Zellbiologie ULTIMATE FK

Protein tagging: Was ist das? Anwendungen, Beispiele,

Lokalisationsbestimmung von Proteinen. Welche Fehler können auftreten?

Was ist das?

Protein Markierung → kurze DNA-Sequenzen werden an rekombinante Proteine
angehängt (N- oder C-terminal). Der Zielorganismus exprimiert das poi mit dem Tag.

Anwendung
• Affinity tags
o Proteinaufreinigung
o Chitin binding protein CBP, maltose binding protein MBP, Strep-Tag,
GST-Tag, His-Tag
• Solubilization tag
o v.a für Proteinexpression in Bakterien (chaperone deficient species) um
korrekte Faltung zu ermöglichen
o TRX, poly(NANP), GST, MBP
• Chromatography tag
o Verbesserung der chromatographischen Eigenschaften
o FLAG-Tag, His-Tag, Xpress-Tag
• Epitope tag
o Kurze Peptidsequenzen
o Produktion hochaffiner AK
• Fluorescence tag
o Visual readout
• induzierbare Fällungsreaktionen (z. B. ELP-Tag, 18A-Tag, ELK16-Tag)

Beispiele
• His-Tag
o Mind. 6 Histidine
o Reinigung des Proteins mittels Affinitätschromatographie
o Nachteil: unter physiologischen Bedingungen können die Wirtsproteine
unspezifisch binden. Kann Einfluss auf biologische Aktivität und die
Tertiärstruktur haben.
• FLAG-Tag
o Eluiert wird mit chelatierenden Agenzien wie EDTA. Man erhält
Proteine mit hoher Reinheit, allerdings ist die Matrix in Bezug auf die
Proteinausbeute und im Vergleich mit anderen Matrices teuer. Der
immobilisierte Antikörper ist auch nicht so robust wie andere Matrices.
• GST-Tag
o GlutathionS-Transferase-Tag. Häufig für die Reinigung unter
physiologischen Bedingungen. Es kann auch die Löslichkeit von
Proteinen fördern.

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 o Nachteil: Große Proteine neigen in Fusion mit dem GST-Tag zum
Ausfallen. Neigung zur Dimerisierung der rekombinanten Proteine.
• GFP-Tag

Proteinlokalisation:
• GFP Fusionsprotein: Proteinlokalisation (zeitlich und räumlich) über Nachweis
einer Protein-Protein-WW mit GFP markiertem Protein.
• NANO-VID: Nano-Vid Mikroskopie beruht auf der Detektion von Goldpartikeln,
welche als Marker dienen. Damit ist es möglich die intrazelluläre Dynamik von
speziellen Proteinen zu untersuchen.
• Quantum dots: Ein Quantenpunkt ist eine nanoskopische Materialstruktur,
meist aus Halbleitermaterial, welches zur Markierung biologischer Materialien
eingesetzt wird.
• Pulse-Chase Analyse: Dabei werden die Zellen mit einer radioaktiv markierten
Substanz für eine kurze Zeit (Pulse) und anschließend mit der unmarkierten
Substanz (Chase) inkubiert. So kann mittels Radioaktivitätsmessung der
Verlauf der Komponente bestimmt werden.

Wie ist ein Fluoreszenzmikroskop aufgebaut? (Zeichnen) Was ist

Immunfluoreszenz? Wie funktioniert direkte und indirekte Immunfluoreszenz?

Dichroitischer Spiegel

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Immunfluoreszenz: Hierbei werden Antigene mittels Antikörpern, an die ein
Fluorochrom (fluoreszierender Farbstoff) gebunden ist, markiert und somit sichtbar
gemacht.
Prinzip: fluoreszierende Stoffe werden mit Licht einer Wellenlänge angeregt und
emittieren dadurch wenig später Licht einer anderen längeren Wellenlänge. Die
Detektion erfolgt direkt im Fluoreszenzmikroskop.

Direkte Immunfluoreszenz: Spezifische AK für das zu untersuchende Protein wird mit

Fluorochrom gekoppelt → AK binden nur spezifisch an den gesuchten Proteinen →
nicht gebundene AK lassen sich wegwaschen

Indirekte Immunfluoreszenz: Zwei AK. Erster AK bindet an Antigen. Danach bindet

ein zweiter AK, an welchem ein Fluorochrom gebunden ist.

Was ist GFP? Wozu dient es? Was muss man beim Arbeiten mit GFP
beachten? Welche Probleme können auftreten?

Green fluorescent protein GFP

Stammt aus einer Qualle
Fluoresziert bei Anregung mit blauem oder UV-Licht grün

GFP kann mit beliebigen Proteinen fusioniert werden (Anhängen auf DNA-Ebene –
Zielorganismus exprimiert rekombinantes Protein) – ist relativ groß (27 kDA)
= dient als Reportergen
• Um die Aktivität von Promotoren sichtbar zu machen, wird das GFP-Gen unter
Kontrolle des untersuchten Promotors in den Zielorganismus transformiert. In
allen Zellen, in denen dieser Promotor aktiv ist, lässt sich dann die grüne
Fluoreszenz nachweisen. Dies läßt sich in lebenden Organismen beobachten,
so daß auch Untersuchungen zur Dynamik möglich sind.
• Fusion von GFP mit gene of interest → Expression in Zielorganismus
o dient zur Bestimmung der räumlichen und zeitlichen Verteilung eines
Proteins

Probleme
• N- oder C-terminale Fusion
• Aktivität des Proteins kann betroffen sein
• Lokalisation des Proteins kann sich ändern
• Faltungseigenschaften verändern sich
• bei hoher Expression → Bildung von Peroxid bei der Entstehung von
Fluorophor kann die Zelle unter Stress setzen und schädigen

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Was versteht man unter FISH?

Man verwendet Fluoreszenz-markierte DNA-Sonden, die spezifisch an bestimmte

DNA-Stellen auf den Chromosomen binden können. Diese Verbindung bezeichnet
man als Hybridisierung. Bindet eine solche gefärbte Sonde an die DNA, können
mittels Mikroskops die Lokalisation und die Anzahl der Kopien ausgewertet werden.

Indirekt: komplizierter, aber sensitivier

Northern Blot
molekularbiologische Methode zur Übertragung (Blotten) der in der
Gelelektrophorese aufgetrennten RNA auf eine Membran. Auf der Membran ist die
spezifische Markierung von RNA-Sequenzen durch die Hybridisierung mit
komplementären Gensonden möglich.

Southern Blot

• Ziel-DNA Verdau
• Elektrophoretische Auftrennung
• Transfer auf Membran & Fixierung (Hitze 2h 80°C oder UV-Strahlung)
• Blockierung unspezifischer Bindungsstellen
• Vorbereitung der Sonde
• Hybridisierung
• Waschschritte
• Detektion

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Was ist Unfolded Proteine Response? Welchen Zweck hat sie? Erkläre den
Mechanismus!
Zelluläre Stressreaktion auf eine bestimmte Konzentration an fehlgefaltenen
Proteinen im ER.

Ziel der UPR ist die Wiederherstellung der normalen Zellfunktion

• durch die selektive Unterdrückung von Translationsprozessen,
• durch den Abbau der falsch gefalteten Proteine und
• durch die Aktivierung von Signalwegen zur verstärkten Synthese von
Chaperonen, welche für eine korrekte Proteinfaltung notwendig sind.
Funktioniert das nicht → Apoptose

Eine zentrale Rolle für die Regulation von UPR spielen die Proteinkinasen Ire1
(Inositol-requiring Enzyme 1) und PERK (Protein Kinase RNA-like ER-Kinase) sowie
der Transkriptionsfaktor ATF6 (Activating transcription factor 6).

PERK • Stress-Sensor
• Kinase-Aktivität
 Phosphoryliert elF2α Eukaryotic Initiation Factor 2
 Transkriptionelle Attenuation & cell-cycle-arrest
IRE1 • Kinase/Endoribonuklease
• Spleißt (inaktive Formen von) Hac1, XBP1 und bZIP60
 Wirken danach als Transkriptionsaktivatoren für UPR-Gene
ATF6 • Transkriptionsaktivator
• Wird im Golgi von Proteasen geschnitten → aktive Form
• Aktive Form → Nucleus → Aktivierung von UPR-Genen

Akkumulieren fehlerhaft gefaltene Proteine im ER, wird Ire1 aktiviert.

Die ungefalteten Proteine werden durch Bip (Chaperon) gebunden, dadurch
dimerisiert Ire1 und spleißt als Dimer die unreife Hac1-mRNA, bringt diese dadurch in
die aktive Form. Hac1 wird dann in den Zellkern transportiert, wo es als
Transkriptionsaktivator für UPR-Gene dient.

Wie funktioniert Hefe 2 Hybrid System? Welche Einschränkungen gibt es?

= Methode zum Nachweis von Protein-Protein-Interaktionen auf genetischer Basis.

Transkriptionsfaktor besteht aus 2 Domänen – eine zum Binden an DNA

(Bindedomäne) und eine, welche die Transkription aktiviert (Aktivierungsdomäne).
Meist wird das über den GAL4-Transkriptionsfaktor gemacht.

