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Chiara

Hofbauer Virtuelle Anthropologie 5. Semester

VIRTUELLE ANTHROPOLOGIE -
ZUSAMMENFASSUNG

WAS IST ANTHROPOLOGIE?


Anthropologie ist jene Wissenschaft, in sich per Definition alles um uns Menschen dreht.

Anthropologie ist die „Naturgeschichte des Menschen in Raum und Zeit.“ (Rudolf Martin 1914)

Im Fokus steht zur Gänze eine einzige Form des Lebens und nicht bestimmte Blickwinkel (z.B.
Molekularbiologie, Ökologie, Mathematik) oder Organismengruppen (z.B. Botanik, Zoologie).

Anthropologie ist eine einzigartige Mischung aus Einzel- und Universalwissenschaft.




Funktionsmorphologie Paläodemographie Auxologie (Lehre vom Wachstum) Osteologie

Sozialanthropologie Morphometrie Anatomie Humanökologie

Systematik Anthropologie der Raumfahrt Hominidenevolution Ontogenie

Physiologie Historische Anthropologie Taphonomie (Fossilisationslehre)

Molekulare Archäologie Populationsgenetik Primatologie Embryologie

Humanethologie Humangenetik/Molekularbiologie

Das zentrale Thema der Anthropologie ist die Variabilität des Menschen, seiner Vorfahren und
seiner nächsten Verwandten.

Erste Lehrstühle und Institute wurden erst in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts
gegründet, weil Wandelbarkeit und Anpassung von Arten an die Umwelt vorher keine Rolle
spielten.
z.B. 1855 Paris Jean Louis Armand de Quatrefages de Breau „Lehrstuhl für Anthropologie“, 1886 München
Johannes Ranke „Lehrstuhl für Anthropologie“, 1919 Wien Rudolf Pöch „Institut für Anthropologie und
Ethnographie“.

1829 -> Neandertaler wurde gefunden.

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WIE STEHT ES UM DIE ANTHROPOLOGIE?


Anthropologie generiert viel öffentliches Interesse, aber relativ wenig Arbeitsplätze. Sie ist eine
kulturelle Leistung.

Erfolgskriterien der heutigen Zeit:
Finden sich Jobs für Anthropologen?
Werden Projekte substantiell gefördert?

In den Spitzenfeldern ja, die Extreme nehmen zu, mittelmäßige Institutionen haben aber
weniger Chancen und werden abgebaut.

Anthropologie muss sich anderen Disziplinen öffnen, ohne allerdings in diesen aufzugehen.

DEFINITION OF VIRTUAL ANTHROPOLOGY

Virtual Anthropology is a multi-disciplinary approach to studying anatomical data, particularly


that of humans, their ancestors, and their closest relatives, in three or four dimensions (space or
space-time).

The quantitive analysis of biological structures in varying detail is a key element, as is the
presence of digital data. This fusion of anthropology, mathematics, physics, computer science,
medicine and industrial design incorporates know-how for applications spanning evolutionary
biology, hominoid development and growth, forensics, functional morphology, medical diagnosis
and teaching.

Virtual Anthropology comprises six main areas:
¾ Digitise – mapping the physical world
¾ Expose – looking inside
¾ Compare – using numbers
¾ Reconstruct – dealing with missing data
¾ Materialise – back to the real world
¾ Share - collaboration at the speed of light



The network of Virtual Anthropology

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WAS MACHT VIRTUELLE ANTHROPOLOGIE ZU EINEM EIGENSTÄNDIGEN FELD?


Aus den vielen Prozeduren und Methoden kristallisieren sich mit der Zeit anerkannte Standards
für erfolgreiche Analysen heraus.
Diese werden von einer Vielzahl an Kollegen übernommen und auch weiterentwickelt. Es bilden
sich spezifische Lehrangebote heraus, um Verständnis und Kollaborationen zu fördern. Die
Vorteile der Virtuellen Anthropologie sind aus wissenschaftlicher Sicht offensichtlich. Zudem hat
das Feld Wachstumspotenzial. Die Verfahren aus der Paläoanthropologie lassen sich auch in der
Medizin und anderen Feldern anwenden, wodurch sich der gesellschaftliche Stellenwert der
Anthropologie wandeln kann.

Anfängliche Kritik
…Results can be instant, irreproducible, and irrelevant. When applied without appropriate
biological background, they simply muddle fundamental issues in human evolution…

...Expensive equipment and new techniques generate big grant funds, eye-catching slides, and
countless dissertation topics. But the scientist asks, when did any of these techniques actually
reveal something substantial about human evolution?

Allmähliche Verbesserung
¾ Unmengen an klassischen Distanzmessungen
¾ Schlecht integrierbar
¾ Hohe Qualität, da alle von einer Person gemessen
¾ Aufklärung und Zusammenarbeit notwendig

VIRTUELL

Lat. der Kraft oder Möglichkeit nach vorhanden; anlagemäßig; simuliert, künstlich, scheinbar.

Virtuelle Anthropologie ist die reale Anthropologie von virtuellen Objekten.

VIRTUELLE REALITÄT

Informatik: mittels Computer simulierte dreidimensionale Räume, in denen sich der Benutzer
mithilfe elektronischer Geräte, wie Monitorbrille, Datenhandschuh, sowie umfangreicher
Software bewegt.

Arbeiten innerhalb einer Computerumgebung
Pro:
¾ 3D-Daten, die immer verfügbar sind
¾ Keine physischen Barrieren
¾ Quantitative Analysen räumlicher Strukturen
¾ Hohe Reproduzierbarkeit

Contra:
¾ Hoher technischer Aufwand
¾ Hochqualifiziertes Personal erforderlich

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EIN REALES FOSSIL KANN INFORMATIONEN AUS VIELEN BEREICHEN LIEFERN:


¾ Makroanatomie (Gestalt, Cranium, Unterkiefer, Zähne etc.)
¾ Mikroanatomie (Trabeculi, Schmelzprismen etc.)
¾ Taphonomie (Mineralisation, Schnittmarken etc.)
¾ Individuelle Lebensgeschichte (Traumata, Pathologien, Spurenelemente etc.)

