RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

(RAPD)
Tujuan :
Mengidentifikasi Keanekaragaman Genetik Tanaman Nanas
 BAHAN
Sampel DNA tanaman nanas (100 ng/µl)
: 1. Tanaman Nanas A 6. Tanaman Nanas F
2. Tanaman Nanas B 7. Tanaman Nanas G
3. Tanaman Nanas C 8. Tanaman Nanas H
4. Tanaman Nanas D 9. Tanaman Nanas I
5. Tanaman Nanas E

Bahan PCR Master mix

: ddH2O
Primer
No Primer Sekuen
1 OPA-02 5’-AATCGGGCTG-3’
2 OPA-09 5’-GGGTAACGCC-3’
3 OPA-13 5’-CAGCACCCAC-3’
 PROSEDUR
A. Reaksi PCR B. Elektroforesis
1. Sampel DNA (100 ng/ul) 1 µl 10 μl hasil PCR

2. Master mix (2x) 5 µl

Masukkan ke dalam sumur pada gel agarose 1.5%
3. Satu jenis primer OPA 0.5 µl
dengan buffer TAE 1X
4. ddH2O 3.5 µl
Total 10 µl Jalankan elektroforesis pada tegangan 50 volt
selama 80 menit

Profil PCR (40 siklus)

Rendam gel pada EtBr selama 10-15 menit
94oC 94oC 72oC 72oC
2’ 1’ 37oC 2.5’ 7’ 25oC
1’ 10’ Bilas dengan air
Pra-PCR Denaturasi Annealing Elongasi Pasca PCR
Cooling
Visualisasi dengan UV Transilluminator
HASIL
Primer OPA4 Primer OPA9

M = 1 kb 10 = Nanas A
1 = Nanas A 11 = Nanas B
2 = Nanas B 12 = Nanas C
3 = Nanas C 13 = Nanas D
4 = Nanas D 14 = Nanas E
5 = Nanas E 15 = Nanas F
6 = Nanas F 16 = Nanas G
7 = Nanas G 17 = Nanas H
8 = Nanas H 18 = Nanas I
9 = Nanas I
HASIL
Primer OPA13

M = 1 kb
1 = Nanas A
2 = Nanas B
3 = Nanas C
4 = Nanas D
5 = Nanas E
6 = Nanas F
7 = Nanas G
8 = Nanas H
9 = Nanas I
 HASIL
Primer OPA4 Primer OPA9

M = 1 kb 10 = Nanas A
1 = Nanas A 11 = Nanas B
2 = Nanas B 12 = Nanas C
3 = Nanas C 13 = Nanas D
6
6
5
5
4
4 = Nanas D 14 = Nanas E
4 3
3
2
1
5 = Nanas E 15 = Nanas F
2
6 = Nanas F 16 = Nanas G
1
7 = Nanas G 17 = Nanas H
8 = Nanas H 18 = Nanas I
9 = Nanas I
 HASIL
Primer OPA13

M = 1 kb
1 = Nanas A
2 = Nanas B
3 = Nanas C
4 = Nanas D
11
10
9
5 = Nanas E
8
7 6 = Nanas F
6
5
7 = Nanas G
4
2
3
8 = Nanas H
1
9 = Nanas I
 SCORING

Keterangan :
Terdapat pita (+) =1 = Monomorfik
Tidak ada pita (-) =0
 POLIMORFIK DAN MONOMORFIK
Pita
Primer Jumlah pita Pita polimorfik
monomorfik
OPA 4 6 6 0
OPA 9 6 5 1
OPA 13 11 11 0
Total 23 22 1
 SIMILIARITY

CS = Jumlah pita sama

Total pita

Koefisien kemiripan dari matriks simqual antara 9 sampel nanas yang digunakan
yaitu antara 0.27 sampai dengan 1.0
 DENDOGRAM

Hasil analisis kluster melalui teknik hirarki terhadap polimorfisme fragmen DNA
menghasilkan gambaran kedudukan dan sekaligus kekerabatan antara sampel tanaman
nanas dalam dendogram
TERIMA KASIH