Man erstellt 2 verschiedene Fusionsprodukte (Plasmide)

• GAL4-BD + goi 1
• GAL4-AD + goi 2
Ein Hefestamm, das kein funktionierendes GAL4-Gen hat wird mit beiden Plasmiden
transformiert. Wenn die beiden goi bzw. poi in Wechselwirkung treten, entsteht ein
funktionsfähiger GAL4-TF → ein Reportergen wird abgelesen (z.B. AB-Resistenz).

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Dieses codiert im ersten Fall für ein Hybridprotein, das aus der GAL4-BD besteht und
an der sich die Aminosäuresequenz anschließt, für die ein potentieller
Bindungspartner gefunden werden soll (Bait-Protein, Köderprotein). Das zweite
Plasmid codiert ein Hybridprotein, das sich aus der GAL4-AD und im Anschluss aus
einem möglichen Bindepartner für das Bait-Protein zusammensetzt (Prey-Protein,
Beuteprotein).

Einschränkungen: falsche Faltung, falsches Milieu, falsch positive und falsch

negative Ergebnisse
• Interaktion der zu untersuchenden Proteinen muss im Zellkern passieren
• Hefe → andere posttranslationale Modifikation als z.B. in Säugerzellen

Split-Ubiquitin Assay ist eine spezielle Form des Yeast-Two-Hybrid-Systems.

Wozu werden diese Techniken verwendet? Wie funktionieren diese?
Einschränkungen, VT, NT und Alternativen

Nachteile: Wie bei Y2H → hoher Hintergrund, gestörte posttranslationale

Modifikationen (wegen non-mammalian expression system), pipapo

Vorteil: Analyse der Interaktion zwischen unlöslichen, hydrophoben Proteinen (wie

integrale Membranproteine) und nicht nukleären Proteinen

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Beschreibe im Detail 2 Methoden zur Untersuchung der subzellulären
Lokalisation von Proteinen (+ Vor und Nachteile)
(Alternativen zur subzellulären Lokalisation eines Proteins? (Alternative zu
GFP))
s.o.

Nachweis von Protein-Protein WW

Welche anderen Methoden für Protein-Protein-Wechselwirkungen kennst du?

PCA – Protein-fragment Complementation

• Nachweis einer Bindung durch Komplementation von Fragmenten eines
Reporterproteins, das zuvor in zwei inaktive Teile zerlegt wurde.
• Je ein Teil wird an die beiden zu untersuchenden Proteine als Fusionsprotein
angehängt, wodurch bei einer Bindung der beiden Proteine die angehängten
Teile rekonstituiert und das Reporterprotein aktiv wird.
• Ein Fragment wird als Fusionsprotein an ein Köderprotein (engl. bait protein)
gekoppelt, das zweite Fragment an ein Beuteprotein (engl. prey protein).

Co-IP
• Mittels eines AK wird ein Antigen aus einer Lösung konzentriert
• AK an eine stationäre Phase gebunden, passendes Antigen bindet daran
• Das Antigen bindet mitsamt seinem Interaktionspartner → Copräzipitat
• Es können ganze Proteinkomplexe präzipitiert werden

FRET
• Das zu untersuchende Proteinpaar wird mit Paaren fluoreszierender oder
sonstiger lumineszierender Farbstoffe markiert,
• Bei Interaktion der zu untersuchenden Proteine gibt es eine Zunahme des
Förster-Resonanzenergietransfers zwischen den gekoppelten Farbstoffen

Cross-Linking
• Künstliche Vernetzung zwischen Proteinen
• Kovalente Fixierung, sodass eine nachfolgende
o Größenausschlusschromatographie
o Oder SDS + Identifizierung per Western-Blot oder MS erfolgen kann

Vor- und Nachteile der Elektronenmikroskopie

Vorteile: deutlich höhere Auflösung als Fluoreszenzmikroskopie, Möglichkeit der

Oberflächenanalyse - 3D Rekonstruktion, große Tiefenschärfe, bessere plastische
Darstellung

Nachteile: aufwendige Vorbereitungen, Schädigung der Objekte durch e-Strahl,

keine lebenden Objekte, Vakuum nötig, teuer

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Was ist FRAP und wozu wird es verwendet?
= Fluorescence recovery after photobleaching
• In-vivo-Analyse von biomolekularer Dynamik
• Es werden zunächst die Membranproteine oder Membranlipide mit einem
Fluoreszenzfarbstoff (Fluorochrome) markiert.
• Durch Belichtung eines Membranausschnitts mit Hilfe eines Lasers kommt es
zur irreversiblen Ausbleichung des Farbstoffs an dieser Stelle der Membran.
• Durch Diffusion gelangen nach und nach ungebleichte fluoreszierende
Moleküle in den ausgebleichten Membranbereich, wodurch sich die
Fluoreszenz wieder deutlich erhöht.
• Aus der Geschwindigkeit der Fluoreszenzzunahme kann die
Diffusionsgeschwindigkeit der markierten Membranbestandteile ermittelt
werden.
• Fluoreszenzmikroskopie

Was versteht man unter Zellfraktionierung? Welche Methoden der

Zellfraktionierung kennen Sie und auf welchen physikalischen Eigenschaften
beruhen diese? Welche Methode wird gewöhnlich zur Reinheitsüberprüfung
angewendet?
= die Trennung der Bestandteile einer Zelle nach einem Zellaufschluss

Methoden
Differenzielle Zentrifugation
• Trennverfahren, bei dem zelluläre Komponenten durch mehrere serielle
Zentrifugationen bei immer höheren Geschwindigkeiten aufgetrennt werden.
• Man macht sich zunutze, dass Zentrifugation die Zellkomponenten auf der
Basis ihrer Größe und Dichte auftrennt.
• Große und dichte Komponenten wandern am schnellsten und bilden ein
Pellet.
• Der Überstand wird abgenommen und bei etwas höheren Geschwindigkeiten
zentrifugiert.
• Dieser Vorgang wird wiederholt und bei jeder erneuten Zentrifugation wird die
Geschwindigkeit erhöht.

Dichtegradientenzentrifugation
• Probe wird auf die Oberfläche der Lösung+Gradient gegeben
• Während der mehrstündigen Trennung sedimentieren die Moleküle mit
unterschiedlicher Geschwindigkeit
• Trennung erfolgt, solange die Dichte der Probe höher ist als die Dichte des LM
und umso schneller, je größer der Dichteunterschied ist
• Gleichgewicht => verschiedene Banden der Bestandteile der Probe
o Vorsicht: Banden können sich durch Diffusion, Vibration und Stöße
vermischen (zügig und erschütterungsarm fraktionieren)

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Aufbau von Biomembranen; laterale Beweglichkeit; Fluidität der biologischen
Membran; flip-flop

• Lipiddoppelschicht
o Amphiphile Lipide mit hydrophilem Kopf und hydrophoben Schwanz
o 3 Haupttypen von Lipiden
▪ Phospholipide (meist Phosphoglyceride)
▪ Sphingolipide
▪ Cholesterin
• Periphere oder integrale Membranproteine
o Daran können Kohlenhydrate gebunden sein

• Biomembranen sind asymmetrisch

o sie haben eine dem Cytoplasma zugewandte plasmatische Seite (P-
Seite) und eine extraplasmatische Seite (E-Seite)

Laterale Beweglichkeit (seitlich)

• Flüssig-Mosaik-Modell
• Lipide und integrale Membranproteine können lateral ungehindert in der
Lipidmatrix diffundieren
o sofern dies nicht durch spezifische Wechselwirkungen unterbunden
wird

Fluidität

Fluidität eines Moleküls ist

abhängig von:
Molekülgröße
Interaktion mit anderen Mol.
Temperatur
Lipidzusammensetzung

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Flipflop
• Seitenwechsel eines Lipidmoleküls in einer Membran
• Seltenes Event
• Passiert spontan oder katalysiert durch eine Flippase (ATP-abhängig)
• Es ist auch möglich, dass der Einbau von neuen Lipiden zunächst
ungleichmäßig passiert, jedoch später die Flipflops das Gleichgewicht
wiederherstellen.

Biologische Membranen sind vielfach durch Asymmetrie gekennzeichnet. 1.

Was versteht man darunter und 2. wie kann diese Membran asymmetrie
erzeugt/aufrecherhalten werden?
Biomembranen sind asymmetrisch: sie haben eine dem Cytoplasma zugewandte
plasmatische Seite (P-Seite) und eine extraplasmatische Seite (E-Seite).
• Asymmetrisch in Bezug auf Lipid- und Proteinzusammensetzung
• Membranen sind strukturell und funktionell asymmetrisch
• Innenmembran v.a. Phosphatidylserin und PIP (macht alles negativer)
Ein gleichmäßiges Wachstum wird nur erreicht, wenn Phospholipide gut verteilt
werden. Das ist Aufgabe von Phospholipid-Flippasen (ATP abhängig):
Flippasen = Transfer von Lipiden zum inneren monolayer
Floppasen = Transfer zum äußeren Monolayer
Scramblase = beide Richtungen, bis Gleichgewicht hergestellt ist

Beschreibe in Stichworten den Mechanismus der Regulation der

Membraneigenschaften durch SREBP
• SREBPs = Sterol regulatory element-binding protein
• An ER-Membran gebundene Proteine mit 3 Domänen
o C-terminale Domäne bindet Transmembranprotein SCAP, welches als
Cholesterin-Sensor wirkt
o N-terminale Domäne ist ein in der Membran fixierter Transkriptionsfaktor
• Bei hoher intrazellulären Cholesterinkonzentration:
o SREBP-SCAP-Komplex bindet an Insig-Protein (Insulin-induced gene
protein) → Fixierung von SREBP in Membran, kein Weitertransport
• Bei niedriger intrazellulären Cholesterinkonzentration:
o SREBP wird nicht in der ER-Membran fixiert
o Wird dann zum Golgi-Apparat transportiert
o Dort folgt eine proteolytische Spaltung durch MBTPS1
→ reifer Transkriptionsfaktor
o TF wandert in Zellkern
o Hochregulierung der Transkription von HMG-CoA-Reduktase und
LDL-Rezeptoren
→ Mehr Cholesterin-Synthese, mehr Cholesterin aus Blutbahn in Zelle
durch LDL
Selbstregulatorisch! da sie über ihre Funktion die Cholesterinkonzentration
intrazellulär erhöhen, was ihre eigene Expression wieder hemmt.