Was es jedoch nicht liefern kann sind:
¾ Genetische und molekularbiologische Informationen (mitochondriale und nukleäre DNA,
Proteomik)

Virtuelle Objekte sind jedoch kein Ersatz für reale!
Virtuelle Fossilien unterliegen Einschränkungen hinsichtlich:
¾ Des Spektrums an gemessenen Eigenschaften
¾ Der Auflösung
¾ Einbeziehung von Textur und Farbe

DIE WICHTIGSTEN WERKZEUGE DER VIRTUELLEN ANTHROPOLOGIE

¾ Real-to-Virtual-World Transformation
o Medizinisch-bildgebende Verfahren (CT, MRI, US)
o Materialscanner (µ-CT)
o Kontaktlose Oberflächenscanner (Laser, Streifenlicht)
o Kontaktscanner (Microscribe, Polhemus)

¾ Virtual-to-Real-World Transformation
o Stereolithographie
o Fused Deposition Modeling
o Z Printing

¾ Hardware
o Schnelle CPU (central processing unit -> Prozessor) und Grafik
o Großer Arbeitsspeicher
o Archiv für große Datenmengen

¾ Software
o 3D-Programme (CAD, medizinische)
o Bildverarbeitung
o Programmierumgebung
o Mathematik- und Statistikpakete

Hardware führt Software aus und setzt sie in die Tat um.

Unter „Messen“ versteht man die Zuordnung von Zahlen oder Symbolen zu Ereignissen, Objekten
oder zu Eigenschaften von Objekten.

Warum sollen wir überhaupt messen?


¾ Erfahrung quantifizieren
¾ Entscheidungsgrundlagen gewinnen
¾ Prognosen erstellen
¾ Qualitätskontrolle

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ANFÄNGE DER BIOMETRIE


¾ Einzelne Versuche reichen bis ins 17. Jahrhundert (Eisenholtz, Adriaan van Spieghel, De
la Chambre)
¾ Erste systematische Messungen am Menschen gehen zurück ins 18. Jahrhundert (Buffon,
Camper, White, D’Orbigny, Morton, von Baer)
¾ Erste Standardisierungsbemühungen sind dokumentiert für das Anthropologentreffen in
Göttingen 1861
¾ Craniometrische Konferenz in München 1877, Normierung der Schädel- und
Kopfmessungen durch die „Frankfurter Horizontalebene“
o Heute dient sie als Einstellungsebene für Röntgenaufnahmen und
Computertomographie des Kopfes und Bezugsebene für die Zahnmedizin
o Diese Ebene verläuft vom Unterrand der Augenhöhle bis zum höchsten Punkt
des äußeren Gehörgangs
¾ Lehrbuch der Anthropologie von Rudolf Martin 1914: bis heute gültige Standardisierung
von Körpermaßen

Das Orientierungsproblem
¾ Einstellung des Kopfes mit Hilfe eines Ebenen-Suchgerätes
¾ Kubuskraniophor mit Schädelzange und Horizontiernadel (orientiert den Schädel in
Mediansaggitalebene und Ohraugenebene)

Messinstrumente
¾ Mandibulometer
¾ Ansteckgoniometer zur Messung des Ganzprofilwinkels
¾ Orbitometer

Mandibulometer Ansteckgoniometer zur Messung Orbitometer


des Ganzprofilwinkels

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Koordinatenbasiertes Messen
Oberflächenkoordinaten eines digitalisierten Schädels. In allen Regionen stehen ausreichend
viele Messungen zur Verfügung, traditionelle Landmarks sind in rot angegeben.








D’ARCY THOMPSON

D’Arcy Thompson (1860-1948), oft als der „erste Biomathematiker“ bezeichnet, veröffentlichte
sein Hauptwerk „On Growth and Form“ im Jahre 1917. D’Arcy Thompson konnte das früher aber
noch nicht berechnen.

Wenn man den Fisch in die Breite zieht/stretscht, sieht er aus wie
ein anderer. Haben alle Fische dieselbe Form wenn man sie
stretscht?

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RADIOGRAPHY

Foot in a laced boot, taken in 1896 by Elisabeth Fleischman at McElwain and Company for
artistic reasons. It is one of the first X-ray photographs made in the US after W. C. Roentgen’s
initial discovery in 1895.

SCHEMATIC DIAGRAM OF AN X-RAY TUBE

Die Röntgenstrahlen treffen, bevor sie auf das eigentliche Objekt treffen, auf einen Filter. Dieser
trägt nichts zu dem eigentlichen Bild bei, verhindert aber unnötige Schäden, die durch die
Brennstrahlung verursacht werden. Der Filter besteht meist aus Wolfram, Kupfer oder
Aluminium.
An der Tungsten Anode ist vorne noch ein target material angebracht, hier werden die
Elektronen abgebremst. Die Strahlung besteht aus Brennstrahlung und höherenergetischer
Strahlung. Medizinisch: 80-140k

Dragutin Gorjanovic-Kramberger
¾ Paläontologe und Geologe aus Zagreb (Kroatien)
¾ Stirnbeinfragment aus Krapina
o Verdichtete Spongiosa
o Innerer gegabelter Kanal
¾ Viele Neandertalerfunde aus der Krapinahöhle, älter als die klassischen Funde aus
Frankreich, Deutschland etc.

