El metabolismo y sus productos

derivados
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
Biocombustibles
Plataformas qumicas
2. Qumica de vas metablicas
Energa libre y poder reductor
Glicolisis
Metabolismo fermentativo
Ciclo TCA
Fosforilacin oxidativa
Va de las pentosa fosfato
Resumen del metabolismo primario de glucosa




2. Qumica de vas metablicas
Vas principales, vas divergentes y vas convergentes.
Producto: intracelular - extracelular.
Concepto de red metablica

Ej : Gliclisis
Sustrato: glucosa
Producto: piruvato
Estequiometra (respecto de C)

C
6
H
12
O
6
2 C
3
H
4
O
3

2.1. Energa libre de Gibbs y poder reductor
Ssi AG
R
<0, espontaneidad

Reacciones con AG
R
> 0 tambin posibles al
acoplarse a otras con AG
R
< 0.

En la clula, <=> ATP.



Estructura de los 3
adenosina-5-nucleotidos
Termodinmica del ATP
C T a
mol kJ S
mol kJ H
mol kJ G
P ADP ATP
o
aq O H aq P aq ADP l O H aq ATP
o
r
o
r
o
r
i
i
37
34
20
5 , 30
0
) ( ) ( ) ( ) ( ) (
1
1
1
3 2
=
+ = A
= A
= A
= + +
+ + +

+
Reacciones acopladas con ATP permiten alcanzar condiciones
termodinmicamente favorables.

Ej: Glc + ATP ----} Glc-6-P + ADP A
r
G= - 16.7 kJ mol
-1



ATP
NADP+

Anabolism
Catabolism
Growth
Triose-P
Tetraose-P
Pentose-P
Hexose-P
PEP
Pyruvate
AcSCoA
o-KG
SuccSCoA
OAA
proteins
nucleic acids
complex
lipids -----------
--------
membranes
walls
organelles
Fat
CO
2
Protein
Carbohydrates
Amino
acids
Nucleotide
s etc.
ADP

NADPH
Es el transportador de energa libre, entre reacciones de produccin-
energa y aquellas de utilizacin-energa.
Rol del ATP en el metabolismo
ATP:
moneda energtica de la clula
Compound
( )
1

A
mol KJ
G

pH Temperature (C)
(a) High-energy compounds

( )
( )
( )
A
A
O P H
P A
ATP
ATP

coenzyme Succinyl
coenzyme Acetyl
phosphate Arginine
phosphate Creatine
phosphate Acetyl
lpyruvate Phosphoeno
linkage D
linkage
linkage
2
2
3
3
7 2 2
3
4
4
,
,
,
| o
| o
|

(b) Low-energy compounds

AMP
2
2
2
2
2
6
6 cos
1 cos
1
phosphate Fructose
phosphate e Glu
phosphate e Glu
phosphate Glycerol



36.0
36.9
32.6
34.7
55.6
43.9
43.5
49.4
34.3
32.6

9.6
9.2
19.9
12.6
14.6

7.0
7.0
7.0
7.0
7.0
7.0
7.0
7.0
7.0
7.0

7.0
8.5
8.5
8.5
8.5


20
20
20
20
20
25
20
20
-
-

20
38
38
38
38


El Sistema Adenilato

ATP, ADP, AMP (y PPi)
Su concentracin - y muchas veces la proporcin
ATP/AMP - juegan un rol regulador sobre reacciones
anablicas-catablicas.
Concentracin celular adenilatos: 0.5 5 mM
Turnover ATP: 1-10s
ATP +AMP 2ADP
Adenilato quinasa
Carga energtica de la clula
| | | |
| | | | | | AMP ADP ATP
ADP ATP
EC
+ +
+
=
2
1
Concentraciones relativas de ATP, ADP y AMP como funcin de la carga
energtica, suponiendo que la reaccin de la adelinato quinasa est en equilibrio.
Esquemticamente,
Respuesta terica para la carga energtica de enzimas
regulatorias en las vas metablicas, en funcin de la
regeneracin ( R) y la utilizacin (U) de ATP
Cerca de EC = 1, las reacciones que generan ATP
estn inhibidas y las que lo utilizan estn activas.
Ejemplo:
Tabla con concentraciones y valores de EC vs growth rates en Lactoccus lactis
NADH:
moneda de poder reductor
Principalmente en reacciones catablicas
RH
2
+ NAD
+
= R + NADH + H
+