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Membran Proteine: Welche gibt es? Wie werden sie in der Membran verankert?
• Integrale Membranproteine
o Transmembranproteine
o Tief eingebettet oder durchspannen Lipiddoppelschicht vollständig
• Periphere Membranproteine
o Relativ lose an der Membranoberfläche gebunden

Verankerung
• GPI-Anker
o Glykosylphosphatidylinositol
o Kovalente Verknüpfung von Phosphatidylinositol an das C-terminale
Ende eines Proteins über eine Glykankette und Ethanolamin auf der
äußeren Seite der Membran (exoplasmic face)
• Prenylation
o Isopreneinheiten werden über eine Thioestherbindung an ein
Cysteinrest nahe des C-Terminus gebunden.
• Acetylierung
o Beispiel Myristylierung
Phosphoglycerid, Membranlipid,
▪ Anfügen von Myristinsäure an N-
Signaltransduktion
terminalen Glycinrest von Proteinen
Regulierung von
Transportprozessen
Was ist PIP?
• Phosphatidylinositol
• Glycerin, zwei FS und Phosphorsäurerest → Esterbindungen
• Als polare Gruppe Inosit
• Die Kopfgruppe kann durch spezifische Kinasen phosphoryliert und durch
Phosphatasen wieder dephosphoryliert werden.
• Verschiedene Formen von PIP → PIPs (Unterschied: Position, an der das
Inosit phosphoryliert ist)

Skizziere die chemische Struktur von Phosphatidylcholin &

Phosphatidylethanolamin & Phosphatidylinositol & Posphatidylserin

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Was sind „Membrane Rafts“ und welche Bedeutung haben sie?
• Bereiche bzw. Mikrodomänen in Membranen
o Membran in diesem Bereich dicker
o Hoher Gehalt an Cholesterol und Sphingolipiden
o Lipidflöße
▪ Sind dynamisch, bewegen sich im Ganzen durch die Lipidschicht
o „signalling platforms“
▪ Anreicherung von Proteinen, die an der Signaltransduktion
beteiligt sind, v.a. Membranrezeptoren
o Funktionelle Bereiche, über die biochemische Reaktionen räumlich
getrennt werden
o Wechselwirkung mit Zytoskelett
▪ Regulierung der morphologischen Erscheinung von Zellen

Cytoskelett: 3 Bestandteile (Proteinfamilien); Was ist dynamische Instabilität?

Wovon ist sie abhängig und wo tritt sie auf?

Mikrotubuli 20-30nm
• Hohlzylinder
• sind aus globulären Tubulin-Untereinheiten aufgebaut; Tubulin ist ein
Heterodimer aus α- und β- Tubulin, Diese Subunits können miteinander
interagieren: Fast immer bauen 13 Protofilamente einen Tubulus auf. Ein
Mikrotubulus ist polar, alle Protofilamente haben die gleiche Orientierung; sie
haben ein + und ein – Ende.
• Mikrotubuli bilden im Cytosol ein Speichennetzwerk, das vom Zentrosom
ausgeht
• Motorproteine: Dynein und Kinesin
• Sind mit Motorproteine für längere Transportvorgänge und die Bewegungen
bzw. Befestigung der Organellen im Cytosol zuständig
• Ausbildung der Mitosespindel/Spindelapparat

Intermediärfilamente 10nm
• Erhöhung der mechanischen Stabilität der Zelle
o Können am besten mechanische Zugkräfte aufnehmen
• WW mit Desmosomen und Hemidesmosomen
• Die Intermediärfilamente sind durch spezifische Proteine untereinander zu
größeren Bündeln verbunden. Diese Proteine dienen auch der Verbindung der
Intermediärfilamente mit den anderen Elementen des Zytoskeletts

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Mikrofilamente/Aktinfilamente 7nm
• sind wichtig für die Zellform (geben Stabilität), Zellbewegung und
Transportvorgängen
• Motorprotein: Myosin
• Aktinmonomere (G-Aktin) polymerisieren in einem 3-stufigen Prozess
(Nukleation, Elongation, steady-state) zu langen, helikalen Filamenten
(F-Aktin), die strukturell polarisiert sind, also ein + und ein – Ende haben
• Aktinfilamente wachsen an einem Ende (+) schneller als am anderen Ende

Dynamische Instabilität:
• Ständiger dynamischer Auf- und Abbau von Mikrotubuli
o dadurch ist Flexibilität und Bewegung möglich
• Mikrotubuli besitzen ein positives Ende am Rand der Zelle (Zellperipherie)
sowie ein negatives Ende im „microtubule organizing center“ (MTOC) nahe
dem Zellkern.
• Tubulindimere, die GTP gebunden haben, binden fester aneinander als GDP-
Tubulindimere.
o Aus diesem Grund wachsen Mikrotubuli, solange ihre GTP-Kappe
besteht.
o Kommt es hingegen zur Hydrolyse des GTP, bevor neue
Untereinheiten anbinden, lösen sich die GDP-Tubuline, sodass die
Mikrotubuli schrumpfen
• Die dynamische Instabilität ist wichtig für die Mitose, siehe unten.

Welche Komponenten des Zytoskeletts sind an der Mitose beteiligt?

Mikrotubuli: Ausbildung des Spindelapparates → damit Chromosomen bzw.
Chromatiden gleichmäßig auf Tochterzellen verteilt werden
Von Interphase-Struktur rasche Neuanordnung zur bipolaren Mitosespindel

Aktin+Myosin bilden einen kontraktilen Ring, welcher für die Zellteilung notwendig ist

Welche Komponenten des Zytoskeletts sind für die Muskelkontraktion

verantwortlich?
Aktin = äußeres, dünnes Filament
Myosin = inneres, dickes Filament
Bei Kontraktion: Filamente gleiten ineinander, ohne sich dabei selbst zu verkürzen.
Sie bilden Querbrücken zu Aktin, sodass beide Filamente miteinander verzahnt sind.
Ab einer bestimmten Calciumkonzentration binden die Querbrücken in einem Winkel
von 90° an das Aktinfilament. Dann knickt die Querbrücke bis auf einen Winkel von
50° ab. Dadurch werden die Aktinfilamente um ca. 10 nm zwischen die
Myosinfilamente gezogen. Anschließend lösen sich die Querbrücken von Aktin,
nehmen wieder die 90°-Stellung ein und binden erneut an Aktin
(Querbrückenzyklus).

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Nucleolus Funktion; Welche Funktionen hat der Nuclear Pore Complex NPC?
Nucleosomen sind…………………………. Die Kernmembran besteht aus
………………………… und ist assoziiert mit …………………………….?

Nucleolus
• Kernkörperchen
• Konglomerat aus rRNA
o Grundlage der ribosomalen Untereinheiten, welche im Nucleus
synthetisiert werden

NPC
• Proteinkomplexe in der Kernmembran der Zellkerne
• Erlauben Transport aus und in den Zellkern
o Passiver Transport: Kleine Moleküle mit ca. 5kDA können frei durch die
Membran diffundieren
o Transport von mRNA aus dem Zellkern
o Import von Proteinen
▪ Kernlokalisationssequenz notwendig
▪ Importine, Transportmolkeüle, leiten den Prozess ein

Nukleosomen sind
• Organisationseinheiten der DNA
• Bestehen aus DNA und Histone
o Histonoktamer
o DNA darum gewunden mit 147 bp
• Erste Verpackungsstufe der DNA

Die Kernmembran besteht aus

• Lipiddoppelschicht
o Außenmembran von Ribosomen besetzt mit Übergang ins ER
o Innenmembran: 30-100nm dicke Schicht von intermediären Lamin-
Filamenten → nuclear lamina; Stabilisierung des Zellkerns
Und ist assoziiert mit
• Kernporen NPC

Mitochondrien, Golgi und ER - Aufbau

Mitos
• Äußere Membran
o Membranen jeweils Lipiddoppelschicht
• Intermembranraum
• Innere Membran
• Matrix

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Golgi
• Stapel aus Diktyosomen
o Membranumschlossene (flache) Hohlräume
o Wegen dieser gestapelten Anordung der Reaktionsräume, können auf
kleinstem Raum deutlich mehr Proteine verarbeitet werden
• cis-Golgi (Eintrittstelle – dem ER zugewandt)
• trans-Golgi (Austrittsstelle – der Zellmembran zugewandt)
• Im Golgi-Apparat werden Proteine angepasst, in Vesikel "verpackt" und
schließlich an ihren Bestimmungsort versendet
• An den Randbereichen der Zisternen befinden sich die Vesikel. Sobald der
Golgi-Apparat in seinem Hohlraum ein entsprechendes Protein fertigstellt, wird
es zum Randbereich transportiert und in ein Vesikel abgeschnürt und den
Zellinnenraum abgegeben. Die Zellen sind auf den Golgi-Apparat zwingend
angewiesen, da der überwiegende Teil der Proteine nicht ohne "Verpackung"
durch das Cytoplasma transportiert werden kann. Es würde sonst mit dem
Zytosol oder anderen Organellen reagieren.

