Friedrich Wilhelm Universitt Bonn

BCh 6.1.6 Einfhrung in die Computerchemie

SS 2014

Protokoll
Teil V : Ab initio Molekulardynamik Simulationen (AIMD)

Von Elodie Fernandes Lima

22. Mai 2014

1. Grundlage und Theorie

Die allgemeine Grundlage der chemischen Reaktion wird mithilfe von sogenannten LewisFormeln erlernt, wobei hier nur ein einziges Molekk betrachtet wird. Dies entspricht aber
nicht der Realitt. In der Natur oder selbst im Labor werden mit einer groen Anzahl an von
Moleklen gearbeitet.
Das Ziel der Molekulardynamik (MD) ist es, diese Systeme, so realittsgetreu wie mglich
am Computer nachzustellen. Die Simulation beachtet in mikroskopischen Detail ber eine
physikalische Zeitspanne, die relevant sind fr die zu untersuchenden Eigenschaften. Das
bedeutet, dass eine groe Anzahl von Atomen mit in die Rechnung einbezogen wird und dass
Temperatur oder dynamischen Effekte eine Rolle spielen, anstatt nud die Molekle als
isolierte Einheit zu beachtet. Die MD liefert im Vergleich zu den blichen
quantenchemischen Rechnungen eine groe Menge an Daten. Besondere Anwendungen sind
Lsungsmitteleffekte oder die Dynamik einzelner Molekle uter Einwirkung von Wrme.

2. Beschreibung des Experiments

Ethan in der Gasphase
Es wird fr das Molekl Ethan in der Gasphase eine AIMD Simulation durchgefhrt, wobei
die Einstellung der Konvergenz oder Grid gendert werden.
Start Dabei wurde im Verzeichnis Start, nohup mpirun np mit einer $NUMPROC von 4
verwendet und es wurde die vorgegebene Input Datei ethan.inp benutzt. Die Eingabe Datei
wurde geffnet um die einzelnen Sektionen anzuschauen. Dabei lsst sich rauslesen, dass die
verwendete Rechnung eine DFT (BLYP) ist, mit einer D3 Korrektur fr die Potentiale und
diese wurde mit einer Temperatur von 350 Kelvin berechnet. Die Zellgre betrgt dabei
8,5x8,5x8,5.
Es wurden die Darstellungen von Temperatur, Energie und Erhaltungsgre gegen die Zeit
aufgetragen. Desweiteren wurde die Trajektorie ethan-pos-1.xyz mit VMD angeschaut und
die Beobachtung wurde dokumentiert.
SCF Im Verzeichnis SCF wurde die gleiche Simulation erneut durchgefhrt, wobei im
Eingabe Datei des Starts Verzeichnises einen EPS_SCF Wert von 1.0E-5 steht, wohingegen
im SCF Verszeichnis dieser EPS_SCF Wert 1.0E-1 betrgt. Diese Werte bestimmen die SCF
Konvergenz. Auch hier wurden die Darstellungen von Temperatur, Energie und
Erhaltungsgre gegen die Simulationszeit aufgetragen und mit den Werten vom Start
Verzeichnis verglichen.
CUT Das Ganze wird mit den Werten und Eingaben Dateien vom CUT Verzeichnis
wiederholt und es werden die Vernderung dokumentiert. Hier bei wurde der Grid von 280
zu 100 gendert

Abbildung 2.1 : Struktur von Ethan Molekl

Start Verzeichnis

(a) kinetische Energie gegen Simulationszeit

(b) Temperatur gegen Simulationszeit

(c) potentiale Energie gegen Simulationszeit

(d) : Erhaltungsge gegen Simulationszeit

Graph 2.1 : Darstellungen fr das Starts Verzeichnis

Auswertung zu den Graphen: Die kinetische und die potentiale Energie bewegen sich im
gleichen Rahmen wie die Temperatur whrend der Simulationszeiten. Der Erhaltungswert
bleibt die grte Zeit im gleichen Bereich erhalten. Somit ergeben die berechneten
Ergebnissen eine gut Wiedergabe vom Ethan Molekl im Bezug auf die Gesamtenergie.
Beobachtung am VMD : Es wurde am Program VMD beobachtet, dass die Bindungslngen
vom Ethan Molekl sich gestreckt oder gestaucht wurden.