Ej:
C
6
H
12
O
6
+ 2NAD
+
2 C
3
H
4
O
3
+ 2NADH + 2H



Carga catablica
Ratio NADH/NAD fuertemente regulado
0,03 < CC < 0,07

CC
NADH
NADH+ NAD
Otras monedas
GTP (sntesis proteica)

NADPH (reacciones anablicas)
FADH
2

Ojo: en Escherichia coli y otros miroorg:
NADH + NADP
+
NADPH + NAD
+
(transhidrogenasa)
(no existe en Saccharomyces cerevisiae)
Bases de datos de reacciones
metablicas
EXPASY /www.expasy.ch)
KEGG (www.genome.jp/kegg/)
BRENDA (www.brenda-enzymes.org) para
propiedades de enzimas.

2.2. La Gliclisis

Metabolismo Celular y Formacin de Productos:
La caja gris
Sustratos
Macromolculas
Proteinas
Building
blocks
Sustratos
Biomasa
Precursores
metablicos
Productos metablicos
Transporte
Fueling Biosntesis
Polimerizacin
Ensamble
Transporte
Secrecin
Metabolismo Celular y la Formacin de Productos:
La caja gris
Sustratos Sustratos
Precursores
metablicos
Productos metablicos
Fueling
1- Generacin de Energa
2.- Generacin de poder reductor
3.- Sntesis de metabolitos intermediarios
Objetivos Fueling
Va de
Embden-Meyerhof-Parnas
Glucosa
piedra angular de carbono y energa
Concentracin de intermediarios y cofactores de
la gliclisis en el eritrocito humano
Metabolite/co-factor Concentration
( ) M
Metabolite/co-factor Concentration
( ) M
Glucose (GLC) 5000 2-Phosphoglycerate (2PG) 29.5

Glucose-6-P (G6P) 83 Phosphoenolpyruvate
(PEP)
23
Fructosa-6-P (F6P) 14 Pyruvate (PYR) 51

Fructose-1,6 bisP (FDP) 31 ATP 1850

Dihydroxyacetone P
(DHAP)
138 ADP 138

Glyceraldehyde-3-P
(GAP)
18.5 Pi 1000
3-Phosphoglycerate
(3PG)
118

The data are taken from Lehninger (1975).
Equilibrio Qumico : Recordatorio
D
r
G
( )
D
r
G
o
( )
+ RT lnQ (Ec 3)
con Q
P p
i
Y
pi
P s
i
Y
si
; (Ec 4)
D
r
G
o
( )
- RT lnK
eq
(Ec 5)
A
r
G
(kJ mol
-1
)


-16.7


+1.7



-14.2



+24.0









A
r
G
(kJ mol
-1
)

-33.3


-2.7



-18.7



+0.7





A
r
G
(kJ mol
-1
)




+7.7



-18.5


+4.4


+1.8


-31.4






A
r
G
(kJ mol
-1
)




+2.7



0


+1.0


+1.2


-23.0


Ecuacin estequiomtrica de la gliclisis
(Glucosa + 2ADP + 2~P + 2NAD
+
) + (2Pyr + 2ATP + 2NADH) = 0
2.3 Metabolismo fermentativo
Re-oxidacin de NADH

Distintas estrategias microbianas
S. cerevisiae: sntesis de etanol
bacterias lcticas: sntesis de cido lctico
E. coli: fermentacin cido mixta












Metabolismo
Fermentativo




1. Sntesis de lactato en
bacterias lcticas
(homofermentativas)
Lactato + NAD
+
- Piruvato NADH H
+
= 0
2. Metabolismo cido-mixto en
Escherichia coli
Piruvato Lactato
CO
2
+ H
2
0
Acetil-CoA
Formiato
Acetil-P
Acetaldehido
Etanol Acetato
NADH
NAD+
NAD+
NADH
NADH
NAD+
ATP
ADP
3. Sntesis de etanol
en Saccharomyces
cerevisiae
Ojo: esta fermentacin produce
otros productos metablicos.
C
6
H
12
O
6
2C
3
H
6
O
3
+2ATP
C
6
H
12
O
6