ER
• Weit verzweigtes Membrannetzwerk aus Röhren, Bläschen und Zisternen
• Von ER-Membran umgeben
• Das ER-Lumen steht mit der perinukleärem Raum in Verbindung

Proteinsorting
Signalsequenzen für Transport in die Organellen
= Proteine werden zu ihren Bestimmungsorten verteilt, dafür sind Signalsequenzen
notwendig
Signalsequenz = Sortiersignal = Abfolge von AS

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Kernimport
• Kernlokalisationssequenz NLS mit vorwiegend positiv geladenen Aminosäuren
→ Markierung für den Import
• An NLS binden Transportrezeptoren
o Importin α und β (Heterodimer)
• Trimerer Komplex aus beiden Importinen + Protein wird in den Kern
transportiert, Energie aus GTP-Hydrolyse
• Im Zellkern liegt Ran in der GTP-Form vor
▪ Binden an β-Importin→ Dissoziation des Komplexes
▪ Transport der Rezeptoren aus Zellkern
o β-Importin im Komplex mit Ran-GTP
o α-Importin anderer Weg
• Im Cytoplasma wird Ran-GTP durch Ran-GAP in Ran-GDP überführt
▪ GDP-Form keine Affinität zu β-Importin → kann wieder mit
α-Importin ein Heterodimer bilden
▪ Ran-GDP wandert in den Zellkern
• Im Zellkern wird Ran-GDP wird durch Ran-GEF in Ran-GTP umgewandelt
Ran-GAP = Ran-GTPase-aktivierende Protein
Ran-GEF = Ran-Guaninnucleotid-Austauschfaktor

Kernexport
• Nukleäre Exportsignal (NES) → kurze hydrophobe Leucin-reiche AS
• Exportrezeptor = Exportin
• Protein+NES → Bindung Exportin + Ran-GTP = Exportkomplex ins Cytosol
• Komplex wird durch Ran-GAP aufgelöst
o Zerfällt in transportiertes Protein
o Exportrezeptor
o Ran-GDP
• Exportrezeptor + Ran-GDP gelangen in den Kern zurück
o Ran-GEF tauscht GDP gegen GTP aus

Wo spielt Mannose-6-Phosphat M6P eine Rolle? Wo ist der Rezeptor beteiligt?

• Sortiersignal, in cis-Golgi gebildet, markiert lysosomale Enzyme
o Erkennungssignal für lysosomale Enzyme
• Signalbereiche von lysosomalen Enzymen sorgen dafür, dass nur Mannose
dieser Enzyme phosphoryliert wird
• M6P-Rezeptoren am trans-Golgi binden M6P-Einheiten der Enzyme
o Bildung eines Clathrin-umhüllten Vesikels
o Enthalten M6P und M6P-Rezeptor (Komplex)
• Clathrinhülle verschmelzt mit Lysosom
o Durch den niedrigen pH-Wert wird Komplex zerstört
o Phosphatrest wird von Mannose abgespalten
• M6P-Rezeptor wird über Vesikeln wieder zurück ins trans-Golgi-Netzwerk
transportiert (Wiederverwendung)

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Transport von Proteinen in die Matrix von Mitochondrien
Transport von Proteinen in die Mitochondrien: a) Wie funktioniert die
Translokation? b) co- oder posttranslational, c) Wie wird es angetrieben?
(Energie)
Die meisten Proteine in Mitos werden vom Zellkern kodiert → Proteine brauchen
Signalsequenz:

a) Translokation

TOM-Komplex an der Außenmembran

• Chaperone sind für Aufnahme notwendig
• TOM70 → erkennt Proteine mit internen Signalen
• TOM20 → erkennt Proteine mit Präsequenz
• General import pore = Tom40

Translokation in Matrix
• TIM23-Komplex transportiert Proteine mit Präsequenz in Matrix
o Komplex besteht aus TIM23, TIM17, TIM50 und TIM44 als Importmotor.
o Nach Import des Proteins wird dieses sofort durch das mitochondriale
Hitzeschockprotein mtHsp70 gebunden → Transportvorgang dadurch
irreversibel
o Signalsequenz wird durch eine Protease abgespalten

SAM-Komplex ermöglicht Integration in Außenmembran

Intermembranraum
• MIA40 und Erv1 spielen eine Rolle

Proteine des Intermembranraums und Membranproteine in der äußeren Membran

nutzen den TIM-Komplex nicht.

Integration in Innere Membran → mehrere Paths (noch ausarbeiten)

• TIM22 transportiert Proteine mit internem Signal
o Komplex wird von TIM18, TIM22, TIM54 und TIM12 gebildet
o TIM9 & 10 helfen beim Transport zum Komplex

b) Proteinimport ins Mito erfolgt posttranslational

c) Triebkraft für den Transport = Membranpotential (ATP spielt auch eine Rolle)

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Unterschiede zwischen Transport in die Mitochondrien und dem Kernimport
Beide posttranslational
Mitochondrien
• Proteine werden im ungefaltenen Zustand importiert
• Membranpotential als Triebkraft, aber auch ATP spielt eine Rolle
• Mitochondriale Signalsequenz
• Verschiedene Importkomplexe
• Mehrere mögliche Wege (Integration in Außenmembran, Transport in
Intermembranraum, Integration in Innenmembran, Transport in Matrix)
Zellkern
• Proteine werden gefaltete durch die Kernporen transportiert
• GTP-Antrieb
• Import/Export
• NLS
• NPC

Biosynthese und Transport von Proteinen ins ER. Welche Modifikationen

können ER-Proteine aufweisen? (Potentielle Veränderungen des Proteins im
Lumen des ER?)
Transport co- und posttranslational möglich!
Co-translationale Translokation (vorwiegend höhere? Eukaryonten)
SRP-abhänig
• N-terminale Signalsequenz an wachsender Polypeptidkette
• SRP erkennt Signalsequenz
o Bindet an Kette und Ribosom → Elongationsarrest
• Komplex aus Kette+Ribosom+SRP bindet an SRP-Rezeptor an ER-Membran
o Translokon noch geschlossen
• GTP-Hydrolyse → SRP löst sich vom Komplex
• Ribosom wird auf Sec61-Komplex übertragen
• Translokon öffnet sich
• Signalpeptidase spaltet Signalsequenz ab und Kette wird in ER erweitert bzw.
übertragen (Translation geht weiter)
• Ribosom löst sich & Translokon schließt sich wieder

Post-translationale Translokation (Hefe?)

SRP-unabhängig
• Chaperone binden beim Transport um Faltung zu verhindern
• Sec61-Komplex kann Sec63-Komplex und BiP binden
o Sec61 bildet wie oben den Transportkanal
• BiP interagiert in ATP-gebundenem Zustand mit Sec63
• Es folgt ATP-Hydrolyse
• ADP-BiP reagiert mit translozierender Kette
• Sobald die Kette weiter reinrutscht, binden weiter BiP-Moleküle, der Vorgang
wiederholt sich → Ratschenmechanismus unter ATP-Hydrolyse
• BiP wird durch Nukleotidaustausch von Kette gelöst
18
Modifikationen von ER-Proteinen

➔ Glykosylierung

➔ Disulfidbrückenbildung

➔ Faltung und Assemblierung

➔ Proteolytische Spaltung

Transport von Proteinen in die Matrix von Peroxisomen erfolgt typischerweise

co-translational oder post-translational?
Da Peroxisomen keine Ribosomen enthalten, müssen alle Enzyme im Zytosol
synthetisiert werden und posttranslational im gefalteten Zustand zu den Peroxisomen
gebracht werden

Welche Lipidklassen gibt es und wofür sind sie essentiell?

Auch wichtig für Nervengewebe (Signaltransduktion)

Bedeutung als Ausgangspunkt für Vitamine, Sexualhormone, etc. Gallensäure

19
Was sind G-Proteine? Was sind GAP, GEF und GDI?

• Guanosintriphosphat-bindendes Protein oder GTP-bindendes Protein

• Ermöglichen Ein-Ausschalt-Mechanismus von Proteinen
o Molekularer Schalter zwischen Rezeptor und second messenger
o GTP → Aktiv (Ein)
o GDP → inaktiv (Aus)

GAP
• GTPase-aktivierende Proteine
• Hydrolyse von GTP zu GDP

GEF
• Umgekehrte Reaktion zu GAP
• GDP → GTP

Anterograder und retrograder Transport

Welche 3 Beschichtungen von Vesikeln gibt es? Wann werden welche
verwendet? Was sind CopII-coated Vesicles? Wo spielen sie eine Rolle?
Welche Modifikationen treten beim Vesikeltransport auf, und wo?