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Nutzung des Röntgen:


¾ Linker Oberkiefer und linker Unterkiefer, Messung der Zahnlängen mit Hilfe von
Röntgenaufnahmen (ohne somit das Kiefer zu zerstören)
¾ Neuere Röntgenaufnahmen einiger taurodonter (Stierzähne) Zähne aus Krapina
¾ Erster Atlas radiographischer Aufnahmen von homininen Fossilien
¾ Röntgenaufnahme eines Homo erectus. Die dichte mineralische Füllung des Craniums
verdeckt alle anderen Strukturen
¾ Radiographie von Krapina C (H. neandertalensis, adult, weiblich) anatomische
Strukturen überlagern einander in der orientierten 2D-Darstellung (3D fehlt)
¾ Der spätere Nobelpreisträger Godfrey Hounsfield stellte 1973 die Technik der Computer
Tomographie vor
¾ Erster kommerzieller Computer Tomograph von Siemens 1974
¾ Ein Blick ins Schläfenbein: Kontrastauflösung, eine der ersten Arbeiten, bei der CT-
Schichtbilder eines Fossils (Pithecanthropus) eingesetzt wurden. Allerdings wurde noch
ohne räumliche Rekonstruktion des Objekts gearbeitet.
¾ Erste Publikation von CT-Daten eines Fossils, in der 3D Rekonstruktionen verwendet
wurden (Stenopsochoerus)
¾ Taung 1 (A. africanus) 5 aufeinanderfolgende Schichtbilder (2mm Schichtdicke) entlang
des linken Kiefers. Ein coronales Schichtbild durch den dm2. Sichtbar sind der große
rechte Maxillarsinus sowie die sich entwickelnden permanenten P4. Mithilfe des
Röntgen kann man die Zähne von A. africanus mit den Zahndurchbruchsschemen von
Mensch (5./6. Jahr) und Schimpanse (3./4. Jahr) vergleichen. Keine Zahnwurzeln
ausgebildet, obwohl M1 durchgebrochen (wären beim Menschen schon ausgebildet),
deutet daher auf das Zahnschema des Schimpansen hin.
¾ Computertomographie: Single Scan oder Spiral Mode

Hounsfield Units (Dichte): Röntgenschwächungskoeffizienten von Körpergeweben (in HU).
Mit der Hounsfield-Skala wird in der Computertomographie (CT) die Abschwächung
von Röntgenstrahlung in Gewebe beschrieben und in Graustufenbildern dargestellt. Die Werte
können Gewebearten zugeordnet und pathologische Abweichungen erkannt werden. Die
zugrundeliegende Gewebeeigenschaft wird oft auch physikalisch ungenau als (Röntgen)dichte
bezeichnet.

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Ein gerendertes Bild baut auf einer Reihe von Eigenschaften der visuellen Wahrnehmung von
Gegenständen auf. Diese werden von der Rendering Software simuliert.
Bildsynthese oder Rendern (von engl. (to) render, deutsch etwas machen oder auch etwas
wiedergeben) bezeichnet in der Computergrafik Erzeugung eines Bildes aus Rohdaten.
Rohdaten können geometrische Beschreibungen im 2D oder 3D Raum
(auch Szene genannt), HTML, SVG etc. sein.
Eine Szene ist ein virtuelles 3D Modell, das Objekte und deren Materialeigenschaften,
Lichtquellen, sowie die Position und Blickrichtung eines Betrachters definiert.

Surface Rendering Volume Rendering

ISOSURFACES

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SURFACE THRESHOLD
¾ Kontrolliert mit welcher image intensity die Oberfläche konstruiert/dargestellt wird.
¾ Durch Erhöhen des minimalen Oberflächenschwellenwerts (minimum surface
threshold) werden tendenziell weniger verrauschte Oberflächendaten mit relevanteren
Merkmalen erzeugt.
¾ Areale innerhalb eines Pixels mit stark unterschiedlichen
Röntgenschwächungskoeffizienten
¾ Prinzip des Teilvolumeneffektes (Partial Volume Effect)



µ-COMPUTERTOMOGRAPHIE
¾ auch für Weichteile in vivo
¾ Quelle fest montiert
¾ Objekt Drehstellen Radius 360°
¾ Medizinisches CT -> Quelle rotiert, Patient liegt
¾ Bewegungsartefakt: Unschärfe (wie bei Fotografie), Objekt darf sich nicht bewegen -> tot

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VERGLEICHENDE MORPHOLOGIE
Beispiele von Virtueller Anthropologie-Anwendungen in der Paläoanthropologie

Left upper dm Cavallo-B Original and 3D data

¾ Typisch menschlich
¾ Ergebnis, dass es sich doch nicht um einen Neandertalerzahn handelt
¾ Umriss der Basis analysiert

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¾ 0,4 durchschnittliche Neandertaler Zahnschmelzdicke (relativ dünn)


¾ 0,51 durchschnittliche moderner Mensch Zahnschmelzdicke (relativ dick)
¾ Cavallo dick (0,69) -> moderner Mensch!
¾ 0,56 -> unbekannte Zähne eines modernen Menschen

¾ Bone tools waren zu dieser Zeit sehr fortschrittlich


¾ Uluzzian war zur dieser Zeit eine Übergangskultur

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¾ Mit der µ-Computertomographie konnte man zeigen, dass der Cavallo Mensch der älteste
moderne Mensch aus Europa ist
¾ Die Uluzzian Kuktur stammt von den modernen Menschen, waren erfolgreicher als
Neandertaler -> Erklärungsansatz
¾ Hybridisierung von Neandertaler und moderner Mensch auch in Europa möglich ->
lebten in Europa 5.000 Jahre nebeneinander

Klassifikation und Merkmale

Carolus Linnaeus‘ Klassifikation des Genus Homo, der nunmehr bei den Primaten eingeordnet
wird in der 10. Ausgabe der Systema Naturae (1758). -> 100 Jahre vor der Evolutionstheorie von
Darwin!

Jede Abstammungsreihe oder Spezies besitzt ein einzigartiges Mosaik heterochron evolvierter
Merkmale. Basis einer Klassifikation ist die Beurteilung von Gemeinsamkeiten und
Unterschieden. Häufig dienen morphologische Merkmale dieser Beurteilung, in der modernen
Biologie auch genetische Merkmale.