C
3
H
6
O
3
+ CHO
2
+ CO
2
+ C
2
H
4
O
2
+ C
2
H
5
OH +(2+ )ATP
1. Fermentacin homo-lctica:
2. Fermentacin cido-mixta:
3. Fermentacin alcohlica:
C
6
H
12
O
6
2C
2
H
6
O +2CO
2
+2ATP
Productos de fermentacin en S. cerevisiae
Glucosa 6 P
Triosa - P
Piruvato
Glicerol
Etanol
+
CO
2
Oxaloacetato Etanol

CO
2
Succinato
Succinato
Azcar
Glucosa 6 P
Triosa - P
Piruvato
Glicerol
Azcar
Etanol
+
CO
2
Oxaloacetato Etanol

CO
2
Succinato
Succinato
Productos de fermentacin en S. cerevisiae
Glucosa 6 P
Triosa - P
Piruvato
Glicerol
Etanol
+
CO
2
Oxaloacetato Etanol

CO
2
Succinato
Succinato
Productos de fermentacin en S. cerevisiae
Azcar
glucosa
biomasa
ADP

ATP

Fermentacin alcohlica
(Guadalupe et al. 2010)
glucosa
etanol biomasa
ADP

glucosa
ATP

Fermentacin alcohlica
(Guadalupe et al. 2010)
glucosa
etanol biomasa
glucos
a
NAD
+
NADH

glicerol
glucosa
Fermentacin alcohlica
ADP

ATP

(Guadalupe et al. 2010)
Sntesis de glicerol y disipacin de NADH*
en condiciones anaerbicas en levadura
DAP + NADH + H
+
Glicerol + NAD
+
+ P
* : NADH generado durante la biosntesis de biomasa en anaerobiosis
Funciones:
Respuesta a stress osmtico
Balance NADH

4 10 g/L
Glucosa 6 P
Triosa - P
Pyruvato
Glicerol
Etanol
+
CO
2
Oxaloacetato Etanol

CO
2
Succinato
Succinato
Productos de fermentacin en S. cerevisiae
Azcar
Vas TCA : RESPIRACION vs. FERMENTACION
X
(Camarasa et al, 2003)


Piruvato
Oxaloacetato
citrato malato
fumarato isocitrato
o-cetoglutarato
succinato
ATP CO
2
NADH Acetyl CoA
NADPH CO
2
FADH
Va
reductiva
Va
oxidativa
Anaerobiosis y vas TCA
Acetyl CoA ?
Yeast enzymes involved in the cytosolic
PDH bypass under anaerobiosis
(ALD2, ALD3, ALD6)
(ACS1, ACS2)

(PDC1)
Cytosol
X
Productos de fermentacin en S. cerevisiae
PRO
UN_LIP
ERG
NADHmit
NADHcyt
1
1
O
2
ATP
2
3
4
0.8
1.2
14
29
0.1
0.5
11
24
-0.9
-0.6
8.2
19
-0.9
-0.7
4.3
14.0
-0.8
-0.6
4.4
14.0
0.2
0.4
6.7
13
0.1
-0.1
-4.6
-8.7
41%
41%
43%
49%
0
0.11
0.24
0.24
91
91
82
79
93
94
92
93
1.2
1.3
3.5
2.0
1.7
1.8
4.1
2.6
3.4
3.1
3.8
3.0
100
100
100
100
2.0
2.1
2.5
2.7
6
1
6
1
6
0
6
1
0.07
0.02
0.03
0.06
2.6
2.6
3.0
3.2
0.5
0.5
0.6
0.6
2.1
2.1
2.9
2.9
96
96
95
95
94
94
93
93
0
0.02
0.02
0.05
0.02
0.02
0.02
0.02
1.5
1.4
1.2
1.3
MAL
Redistribucin del flujo de carbono en el metabolismo central de Saccharomyces
cerevisiae EC 1118 al incrementar las concentraciones de oxigeno disuelto
Aceituno et al, 2012
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
Biocombustibles
Plataformas qumicas
2. Qumica de vas metablicas
Energa libre y poder reductor
Glicolisis
Metabolismo fermentativo
Ciclo TCA
Fosforilacion oxidativa
Va de las pentosa fosfato
Resumen del metabolismo primario de glucosa