20
Anterograder Transport: COPII: ER → cis-Golgi
Retrograder Transport: COPI: cis-Golgi → ER

Modifikationen beim Vesikeltransport

Vesikeltransport: Welche Proteine sind beteiligt

Prozess der Fusion mit der Targetmembran
Allgemein

Donormembran
1) Budding
2) Movement
3) Tethering
4) Fusion

21
Beteiligte Proteine
• SNARE-Proteine
o v-SNARE (in Vesikelmembran)
o t-SNARE (in Target-Membran)
• RAB GTPase
o In Vesikel
• RAB Effector
o In Target-Membran
• Coat-Proteine

Vesikel hat RAB-GTPase und v-Snare, target membrane RAB-Effector und t-SNARE

1) RAB-GTPase interagiert mit RAB Effector in target membrane (Tethering)

2) Nach Tethering gibt es eine Interaktion zwischen v-SNARE und t-SNARE
 Formation of trans-SNARE-complex (Docking)
3) GTP-Hydrolyse
 RAB-GDP geht in Cytosol
 Locking an der target-membrane und Fusion
4) SNARE proteins nach Fusion werden dann als cis-SNARE-complex
bezeichnet → Freisetzung und Recycling
After fusion, the cis-SNARE complex is bound and disassembled by an
adaptor protein, alpha-SNAP. Then, the hexameric ATPase (of the AAA type)
called NSF catalyzes the ATP-dependent unfolding of the SNARE proteins
and releases them into the cytosol for recycling.

22
 Motorbewegung: Wie und wodurch?
Dynein und Kinesin bewegen sich entlang des Mikrotubuli-Netzwerks

Kinesin
• Aufbau
o 2 heavy chains
o 2 light chains
o Kopfdomäne → Bindung an
Mikrotubuli & enthält kataly.
Domäne
o Schwanzdomäne: Transportfracht
• Wanderung entlang des
Mikrotubulinetzwerks
o Die meisten Kinesine wandern in
+Richtung
o Gerichteter Transport
o Transport aus dem Zellinnern in
die Zellperipherie (anterograder
Transport)
o Gibt aber auch Ausnahmen
Dynein
• Aufbau
o Cytoplasmatisches Dynein 1,5
MDa (megadaltons)
o ~12 polypeptide subunits
o 2 heavy chains
▪ ATPase Aktivität
▪ Bindung an Mikrotubuli
o 2 intermediate chains
▪ Anchor to its cargo
o 2 light intermediate chains
o Several light chains
• Retrograder Transport
o Von der Zellperipherie ins Zellinere
o In -Richtung
o Gerichteter Transport

Myosin
• Aufbau
o Myosin-II-Molekül liegt als Dimer vor, hat 2 heavy chains
▪ Katalytische Domäne ATPase (Motordomäne)
▪ Bindung von Actin
o 4 light chains
• Verschiedene Anzahl an light chains
• Bildet mit Filamenten die kontraktile Einheit des Muskels

Was versteht man unter PTS1 und PTS2 Sequenzen?

= peroxisomal targeting sequence
Zwei Transportwege für Proteinimport in Peroxisomen

PTS1 PTS2
• C-terminale Signalsequenz • N-terminale Signalsequenz
• Tripeptid • Oktapeptid
• Meist aus SKL – Serin, Lysin und Leucin • Wird durch Pex7 zu Translokationskanal
• Wird durch Pex5 zum gebracht
Translokationskanal gebracht
• Pex 5 gelangt wieder ins Cytosol

Peroxisomal docking complex:

Pex13/14

23
Posttranslationale Proteinmodifikationen
Proteine unterliegen nach der Translation vielfältigen Modifikationen. Nenne
die jeweiligen Enzymaktivitäten, die diese Modifikationen bewirken; welche AS
(Target AS) sind typischerweise von diesen Modifikationen betroffen und
welche Konsequenzen ergeben sich aus der jeweiligen Modifikation für das
Protein bezüglich Größe, Ladung, Polarität, Hydrophobizität?
Wurden in alten Prüfungen gefragt
Glykosylierung
• Glykosyltransferase
o Glykosylrest wird an eine Amino- oder Hydroxygruppe gebunden
Target AS:
• N-Glycosylierung: an Aminogruppe der Seitenkette von Asparagin
• O-Glycosylierung: an OH-Gruppe der Seitenkette von Serin und Threonin
Konsequenz: Einnahme korrekter Faltung; hydrophiler; polarer

Acetylierung
• Acetyltransferase
o Anhängen einer Acetylgruppe
Target-AS: Lysin
Konsequenz: hydrophober; negativer;
unpolarer
Umkehrung durch Desacetylasen

Phosphorylierung
• Proteinkinasen
o Anhängen einer
Phosphatgruppe
Target-AS: Serin, Threonin, Tyrosin, Histidin
Konsequenz: polarer; hydrophiler;
aktive/passive Form
Umkehrung durch Phosphatasen

Palmitoylierung
• Palmitoylacyltransferase
o Anhängen einer
Palmitinsäure an Cysteinrest
(Thioesterbindung)
Target-AS: Cystein
Konsequenzen: unpolarer; hydrophober

N-Myristoylierung
• N-Myristoyltransferase
o Myristinsäure an N-terminalen Glycinrest
Target-AS: Glycin
Konsequenzen: hydrophober; unpolarer

Weitere Modifikationen:
Hydroxylierung, Nitrierung, Slufatierung, Methylierung (durch Methyltransferase),
Adenylierung,…

24
Ubiquitinierung eines Proteins führt typischerweise zu… + Ausnahmen
Was ist N-end rule? Was ist Ubiquitin? Wie funktioniert Ubiqutinierung? Was
passiert im Normalfall mit ubiqutinierten Proteinen? Gibt es Ausnahmen?

N-End-Rule
• beschreibt den Einfluss der N-terminalen Aminosäure eines Proteins auf seine
Abbaugeschwindigkeit
o N-terminale Aminosäure hat Einfluss auf den proteolytischen Abbau
eines Proteins
o Bei Proteinsynthese: Immer Methionin – kann aber abgespalten werden
• N-terminale AS wird von E2 erkannt und gebunden

Ubiquitin
• Hochkonserviert
• 76 AS, 8,5 kDa
• globulär – nur letzten vier C-terminale AS ragen hervor
• Funktionen
o ubiquitiniertes Protein kann in seiner Interaktion mit anderen Proteinen
▪ gefördert oder
▪ gehemmt werden
o Beeinflussung der Aktivität Only polyubiquitylation on
o Veränderung des Orts in der Zelle defined lysines, mostly on K48
o Abbau and K29, is related to
• Es gibt Mono- und Polyubiquitinierung degradation by the
proteasome (referred to as the
Ubiquitinierung "molecular kiss of death"),
while other polyubiquitylations
• Posttranslationale Modifikation
(e.g. on K63, K11, K6 and M1)
• Markierung von Proteinen mit Ubiquitin
and monoubiquitylations may
• 3 Schritte, 3 Enzyme
regulate processes such as
o Ubiquitin wird an E1 gebunden
endocytic trafficking,
▪ Ubiquitin-aktivierend
inflammation, translation and
• Bindung an E1 Enzym an einem
DNA repair.
Cystein des E1 Enzyms
• Thioesterbindung mit C-
terminaler AS
• Energie für Aktivierung: ATP zu AMP + Pyrophosphat
o Aktiviertes Ubiquitin wird an E2 überführt
▪ Ubiquitin-konjugierend
o Ubiquitin wird durch E3 auf Zielprotein übertragen
▪ Ubiquitin-Ligase

Im Normalfall werden ubiquitinierte Proteine abgebaut

Abbau im Proteasom

Ausnahmen
Proteasomen bauen i.d.R. nur ubiqutinierte Proteine ab, es gibt jedoch Ausnahmen

25
Ausnahmen:
Quelle: A Proteasome Howdunit - The Case of the Missing Signal
• Ornithindecarboxylase
• p21Clip1 (Cdk Inhibitor)
• missgefaltene und stark oxidierte Proteine können ebenfalls betroffen sein

Although most proteasomal substrates must be ubiquitinated before being degraded,

there are some exceptions to this general rule, especially when the proteasome plays
a normal role in the post-translational processing of the protein. The proteasomal
activation of NF-κB by processing p105 into p50 via internal proteolysis is one major
example. Some proteins that are hypothesized to be unstable due to intrinsically
unstructured regions, are degraded in a ubiquitin-independent manner. The most
well-known example of a ubiquitin-independent proteasome substrate is the enzyme
ornithine decarboxylase. Ubiquitin-independent mechanisms targeting key cell cycle
regulators such as p53 have also been reported, although p53 is also subject to
ubiquitin-dependent degradation. Finally, structurally abnormal, misfolded, or highly
oxidized proteins are also subject to ubiquitin-independent and 19S-independent
degradation under conditions of cellular stress.

Was versteht man unter ERAD?

= ER assoziierte Proteindegradation
Fehlgefaltene Proteine des ERs werden durch eine Proteinpore in der ER-Membran
zurück in das Cytosol transportiert und anschließend der proteosomalen Degradation
zugeführt.
ER besitzt keine eigenen Proteasen, daher Transport der Proteine in Cytosol obligat
➔ Anschließender Abbau durch Ubiquitin-Proteasom-System

26
Durch welche Mechanismen werden lumenale ER-Proteine im ER
zurückgehalten?
Welches Signal hält diese Proteine im ER?

Diese Proteine werden durch KDEL-Sequenz im ER gehalten

• C-terminaler Tag
• Verhindert Austritt von ER-Proteinen aus ER
• Lysin-Asparaginsäure-Glutaminsäure-Leucin
Dient auch als „Rücksendeetikettierung“ → KDEL-Proteine, die Golgi erreichen,
werden an Membranrezeptor gebunden, KDEL-Sequenz wird erkannt, Protein-
Rezeptor-Komplex wird in Vesikel verpackt und zum ER zurücktransportiert

Was versteht man unter einem „tail-anchored Protein“?

