LA ERA DE LA GENMICA 1960 informtica + biologa computacional 1986 Genmica Mtodos de secuenciado. 1977: Sanger (sec.

. X174) y Maxam-Gilbert (Nobel 1980) C. Woese: ARNr16S: Archae Sntesis de la hormona de crecimiento humana (somatostatina) y expresin en E. coli. S. Anderson. Secuenciado del mtADN (1981) K.B. Mullis. PCR en 1983. (Nobel 1993) (Hood. Secuenciado automtico por fluorescencia 1986). 1989. HUGO: Human Genome Organization

1990. Brenner. Secuenciado del cADN de los genes humanos. Secuenciado por electroforesis capilar (Smith-Karger-Dovichi) Lipman y Myers: BLAST (basic local alignment) algoritmo para alinear secuencias 1994 Wilkins: Proteoma 1995. Venter. Secuencia de Haemophilus influenzae (1.8 Mb) Brown: primer microarray de cADN sobre vidrio 1996. Venter. Secuenciado de M. jannaschii(1.7 Mb) Oliver: Primer genoma eucariota secuenciado: Saccharomyces cerevisiae (12.1Mb) 1997. Wilmut. Clonado de Dolly. Blattner: secuencia completa de Escherichia coli (4.6 Mb) 2000. Adams y Myers. Secuenciado de Drosophila melanogaster (137 Mb) 2002. Holt. Secuencia del mosquito de la malaria, Anopheles gambiae (278 Mb) 2004. Secuencia completa del genoma humano

Avances biologa molecular + bionformtica +Internet + Genmica: LA ERA POSTGENMICA

PROTEMICA, etc

GENMICA:
mapeo, secuenciacin y anlisis de genomas

GENOMA PROCARIOTA
Cromosoma Plsmidos Virus Elementos genticos mviles

Cromosoma nucleoide
DNA doble cadena Rango de tamaos: ~750 kb in Mycoplasma spp 5000 kb (5 Mb) en Escherichia coli 10 Mb en Streptomyces spp

Cromosoma

Nmero:
Generalmente un cromosoma, pero algunas especies tienen dos cromosomas. Burkholderia pseudomallei (3.6 and 2.4 Mb) Rhodobacter spheroides (3 and 1Mb) MEGAPLSMIDOS? MINICROMOSOMAS?

Cromosoma

Generalmente ADN circular y superenrollado ( en contraposicin a los cromosomas eucariotas lineales) Ej: E. coli, Bacillus subtilis, Salmonella typhimurium, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae pero lineales en algunas especies de Streptomyces y Agrobacterium, espiroquetas y Borrelia burgdorferi

Annu.Rev. Genet.2004. 38: 771-791. Bentley and Parkhill

Cromosoma

Protenas asociadas al cromosoma, protenas pseudohistonas o protenas asociadas al nucleoide

Ej:. HU de Escherichia coli, 40,000 molculas/cl

(aprox. 1 molcula/100 pb de ADN) involucradas en empaquetar el cromosoma, regular la transcripcin

Plsmidos
Material gentico estable, replicacin independiente, la mayora ADN circular doble cadena superenrollado
pero

plsmidos lineales en Streptomyces, Borrelia burgdorferi plsmidos simple-hebra de ADN en Myxococcus xanthus

Plsmidos

Nmero de copias de plsmido: Plsmidos pequeos (5-10 kb) 50-100 copias/cl (1000 en algunos plsmidos de Streptomyces) plsmidos grandes (50-200 kb) 1-10 copias/cl -Limitado rango de hospederos -Algunos plsmidos promiscuos de amplio rango de hospederos

Plsmidos Los plsmidos son elementos genticos accesorios y codifican para funciones adaptativas: conjugacin resistencia a antibiticos : - degradacin enzimtica (penicilina) - modificacin enzimtica (cloranfenicol) - permeabilidad alterada en membranas (tetraciclina) - alteracin de la diana (streptomicina) - actividad metablica alternativa (sulfonamida) virulencia (invasin, produccin de toxina) simbiosis degradacin de sustratos

Virus

Bacterifagos Virulentos: lisan las clulas infectadas Temperados: forman profagos en las clulas infectadas (lisogenia) Conversin lisognica: coevolucin bacteriafago

