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20. Februar
Heute war es soweit. Herr Lipscher führte uns in die Thematik
der Maturarbeit 08 ein. Er zeigte uns Beispiele von gelungenen
und misslungenen Arbeiten. Es ging ihm anscheinen darum zu
zeigen, was eine gute Arbeit ausmacht und von der schlechten
unterscheidet. Überdies legte er allgemein gültige Richtlinien
fest in Bezug auf zur Verfügung stehender Zeit und weiterem.
Nach einer kurzen Vorstellungsrunde der Betreuungspersonen
wurde die Phase der Themenfindung eingeleutet, wobei man
auch gleich das Gespräch mit den Betreuungspersonen suchen
konnte.
-Rechenleistung
-Energieeffizienz
-Zukunftsvisionen
Dies waren unsere Bereiche die wir anschauen wollten. Wir waren uns
einig, dass diese Arbeit im Grunde sehr interessant wäre und wir beide
auch Lust dazu hätten, doch mussten wir uns zugestehen, dass es eine
reine Literaturrecherche geworden wäre, da es sich hier um hochkomplexe
Themen handelt, in welchen wir keine Chance hätten selber zu forschen.
Aus diesem Grund liessen wir also die Arbeit fallen.
27. Februar 08
Unsere Intention war es, dem interessierten Laien die künstliche Intelligenz
in ihren Grundzügen zu erklären. Mit AntMe! hätten wir eine vorzügliche
Möglichkeit gehabt praxisnahe mit der künstlichen Intelligenz zu arbeiten
und diese dem Betrachter an einem praktischem Beispiel zu zeigen. Die
Arbeit wär in Form eines von uns verfassten Skripts, welches die künstliche
Intelligenz abhandelt, und der umgebungsblabla ?? AntMe! zu einem
Produkt zusammengefasst worden.
Nach ersten Gesprächen mit Herrn K.Doppler?? zeigte sich dieser sehr
interessiert und optimistisch unserem Projekt gegenüber und sagte uns zu
für dieses Projekt die Betreuung zu beantragen.
Da wir zu dieser Zeit die Meinung dreier Lehrer einholen sollten, suchten
wir noch zwei weitere Personen. Wir entschieden uns als nächstes Herrn
Martin Speck um dessen Meinung zu fragen.
Und sobald wir mit ihm im Gespräch waren, verflog unser Optimismus von
vorhin auch schonwieder. Er betitelte unsere Arbeit als Literaturrecherche,
mit AntMe! als für die Laien langweiliges Entwicklerprogramm . Er wollte
etwas finden, das selbst “den 0815 Typen von der Hochbrücke“ dazu
animiert, unsere Präsentation anzuschauen. Dann stellte er uns ein Projekt
vor, dass er selber einst machen wollte, aber nie dazu gekommen ist. Er
erklärte uns wie neuronale Netzwerke funktionieren und fragte uns ob wir
Ideen hätten ein Modell zur Erläuterung jener Modelle zu erstellen. Wir
sagten wir würden uns dazu Gedanken machen.
5.März 08
Eine Woche und 4 PU-Stunden später als wir noch überhaupt keine
Vorstellung hatten wie man so ein Modell erstellen könnte, liessen wir das
Projekt fallen.
12. März 08
Also waren wir wieder beim Anfang jedem Projektes angelangt, nämlich
bei der Projektfindung. Dabei kamen wir auf das Thema Schach, inspiriert
von unseren Partien die wir oftmals in der Mittagspause austragen.
Schachclub
Die Idee entwickelte sich relativ schnell. Wir bemerkten, dass es an der
Kanti Baden noch keinen Schachclub gab und dachten uns wir könnten
dies im Rahmen unserer Maturarbeit ändern. Unsere Idee war es
regelmässige Trainings zu organisieren, wobei wir als Trainer fungierten
und den Trainingserfolg unserer “Schüler“ schlussendlich an einer
Schachengine (Fritz 10 ) testeten.