• Membranproteine mit C-terminalem Membrananker
• Target: ER-Membran
• Großteil der Proteine wird posttranslational über den Get-Weg integriert

„Get“ steht für „guided entry of tail-anchored membrane proteins“ – einen speziellen
Transportweg für die Familie der TA-Membranproteine zum endoplasmatischen
Retikulum (ER).
Get3 (dimere ATPase) liefert Energie für Insertion
Get3 bindet an Get1/Get2

Was versteht man unter Autophagie? Welche prinzipiellen Mechanismen

werden derzeit diskutiert?
= Erneuerung zellulärer Komponenten
• Abbau von cytoplasmatischen Bestandteil und zellulärer Recyclingprozess
• Wird gezielt in Stresssituation aktiviert (aber auch sonst aktiv)
• Zelluläres Material wird in Autophagosom aufgenommen
• Autophagosom verschmilzt mit Lysosomen → Autophagolysosomen
o Material aus Autophagosom wird mit Enzymen der Lysosomen
abgebaut

Endozytose
= Flüssigkeit und Partikeln werden durch Einstülpungen der Zellmembran aus der
Umgebung aufgenommen
• die Aufnahme von festen (Phagocytose) und
• flüssigen bzw. gelösten (Pinocytose) Substanzen

27
Weg eines sekretorischen Proteins vom Ort der Biosynthese bis zur Zell-
Oberfläche! Welche Modifikationen können an diesem Protein stattfinden bevor
es die Zell-Oberfläche erreicht?
Vesikel bewegen die Proteine aus dem ER über den Golgi-Apparat zur
Plasmamembran
• Synthese auf dem rER (Frage aus vergangener Prüfung)
o Laut Wiki
o N-terminale Signalsequenz, 6-12 hydrophobe AS
o Zuerst auf freiem Ribosom dann Transport zu ER-Membran
o SRP-abhängig… co-translationale Translokation
• Transport durch ER-Membran ins Lumen
o Faltung
o Zuckerketten werden angehängt
• Verpackung in Vesikel
o COPII
• Verschmelzung mit cis-Golgi
• Wanderung zum trans-Golgi
o In Golgi: Modifikation der Zuckerketten (addition, removal)
▪ cis-Golgi: Glycosidase – Mannose
▪ medial-Golgi: Glycosidase (Mannose), Glycosyltransferase
(Fucose, N-Acetylglucosamin)
▪ trans-Golgi: Glycosyltransferase (Galactose, N-
Acetylglucosamin)
• Verlässt Golgi durch uncoated vesicle
• Transport zur Plasmamembran
• Export

Allgemein gilt, dass Proteine, die in der Zelle verbleiben, auf Polysomen synthetisiert
werden, die nicht mit Membranen verknüpft sind, während Sekretproteine auf
Polysomen synthetisiert werden, die mit dem endoplasmatischen Reticulum
verbunden sind.

LDL rezeptorvermittelte Endocytose

• Zelloberflächen-LDL-Rezeptoren binden an ein apoB-Protein

• Die WW zwischen NPXY-Sortiersignal (im cytosolischen Schwanz des LDL-
Rezeptors) und AP2-Komplex(Plasmamembran) bindet den Rezeptor-Ligand-
Komplex in die Bildung endozytischer Vesikel ein.
• Clathrin-beschichtete Pits, die Rezeptor-LDL-Komplexe enthalten, werden
abgeschnürrt
• das unbeschichtete endozytische Vesikel (Frühnendosom) verschmilzt mit
dem späten Endosom.
• Der saure pH-Wert in diesem Kompartiment bewirkt eine
Konformationsänderung des LDL-Rezeptors, was zur Freisetzung des
gebundenen LDL-Partikels führt.

28
 • Die Proteine +Lipide des freien LDL-Partikels werden im Lysosom in ihre
Bestandteile zerlegt.
• Der LDL-Rezeptor wird zu der Zelloberfläche recycelt - neutralen pH-Wert des
äußeren Mediums führt zu einer Konformationsänderung, so dass er ein
anderes LDL-Teilchen binden kann.

Humane mitochondriale DNA

• 16569 bp
• 37 Gene
o 22 tRNA
o 2 rRNA
o 13 mitochondriale Peptide
▪ die für Protein-Untereinheiten der Atmungsketten-Komplexe I, III,
IV und V codieren
• Meist zirkulär, doppelsträngig
• DNA in Matrix
• Maternale Vererbung; paternaler Abbau

29
Neue Fragen
Prüfung 30.11.18
(teilweise noch Fragen von alter VO mit anderem Prof?)

Welche Moleküle werden bei Beta-Oxidation verarbeitet? Wo in der Zelle

passieren diese Vorgänge?
Energiegewinnung durch Abbau von Fettsäuren
FADH2 und NADH+H+, die während der Oxidation entstehen, werden in der
Atmungskette für die Synthese von ATP verwendet.
• Fettsäuren werden im Cytosol aktiviert und werden dann in die Matrix der
Mitochondrien transporiert
1) Aktivierung der Fettsäure → Bildung von Acetyl-CoA durch Übertragung der
FS auf CoA (Fettsäure-CoA-Ligase)
2) CoA wird abgespalten, Acylgruppe wird auf Carnitin übertragen und in die
Matrix transporiert

FS werden auch in Peroxisomen abgebaut.

PIP: Was bedeutet die Abkürzung, bei welchem Stoffwechselweg beteiligt,

welche regulatorische Wirkung hat es, nenne ein PIP-Beispiel
• Phosphatidylinositol
• Phosphoglycerid – Membranlipid
• Signaltransduktion, Regulation von Transportprozessen
• PIP2
o Rezeptoren in der Membran werden aktiviert → Aktivierung von
Phospholipase C
o Phospholipase C spaltet PIP2 in DAG und IP3
▪ Second messenger zur Weiterleitung des Signals
▪ IP3 bewirkt über die Aktivierung von IP3-Rezeptoren die
Freisetzung von Calciumionen aus intrazellulären
Calciumspeichern (z. B. aus dem ER)
▪ DAG ist zusammen mit Calcium ein Aktivator der Ca2+-
abhängigen Proteinkinase C (PKC)

Ubiquitin: Wie heißt das Effektormolekül?

?

Durch welchen gentechnischen Eingriff kann man feststellen, ob eine

phosphorylierte AS physiologische Aktivität im Protein bewirkt?
?
Ja/Nein: Cardiolipin ist die vorherrschende Fettsäure in der mitochondrialen
Membran.
NEIN
• PC (Phosphatidylcholin) 40 % and PE (Phosphatidylethanolamin) 30% are the
most abundant phospholipids
• Cardiolipin macht 15-20% der Lipide in Mitochondrien aus
30
 • Kommt in der Membran von Mitochondrien und in bakteriellen Zellmembranen
vor, nicht in eukaryontischen Plasmamembranen
o Eukaryonten: ausschließlich oder hauptsächlich in der inneren
Membran der Mitos (auch hier Synthese)
• Membranlipid – Phosphoglycerid
• Zwei Moleküle Phosphatidat, über Glycerin verbunden
• Unterscheidet sich von allen anderen Phosphoglyceriden dadurch, dass es
statt zwei FS vier trägt
• In Säugetieren enthält Cardiolipin vorwiegen die zweifach ungesättigte
Fettsäure Linolsäure
• Cardiolipin beeinflusst die Organisation der inneren Mitochondrienmembran
und dadurch verschiedene Funktionen des Organells, darunter auch die
Atmungskette. Cardiolipin bindet die Proteine in der Membran und stabilisert
ihre Struktur, wodurch die Funktionalität der Enzyme gewährleistet wird.
Cardiolipin ist außerdem bei der Freisetzung von Cytochrom c aus den
Mitochondrien beteiligt, was ein Signal für die Apoptose ist.

Ja/Nein: Mitochondriale DNA hat keine Introns.

Ja – mtDNA hat keine Introns (bacteria derived – Bakterien haben keine
Mechanismus zum splicing von Introns)
Hat auch keine Histone

Prüfung vor Jänner 2019

Großteils Anfragen.

Monoklonale vs polyklonale Antikörper.

Polyklonale AK
VT - Einfache Herstellung
- Billig
- Breiter Einsatzbereich
- Können mehrere Epitope
erkennen
NT - Schwere Reproduzierbarkeit
- Geringe Spezifität
- Niedrige Reinheit
- High risk of cross reactions
Anwendung Qualitative Detektion, wenn man
schnell AK braucht, low cost
Monoklonale AK
- hohe Spezifität
- Selektiv, zielgerichtet
- Hohe Reinheit
- Poor risk of cross reactions
- Unlimitierte Produktion
- Engineering möglich
- Aufwendige Herstellung
- Teuer
- Lange Entwicklungszeit
Therapeutische AK, wenn hohe Reinheit
erforderlich, Quantitative Detektion

31
Prüfung 6.3.2019

Beschreibe die Biogenese von Peroxisomen + Degradation

• Können sich durch Teilung innerhalb der Zelle vermehren
• De-novo-Synthese ist ein mehrstufiger Prozess
o Abschnürung von Vorläufervesikeln aus ER
o Fusion der Vesikeln zum reifen Peroxisom
o Matrixproteine werden aufgrund PTS1 oder PTS2 Sequenzen importiert
ungefalten!
o Pex5 und 7
• In den Peroxisomen befinden sich Monoxygenasen und Oxidasen, die den
oxidativen Abbau von Fettsäuren, Ethanol und andere Verbindungen
katalysieren.
o Diese Enzyme benutzen Sauerstoff als Co-Substrat, so dass sich für
die Zellfunktion Wasserstoffperoxid bildet.