Genmica comparativa
Anlisis y comparacin de genomas de diferentes especies Objetivos
Entender cmo han evolucionado las especies Determinar la organizacin y funcin de los genes, los sistemas de regulacin y las reas no codificantes de los genomas

Herramientas
Bases de datos pblicas
NCBI: National Center for Biotechnology Information
Genomas, Genes, Protenas, SNPs, ESTs, Taxonoma, etc

2005: 240 (B+A) genomas se encuentran en las bases de datos 2006: 340 (313+27) 2008: 678 (626, 52)
TIGR: The Institute for Genomic Research

Software de anlisis
Bsqueda de secuencias similares en las bases de datos, algoritmos de alineamiento: Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), agrupamiento de familias (clustering), prediccin de genes, diseo de primers, etc.

BIOINFORMTICA

Incluir la secuencia en una base de datos internacional

Identifica las regiones codificantes y secuencias consenso Compara secuencias por homologa

AGGATGAGCCAGATAGGA---ACCGATTACCGGATAGC ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||

AGGATGA-CCAGATAGGAGTGACCGATTACCGGATAGC

AACGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGA GCGCACCTTTTAGAGTGAGCGGCAAACGGGTGAGTAAC GCGTGGGAATCTACCCATCTCTACGGAATAACACAGAG AAATTTGTGCTAATACCGTATACGTCCTATTTGGAGAA AGATTTATCGGAGATGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGC TAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCCA TAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG AATATTGGACAATGGGNGCAACCCTGATCCAGCCATGC CGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTT TCACCGGTGAAGATAATGACGGTAACCGGAGAAGAAGC CCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAA GGGGGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCG CATGTAGGCGGATATTTAAGTCAGAGGTGAAATCCCAG GNCTCAACCCTGGAACTGCCTTTGATACTGGGTATCTT GAGTGTGGAAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGG TAAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAA GGCGGCTCACTGGTCCATTACTGACGCTGAGGTGCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTC CACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCGGTTT ACTGCTCGGTGGCGCAGCTAACGCGTTAAACATTCCGC CTGGGGAGTACGGSSGCAAGATTAAAACTCAAAGGAAT TGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTA ATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACA TCCCGATCGCGGAAGGTGGAGACACCCTCCTTCAGTTA GGCTGGATCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG CGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCAGCATTTGGTTGGGC ACTCTAGGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAGG TGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTG GGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAG CGAAGTCGCGAGGTCGAGCTAATCTCCAAAAGCCATCT CAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGT CGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTG AATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACAC CATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTGCTG

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/lproks.cgi
240 Complete Microbial Genomes selected: [A] - 22, [B] - 218 save

?????? Qu aprendemos de la secuencia completa de un genoma que no podemos establecer con una secuencia incompleta?

Cromosoma de E. coli
100 minutos o 4.639.221 pb 88% 4288 ORF + 1% tRNA, rRNAs

+ 0.5% secuencias repetidas no codificantes + 10% secuencias regulatorias

GENOMA BACTERIANO
Protenas compartidas por tres E. coli MG1655
no patgena (4.288 prot.)

CFT073 193 (2,5%) 585 (7,6%) 2996 (39,2%) 514 (6,7%) 204 (2,6%) 1623 (21,2%)
uropatognica (5.016 prot.)

O157:H7
EDL933

1346 (17,6%)

enterohemorrgica (5.063 prot.)

Dos grandes categoras de informacin gentica en la clula procariota

Informacin bsica
Vara poco y fundamentalmente por mutaciones puntuales

Informacin flexible Islas genmicas

Bacterifagos Plsmidos Transposones, etc. Metabolismo secundario Simbiosis Resistencia a antibiticos Transposicin Patogenicidad

Vara mucho y fundamentalmente por herencia horizontal y recombinacin

Cromosoma bsico

Vas metablicas clave Envolturas celulares Ribosomas

FACTORES DE ADAPTACIN encontrados en bacterias patgenas

OFENSIVOS

Proteasa IgA, coagulacin, N-detoxificacin

Toxinas, invasinas
LPS

DEFENSIVOS/ PROTECCIN

NO ESPECFICOS/ DE SOBREVIVENCIA Siderforos, sistemas de transporte de nutrientes Microbiol and.Mol. Biol. Review, 2004, 68:560-602

Distintos tipo de islas genmicas

Confieren al organismo una mayor adecuacin a determinadas condiciones de vida.