Nach Gesprächen mit Herrn Speck trübte dieser ein weiteres malunseren
Optimismus. Herr Speck befürchtete an der Lehrersitzung zu viel
Opposition dem Projekt gegenüber, da niemand einschätzen könne wie gut
wir selbst Schach spielten und überdies das Projekt als
Organisationsproblem angeschaut werden könne. Herr Speck riet uns beim
Thema Schach zu bleiben und evtl. eine abgewandelte Spielart zu
entwickeln und zu studieren.
19.März
Wir dachten sehr lange nach wie wir eine abgewandelte Spielart
entwickeln könnte.
Wir sahen gewisse Modifikationsmöglichkeiten in:
Wir haben uns daraufhin mit einem sehr erfahrenen Schachspieler über
diese Idee einer Neukreation des klassischen Schachs unterhalten und er
war der festen Überzeugung, dass ein solches Unternehmen, wie es auch
schon einige Male versucht wurde, immer auf ein schlechteres und
uninteressantes Spiel herausläuft.
Nun an diesem Punkt wurde es langsam eng für uns. Alle unsere
Bemühungen waren bis anhin gescheitert. Es musste die gewinnbringende
Idee her.
26. März 08
Überdies wollen wir eine Rubrik erstellen, die für das nötige
Hintergrundwissen zum Thema Genetik sorgen soll.
2.April 08
Wir machten uns an den Vertrag und wollen ihn noch heute an Herrn Speck
weiterleiten.
Der Vertrag ist noch nicht vollständig erarbeitet, wir wollen ihn in den Ferien
fertigstellen, damit wir nach den Ferien gleich voll loslegen können.
So sah der noch nicht vollständig erarbeitete Vertrag aus:
7. April 08
Heute haben wir uns getroffen, um unsere Computerprogramme auszutauschen.
Jede sollte über den Dreamweaver CS3 verfügen. Anschliessend machten wir uns
ans Revidieren des endgültigen Vertrages und verschickten diesen letzten Endes
an Herrn Martin Speck.
Wir klärten indessen ab, was jeder von uns während den Ferien an unser Projekt
beitragen könne. Wir einigten uns darauf, uns erste HTML-Kenntnisse mittels
selfhtml.de anzueignen.
Während den Ferien:
Jonas:
Ich habe mich in die Materie des Htmls eingearbeitet. Folgende Kenntnisse habe
ich erworben:
Titel erstellen, unterschiedliche Schriftarten festlegen, Absatz definieren, Tabellen
erstellen, Farben etc. Überdies schaute ich mir erste Kapitel des php-Lehrmittel
(www.php-quake.net) ein.
Raffaele:
Ich habe mich ebenfalls in die Materie des Htmls eingearbeitet. Meine
erworbenen Kenntnisse entsprechenden denen von Jonas.
21. April
Nach einigen Überlegungen (u.a. in Anwesenheit Herrn Specks), legten wir
einige Voraussetzungen fest, die erfüllt sein mussten, damit unsere
Berechnungen überhaupt der Wahrheit entsprechen oder mit anderen
Worten um Fehler zu vermeiden:
-Zu betrachten sind monogene autosomal rezessiv/dominant Erbgänge;
wobei sie monogen sein müssen, damit keine Fehler aufgrund nicht
abschätzbarer
Crossing-Over Raten entstehen, weitere Fehlerquellen können wir selber
nicht abschätzen,
doch hat uns Herr Speck auch in unserem Vorhaben bestätigt, der
drohenden Komplexität
wegen, nur monogene Erbgänge anzuschauen;
22. April
Wir machten uns auf die Suche nach jenen monogen autosomal
rezessiv/dominant Erbgängen und wurden auch fündig:
Herr Speck hat uns geraten in einem Buch über Humangenetik darüber zu
recherchieren.
Dies haben wir nun in naher Zukunft auch im Sinn.
23. April 08
Jonas kam mit einer neuen Idee hervor, die unser Modul ergänzen soll. Wir fügen
dem Modul eine Wahrscheinlichkeitskurve hinzu, die den
Wahrscheinlichkeitsbereich des Erbganges grafisch illustrieren soll. Die Idee, die
dahinter steckt, ist folgende:
Was soll er dazu denken? Dass die Wahrscheinlichkeit zwischen 0% und 100 %
liegen muss, das wusste er doch schon vorher.
