -0.3 -0.2 -0.1 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6

-1/(Km(1 + i/Ki))

El inhibidor no competitivo se une a un sitio distinto del sitio activo (sitio alostrico)

La unin del inhibidor afecta la configuracin tridimensional de la enzima y bloquea la reaccin

El inhibidor se combina con la enzima en un lugar distinto al foco activo. Tanto EI como EIS se forman

Esta inhibicin disminuye la Vmax segn aumenta [ I ], pero no afecta Km (la enzima puede unirse al sustrato)

Son aquellos que se unen covalentemente con la enzima, o que destruyen

un grupo funcional de la
misma esencial para su

actividad enzimtica, o
que forman asociaciones no covalentes particularmente estables.

Algunos tipos de inhibidores irreversibles

1. Reactivos de grupos -SH

2. Organofosfricos 3. Ligandos de metales

4. Metales pesados

Ser CH CH2
H 3C F

OH

H3C Ser CH CH2

CH3 CH

O P O CH H3C CH3

CH3 CH P O

DFP: diisopropil fluorofosfato

CH H 3C CH3

- Actan sobre enzimas sernicas - nicamente sobre la Ser activa - Insecticidas: Parathion, Malathion - Inhibidores de la Acetilcolinesterasa - Neurogases

Revista chilena de anatoma versin impresa ISSN 0716-9868 Rev. chil. anat. v.20 n.1 Temuco 2002 doi: 10.4067/S0716-98682002000100005 EFECTO DEL PARATHION SOBRE EL NDICE DE APOPTOSIS EN HEPATOCITOS DE RATONES CF1 EFFECT OF PARATHION ON THE APOPTOSIS OF CF1 MOUSE HEPATOCYTES *Omar Espinoza; ** Eduardo Bustos-Obregn; *** Jos A. Suja.

Los organofosforados son bien absorbidos por las vas cutneomucosa (drmica y conjuntiva), respiratoria y digestiva

Tanto en el hombre como en los insectos, los insecticidas organofosforados causan una inhibicin de la acetilcolinesterasa por fosforilacin, lo que conduce a una acumulacin del neurotransmisor acetilcolina en los receptores, ya que el enzima es incapaz de degradar la acetilcolina, y a la consiguiente hiperestimulacin y posterior interrupcin de la transmisin nerviosa, a nivel de la unin neuroefectora, del sistema msculo esqueltico, SNC y autnomo. Que puede llevar, en casos graves, a la insuficiencia respiratoria y a la muerte.

El mecanismo txico del plomo est dado por tres modalidades:

1. Compite metales esenciales, especialmente el calcio y el zinc, en sus sitios de insercin. 2. Afinidad por los grupos sulfhidrilos (-SH) de las protenas, lo que significa alteracin de la forma y funcin de ellas. 3. Alteracin del transporte de iones esenciales.

Uno de los sistemas ms afectado, es el sistema nervioso central, en donde la consecuencia ms desfavorable son los problemas psicolgicos y conductuales ( por dao en las neuronas), principalmente, en nios y en casos ms extremos puede provocar parlisis de algunos nervios, efectos cancergenos, genotxicos y teratognicos (malformaciones), encefalopata, efectos gastrointestinales, nefropata, anomalas electrocardiogrficas,(2) activa la protena C quinasa (PCQ)5 , que es una enzima

El glutatin (GSH) es un tripptido producido a nivel heptico, a partir de los aminocidos glicina, glutamato y cistena . Acta protegiendo al organismo humano de agentes txicos, tales como los metales pesados, mediante la unin de stos a sus radicales sulfhidrilos

Substratos suicidas
(Inhibidores activados enzimticamente) - Se trata de molculas que se unen al centro activo de manera especfica, igual que el substrato o los inhibidores competitivos

- Una vez unidos al centro activo, la enzima transforma la molcula en una especie qumica muy reactiva que modifica covalentemente a la enzima, inactivndola - Tienen por tanto (a) la especificidad del inhibidor competitivo y (b) la potencia de los inhibidores irreversibles

Ejemplos de inhibidores suicidas

- Sistema de la b-lactamasa bacteriana La utilizacin masiva de antibiticos b-lactmicos (penicilinas, sus derivados semisintticos y cefalosporinas) ha conducido a la aparicin de resistencias a los mismos. Los microorganismos resistentes a estos antibiticos lo son por producir una enzima, la b-lactamasa, que inactiva a los antibiticos b-lactmicos.

Penicilina (activa)
R CO NH N O S CH3 CH3 COO-

b-Lactamasa

R CO NH O C HN O-

CH3 CH3

COO-

c.peniciloico (inactivo)

Muy a menudo los preparados de penicilinas o penicilinas semisintticas se formulan aadiendo un inhibidor suicida de la b-lactamasa, el cido clavulnico
O C N O COO
-

CH2OH H

b-Lactamasa

O C OHN

O C

CH2OH H

c.clavulnico

COO-

O C CH CH2 Ser O HN

O C

CH2OH H

Esta molcula reacciona con la serina activa de la b-lactamasa, produciendo su inactivacin

COO-

Gracias a la accin del cido clavulnico que inhibe las B lactamasas, conseguimos mantener intacta la actividad bacteriana de la amoxicilina

Amoxicilina Trihidrato y cido Clavulnico.