Homologe Merkmale für die Abstammung wichtig!
Homologe Strukturen: die Knochen der Vorderextremität dieser Vertebraten sind strukturell
ähnlich, aber besitzen sehr unterschiedliche Funktionen.

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Ursprüngliche oder plesiomorphe Merkmale sind homologe Merkmale, die sich im Vergleich
mit dem jeweiligen Vorfahren nicht nennenswert verändert haben. Sie neigen dazu, innerhalb
eines weitgespannten Bereichs verwandter Taxa unregelmäßig verstreut aufzutreten (z.B.
Vierfüßigkeit bei Tetrapoden).

Ein Merkmal ist abgeleitet oder apomorph wenn es sich im Vergleich mit dem homologen
Merkmal des Vorfahren entscheidend gewandelt hat. Diese Merkmale sind auf ganz bestimmte
Gruppen unmittelbar verwandter Formen beschränkt (z.B. Plazenta bei Placentalia).

Evolution und Vestibularapparat

¾ Erste Bipedie Merkmalfunde:
o 6 Mio. Jahre (Ramipithecus)
o 5,5 Mio. Jahre (Pliopithecus)
¾ Aber Australopithecus:
o Fakutative Bipedie
o Besser Klettern und schlechtere Bipedie als der moderne Mensch
¾ Ab Homo erectus: obligate Bipedie (2 Mio. Jahre)

¾ Türkei: gentischer Defekt im menschlichen Vestibularapparat -> kann nur auf 4 Beinen
gehen, Bruder hat Defekt nicht -> kann sich biped fortbewegen ® Epigenetik
¾ Bogengänge und Schnecke des Vestibularapparates können aus den Cts extrahiert
werden -> das Felsenbein bleibt somit erhalten -> Teil des Os temporale, in ihm befindet
sich das Innenohr
¾ Vergleich der Bogengröße des Vestibularapparates zwischen Menschenaffen und
Hominiden: relative radius of curvature of the lateral semicircular canals:
o Homo sapiens: 26
o Pan troglodytes: 31
o Gorilla: 34
o Homo erectus: 25 (deutlich kleiner, wie Homo sapiens -> obligat biped)
¾ Bogengröße Verhältnis zu BMI

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1-Jähriges Individuum, aber Bogengänge haben


in dem Alter breits adulte Größe


Posteriorer Bogen
beim Neandertaler
nach unten
verschoben und
kleiner

Segmentierung

Segmentierung in der Bildverarbeitung ist ein Prozess bei dem ein digitales Bild in Regionen
aufgeteilt wird. Diese Regionen zeichnen sich durch ein spezifisches Homogenitätskriterium aus,
z.B. ähnliche Grauwerte oder eine gemeinsame Umgrenzung. Idealerweise sollte ein Segment
verbunden, komplett und klar abgegrenzt sein.

Segmentierung dient dazu:
1. Bildelemente (Pixel, Voxel) aufgrund ihrer Eigenschaften zu sinnvollen, abgegrenzten
Objekten zu vereinen, und
2. Objekte im Mittelpunkt des Interesses vom Hintergrund zu trennen

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Histogramm-basierte Verfahren

Kantenorientierte Verfahren

Sobel-Filter: findet Kanten mit Hilfe der Gradienten, benützt eine 3*3 Maske und die erste
räumliche Ableitung, Gradientenvektoren für jeden Punkt werden dargestellt.

Laplace-Filter: findet Kanten mit Hilfe der Gradienten, benützt meist eine 5*5 Maske und die
zweite räumliche Ableitung, verstärkt lokale Fluktuationen, die man sonst übersehen würde,
anfällig auf Signalrauschen. Sehr feine Grauwertunterschiede sind erkennbar z.B. Corpus
callosum.

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Watershed (Wasserscheide) Transformation


1 – Höhenprofil basierend auf den Grauwerten


2 – „Fluten“ der Täler
3 – Dämme
4 – Getrennte Regionen

Regionenorientierte Verfahren

Thresholded Region Growing: von einem Punkt (seed) ausgehend werden Nachbar-Pixel
inkludiert, wenn deren Grauwert innerhalb eines bestimmten Limits liegt.

Grauwertedifferenz: Nachbar-Pixel werden inkludiert, wenn die Differenz zu ihnen einen


bestimmten Wert nicht übersteigt (mehr als 20%).

Problem: Chaining

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NEUROCRANIUM UND GEHIRN



Menschliche Intelligenz

Herry Jerison: Hauptfaktor ist der quantitative Zuwachs von neuronalem Gewebe und die damit
einhergehende zunehmende Kapazität der Informationsverarbeitung.

Ralph Holloway: Der entscheidende Faktor war, dass das menschliche Gehirn zunächst, im
Vergleich mit anderen Primaten, reorganisiert wurde.

Heutige Sicht: Quantitativer Zuwachs und neuronale Reorganisation schließen sich nicht aus,
eher gehen diese Entwicklungen bei vielen Säugern Hand in Hand. Zunahme der Gyri und Sulci –
neuronale Spezialisierung.

® Encephalisationsquotient

EncephalisationsQuotient und „Extraneuronen“


Ähnliche Organismen brauchen einen ähnlichen Anteil an Neuronen für Grundfunktionen wie
Atmung, Verdauung, Thermoregulation, Motorik und Perzeption. Positive Residuen in der
Regression deuten auf „Extraneuronen“ (Dinge die man nicht braucht) hin.