Vida libre en el medioambiente Vida en un hospedero como saprfito Vida en un hospedero como simbionte Vida en un hospedero como patgeno

Islas ecolgicas Islas saprofticas Islas simbiticas Islas de patogenicidad (PAI)

Las islas de patogenicidad codifican para factores de virulencia

ADHESINAS INVASINAS CPSULAS

SISTEMAS DE SECRECIN TOXINAS SISTEMAS DE CAPTACIN DE HIERRO

Evolucin de las islas de patogenicidad

progreso evolutivo LEE (EPEC), SPI-1 (Salmonella)

PAI (UPEC)

*
HPI (Y. enterocolitica) VPI (V. cholerae) HPI (Y. pestis)

* *
3- Mutacin en gen mob

4- Delecin de genes inactivados

5Integracin al genoma bsico con adaptacin de codones

2- Mutacin en gen int tRNA 1Integracin de fago o plsmido tiempo

Genoma bsico

Genmica comparativa
Species Haemophilus influenzae Campylobacter jejuni Mycobacterium tuberculosis Neisseria meningitidis Escherichia coli bp 1,830,137 1,641,481 4,115,291 2,184,406 4,639,221 genes 1,743 1,708 3,924 2,121 4,288

Funciones: 20% metabolismo, 10% transporte, 10% regulacin y replicacin, 5% estructural, 5% sntesis protenas, 50% desconocidos!

Aplicacin de la genmica procariota:Genmica comparativa

Fraser et al. Emerg Infect Dis. 2000 Sep-Oct;6(5):505-12. Comparacin del nmero de secuencias codificantes predichas asignadas a categoras de roles biolgicos en 7 especies de bacterias y archaes

Otra aplicacin de genmica comparativa: Filogentica

?????? Cules seran los genes ms conservados entre procariotas y eucariotas? Qu genes son variables y cules han sido perdidos?

Comparacin de Genomas de cepas patgenas:

Genmica
Genmica estructural: caracterizacin y localizacin de
las secuencias de los genes en el ADN (organizacin)

Genmica funcional:

- EST (Expressed Sequence Tag) una secuencia parcial de un

cDNA clonado - Microchips o microarrays de genomas completos - Gentica reversa

Micromatrices (microarrays)

Genoma total de levadura

Animacin:
http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/chip/chip.html

Genetics clsica versus gentica reversa

creacin de mutaciones en la cepa Seleccin de mutantes Anlisis de mutantes funcin a travs del fenotipo gen secuenciado aislado Mutacin del gen seleccin del mutante correlacin de la mutacin con el fenotipo

 Las metodologas de Gentica reversa son parte importante de la genmica funcional Uno de los mtodos tradicionales de GR ha sido el uso de transposones para el "knock out de un gen especfico Para superar las limitaciones de este se desarroll el proceso: Targeting Induced Local Lesions In Genomes, o TILLING: induccin de muchas mutaciones puntuales analizadas rpida y automticamente

Dogma central de la Biologa Molecular

PROTEMICA:
Estudio de la estructura y funcin de todas las protenas de un genoma: Establecer la funcin de las protenas Conocer las interacciones protena-protena Correlacionar la funcin de las protenas con las interacciones y su integracin en el funcionamiento total de la clula

Genoma --->Transcriptoma---> Proteoma

Contexto-independiente: el material celular fijo por clula u organismo. Contexto-dependiente: material celular que vara entre diferentes tipos de clulas, condiciones ambientes, etc.

Anlisis protemico
Separacin de protenas:Electroforesis en geles de 2D ( size, charge). Identificacin de protenas. Cuantificacin de protenas. Anlisis de secuencias de protenas. Protemica estructural: rayos-x, cristalografa y espectroscopa NMR. Protemica de interacciones. Modificacin de protenas.

Comparacin de Proteomas por la diferencia en la expresin de las protenas

Diferentes caminos para identificar los productos de un gen

La caracterizacin de genes requiere una combinacin de tcnicas genmicas y protemicas