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1. Genomics, transcriptomics, Proteomics, Metabolomics 2. 3.

Das Transkriptom ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten, das heit von der DNA in RNA umgeschriebenen Gene, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-Molekle 4. microarrays und DNA / RNA Sequenzierung 5. Microarrays sind Trger auf denen DNA-einzelstrnge aufgebracht sind. Zu Untersuchende und vorher mit Farbstoffen markierte DNA-Strnge knnen nun ran hybridiesieren, nicht hybridiesierte DNA-Strnge werden ausgewaschen. Hhere genexpression fhrt somit zu einer hheren Frbung. Prinzip : hybridisierung 6. Spotted Microarrays: cDNA oder einfach Oligonukleotide werden auf einen Trger gedruckt Oligonukleotid-Microarrays: knstlich hergestellte Oligonukleotide 7. teuer und eventuell teilweise hybridisierung von hnlichen DNA-Strngen 8. hhere Auflsung und hohe Reproduktionsraten 9. static , time-series 10. Proteom: Die Gesamtheit aller Proteine in einem Lebewesen, einem Gewebe, einer Zelle oder einem Zellkompartiment, unter exakt definierten Bedingungen und zu einem bestimmten Zeitpunk. Proteomics: Erfoschung des Proteoms Metabolom: Das Metabolom fasst alle charakteristischen Stoffwechsel-Eigenschaften einer Zelle bzw. eines Gewebes oder Organismus zusammen. Metabolomics :Erforschung des Metaboloms Verstndnis von dem ganzen Zeug ist der Sinn der systembiologie 11. eventuell Proteine und Metaboliten unterscheiden sich voneinander mehr als RNA 12.Elektrophrorese: Wanderung von (geladenen) Teilchen durch ein elektrisches Feld Wandergeschwindigkeit hngen von Gre und Ladung der Teilchen ab 13. 2-D-elektrophrorese: Trennung von Proteinen nach zwei unterschiedlichen Eigenschaften in zwei einzelnen Stufen Erster Schritt: Trennung nach isoelektrischer Fokussierung also trennung nach dem Isoelektrischen Punkt, die Proteine werden denaturiert, ihre aminosurereste wander durch ein gel mit pH-Gradient anhand eines elektrischen Feldes. Erreichen sie den pH-Wert ihres

isoelektrischen Punkts, so ist die Ladung des Aminosurerests aufgehoben und es wandert nicht weiter. Sie ordnen sich also am pH-gradienten nach ihren iPs an. Zweiter Schritt: trennung mit SDS-elektrophorese anhand der Moleklgre SDS bindet immer gleich an die Aminosurereste und erzeugt dadurch fr jedes Protein ein hnliches Masse/Ladungs-verhltnis. Alle Proteine sind so auch negativ geladen. Kleine teilchen wandern nun schneller als groe. 14. Stainings: Coomassie Blue Stain / Silver Stain / Fluoresecnt Stain 15. biochemische Reaktionen verlaufen sehr schnell. Daher muss die Probennahme und auch das stoppen der Reaktionen sehr schnell erfolgen 16. Quenching mit: kalt gepuffertem Methanol oder flssigen Stickstoff Problem beim quenching: cell leakage; Zellwand wird durchlssig und Stoffe treten aus 17. erschlieen der Struktur und Dynamik von Zellnetzwerken durch Rckschlsse von erhaltenen Daten. 18. 19. Primrstruktur : Aminosuresequenz Sekundrstruktur : Anordnung der AS z.B Alpha-helix, beta-faltblatt oder Zufallsknul Tertirstruktur : weitere Struktur der helix oder Falblattstruktur durch intramolekulare Wechselwirkungen Quatrstrultur: Anordnung von mehreren Polypeptiden zu einem Komplex 20. 21. Vorteile: qualitative und quantitative Interpretation von Gen-Gen-wechselwirkungen Solide statistische Basis Annehmbar fr diskrete und kontinuierliche Verteilung von Variablen Nachteile: Auftreten von gleichwertigen Grafen Feedback schleifen knnen nicht modelliert werden Dynamiken werden nicht mit einbezogen (Z.B Zeitverzgerungen) 22. Clustering: Einordnung von Genen in Gruppen, wobei ungleiche Gene in unterschiedliche Gruppen kommen 23. Pearson correlation, und Spellman rank correlation 24. 25.currrency metabolits z.B. ATP, ADP, NADH, NAD+, H2O Currency Metabolites sind Trger von transferierbaren Elektronen und funktionellen Gruppen welche an vielen Reaktionen