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Virtual Endocast of modern human


¾ Endocast = Schädelausguss
¾ Schädelinnenraum ¹ Gehirn
¾ Liquor, harte und weiche Hirnhaut
¾ Mittels virtual endocast kann man das Schädelvolumen
bestimmen und somit zwischen Hominidenarten vergleichen
¾ Endocraniale Kapazität eines partiellen Craniums aus
Sterkfontain. Die Berechnung ergab ein Volumen von 515cm3
anstatt der bis dahin berichteten 600cm3.
¾ Oft sind Skelettfunde (Cranium) mit Steinmatrix oder
ähnlichem gefüllt, mittels der e-Preparation wird das
Endocranium elektronisch gereinigt mittels eines semi-
automatischen editing-process


Wie genau und wie gut reproduzierbar sind die quantitativen Messungen an
virtuellen Objekten?

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Virtuell unterschätzt -> kleiner als real,


wegen Feinheiten in Realität

¾ Landmarks in echt:
Gleitzirkel
¾ Landmarks virtuell:
kein Beleg,
Punkte kann man aufheben,
bleibt reproduzierbar

= Half maximum height

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MORPHOMETRIE

Morphometrie (von morphé „ Gestalt“, „Form“ und metron „Zählung“, „Messung“) befasst sich
mit der Charakterisierung der Form und Gestalt von Objekten durch quantifizierbare
Maßzahlen. (nicht beschreibend mit Worten, nur Zahlen!)

Morphometrics is the study of shape variation and its covariation with other variables.

Warum messen?

Die äußere und innere Form von Lebewesen und deren Strukturen sind Merkmale, die sich mehr
oder weniger leicht der Betrachtung erschließen und daher gut beobachtbar.

Die taxonomische Einordnung von Organismen oder das Verständnis für die Diversität der
Formen sind zentrale Themen der Biologie.
Es stellen sich Fragen wie z.B.:
¾ Wie sieht die durchschnittliche Form aus?
¾ Wie variiert Form in einer Population um den Mittelwert?
¾ Wie unterscheiden sich Gruppen hinsichtlich der Form?
¾ Was ist die funktionelle Bedeutung dieser Formunterschiede?

Crania of anatomically modern humans from the late Pleistocene

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Neurocranial shape variation of Pleistocene hominins

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Definitions

Form: Die geometrischen Eigenschaften eines Objekts, die in Bezug auf Position, Maßstab
(Größe) und Ausrichtung unveränderlich sind. ® wenn man zum Beispiel die Größe ändert dann
bleibt shape gleich.

Formvariable: Jedes geometrische Maß eines Objekts, das sich nicht auf die Position (location),
den Maßstab (scale) und die Ausrichtung (orientation) des Objekts bezieht.
¾ Entfernungsverhältnisse (distance ratios)
¾ Winkel (angles)
¾ Procrustes Formkoordinaten (procrustes shape coordinates)

Procrustes Shape Coordinates:


Unbeeinflusst von Position
(location), Maßstab (scale) und
Drehung (rotation).

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Definitons

Formvariable: Jedes geometrische Maß eines Objekts, das sich nicht auf die Position (location)
und Ausrichtung (orientation) des Objekts bezieht.
¾ Entfernungen (distances)
¾ Umfang (circumferences)
¾ Bereiche (areas)
¾ Volumen (volumes)

Größenmaß: jedes positive, reelle Maß eines Objekts, das als positive Kraft der geometrischen
Skala einer Form skaliert
z.B.: Data X ® AB = 1
Data X*2 ® AB = 2

If the data is multiplied by a factor of 2, the distance between two points will be doubled.

Die Größe ist ein entscheidender Faktor für den Vergleich der Morphologie. In vielen Fällen
dominiert es jedoch die Variabilität zwischen Arten, Populationen, Entwicklungsstadien oder
Geschlechtern. Es ist daher möglich, über eine Technologie zu verfügen, die es ermöglicht,
Größenschwankungen von Schwankungen durch andere Faktoren zu trennen. Es können
verschiedene Größenmaße verwendet werden (z. B. Schwerpunktgröße in GM). Beispielsweise
kann zur Untersuchung der allometrischen Formänderungen (die Abhängigkeit der Form von
der Größe) die Größe eliminiert werden.

2D ist manchmal
übersichtlicher, 3D oft besser
weil Organismen auch 3D sind

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Definitionen

Geometrische Morphometrie: Eine Reihe von Methoden zur Erfassung, Verarbeitung und
Analyse von Formvariablen, bei denen alle in den Daten enthaltenen geometrischen
Informationen erhalten bleiben.

¾ Es werden ausreichend Informationen erfasst und aufbewahrt, um die räumlichen
Beziehungen zwischen den Strukturen zu rekonstruieren
¾ Statistische Ergebnisse können zur Visualisierung in den physischen Raum
zurückgeführt werden



n - ba und ba - b enthalten einige geometrische Informationen,
aber es gibt viele Schädel, die genau diese beiden Abstände zeigen,
sich aber ansonsten in der Form unterscheiden.

Um dieses Problem zu beheben, wird eine dritte Variable benötigt.


Der Winkel a behebt die Beziehung, hat jedoch andere Einheiten,
die Probleme in der multivariaten Statistik verursachen (keine
Kovarianz, nur Korrelationen).

Eine andere Lösung besteht darin, einen dritten Abstand


einzuschließen, d. h. n – b







Um die Beziehung aller Punkte zu bestimmen, ist jedoch ein
sorgfältig ausgearbeiteter Plan erforderlich, um alle
erforderlichen Abstände zu messen.
In diesem Beispiel wurden nur 21 Punkte in 2D erfasst. Große
Bereiche des Schädelgewölbes oder des Unterkiefers bleiben
weiterhin unbeaufsichtigt. Mit mehreren hundert Punkten in
3D wird diese Aufgabe sehr schnell mühsam und fehleranfällig.

Form durch Entfernungen erfassen

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Form durch Koordinaten erfassen

Landmark/Orientierungspunkt: Ein bestimmter Punkt auf einer biologischen Form oder ein
Bild einer Form, die sich nach einer bestimmten Regel orientiert.