Bactericida de espectro ampliado asociado a un potente inhibidor de betalactamasas

Amoxicilina +Acido Clavulnico

la aspirina o cido acetilsaliclico (ASA) inhbe irreversiblemente la accin de la sintetasa de prostaglandina

Algunas prostaglandinas producen dolor e inflamacin. Al quedar bloqueada su sntesis se reduce la inflamacin y se alivia el dolor.

El producto final de la ruta, Isoleucina, inhibe a la primera enzima de la misma, Treonina desaminasa

Rutas metablicas controladas por retroalimentacin

Ruta Glicolisis Neoglucognesis Bios. cs. Grasos Bios. Colesterol Bios. Purinas

Enzima

Inhibidor

Fosfofructokinasa ATP FBP fosfatasa AMP AcetilCoA carboxilasa AcilCoA HMGCoA reductasa Colesterol PRPP sintetasa AMP,GMP,IMP

SNTESIS DE COLESTEROL

Centro alostrico

Centro activo

Centro alostrico

Centro activo

s
En ausencia de inhibidor, el substrato se fija normalmente al centro activo

Cuando el inhibidor ocupa el centro alostrico, tiene lugar un cambio conformacional en el centro activo que impide la fijacin del substrato

Inhibicin alostrica

Otra caracterstica importante de las enzimas alostricas es que presentan cinticas anmalas, normalmente cinticas sigmoides:

La presencia de una sigmoide implica la existencia de cooperatividad en la fijacin del substrato

A bajas concentraciones de sustrato, la enzima est en forma inactiva. Cuando la concentracin de sustrato aumenta, el sustrato se une a la enzima y provoca un cambio de conformacin a la forma activa de la enzima. Despus de que el primer sustrato est unido, la segunda y siguiente molculas de sustratos se unen con mayor facilidad. Este fenmeno es lo que se llama COOPERATIVIDAD y la forma S de la curva indica la unin cooperativa del sustrato. Cuando todos los centros activos de una enzima alostrica estn ocupados con sustrato, la velocidad es constante y se alcanza la meseta de la Vmax.

El comportamiento cooperativo implica:

1. Que hay ms de un sitio de fijacin de substrato por molcula de enzima (estructura cuaternaria) 2. Que hay interacciones entre los sitios de fijacin
Entre las caractersticas fundamentales de este tipo de enzimas encontramos:

Poseen estructura cuaternaria. Tienen sitio cataltico y sitio alostrico Propiedades cinticas diferentes a las enzimas michelianas, siguen cintica sigmoideal Son susceptibles a la adicin de diferentes metabolitos que modulan su actividad.

Formas de modificacin covalente

Fosforilacin: Protein kinasas
R CH N O C Ser H C H N C R' CH N

H CH2OH O H

ATP

ADP

R CH N O C Ser HC H N C R' C H N

H O CH2O P OOO H

Sobre residuos de Ser, Thr y Tyr

Formas de modificacin covalente Defosforilacin: Protein fosfatasas

R CH N O C Ser HC H N C R' C H N

H O CH2O P OOO H

H2O

Pi

R CH N O C Ser H C H N C R' CH N

H CH2OH O H

Sobre residuos previamente fosforilados: Ser-P, Thr-P, Tyr-P

Formas de modificacin covalente

Adenilacin: Sistema de la Glutamina sintetasa
H 2N H O CH2 O H OH OH O P O CH2 OO N N N N

R CH N O C HC Tyr H N C R' C H N

Algunos enzimas no se sintetizan como tales, sino como protenas precursoras sin actividad enzimtica. Estas protenas se llaman proenzimas o zimgenos

Para activarse, los zimgenos sufren un ataque hidroltico que origina la liberacin de uno o varios pptidos. El resto de la molcula proteica adopta la conformacin y las propiedades del enzima activo

Las enzimas pancreticas que llegan al duodeno en forma activa son la lipasa y la amilasa, las dems enzimas se secretan en forma inactiva en forma de zimgeno, cuando stas llegan al duodeno la enzima enteroquinasa presente en ribete en cepillo activa el tripsingeno a tripsina. La tripsina activa los dems cimgenos a sus formas activas

Las isoenzimas son distintas formas moleculares de una misma enzima que presentan o muestran especificidad por el mismo sustrato

el tipo de tejido: Por ejemplo, la lactato deshidrogenasa presenta isozimas distintos en msculo y corazn. el compartimento celular donde acta: Por ejemplo, la malato deshidrogenasa del citoplasma es distinta de la de la mitocondria. el momento concreto del desarrollo del individuo: Por ejemplo, algunos enzimas de la glicolisis del feto son diferentes de los mismos enzimas en el adulto.

Enzimas en Medicina

Enzimas en el diagnstico clnico

Existe en el suero sanguneo una gran cantidad de actividades enzimticas. Se deduce que la medida en suero de la actividad enzimtica es una medida directa de la concentracin de enzima en dicho medio.