2.4. El ciclo TCA
fuente de:
NADH/FADH
2
metabolitos intermediarios del anabolismo


















Condiciones
Aerbicas

El ciclo TCA
Descarboxilacin oxidativa de piruvato
El ciclo TCA
Ecuacin estequiomtrica de la oxidacin
total de piruvato en el ciclo TCA
3 CO
2
+ GTP + 4NADH + FADH
2
+ 4H
+

- Pyr 3H
2
O GDP ~P 4NAD
+
- FAD = 0
http://www.youtube.com/watch?v=A1DjTM1qnPM

Nota: Reacciones anaplerticas
2.5 Produccin de ATP por fosforilacin
oxidativa
Bacterias: aerobias anaerobias; estrictas facultativas.
Levaduras: solo S. cerevisiae es aerobio facultativo.
1mol de glucosa completamente metabolizado a CO
2
en la
gliclisis y ciclo TCA produce 12 cofactores redox:


Los co-factores son regenerados en varias etapas de la
cadena respiratoria, (fosforilacin oxidativa):





C
6
H
12
O
6
6CO
2
+2NADH+(8NADH+2FADH
2
)+2ATP+2GTP
NADH +
1
2
O
2
NAD
+
+(
P
O
)
NADH
ATP
FADH
2
+
1
2
O
2
FAD+(
P
O
)
FADH
2
ATP
Regulacin del metabolismo del
carbono
Previene que demasiado Carbono TCA y
redunde en sobreproduccin innecesaria de
ATP por respiracin.
Nocin de overflow metabolism:
Escherichia coli
Saccharomyces cerevisiae
Efecto Crabtree
Efecto Pasteur

Produccin de acetato en Escherichia coli en
condiciones aerbicas en funcin de
24: 530-536, 2006
24: 530-536, 2006
Key biochemical
pathways in E. coli
involved in the
aerobic consumption
of glucose and the
synthesis of acetate,
carbon dioxide and
biomass.
Formation of acetate (red) with increasing
growth rate of E. coli.
The intracellular pyruvate concentration (blue) and the redox ratio (green)
correlate strongly with the appearance of acetate.
Metabolismo respiro-fermentativo en
Saccharomyces cerevisiae
(ALD2, ALD3, ALD6)
(ACS1, ACS2)

(PDC1)
Cytosol
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
Biocombustibles
Plataformas qumicas
2. Qumica de vas metablicas
Energa libre y poder reductor
Glicolisis
Metabolismo fermentativo
Ciclo TCA
Fosforilacion oxidativa
Va de las pentosa fosfato
Resumen del metabolismo primario de glucosa




Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
Biocombustibles
Plataformas qumicas
2. Qumica de vas metablicas
Energa libre y poder reductor
Glicolisis
Metabolismo fermentativo
Ciclo TCA
Fosforilacin oxidativa
Va de las pentosa fosfato
Resumen del metabolismo primario de glucosa




2.6 Ciclo de las pentosa fosfato
Una red metablica multipropsito:
Sintesis de NADPH
Sntesis de intermediarios C5, C4 y C3
GAP
Ribosa
Eritrosa
Va de las
Pentosa
Fosfato


Gluconato6P + NADPH - Glucosa 6P NADP
+
- H
2
O = 0

CO
2
+ Ribulosa5P + NADPH - Gluconato6P NADP
+
-H
2
O = 0

Ribosa5P - Ribulosa5P = 0

Xilulosa5P - Ribulosa5P =0

Gliceraldehido3P + Sedoheptulosa7P - Xilulosa 5P - Ribosa5P = 0

Fructosa6P + Eritrosa4P - Sedoheptulosa7P - Gliceraldehido3P = 0

Fructosa6P + Gliceraldehido3P - Xilulosa 5P - Eritrosa4P = 0
Reacciones de la va de las Pentosas Fosfato