Teilnehmen. Problem knnte sein: Beim Stoffwechselweg hat man einen shr langen Pfad mit einzelnen zwischen Produkten. Der Pfad ber die currency Metabolites ist sehr kurz . 26. K. pneumoniae 27. keine dynamik weil es ideal sein soll. Bei realen Systemen htte man als dynamik z.B. osszilation: nderung von h2 und co2 28. V1 B C D E F G H 1 V2 -1 1 -1 1 1 -1 1 -1 1 -1 1 -1 1 -1 -1 V3 V4 -1 V5 V6 V7 V8 V9 V10

29. 30. 31. 32. Deterministisches Chaos ist ein irregulr erscheinendes chaotisches Verhalten, welches jedoch den Regeln einer deterministischen Dynamik folgt. Die scheinbare NichtReproduzierbarkeit des Systemverhaltens entsteht durch die Nicht-Reproduzierbarkeit der (exakten) Ausgangsbedingungen, das heit in chaotischen dynamischen Systemen ist die starke Kausalitt nicht gegeben: hnliche Ursachen fhren nicht zu hnlichen Wirkungen. Das Verhalten wird nicht durch zufllige uere Umstnde, wie beispielsweise Rauschen, verursacht. 33. systematische beschreibung von diskontinuierlichen Vernderungen der Transferfunktion Zweig der allgemeineren bifurkations theorie und singularitts Theorie Beispiel A3-Cusp (scheitelpunkt) 34. Die Hauptkomponentenanalyse (das mathematische Verfahren ist auch bekannt als Hauptachsentransformation oder Singulrwertzerlegung) oder englisch Principal Component Analysis (PCA) ist ein Verfahren der multivariaten Statistik. Sie dient dazu, umfangreiche

Datenstze zu strukturieren, zu vereinfachen und zu veranschaulichen, indem eine Vielzahl statistischer Variablen durch eine geringere Zahl mglichst aussagekrftiger Linearkombinationen (die Hauptkomponenten) genhert wird. (Wikipedia)

35. Monte-Carlo-Simulation oder Monte-Carlo-Studie, auch MC-Simulation, ist ein Verfahren aus der Stochastik, bei dem sehr hufig durchgefhrte Zufallsexperimente die Basis darstellen. Es wird dabei versucht, mit Hilfe der Wahrscheinlichkeitstheorie analytisch nicht oder nur aufwendig lsbare Probleme numerisch zu lsen. (Wikipedia)

36. 37. SBML (Systems Biology Markup Language) MIRIAM Minimal Information Required In the Annotation of Models CellML 38. AS Produkte: Lysin und Threonin Mikroorganismen: C. glutamicum fr Lysin E.coli fr Threonin 39. Repression von Enzymen die inhibierend auf die Aminosureproduktion wirken. Overexpression von Enzymen die bei der Produktion der geforderten Aminosure beteiligt sind 40. Wenn eine Zelle ein Stoff synthetisiert kann die Aktivitt der Produktsynthese durch Feedback Regulation verstrkt (Positive feedback loop) oder inhibiert (negativ feedback loop) werden. Damit kann die Zelle die Synthese eines Stoffes und somit die vorhandende Menge/Konzentration desselben kontrollieren.

41. wahrlose Mutation bis ein Stamm die inhibierung nicht mehr aufweist. 42. 43. -> 41