Homologie
Biologische Homologie bezieht sich auf Ähnlichkeit der Struktur oder Entwicklung aufgrund
gemeinsamer Abstammung. Zum Beispiel sind der Flügel eines Vogels, die Vorderflosse eines
Delfins und der Arm eines Menschen homologe Merkmale, die sich aus dem Unterarm von
Tetrapoden ableiten. Die Homologie gilt sowohl für phylogenetische als auch für ontogenetische
Vergleiche.

Während sich die Homologie für den Biologen auf ganze organismale Einheiten (Moleküle,
Organe, Gewebe) bezieht, gilt sie für den Morphometriker für Messungen (z. B. Punkte, Kurven,
Warp-Scores). Zu sagen, dass sie homolog sind, bedeutet, dass die durch die Messung erhaltenen
Daten entsprechende Teile in verschiedenen Arten oder Entwicklungsstadien sind.

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Analogie
Augen in Cephalopoden (wie Oktopus) und Säugetieren haben die gleiche Funktion und sind
strukturell ähnlich, haben jedoch unterschiedliche Ursprünge (Invagination von Ektoderm vs.
Auswuchs des Gehirns).
Es gibt jedoch eine funktionelle Homologie z.B. für die Linse gelten da die gleichen Prinzipien
der Physik (im Gegensatz zu Insektenaugen). Die klassische Homologie bezieht sich nur auf den
Ursprung.

Traditionelle landmarks

Landmark Types

Typ1: diskrete Aneinanderreihung von Geweben. Gute Punkte


können durch den Schnittpunkt von drei Flächen im Raum, einer
Kurve und einer Fläche, durch die sie verlaufen, oder einer anderen
Kombination von Randbedingungen definiert werden, z.B. Bregma
(sagittal - koronale Naht), Dacryon.

Typ 2: Krümmungsextreme, die eine einzelne Struktur
charakterisieren - Spitzen, Punkte, Vertiefungen oder Kerben, z.B.
Mastoidale, Gonion

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Typ 3: Orientierungspunkte, die lokal durch Informationen aus mehreren
Kurven und durch Symmetrie gekennzeichnet sind.

Typ 3a: Schnittpunkt einer Firstkurve und der Mittelkurve auf derselben
Oberfläche, z.B. Basion, Opisthion

Typ 3b: Schnittpunkt einer beobachteten Kurve und der Mittelkurve, z.B.
Sphenobasion (Synchondrosis sphenooccipitalis - Mittelebene), Inion







Typ 3c: Schnittpunkt einer Gratkurve und einer beobachteten Kurve auf
derselben Oberfläche, beispielsweise wenn eine Naht eine Steigkurve
kreuzt, z.B. frontomalare orbitale (Sutura frontozygomatica - Orbitalrand),
Maxillofrontale

Typ 4: Semilandmarks auf Kurven (2D), vollständiger Satz von Punkten
entlang derselben Grenze, z.B. äußeres und inneres Mittelprofil des
Schädelgewölbes






Typ 5: Semilandmarks auf Oberflächen (3D), die in Bezug auf eine beliebige
Kombination von Punktlandmarken und Kurvensemilandmarken gleiten
dürfen, z.B. Euryon, Zygion

Typ 6: Konstruierte Semilandmarks, zum Beispiel Projektionen einer
Struktur zu einer anderen oder Orte, an denen einige einer anderen am
nächsten kommen, z.B. Orbitalrand (unterster Punkt), Porion
Richtige Haltung/Orientierung des Schädels nötig!

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Datenquellen für 2D und 3D Koordinaten

Surface Scan
(nur Oberfläche)

Kartesische (Cartesian) Koordinaten (rohe Daten)


Beeinhaltet Informationen über Ort, Maßstab, Lage und Form


Registrierung: zwei Punkte (Grundlinie)


links: gorilla mit landmarks.


rechts: Überlagerte Daten unter Verwendung der
Zweipunktregistrierung (Galton oder Bookstein) für
Landmarks 1 und 3. Mittlere Dreiecke für Männer (gepunktet)
und Frauen (gestrichelt). Gut für 2D-Dreiecke, aber in 3D
problematisch. Welche zwei Orientierungspunkte sollen für
die Grundlinie verwendet werden? (bei Procrustes
Superimposition kein Problem)

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Registrierung: Prokrustes Überlagerung/Procrustes Superimposition


Wird heute in der geometrischen Morphometrie als Standardmethode verwendet, da alle


verfügbaren Orientierungspunkte berücksichtigt werden, um die Konfigurationen in ein
gemeinsames Referenzsystem einzufügen und auf eine gemeinsame Größe zu skalieren.

Die Überlagerung von Prokrusten ist eine Methode der kleinsten Quadrate, mit der die
Parameter für Position und Ausrichtung geschätzt werden, mit denen die Summe der
quadratischen Abstände zwischen den entsprechenden Punkten in zwei Konfigurationen
minimiert wird. In den üblichen partiellen Procrustes-Analysekonfigurationen werden sie auf
eine gemeinsame Größe skaliert. Die Quadratwurzel der Summe der quadrierten Differenzen
der entsprechenden Orientierungspunktkoordinaten nach der Überlagerung ist ein Maß für die
Formdifferenz zwischen Konfigurationen (Procrustes-Abstand).

In der griechischen Mythologie bot Procrustes (Sohn von Poseidon) Reisenden ein Bett an und
streckte sie dann oder schnitt ihnen Kopf und Beine ab, wenn sie nicht perfekt passten. Theseus
stoppte seine Schreckensherrschaft, indem er Procrustes in sein eigenes Bett legte.