Ecuacin Estequiomtrica global de la Va
de las Pentosa Fosfato
Funcin Anaplertica:
5G6P + 5ATP 6Rib5P + 5ADP

Funcin oxidativa:
G6P + 12NADP
+
12NADPH + 6CO
2

Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
Biocombustibles
Plataformas qumicas
2. Qumica de vas metablicas
Energa libre y poder reductor
Glicolisis
Metabolismo fermentativo
Ciclo TCA
Fosforilacin oxidativa
Va de las pentosa fosfato
Resumen del metabolismo primario de glucosa




2.7 Resumen del metabolismo
primario de la glucosa
Metabolismo primario y secundario
Precursores, unidades biosintticas y requerimientos para producir
1g de biomasa en Escherichia coli.
Precursor
metablico
Bloques de
construccin
Cantidad requerida
(mol (gMS)
-1
)
Glucosa 6 P UDP-glucosa, UDP galactosa 205
Fructosa 6 P UDP-N-acetilglucosamina 71
Ribosa 5 P Histidina, triptofano, nucletidos 898
Eritrosa 4 P Fenilalanina, triptofano, tirosina 361
Gliceraldehido 3 P esqueleto fosfolpidos 129
3 Fosfoglicerato Serina, cisteina, glicina, nucletidos 1,496
Fosfoenolpiruvato Fenilalanina, triptofano, tirosina 519
Piruvato Alanina, isoleucina, valina 2,833
Acetil CoA lpidos 3,747
2 Oxoglutarato Arginina, glutamina, glutamato, prolina 1,079
Succinil CoA Hemos -
Oxaloacetato Aspartato, asparagina, lisina, metionina,
treonina, nucletidos
1,787
Especie Contenido
(g (g MS)
-1
)
ATP
(moles (g MS)
-1
)
NADPH
(moles (g MS)
-1
)
Protenas 0.55 29.257 (21.970) 11.523 (0)
RNA 0.2 6.796 (2.146) 427 (0)
rRNA 0.16
tRNA 0.03
mRNA 0.01
DNA 0.03 1.240 (450) 200 (0)
Lpidos 0.09 2.836 (387) 5.270 (0)
LPS 0.03 470 (125) 564 (0)
Peptidoglicano 0.03 386 (193) 193 (0)
Glicgeno 0.03 154 (154) 0 (0)
Building bocks 0.04
Total 1.00 41.139 (25.425) 18.177 (0)
Composicin y requerimientos de ATP y NADPH en E. coli
a

a
Los datos corresponden a un crecimiento balanceado a 37 C en un medio mnimo de glucosa, con
una velocidad especifica de crecimiento de 1.04 h
-1
. Los datos entre parntesis son los requerimientos
de ATP y NADPH para un crecimiento en un medio rico que contiene todos los building block
necesarios. De Ingraham et al. (1983). (MS = materia seca).
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
2. Qumica de vas metablicas
3. Ejemplos de bioprocesos para la produccin
industrial de compuestos qumicos.
3.1 Medios de cultivo
3.2 Aminocidos
3.3 Antibiticos
3.4 Protenas


Requerimientos de medio de cultivo segn
composicin qumica de biomasa
Medios complejos usados en
fermentaciones industriales
Medio Contenido Origen
Aplicacin
tpica
Licor de maiz
lactato, aminoacidos, minerales,
vitaminas procesamiento de almidon de maiz antibioticos
Almidon de maiz almidon, glucosa maiz
etanol, enzimas
industriales
Cebada malteada almidon, sacarosa cebada
cerveza,
whiskey
Melazas
sacarosa, rafinosa, glucosa, fructosa,
betaina azucar de caa o remolacha
levaduras de
pan, etanol
Pharmamedia
Carbohidratos, minerales,
aminoacidos, vitaminas, grasas semilla de algodn antibioticos
suero aminoacidos, factores de crecimiento suero
proteinas
recombinantes
suero de leche lactosa, proteinas leche acido lctico
extracto de levadura peptidos, aminoacidos, vitaminas levaduras enzimas
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
2. Qumica de vas metablicas
3. Ejemplos de bioprocesos para la produccin
industrial de compuestos qumicos.
3.1 Medios de cultivo
3.2 Aminocidos (metabolitos primarios)
3.3 Antibiticos
3.4 Protenas