Nach einigem diskutieren, sahen wir auch die Problematik unseres den
Wahrscheinlichkeitsbereichen vorgezogenen Graphen. Denn dieser war erstens
dem Benutzer vielleicht viel zu schwer verständlich und machte überdies
eigentlich auch nur Aussagen in Bereichen, wobei man in diesem Bereich nun
einfach einen Punkt ( eine gewisse Häufigkeitsverteilung der Allele ) auswählen
konnte.
25.April 08
Raffaele: Ich habe die Vorlage zu bearbeiten begonnen. Ich habe sämtliche
Images mit dem Photoshop bearbeitet, sodass die Homepage letztlich unserer
Vorstellung entsprach. Neu sollte der Farbton Grün dominieren. Dafür habe ich
überdies die css-Konfigurationen modifiziert. Die unterschiedlichen vorgegebenen
Styles habe ich mit meinem vorhandenen Wissen verändert. Ferner habe ich in
der css-Datei die Pagecell (das Grundkonstrukt) fixiert. Zu Beginn hat sich diese
entsprechend der Bildschirmdiagonale dynamisch angepasst, was zur Folge
hatte, dass der Text sich ständig verschoben hat, wodurch er uns unleserlich
erschien. Dasselbe galt für die obere Navigationsleiste.
Codeauszug für die Fixierung aus css:
#pagecell1{
position:absolute;
top: 112px;
left: 2%;
right: 2%;
width:1024px;
background-color: #ffffff;
30. April 08
Heute galt es den Vertrag zu unterzeichnen. Herr Speck hat den Vertrag teilweise
modifiziert. So werden wir zukünftig nicht nur phänotypische Erbgänge
berechnen lassen, sondern ziehen die genotypischen (und somit fiktiven) hinzu.
Raffaele: Die Website-Dateien von letzter Wochen habe ich provisorisch unter
folgender Adresse publiziert: http://www.homepage.swissonline.ch/genetik .
<p>
A</p>
14. Mai 08
Wir erarbeiteten uns eigentlich folgendes Konzept, mit Hilfe dessen wir unser
Modul mit Information füttern könnten, wenn wir dann einmal unseren
erfolgreichen HTML / PHP Code hätten.
Wie vorhin gezeigt ist ein wichtiger Teil unsere Moduls, die Möglichkeit “Radio-
Buttons“ auszuwählen. Es gibt 16 verschiedene Möglichkeiten Radio-Buttons zu
kombinieren, das heisst wir haben 16 verschiedene Lösungswahrscheinlichkeiten
dem Modul einzuspeisen. Mit anderen Worten, unser Modul sollte jede dieser 16
Konstellationen erkennen, und dann nach betätigen des “calculate“ Buttons das
richtige Lösungsformular auswerfen. Wir waren uns einig, dass das die einzige in
Frage kommende Möglichkeit war unser Modul zu betreiben, denn wenn es
anders rechnen sollte, müssten wir über Kenntnisse in C++ (eine der
komplexesten Programmiersprachen überhaupt) verfügen, was im Rahmen einer
Maturarbeit fast unmöglich wäre.
Nun die konkrete Idee. Wie wir aus unseren Vorkenntnissen, die wir aus den
Ferien gewonnen hatten, wussten wir, dass wir mittels HTML den Radio-Buttons
bestimmte Werte zuweisen konnten. Wir hatten nun diese Idee, jedem Radio-
Button einen Wert zuzuweisen welche dann, nach betätigen des “calculate“
Buttons zusammengezählt würden, und dann aufgrund ihrer Summe ein
Lösungsformular auswerfen würden. In diesem Sinne hätten wir unser
funktionierendes Modul.
Vater
Mutter
A Wert=10
B Wert=20
AB Wert=30
0 Wert=40
Bei der Mutter waren Werte von 10,20,30,40 notwendig, damit die Summen sich
nicht überschneiden, und der Rechner evtl. mehrere Lösungsformulare auswirft.