Die Überlagerung von Prokrustes ist auch bekannt als:
¾ Prokrustes Analyse
¾ Prokrustes Anpassung,
¾ verallgemeinerte Prokrustes Analyse/ Generalized Procrustes Analysis (GPA)
¾ verallgemeinerte kleinste Quadrate (GLS)
¾ kleinste quadratische Anpassung

Prokrustes Überlagerung/Superimposition:
¾ zentriert alle Formen am Ursprung (0,0,0)
¾ Skaliert normalerweise alle Formen auf dieselbe Größe ("Einheitsgröße" oder
Größe = 1,0)
¾ Dreht jede Form um den Ursprung, bis die Summe der quadratischen Abstände zwischen
ihnen minimiert ist (ähnlich der Anpassung der kleinsten Quadrate einer
Regressionslinie)
¾ sorgt dafür, dass die Formunterschiede minimiert werden

Quadriert den Abstand


aller Punkte, soll
minimal sein.
Nicht dieselbe Gestalt,
also passen sie nie ganz
übereinander.

Drehen: Die Quadratwurzel der Summe der Quadratabstände


zwischen Orientierungspunkten wird minimiert

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Procrustes Überlagerung

Generalized Procrustes Analysis (GPA):


Wenn es mehr als zwei Proben gibt (der übliche Fall), werden bei der GPA die Individuen einer
Stichprobe mit ihrem Mittelwert in Beziehung gesetzt. Zunächst ist jedoch kein Mittelwert vor
der Überlagerung verfügbar, während die Überlagerung selbst die Kenntnis der
Mittelwertkonfiguration erfordert. Diese Situation wird durch einen iterativen Prozess gelöst,
bei dem jedes Exemplar für den Mittelwert steht und alle Exemplare daran angepasst werden.
Somit kann ein erster Mittelwert berechnet und auf die Einheitsschwerpunktgröße skaliert
werden. Die Probe wird dann an diesen Mittelwert angepasst. Der Vorgang wird wiederholt, bis
die Differenz zwischen den Ergebnissen unter einem ausgewählten Schwellenwert (threshold)
bleibt. Die angepassten Daten (Formkoordinaten) für jeden Orientierungspunkt zeigen eine
nahezu kreisförmige unstrukturierte Variation um den Mittelwert. Alle Konfigurationen haben
eine Standardgröße. Diese Einheitsschwerpunktgröße wird verwendet, weil kleine kreisförmige
Zufallsvariationen an einzelnen Orientierungspunkten keine Korrelation zwischen Form und
diesem Größenmaß erzeugen (Bookstein 1991).

Centroid Size/Schwerpunktgröße:

Das Größenmaß muss unabhängig von Position und Ausrichtung sein.


Der Schwerpunkt ist der "Durchschnitt" aller Punkte einer Form bei
gleichmäßiger Dichte, gleich dem Massenmittelpunkt. In einer ebenen Figur
wie einem Dreieck ist es der Schnittpunkt aller geraden Linien, der die Figur
in zwei Teile mit gleichem Moment um die Linie teilt.

Die Schwerpunktgröße ist dann die Quadratwurzel der quadrierten
Abstände einer Reihe von Orientierungspunkten von ihrem Schwerpunkt.

Procrustes Überlagerung/Superimposition

Die Generalized Procrustes Analysis (GPA) liefert Procrustes-Formkoordinaten.


Formkoordinaten induzieren Procrustes-Formraum (sie befinden sich nicht im euklidischen
Raum, in dem die Rohdaten vorhanden sind). Procrustes Abstand ist ein Maß für den
Formunterschied zwischen den Formen. Prokrustes Formkoordinaten + natürlicher
Logarithmus der Schwerpunktgröße induzieren Prokrustes Formraum.

Form interpretieren:
Prokrustes Formkoordinaten müssen als Ganzes interpretiert werden, d. h. die Form dieses
Individuums unterscheidet sich von der Form eines anderen Individuums. Wir können die
relative Verschiebung einzelner Landmarks nicht interpretieren, da die Registrierung
willkürlich ist. Eine Registrierung ist nicht sinnvoll! Bei GPA geht es nicht darum, wegweisende
Verschiebungsvektoren zu visualisieren.

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Principal Component Analysis/Hauptkomponentenanalyse


Die Hauptkomponentenanalyse (PCA) ist ein Verfahren, mit dem alle Variablen
(Formkoordinaten, Größe) gleichzeitig behandelt werden können. Es verwendet eine
orthogonale Transformation, um einen Satz möglicherweise korrelierter Variablen in einen Satz
nicht korrelierter Variablen umzuwandeln (Hauptkomponenten = PCs). PCA ändert nichts, es
kontrastiert die Ansicht, indem Daten um ihre Hauptachsen gedreht werden. Die Gesamtvarianz
innerhalb der Daten bleibt gleich (wenn die Kovarianzmethode verwendet wird).



Die erste Hauptkomponente (PC1) wird so gefunden, dass sie einen möglichst großen Teil der
Variabilität ausmacht.
Die zweite Hauptkomponente (PC2) weist die zweithöchste mögliche Varianz auf und ist
orthogonal zu der ersten (= unkorreliert mit dieser).
Die nachfolgenden Komponenten erfüllen die gleichen Kriterien.

PCA erfordert einen linearen euklidischen Raum und eine
gemeinsame Normalverteilung. Es ist empfindlich gegenüber der
relativen Skalierung von Variablen. PCA extrahiert die
Eigenvektoren der Varianz-Kovarianz-Matrix. Diese Eigenvektoren
sind die PCs (Hauptkomponenten), die zugehörigen Eigenwerte sind
die Varianz, die von jeder PC-Achse erklärt wird. Die Proben werden
durch PC-Scores dargestellt (Position jedes Datenpunkts auf jeder
PC-Achse).

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Relative Verzerrungen/Relative Warps


Die Hauptkomponenten einer Verteilung von Formen in einem Raum, der Kendalls Formraum
berührt, werden "relative Verzerrungen" genannt. Sie liefern ein unterdimensionales Bild des
hochdimensionalen Raums der Formvariablen aus informativer Sicht.