2 Familias de aminocidos en eucariotes

Familia del glutamato (5)








Familia del Aspartato (5)
Glu
Arg*
Gln
Pro
ornitina
o-aaa
Lys*
o-cetoglutarato
oxaloacetato
Met*
Ile* Thr*
Asp
homoserina
Asn
1
5
1
1
3
4
1
1
3
3 2
4
5
*: aa esencial
Biosntesis de
glutamato y
lisina en
Corynebacterium
glutamicum
Biosntesis de L-glutamato
o-cetoglutarato + NH
3
+ NADPH glutamato

(va GDH) (alto Km)
glutamina + o-cetoglutarato + NADPH 2 glutamato
(va GOGAT)

glutamato + NH
3
+ ATP glutamina
(va GS)
-------------------------------------------------------------------------
o-cetoglutarato + NADPH + NH
3
+ ATP L-glutamato
A.
B.
Nota: Transaminacin de glutamato y glutamina genera varios nuevos aa
Aminocido Precursor
a
ATP
b
NADH NADPH NH
3
L-Alanina
1 pyr 0 0 -1 -1
L-Arginina
1 okg -7 1 -4 -4
L-Asparagina
1 oaa -3 0 -1 -2
L-Aspartato
1 oaa 0 0 -1 -1
L-Cistena
1 pga -4 1 -5 -1
L-Glutamato
1 o kg 0 0 -1 -1
L-Glutamina
1 o kg -1 0 -1 -2
L-Glicina
1 pga 0 1 -1 -1
L-Histidina
1 penP -6 3 -1 -3
L-Isoleucina
1 oaa, 1 pyr -2 0 -5 -1
L-Lisina
1 pyr, 1 oaa -3 0 -4 -2
Costos metablicos de la biosntesis microbiana de
algunos aminocidos
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
2. Qumica de vas metablicas
3. Ejemplos de bioprocesos para la produccin
industrial de compuestos qumicos.
3.1 Medios de cultivo
3.2 Aminocidos
3.3 Antibiticos (metabolitos secundarios)
3.4 Protenas


Categoras de antibiticos
Categora

Ejemplos Aplicacin Productor
|-lactmicos Penicilinas
Cefalosporinas

Infecciones
bacterianas
Hongos
filamentosos
Poliktidos tetraciclinas
eritromicina
Amplio espectro:
Infecciones resistentes
a |-lactmicos,
fngicas, parasiticas,..

Actinomicetos
Glicopptidos Teicoplanina

ltimo recurso para
tratamiento de
infeccin bacteriana

Actinomicetos
Antraciclinas Daunorubicina

quimioterapia Actinomicetos
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
2. Qumica de vas metablicas
3. Ejemplos de bioprocesos para la produccin
industrial de compuestos qumicos.
3.1 Medios de cultivo
3.2 Aminocidos
3.3 Antibiticos
3.4 Protenas


With permission from Molecular Biotechnology, Glick et al, ASM, 2010
Enzimas de inters industrial
http://www.novozymes.com/en/about-us/brochures/Documents/Enzymes_at_work.pdf
Temario
1. De la refinera a la Biorefinera
2. Qumica de vas metablicas
3. Medios de cultivo
4. Ejemplos de bioprocesos para la produccin
industrial de compuestos qumicos.
5. Diseo de procesos biotecnolgicos


