TUGAS IN SILICO AMPLIFICATION

MATA KULIAH BIOLOGI MOLEKULER II

Disusun oleh :

LUSI OKTAVIANA
223510045

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

PROGRAM SARJANA TERAPAN
SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN
WIRA MEDIKA BALI
DENPASAR
2022
Hasil yang diperoleh:

1. Nama gen dan sekuenFasta gen yang andapilihdari NCBI :

>KV841466.1 Staphylococcus aureus strain HMSC76G03 genomic

scaffold Scaffold17, whole genome shotgun sequence
TTTCGAACTTCTGGACGTTCGATTTTCGAACTTCCTTCTCGCCGTAAGGTTCAACATCGTTTTCTT
CTTT
TTCTATTTTGTAAATATCACGTTCTGTGACAATAGGTTTCATTAAATATAGAATATTTGGTTTATT
TAAA
CCACGTCGTTTTTGAATGAGTAGACCATCGTTTTCTAACCCTTTTTTTATTTTTGTTAACTTTTCT
TTTT
TACAATTTAAGATTTCCATTAGCTTTTCATTTGAATAAACAAAGTAAATGTTACCATCTTCATCAA
CCCA
GCTATTTTTAATAGATAAATTTAAGCGATCACGTAAGATAGCATAGGCTATTTTCATATCATTAGT
TAGA
TTTTTATAATTTTCACTGGTAAAGAATACTTTAGGGATTTGATAAAATCTTTCTTTGTAATTTTCT
TGCA
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AGTA
GTTGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATA
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ATGTTTATTTTTATTTATTAATCACTTTATTATTAAGCATTATAAGCTTATAATATTTTATCAAGG
GTTT
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AGTA
AGCAAACGATTTTTAATAATATTAAGCGATTGAATATAGAGACAATAAAACAGGAAAACACTTCGT
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CAAA
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ATGA
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TATC
CCTTTGATACATCTACTAACACTAGACAAAACGTTGATGCACAAGAAAAAACATATACTACTAATC
CTGT
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TCAA
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GATA
GTGATATAGAAGAAAAGAGTGAAGAAACGGAACCTAAAAAGGGGTTTTGGAGTCGTTTGTTTGGTA
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AATC
ATCGATTATGTAAACTAAAGTATTTCAAATAATTAACTGTATTAATACTCTCATCATGATTGCGTT
ATAA
ACGTTCGTTATTGAGACAAAATTTAATAGTACTACTACACAAAAAGAGAGTGCGAATTCGCACTCT
CTTT
T

2. Screen-shoot keluaran/ output Primer 3 Plus

3. Amplifikasi PCR secara Virtual
4. Hasil Amplifikasi PCRmenggunakan In Silico PCR (dari 60 strain, ada
8 strain yang sesuai), panjang 250bp.

5. Daftar hasil yang diperoleh;

NO GENOME
4 Staphylococcus aureus CA-347
18 Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1
19 Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9
Staphylococcus aureus subsp. aureus
23
MRSA252
Staphylococcus aureus subsp. aureus
24
MSHR1132
28 Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
42 Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60
Staphylococcus aureus subsp. aureus
45
USA300_TCH1516