Mögliche Kombinationen:
AxA Summe: 11
AxB Summe: 21
AxAB Summe: 31
Ax0 Summe: 41
BxA Summe: 12
BxBSumme: 22
BxAB Summe: 32
Bx0Summe: 42
ABxA Summe: 13
ABxBSumme: 23
ABxAB Summe: 33
ABx0 Summe: 43
0xASumme: 14
0xBSumme: 24
0xAB Summe: 34
0x0Summe: 44
Für die Summen von 11-44 definierten wir jeweils eine zugehörige Html Datei,
welche zugleich ihr Lösungsformular sein sollte.
Summe 44html.16
Nun mussten wir die Lösungsformular erstellen. Ich will kurz anhand von html.1
zeigen wie wir dies für alle 16 machten. Hier entfachte wieder die Diskussion
Graph oder Bereich? Wir entschieden uns für beides, wobei wir zuerst
einfachheitshalber den Bereich zeigen wollten und dann anschliessend den
Graphen mit der notwendigen Erklärung:
A/0
Wobei immer, ausser bei der Kreuzung von den Genotypen A0xA0, der Phänotyp
A enstand(AAxAA,A0xAA,AAxA0) also war es für uns nur relevant den Fall A0xA0
anzuschauen.
Wir sahen hier bestand also höchstens eine Wahrscheinlichkeit von 25 % für den
Fall des Phänotypen 0, nämlich dann wenn jeder Phänotyp A als Genotyp A0
besässe.
(0 % wäre der Fall wenn in einer Population alle den Genotyp AA hätten)
Die Wahrscheinlichkeit für die Nachkommen mit 0 hing von der Häufigkeit von A0
ab, somit ergab dies für uns einen Graphen f(x)=x² * (1/4), wobei x die Häufigkeit
von A0 darstellt von 0-1 ( 0%100%).
Dieser Graph gibt also für x=1 (höchste Fall) eine Wahrscheinlichkeit von 25% an.
19. Mai 08
Die Vorgehensweise zu Beschreibung unseres Moduls war klar, doch wie
codierten wir das ganze nun?
Wir erkannten die Signifikanz des PHPs erneut, nachdem wir davon ausgingen,
dass ausschliesslich Javascripts unerlässlich seien. Ein Irrtum. Deswegen
eigneten wir uns weiteres PHP-Basiswissen an (PHP-Buch und unter php-
quake.net). Es stellt sich allerdings heraus, dass die Materie unablässig an
Komplexität zunimmt. Infolgedessen verfassten wir einen Eintrag im Forum
html.de, um unsere Idee der Radiobuttons zu schildern und im Dschungel der if-
und else-Befehle einen Anhaltspunkt zu finden.
21. Mai 08
Die Forummitglieder haben uns hilfreiche Tipps geliefert. Kombiniert mit unserem
Wissen, haben wir heute unseren PHP-Code zusammengestellt. Um diesen auch
testen zu können, haben wir uns kurzerhand bei einem Webserver angemeldet
(hoststar.ch, Jahresbeitrag: 63.80 Franken, www.genetikrechner.ch). Bis dieser
aufgeschaltet wird, müssen wir noch abwarten, um den Code auf seine
Funktionstüchtigkeit hin zu überprüfen, da unsere Temporärwebsite kein PHP
unterstützt.
Ein Treffen mit Herrn Speck fand statt. Er überreichte uns freundlicherweise vier
Bücher mit Informationen zu unterschiedlichsten genetischen Krankheiten, deren
Seiten wir einzeln photokopierten.
Unsere Zeitplanung ist ein wenig aus dem Ruder geraten; wir sind leicht im
Verzug.
Auf den nächsten Seiten finden sie den PHP-Code in seinem Grundgerüst:
28. Mai
Raffaele: Zuhause habe ich anhand unserer Überlegungen eine solche
„Wahrscheinlichkeitskurve“ mit dem Excel erstellt. Diese Grafik musste ich
anschliessend in den Powerpoint kopieren, um sie schliesslich als .gif-Datei
abzuspeichern – etwas umständlich, aber laut Internetrecherche nicht
unumgänglich. Daraufhin machte ich mich an die erste html-Datei, in die ich die
Grafik einband. Aufgrund der von uns gelieferten Formel mit der Variabel x fügte
ich der Datei einen Link hinzu, der auf einen Javascript-basierenden Rechner
verweist. Glücklicherweise funktionierte im Endeffekt alles tadellos. Unser php-
Formular verwies entsprechend auf die neuerstellte Datei, die ich zuvor per FTP
raufgeladen habe.