Algunas enzimas con inters diagnstico

1. Aminotransferasas 2. Creatin kinasa 3. Fosfatasa alcalina 4. a-Amilasa 5. Fosfatasa cida 6. Lactato deshidrogenasa 7. g-Glutamil transferasa 8. Seudocolinesterasa

Aminotransferasas (Transaminasas)
Catalizan la interconversin reversible de aminocidos y cetocidos. Utilizan piridoxal fosfato como cofactor
COOH H2N CH R1

COOH + C O R2

COOH R1

COOH R2

C O + H2N CH

Su papel es importantsimo en el metabolismo de aminocidos. En clnica se determinan las siguientes:

EC 2.6.1.1, Aspartato aminotransferasa (AST, GOT) EC 2.6.1.2, Alanina aminotransferasa (ALT, GPT)

Aspartato aminotransferasa, EC 2.6.1.1 (AST, GOT)

COOC O +
-

COO+

COOC O CH2 COOOxalacetato

COO+

H3N CH CH2 COO

H3N CH CH2 CH2 COOGlutamato

CH2 CH2 COO-

Aspartato

a-Cetoglutarato

Aparece en citosol y mitocondrias de tejidos metablicamente muy activos. Su nivel se eleva en el suero ante afecciones hepticas y miocrdicas.

Valores normales El rango normal es de 10 a 34 UI/L. Nota: UI/L = unidades internacionales por litro.

El hgado graso es la respuesta histolgica inicial mas frecuente Significado de los resultados anormales Las enfermedades que afectan las clulas del hgado producen la liberacin de AST. La proporcin AST/ALT (cuando ambas estn elevadas) es generalmente mayor a 2 en pacientes con hepatitis alcohlica.

Alanina aminotransferasa, EC 2.6.1.2 (ALT, GPT)

COO+

COOC O + CH2 CH2 COOa-Cetoglutarato

COOC O CH3 Piruvato

COO+

H3N CH CH3 Alanina

H3N CH CH2 CH2 COOGlutamato

Enzima citoslica, de elevada concentracin en el parnquima heptico. Se considera casi especfica de lesin heptica.

el incremento de los niveles plasmticos de estas enzimas reflejan dao hepatocelular o al menos el incremento en la permeabilidad de la membrana hepatocelular. En hepatitis viral el aumento de ALT precede a la aparicin de ictericia, si los valores estn aumentados por sobre 6 semanas, nos debe hacer pensar en una hepatitis activa o el comienzo de una hepatitis crnica

Creatin kinasa, EC 2.7.3.2 (CK, CPK)

Creatin fosfato es una forma de almacenamiento de enlaces ricos en energa en el tejido muscular. Es el prototipo de los compuestos conocidos como fosfgenos.

La CK se presenta en forma de tres isoenzimas especficas de tejido:

MM MB

- Forma MM (msculo esqueltico) - Forma MB (msculo miocrdico) - Forma BB (cerebro) La isoenzima MB es un marcador precoz de infarto de miocardio. Un nivel muy elevado es mal pronstico Las isoenzimas se distinguen electroforticamente o por mtodos inmunolgicos

BB

Fosfatasa alcalina, EC 3.1.3.1

O R O P O- + H2O OO R OH + HO P OO-

La FOSFATASA ALCALINA es una enzima hidrolasa responsable de eliminar grupos fosfatos de varios tipos de molculas como nucletidos, protenas, etc

La fosfatasa alcalina presenta varias isoenzimas: - sea - Heptica - Intestinal - Placentaria

sea: Propia del tejido seo en crecimiento y de enfermedades que cursan con neoformacin sea
Heptica: Propia de las clulas del rbol biliar: se eleva en las colestasis (obstrucciones biliares) asociada a partculas de elevado peso molecular

conducto biliar de mediano tamao con el epitelio lesionado

a-Amilasa, EC 3.2.1.1
Es una enzima producida por las glndulas salivales y el pncreas. Es un marcador muy importante de afecciones pancreticas agudas (pancreatitis). Puede incluso aparecer en la orina, debido a su bajo peso molecular (amilasuria)

Fosfatasa cida, EC 3.1.3.2

O R O P O- + H2O O-

O R OH + HO P OO-

Hidroliza fosfomonosteres con baja especificidad. Presenta varias isoenzimas, una de las cuales (Fosfatasa cida prosttica) es un marcador muy fiable del cncer de prstata y que se emplea en el diagnstico precoz del mismo.

LAS ENZIMAS

ENZIMAS

ESTRUCTURA
puede ser

FUNCIN

CLASIFICACIN

Holoenzima
formada

Estrictamente proteica Energa activacin

Biocatalizadores
actan

Ligasas Isomerasas Liasas Hidrolasas Transferasas Oxidorreductasas

Cofactor
de naturaleza

Apoenzima

naturaleza

velocidad reaccin

Inorgnica
actan como

Orgnica
llamados

Cintica Concent. sustrato Temperatura pH Inhibidores enzimtica

Coenzimas
por ejemplo

tipos

Reversibles Irreversibles
tipos

Vitaminas
se clasifican en

No competitivos

Competitivos

Hidrosolubles
(B, C)

Liposolubles (A, D, E, K)