SCF Verzeichnis

(a) kinetische Energie gegen Simulationszeit

(c) potentiale Energie gegen Simulationszeit

(b) Temperatur gegen Simulationszeit

(d) : Erhaltungsgre gegen Simulationszeit

(c) potentiale Energie gegen Simulationszeit

Graph 2.2 : fr das Verzeichnis SCF
Auswertung: Im Vergleich zu den Graphen vom Start Verzeichnis erkennt man, dass die
kinetische Energie mit der Temperatur grsten Teils bereinstimmt und die Beiden
abnehmen, wohingegen die potentiale Energie und die Erhaltungswerten zunehmen. Dies
knnte sich auf die Abstnde bzw. auf die nicht optimalen Geometrie von Ethan
zurckschlieen lassen.

Beobachtung: Im Programm VMD wurden eine groe Verzerrung vom Ethan Molekl
beobachtet, wo die C-H Bindungen sich soweit von einander entfernen, dass diese im Grund
schon keine Bindung mehr haben mssten.

Graph 2.3 : C-H Verteilung von Ethan vom SCF Verzeichnis

Aussage zu Graph 2.2 : Die C-H Bingungen von Ethan steigen, somit lsst sich auf eine
Verzerrung schlieen. Die Bindungen sind so verzerrt, dass diese auseinander brechen.

CUT Verzeichnis

(a) potential Energie gegen Simulationszeit

(c) potentiale Energie gegen Simulationszeit

(b) Temperatur gegen Simulationszeit

(d) Erhaltungsgre gegen Simulationszeit

Graph 2.4 : Darstellungen fr das CUT Verzeichnis

Auswertung zu den Graphen : Im Vergleich zu den Graphen vom Start Verzeichnis erkennt man,
dass alle Graphen, somit die Gesamtenergie, die Temperatur und die Erhaltungsgren sehen alle
recht gleich aus, wobei diese abnehmen.
Beobachtung: Im VMD Programm wurden hnliche Schwingung wie im Start Verzeichnis
beobachteten Bewegungen beobachtet, wobei hier nicht so starke und groe Schwankungen zu
sehen sind.

Graph 2.5 : Darstellung der rdf-Funktion von Ethan vom CUT Verzeichnis
Aussage zu Graph 2.5 : Die C-H Bingungen von Ethan ist gegeben durch die Verteilung
des Graphens 2.5 .

Cope-Umlagerung in der Gasphase

Im Verzeichnis Bulli wird eine Cope-Umlagerung Reaktion simuliert. Sie stellt eine
thermisch induzierte [3,3]-sigmatrope Verschiebung dar. Im Bulli-Molekl (Abb.2.2) sind
es zwischen den C1-C3, sowie zwischen den C7-C8 Bindungen, wobei zwischen den
Bindungen C6-C8 und C7-C5 eine Doppelbindung besteht.

Abbildung 2.2 : Strukturformel (Edukt) von Bulli-Molekl

Mit Hilfe von Travis werden die nderungen der Bindungslngen mit der Zeitanghngigkeit
dargestelllt.

Graph 2.6 : Bindungslnge vom Bulli-Molekl

Auswertung : Der Verlauf der Bindungslngennderung ist im Graphen 2.6 zusehen,
wobei die rote Linenverlauf die Bindungen C1 und C3 und die gne die Bindungen C7 und
C8 darstellen. Es ist zu erkennen, dass die C1-C3 Bindungen steigen, wohingegen die C7-C8
Bindungen abnimmt. Somit lsst sich Aussagen, dass die C1-C3 Bindung sich ffnet und
umklappt, wohingegen die C7-C8 Bindung sich schliet bzw. sich bildet, da eine
Doppelbingung umgeklappt wurde.
Schwingungsspektren
Es werden die Power- und Infrarot-Sepktren von der fertigen Trajektorie vom
Bulli Molekl mit Wannier-Zentren aus der Cope-Umlagerung (des Edukts).

Garph 2.7 : Power-Spektrum

Bemerkung : Die Power-Spektrum bentigen dazu die Information ber das Dipolmoment
des Molekls und somit sind diese aufwendiger zu berechnen.

Graph 2.8 : Infrarot-Spektrum vom Bulli Molekl

Graph 2.9: Infrarot-Spektrum mit der

Intensitt im Quadrat vom
Bulli Molekl