Juhuu – unser Code funktioniert. Hier das Beispiel der A x A- Kreuzung mit unserem Graphen
30. Mai
Wie gesagt wollten, wir uns noch mit Herrn Speck über die
Graph/Wahrscheinlichkeitsbereich Diskussion ein weitere Perspektive einholen.
Herr Speck sah die Relevanz eines Graphen überhaupt nicht und meinte, dieser
würde den Benutzer weitaus überfordern. Wir könnten die Graphen, da sie ja
ganz schön sind, einfach für populationsgenetisch interessierte , „ irgendwo auf
Seite 4“ , was wohl kategorisiert für Profis zu heissen hatte, aufführen.
Dazu entgegneten wir mit dem Argument die Bereiche wären nicht sehr
aussagekräftig.
Herr Speckt entgegnete dazu mit, wir sollten die Häufigkeitsverteilung von AA /
A0 suchen. Diese müsste mit Sicherheit zu finden sein.
Wir hegten hier Skepsis da wir schon nach solchen Daten gesucht hatten, wobei
unsere Suche erfolglos geblieben war.
Nun gut, wir machten uns Gedanken wo wir die Daten hätten finden können, und
wollten uns diesmal nicht auf das Internet verlassen.
Möglichkeiten:
-Spital
-Blutspende Aargau
-Humangenetik-Bücher
2. Juni
Jonas
Vater
RR Wert = 1
Rr Wert=2
rr Wert=3
Mutter
RR Wert=10
Rr Wert=20
rr Wert=30
Nun erstellte ich noch die Zieldokumente, welche bei gewissen Summen
ausgeworfen werden sollten.
3. Juni
Heute schrieb ich einen Brief an das Spital Leuggern und gab diesen meiner
Mutter mit, damit sie ihn im Labor abgeben konnte, sie hatte gemeint sie hätte
einen guten Draht zu den Laborarbeitern und die würden ihr sicher gerne Antwort
geben. ( Mutter arbeitet im Spital)
Guten Tag,
Für eine Rechenmaschine die wir programmieren wollen, bräuchten wir Daten
über die Häufigkeit der genotypischen Zusammensetzung von Blutgruppe A und
B. Das heisst konkret wie gross ist der Anteil der Menschen in der Schweiz /
weltweit mit AA beziehungsweise A0 oder BB/ B0.
Sind solche Werte bekannt und sind sie zugänglich? Vielleicht könnten Sie uns
aus eigenem Wissen oder aus eigener Erfahrung zu dieser Fragestellung etwas
sagen.
Und sollten Sie keine genauen Aussagen über die jeweilige Häufigkeit machen
können, so möchten wir doch wenigstens gerne einen “Relevanz-Bereich“
festlegen, d.h. könnten Sie die Häufigkeit etwa einschätzen im Sinne von: AA
müsste sich in etwa zwischen 65%-85% bewegen resp. A0 zwischen 15% und
35%?
Raffaele: Ich habe uns heute ein Forum installiert. Ich hab es in den letzten paar
Tagen bereits mehrmals mit den Foren PHPBB3 und Wotlab Board versucht, deren
Installationen im letzten Schritt unentwegt gescheitert sind. Es stellte sich
heraus, dass unser Server noch immer über PHP 4 verfügt, während PHP5
vorausgesetzt wird. Dementsprechend installierte ich uns das Forum PHPBB2, mit
welchem es letztendlich auch geklappt hat. Das Forum soll später als
Bezugsstelle für Fragen fungieren. Grundsätzlich ist es nicht wirklich unabdingbar
für unser Vorhaben, da sind wir uns einig, es dient lediglich der Vollkommenheit
und dem zukünftigen etwaigen Austausch mit Dritten.
4. Juni:
Antwort vom Spital:
Dem Spital liegen keine Daten vor zur Häufigkeitsverteilung von AA / A0.