Zwei Beispiele für Protein-Crosslinking.

• DMS (dimethyl suberimidate) → Imidoester crosslinker (Amine von Lysin- oder
Argingin Seitenketten werden vernetzt)
• BS3 und Formaldehyd → N-Hydroxysuccinimid-ester crosslinker

Was sind Lamine?

• Intermediärfilamente
• Liegen auf der Innenseite der Kernhülle, 30-100nm dick
• Lamine A und B
o Beide besitzen NLS
• Funktionen
o Stützfunktion, Stabilisierung der Kernhülle
o Regulation
▪ DNA-Replikation
▪ Zellteilung
▪ Chromatinorganisation

Differenzielle Zentrifugation: Schichten ordnen. Zellkern, Plasmamembran,

Mitos, Ribosomen, usw.

32
Ja/Nein: Mikrovilli und Endothel
Endothel: apikale Oberfläche mit Mikrovilli überzogen
Endothelzellen bekleiden die Innenseite von Blutgefäßen
Bei einem Epithel wird der apikale Pol einer Zelle anhand der Ausrichtung gegen das
äußere Milieu definiert. Das äußere Milieu kann hierbei die Außenwelt sein (z. B. bei
Haut) oder das Lumen (z. B. beim Darm). Der basale Pol dagegen zeigt zum inneren
Milieu bzw. zur Basallamina.

Kleine G-Proteine und ihre Funktion beim Schaltermechanismus von RAS

RasG = GTP gebunden
Ras = GDP gebunden
Nur RasG kann mit Signalproteinen/Effektoren interagieren

Bindung eines Liganden an extrazellulären G-Protein-gekoppelten Rezeptor

→ Ras wird aktiviert (GDP wird gegen GTP getauscht durch GEF-Austauscher
Sos)
→ Ras/Raf/MAPK-Signalweg wird in Gang gesetzt
→ Aktivierung von Transkriptionsfaktoren im Zellkern
→ Signal wird beendet, wenn sich der Ligand vom Rezeptor löst
→ Ras besitzt GTPase-Aktivität: GTP wird wieder in GDP umgewandelt,
Signalweg wird gestoppt

Aktivierung von Ras → Aktivierung von Raf (Kinase) → trifft auf weitere Kinase, MEK
→ MEK aktiviert MAP-Kinase → MAP-Kinase aktiviert Transkriptionsfaktoren

33
Kleine G-Proteine (auch kleine GTP-asen) sind monomere GTP-bindende Proteine
mit einer Molekülmasse von 20 bis 40 kDa.
5 Familien: Ras, Rho, Rab, Sar1/Arf und Ran.
Sie sind im Zellzyklus an der Regulation zahlreicher Zellfunktionen beteiligt z. B.
• der Regulation der Genexpression (Ras und Rho),
• der Regulation des Zytoskeletts (Rho),
• der Regulation des Vesikeltransports (Rab und Sar1/Arf) sowie
• der Regulation des Transports zwischen Cytoplasma und Zellkern (Ran)
Die kleinen GTPasen gehen von einer inaktiven, GDP-gebundenen Form im Cytosol
in eine aktive, GTP-gebundene Form an der Plasmamembran über.

Prüfung 25.1.19

Nenne 3 Anwendungen von Antikörpern in der Zellbiologie

• Co-IP
• Immunfluoreszenz (direkt & indirekt)
• ELISA

Extrazelluläre Matrix (ECM): Welche strukturellen Merkmale? Wie ist sie

aufgebaut? Wie geschieht die WW zwischen Zelle und extrazellulärer Matrix?
• Komponenten werden intrazellulär synthetisiert und über Exocytose in ECM
gebracht
o Proteoglykane
▪ Heparansulfat-Proteoglykane
▪ Keratansulfat-Proteoglykane
▪ Chondroitinsulfat-Proteoglykane
▪ Dermatansulfat-Proteoglykane
o Glykoproteine
o Hyaluronsäure
o Proteine
▪ Kollagen
▪ Elastin
o Extrazelluläre Vesikel
o Grundsubstanz
▪ Glykosaminoglykane GAG und Proteoglykane
▪ Adhäsionsproteine
• Glykoproteine wie Laminine, Vitronektin und Fibronektin

WW = Endocytose und Exocytose

34
 Tight junctions, gap junctions, Desmosomen. Wie sind sie aufgebaut und
welchen Zweck erfüllen sie?

Tight junctions
- sind schmale Bänder aus Membranproteinen (wichtigste: Familie der Claudine sowie
Occludin)
- Zellkontakte, durch welche Epithelzellen aneinander geheftet sind
- Tight Junctions verschließen den Zellzwischenraum und bilden eine
Diffusionsbarriere, die den Fluss von Molekülen über das Epithel kontrolliert.
- 3 Funktionen
• Mechanisch: dienen der mechanischen Stabilisierung des
Epithelzellverbands
• Barrierefunktion: Voraussetzung für Transzytose (Abdichtung des
Interzellularraumes durch Tight junctions).
• Zaunfunktion: verhindern das freie Flottieren von Membrankomponenten
entlang der Zellmembran und halten dadurch die Polarität der Epithelzellen
aufrecht, d.h. die Unterteilung in einen apikalen und einen basalen Zellpol mit
unterschiedlichem Membranaufbau.

Gap junctions
- Verbinden Cytoplasma benachbarter Zellen
- Elektronenmikroskopisch erkennbare Lücke (gap) → Unterschied zu tight junctions
- Sechs Connexine lagern sich zum Connexon (Halbkanal) zusammen
o Die Halbkanäle zweier Seiten verbinden sich zu einer Pore → Gap
junction
Funktion
• Elektrische und chemische Kommunikation zwischen Zellen
• Austausch von Molekülen (bis ca. 1 kDa)
• Verhindern, dass Moleküle oder Ladungen beim Austausch in den
Extrazellulärraum verloren gehen

Desmosomen
• sind spezialisierte zelluläre Haftstrukturen, die eine enge Verbindung zwischen
zwei Zellen herstellen.
o Verankerung der Zellen untereinander
o Stabilisierung des Zellverbundes
• Aufbau
o Ankerprotein an Cytoplasma (membrannah)
o daran sind Intermediärfilamente gebunden, schaffen Verbindung zu
Cytoskelett
o Adhäsionsproteine interagieren mit Ankerprotein und verknüpfen sich
mit den Adhäsionsproteinen der anderen Zelle
• Desmosomen findet man unter anderem bei Epithelzellen, Herzmuskelzellen
und Arachnoidalzellen. Sie sind charakteristisch für Tiere, Pflanzen besitzen
so genannte Plasmodesmen

35
FACS. Wofür steht das und in Stichworten erklären.
Fluorescence Activated Cell Sorter
Weiterentwicklung der Durchflusszytometrie
Fluoreszenz-markierte Zellen werden in unterschiedliche Gefäße sortiert
1) Zellsuspension
2) Markierung der Membran, Cytoplasma, Nukleus,…
• z.B. mit DAPI
• mit Fluoreszenz-markierte AK → binden an Oberflächenproteine
3) Zellsortierung
• Zellen treten einzeln durch eine Röhre
• Laserstrahl trifft auf Zelle
• Fluoreszenzsignal wird von einem Detektor ausgewertet
• Sortierung in entsprechende Gefäße
4) Erstellung von Zellkulturen, Analyse, etc.

Lysosomen: charakteristische Merkmale, Struktur und Funktion.

• Einfachmembran
• pH-Lumen = 4-5
• enthalten ~ 60 Verdauungsenzyme → Proteasen, Nukleasen, Lipasen,
Glycosidasen (eine Untergruppe davon sind Glucosidasen)
• Biopolymere zu Monomere
• Entstehung
o Enzyme am ER gebildet
o Transport zu Golgi (M6P)
o Endosomen (Endozytose) fusionieren mit Golgi-Vesikel und bilden
Lysosomen
• Funktion
o Verdauuen zellfremdes Material, aber auch zelleigenes (Autophagie)

36
Nucleus Struktur und Merkmale
• Nucleolus
• Kernmembran
• Karyoplasma
• NPC
• DNA
o Euchromatin
▪ Wenig dicht gepackt, meiste Gene, Genaktivität
o Heterochromatin

Vesikel: Rezeptorvermittelte Endocytose am Beispiel von LDL-Partikeln. Wodurch

erhalten Vesikel ihre Spezifität und Richtung? Wie sind die Hüllproteine
aufgebaut?