5.1. Seleccin y diseo de la cepa
Escherichia coli
Saccharomyces cerevisiae
5.1. Seleccin y diseo de la cepa (bis)
Penicillium chrysogenum, Aspergillus oryzae,
Tamao del genoma en pares de bases
virus
plasmidios
bacterias
fungi
plantas
algae
insectos
moluscos
reptiles
pjaros
mammals
10
4
10
8
10
5
10
6
10
7
10
11
10
10
10
9
peces
anfibios
http://www3.kumc.edu/jcalvet/PowerPoint/bioc801b.ppt
20 30 40 50 60 70 80
Contenido GC (%)
Vertebrados
Invertebrados
Plantas
Bacterias
3
5
10
N
u
m
b
e
r

o
f

s
p
e
c
i
e
s

i
n

e
a
c
h

G
C

c
l
a
s
s

5
10
5
El contenido GC vara entre genomas
Genome content
90
Ejemplos de genomas
Especie Tamao Genes Genes/Mb
H.sapiens 3,200Mb 35,000 11
D.melanogaster 137Mb 13,338 97
C.elegans 85.5Mb 18,266 214
A.thaliana 115Mb 25,800 224
S.cerevisiae 15Mb 6,144 410
E.coli 4.6Mb 4,300 934
Lista de 70 eucariotes, 141 bacterias, y 20 archaea en
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/links2a.html
Pelagibacter ubique are possibly the most
numerous bacteria in the world (perhaps
10
28
individual cells).
Pros y contras de diferentes factoras celulares
para produccin de proteinas recombinantes.
Ver diapo siguiente
Pros y cons de diferentes factorias celulares para prots. recombinantes
Hospedero Ventajas Desventajas
Bacterias
(E. coli; B. subtilis)
- Amplio espectro de vectores
- Expresin gnica de fcil control
- Altos rendimientos posible
- Alta secrecin protenas
- Ausencia modificaciones
post-traduccionales.
- Endotoxinas
- Cuerpos de inclusin
Levaduras
(S. cerevisiae;
P. stipitis)
- GRAS
- Experiencia produccin gran escala
- Algunas modificaciones post-
traduccionales posibles.
- Menor N de Vectores
- Glicosilacin no idntica a
mamfera.
- Base gentica menos
conocida que E. coli.
Hongos filamentosos - Amplia experiencia con produccin
a gran escala
- Fuente de variadas enzimas indust.
- Excelente secrecin protenas
- Expresin prot. heterloga
no lograda aun

Clulas mamferas - Actividad biolgica de protenas
idntica a natural.
- Vectores expresin disponibles

- Clulas difciles de crecer
- Caro
- Crecimiento lento y baja
productividad
Clulas de insecto - Alto nivel de expresin posible
- Modificacion post traduccion OK.
- No siempre protenas
100% activas
- Mecanismos desconocidos
5.2. Criterios de Diseo y Optimizacin

Rendimiento producto j sobre sustrato i, Y
ij
Unidad tpica: g de producto por g de sustrato

Productividad de i, q
i
Unidad tpica: g producto por L de reactor por hora

Concentracin final de P, C
p

Unidad tpica: g de producto por L de volumen de reactor


5.3 Mejoramiento de cepas
Ing. metablica
Ingeniera Metablica
Sntesis
Modificaciones genticas
Biologa Molecular
Tecnologas de DNA
recombinante.
Clonacin
Transformacin.
Anlisis
Caracterizacin Metablica
Diseo
Futuras modificaciones
Fisiologa de fermentacin.
Anlisis de redes metablicas.
Tcnicas analticas
Anlisis de expresin (arreglos de
ADN)
Anlisis proteico.
Anlisis de metabolitos.
Anlisis de flujo.
Interpretacin del anlisis
Sugerencias para futuras
modificaciones.

Aplicaciones de la Ingeniera Metablica
Produccin de proteinas recombinantes
Hormonas, anticuerpos, vacunas, enzimas etc.
Extensin del rango de sustrato
utilizacin ms eficiente de materias primas
Vas conducentes a nuevos productos
Frmacos, biomateriales, qumica fina
Degradacin de compuestos xenobiticos
Catalizador eficiente para bioremediacin de mezclas de
xenobiticos.
Ingeniera de la fisiologa celular
Incremento en la performance del proceso
Eliminacin o reduccin de sub-productos
Menor impacto ambiental y mejor utilizacin de materias
primas.

Incremento en rendimiento, concentracion y productividad
Productos ms baratos que rutas qumicas de sntesis
Aplicaciones de la Ingenieria Metablica