Sie verweisen uns auf die Blutspende Aargau. Dies bestätigt unsere Vermutung.
6. Juni
Jonas: Während des Schwerpunktfachunterrichts erzähle ich Herrn Speck von der
Antwort des Spitals, dieser kann das fast nicht glauben und gibt mir (Jonas) zwei
Bücher der Humangenetik mit, in dem es “sicher“ Daten zu unserem Problem
gibt. Wir bleiben skeptisch und drängen darauf einen Relevanzbereich
einzuführen, der dem Benutzer zeigen sollte , wo es eine wahrscheinlichere
Wahrscheinlichkeit gibt, denn das Vorkommen von A0 wird sich innerhalb des
Phänotyps A nicht auf 100% belaufen. Herr Speck bleibt hart und will die
Häufigkeiten genau wissen.
Ich werde einen Blick auf die Bücher werfen die mir Herr Speck mitgegeben hat.
8. Juni
Ich warf heute einen Blick in das Buch „medizinische Genetik“(Widukind Lenz).
Nach 5 min. hatten ich eine sehr einfach und praktische Tabelle gefunden. Herr
Speck hatte uns ja im Vorfeld schon einige Seiten gezeigt, wobei gewisse
Mutationsraten eine wertvolle Grösse für unser Modul darstellen sollte. In diesen
Tabellen wurden die Mutationsraten von autosomal rezessiven Erbkrankheiten
gezeigt, wobei:
Würden wir eine der beiden kennen, könnten wir gewiss auf die andere
schliessen. Doch findet im Buch keine Unbekannten zu den beiden Grössen,
natürlich müsste man die Daten neu suchen, da das Buch schon über 20 Jahre alt
ist. Doch die Frage ist doch nach dem Nutzen, welche uns diese Daten bringen
würden. Die Zahl der Neumutation hätte sicher ihren Nutzen, doch sollten wir
nicht mit einer Zahl von neu Mutation rechnen, sondern wir müssten die
Häufigkeit aller mutierten Gene der Gesellschaft kennen, nicht nur die “neu-
mutierten“. Dieser Punkt scheint uns als sehr wichtig.
Anstelle von diesen Mutationsraten haben wir eine andere Grösse gefunden,
welche uns viel mehr zusagt : “Die Heterozygotenhäufigkeit“ bei autosomal
rezessiven Erbgängen von Erbkrankheiten.
Diese Häufigkeiten werden im Buch (medizinische Genetik(W.Lenz)), wobei in der
Beschreibung der Tabellen steht, dass die Häufigkeiten nicht sehr exakt gelten
können. Sie würden durch verschiedene Fehlerquoten beeinflusst laut (s. z.B
Werder u.a. 1980). Wir werden die Fehlerquoten noch versuchen ausfindig zu
machen. Wollen aber mit diesen Häufigkeiten rechnen, wobei wir die Fehler
berücksichtigen, indem wir Wahrscheinlichkeitsbereiche angeben. Uns ist
bewusst, dass wir die Fehler nicht genau abschätzen können, d.h. nicht genau
sagen können, wie gross der Fehler ist, den wir zu berücksichtigen haben. Doch
kann er nicht so gross sein, denn wäre er es, dann würde die Tabelle im Buch
keinen Sinn machen. Wir haben uns auf einen relativen Fehler von aller
höchstens 20% geeinigt, damit die Tabelle aussagekräftigt bleibt.
9.Juni
Mit den neuen Häufigkeiten rechnen wir also neue Lösungsformulare aus für die
Blutgruppenberechnungen und den Albinismus.
Wir stellen also erneut unser Hauptkonzept für die Lösungsformulare auf.
Das Buch sagt für den Albinismus eine Heterozygotenhäufigkeit von 1:75 aus.
Etc.
12. Juni
Heute werden wir noch die restlichen Lösungsformulare der Blutgruppen und des
Albinismus berechnen. Raffaele wird dann am Abend alles auf den Server
hochschalten.
Sobald wir die noch heute erarbeiteten Formulare hochschalten, haben wir aus
unserer Perspektive das Minimalziel erfüllt.