Visualisierungsmethoden /Visualization methods


Multivariate Statistiken erzeugen Ergebnisse in Form von Unterschieden, Assoziationen,


Variabilität und anderen, die zur Visualisierung in den physischen Raum zurückgeführt werden
können. Zwei Methoden werden häufig angewendet:

Mit Vektoren ist es verlockend, Thin-plate spline berücksichtigt die


Verschiebungen einzelner Punkte zu relative Position aller
beschreiben. Formunterschiede sind Orientierungspunkte und visualisiert
jedoch insgesamt zu untersuchen. Formänderungen als Verformungsgitter.
Differenz mit Vektoren dargestellt z.B.
zwischen Mensch und Schimpanse, die
Vektoren müssen im Kontext betrachtet
werden.

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Thin plate spines/Dünnplatten-Splines:


Dünnplatten-Splines werden verwendet, um Formunterschiede zwischen zwei Proben als


globale Abbildung einer Probe auf die andere auszudrücken.

Thin-Plate-Spine (TPS) ist eine Methode zur Berechnung einer
Interpolationsfunktion für Verformungsgitter. Die Differenzen der
Orientierungspunktkoordinaten einer Referenz zu einer Zielform werden
verwendet, um diese Funktion für jede Koordinatenachse (x, y, z) zu
berechnen. Die resultierenden Koeffizienten der Formel können auf jede
Position einer Referenzebene angewendet werden, um die Position von
Punkten zu interpolieren, die nicht durch Landmarks erfasst wurden.

Der Algorithmus führt dies so aus, dass die resultierende Oberfläche die am
wenigsten gebogene Oberfläche ist, die durch die Referenzmarken verläuft. Die Metapher
dahinter ist die Simulation des Biegens einer unendlichen, unendlich dünnen Metallplatte (daher
der Name Thin-Plate-Spline).

Das Verziehen der Referenz zu dem Ziel


drückt Formunterschiede aus

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Extrapolation/Hochrechnung von Formunterschieden


Gemäß der TPS-Funktion


kann die Oberfläche einer
Probe zwischen Proben
(hier Mittelwert für
Geschlechter) verzogen
und die Visualisierung
übertrieben werden.

Semilandmarks

Die Geometrie zwischen traditionellen Orientierungspunkten kann nicht durch einen


orientierungspunktbasierten Ansatz erfasst werden und geht daher für die quantitative Analyse
verloren. Es gibt jedoch viele informative Regionen zu biologischen Objekten, die einfach keine
traditionellen Orientierungspunkte haben. Wünschenswert wäre daher ein Verfahren für
Kurven und Flächenfelder, mit dem diese in die Landmarkendaten integriert werden können.
Diese Methode ist der Semilandmark-Ansatz, mit dem zuvor unbeaufsichtigte Bereiche erfasst
werden können.

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Identifizieren:
Orientierungspunkte und
Semilandmarken werden auf einer
Vorlage und einem Zielformular
identifiziert. Tangenten (oder Rutschen: Halbmarkierungen
Tangentialebenen in 3D) werden dürfen auf einer Tangente (oder
berechnet. Tangentialebene in 3D) nach
einem Kriterium der minimalen
Biegenergie gleiten.

Projekt: Da sie sich jetzt außerhalb


der Oberfläche befinden, werden sie
zurück auf die ursprüngliche
Oberfläche des Ziels projiziert. Der
Vorgang wird solange wiederholt, bis
die Unterschiede vernachlässigbar
sind.


Alle Proben werden iterativ gegen den Procrustes Mittelwert bis
zur Konvergenz entspannt. Dadurch erhalten die
Semilandmarken eine geometrische Homologie innerhalb der
Probe.

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Tiroler Eismann

Die älteste Eismumie der Welt (5.300 Jahre). Der am 19.


September 1991 in den Ötztaler Alpen gefundene „Tiroler
Eismann“, in der für ihn in Innsbruck angefertigten
Untersuchungsbox.
¾ Fundort am Similaun Gletscher (3208m)
¾ Feuersteindolch
¾ Pfeilspitzen
¾ Kupferbeil
¾ Tätowierungen

Erster CT-Scan des „Tiroler Eismannes“. Die Grauwerte für Weichteile (500-
1.200) und für Knochen (1.100-2.700) sind teilweise überlappend. Knochen
werden virtuell „rausgeholt“, ohne dass man die Weichteile zerstören muss.
Ein späterer CT-Scan an der Innsbrucker Universitäts Klinik, dr auch die
Halswirbelsäule erfasste, war Grundlage für die weiteren anthropologischen
Untersuchungen am Schädel des Eismannes.

Anatomische Landmarks können am segmentierten Schädel des Eismannes
als Koordinaten genommen werden.



Virtueller Endocast des Tiroler Eismannes und Röntgenprojektionen, die das geschrumpfte
Gehirn in der Schädelkapsel zeigen (Gehirn geschrumpft durch Eis).

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Tiroler Eismann: Rekonstruktion der Weichteile von John Gurche.


Die Weichteilrekonstruktion ist teilweise wissenschaftlich -> Messwertansätze.
Lippenform, Augen und Haare sind nicht reproduzierbar, obwohl diese Merkmale am
wichtigsten sind! Entstandenes Bild ist pure Fantasie.


Erste Versuche zur Darstellung der Asymmetrien: Spiegelung der linken Schädelhälfte auf die
rechte bzw. des linken Oberkiefers auf den rechten (orientierte Aufnahmen des SL-Modell).



















Gletschereis fließt (sehr langsam) und übt Druck aus (5kg) -> Deformation.

Eintrittswunde in der linken Schulter und die abgebrochene Pfeilspitze im
Röntgenbild. Erst 2001 entdeckt, dass Ötzi von hinten aufgespießt wurde ->
tot.

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Stereolithographie in der Paläoanthropologie

A. Subclavia durchtrennt
-> Verblutung (Blutstillung fast
unmöglich!)

Rapid Prototyping

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