Rab-Zyklus!
• Rab-GTP = aktiv
o Peripher über Lipidanker an Zellmembran gebunden
• Rab-GDP = inaktiv
o Frei im Cytosol
o Rab-GDI bindet und stabilisiert diese Form
• Rab-GTP bindet Effektorproteine und reguliert verschiedene Prozesse im
vesikulären Transport

1) Bildung von Vesikeln

• Rab-GTP bindet Mantelproteine an abgeschnürten Membranen
• Dies ist für die Bildung der Vesikel notwendig
2) Transport von Vesikeln
• An Vesikel gebundenes Rab-GTP kann Adaptoren binden, die mit
Motorproteinen interagieren → Transport der Vesikel entlang des
Cytoskeletts
3) Fusion von Vesikeln
• Rab-Effektor von target membrane bindet Rab-GTPase von Vesikel
= Tethering. Dadurch Interaktion der SNARE-Proteine möglich

Hüllproteine
• COPI = Coatomer
o 7 verschiedene Untereinheiten
o GTPase-Assoziation: ARF1
• COPII
o Innere Hülle
▪ Sec 23, 24
o Äußere Hülle
▪ Sec 13, 31
• Clathrin beschichtete Vesikel
o Clathrin

37
Ja/Nein: Die Cristae befindet sich in der äußeren Membran der Mitochondrien.
Nein: Einstülpungen der inneren Mitochondrienmembran → beträchtliche
Oberflächenvergrößerung
Sitz der Enzyme der Atmungskette und der oxidativen Phosphorylierung

Ja/Nein: Mikrotubuli sind aus Monomeren aufgebaut

Nein

Prüfung 15.5.19

Reversible Phosphorylierung
a) welche enzyme sind für die phosphorylierung von proteinen zuständig
Proteinkinasen hängen an
Phosphatasen entfernen

b) welche aminosäuren werden üblicherweise phosphoryliert

Threonin, Serin, Tyrosin, Histidin
These amino acids all contain a nucleophilic group that reacts with adenosine
triphosphate (ATP), replacing an oxygen on the terminal phosphorous and ejecting
adenosine diphosphate (ADP)

b) nenne 2 methoden um phosphorylierungen in proteinen nachzuweisen

a. Western Blot, using phospho-specific antibodies
b. Massenspektrometrie (HCD or ETD fragmentation)

Die mechanische Stabilität des Epithels ist die Hauptaufgabe der tight
junctions (ja/nein)
Ja

Katalasen sind dafür zuständig die Zelle vor stress zu schützen ja/nein (da bin
ich mir nicht ganz sicher wie der genau laut war)
Katalasen: H2O2 → O2 + H2O
H2O2 entsteht beim Abbau von Hyperoxiden durch die Superoxiddismutase
H2O2 → Schädigung der Zelle
Katalasen schützen Zelle vor Stress – JA

karyopherine, zu welcher gruppe von makeomolekülen gehören sie; funktion; 2

Hauptarten
• Proteine
• Transportermoleküle
o Transportieren Moleküle zwischen Cytoplasma und Karyoplasma
o Karyopherine-Transportweg durch NPC
• 2 Typen: Exportine und Importine

38
Nenne einen unizellulären, multizellulären tierischen und multizellulären
pflanzlichen Modellorganismus und ein Forschungsgebiet in dem dieser
besonders wichtig ist.

Bakterien - Untersuchung von Proteinen, die in DNA, RNA und Proteine-

Synthese beteiligt sind
- Genregulation
- Metabolismus
- Targets für neue AB
- Zellzyklus
- Signalwege
Drosophila - Zelldifferenzierung
melanogaster - Untersuchung der Entwicklungsvorgänge von Organen,
Nervensystem und Muskulatur (development of body plan)
- Gen-Kontrolle des Verhaltens
- Programmierter Zelltod
- Krebs
- Kontrolle der Zellproliferation
- Zellpolarität
- Effects of drugs, alcohol and pesticides
- Metabolische Homöostase
Arabidopsis - Entwicklung und Strukturierung von Geweben
thaliana - Genregulation
Acker- - Agricultural applications
Schmalwand - Physiologie
- Immunity
- Infektionskrankheiten
Virus - Untersuchung von Proteinen, die in DNA, RNA und Proteine-
Synthese beteiligt sind
- Genregulation
- Krebs und Kontrolle der Zellproliferation
- Infektion und Immunität
- Transport von Proteinen und Organellen in Zellen
- Gentherapie
Hefe - Genregulation
- Zellzyklus-Kontrolle und Zellteilung
- Proteinsekretion
- Membran-Biosynthese
- Funktionen des Cytoskeletts
- Zelldifferenzierung
- Altern
- Programmierter Zelltod
- Chromosom-Strukturen
Maus - Zelldifferenzierung – Entwicklung von Gewebe
- Untersuchung des Säuger-Immunsystems
- Entwicklung von Gehirn und Nervensystem
- Modellorganismus für Krebs und andere humane Krankheiten
- Genregulation
- Genetik, Vererbung
- Infektionskrankheiten
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 Prüfung 24.01.2020

Vor- und Nachteile von Zellkulturen

Vorteile Nachteile
• Homogener als Zellen in Gewebe • Nur ein Modell
• Genetisch „ident“ • Mutationen
• Cell cycle synchronization • In vitro ≠ In vivo
• Experimental accessibility • Standardisierte Methoden müssen für
• Billig reproduzierbare Ergebnisse eingesetzt
• Storage (liquid nitrogen) werden?

Geht es um Zellkulturen allgemein oder um tissue cultures?

Schicksal polyubiquitinierter Proteine

The protein modifications can be either a single ubiquitin protein (monoubiquitylation)
or a chain of ubiquitin (polyubiquitylation). Secondary ubiquitin molecules are always
linked to one of the seven lysine residues or the N-terminal methionine of the
previous ubiquitin molecule. These 'linking' residues are represented by a "K" or "M"
(the one-letter amino acid notation of lysine and methionine, respectively) and a
number, referring to its position in the ubiquitin molecule as in K48, K29 or M1. The
first ubiquitin molecule is covalently bound through its C-terminal carboxylate group
to a particular lysine, cysteine, serine, threonine or N-terminus of the target protein.
Polyubiquitylation occurs when the C-terminus of another ubiquitin is linked to one of
the seven lysine residues or the first methionine on the previously added ubiquitin
molecule, creating a chain. This process repeats several times, leading to the
addition of several ubiquitins.

Only polyubiquitylation on defined lysines, mostly on K48 and K29, is related to

degradation by the proteasome (referred to as the "molecular kiss of death"), while
other polyubiquitylations (e.g. on K63, K11, K6 and M1) and monoubiquitylations may
regulate processes such as endocytic trafficking, inflammation, translation and DNA
repair.

Lysosomen + Eigenschaften + an welchen Abläufen sind sie beteiligt

• Primäre katabolische Kompartimente von eukaryontischen Zellen
• Verantwortlich für Abbau von
o Zellulären Bestandteilen (Autophagie)
o Extrazellulären Bestandteilen
▪ Durch Endozytose entstandene Endosomen verschmelzen mit
primären Lysosomen zu sekundären Lysosomen.
• Key features
o Einfachmembran
o pH = 5
o hydrolysierende Enzyme (brauchen sauren pH)
▪ Proteasen
▪ Nukleasen
▪ Lipasen
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 Apoptose + Unterschied zu Nekrose
Arten des Zelltodes

Apoptose
• Programmierter Zelltod, von Genen
gesteuert
• Zelle verpackt sich in Vesikeln
• Stiller, geordneter, weniger Signalmoleküle
• Makrophagen fressen auf → schnelle
Phagozytose ohne Entzündungsreaktion
• Immunotolerant, aber auch immunogen
Nekrose
• Tod infolge von Schädigung der Zellstruktur
• Organellen platzen, Membran reißt auf,
Inhalt wird freigesetzt → Entzündung
• Anschwellen der Zelle
• Klassischer Unfallzelltod
• immunogen

Bei welchen Methoden werden Antikörper verwendet + kurze Beschreibung

Western Blot
Co-IP

Zwei Arten von Licht- und Elektronenmikroskopie kurz beschreiben + einen

Vorteil nennen
Lichtmikroskop

Hellfeldmikroskopie
• Präparat befindet sich vor einem hellen Hintergrund (Objekte werden im
Hellfeld beobachtet)
o Farbige und dunkle Strukturen im Präparat absorbieren das Licht
o Dadurch entsteht Kontrast
o Erfordert kontrastreiche Objekte
• Durch ein Präparat werden Lichtstrahlen bestimmter Wellenlängen absorbiert
und dadurch die Amplitude der durch tretenden Lichtstrahlten verringert; man
erhält ein färbiges und dunklers Objekt vor einem hellen Hintergrund
• Wie funktioniert das
o Präparat wird von unten durch Lichtkegel beleuchtet
o Präparat absorbiert Lichtstrahlen
o Farbiges und dunkles Objekt vor hellem Hintergrund
o Nicht bei lebendigen Organismen anwendbar

Fluoreszenzmikroskopie
• Fluoreszierende Stoffe werden mit Licht bestimmter Wellenlänge angeregt
• Sie strahlen dadurch Licht mit anderer Wellenlänge ab
• Bild wird durch abgestrahltes/emittiertes Licht erzeugt
• Es sollen nur einige Struktur fluoreszieren
• Diese Strukturen erzeugen helle Signale vor dunklem Hintergrund
• Guter Kontrast und Sensitivität (single molecule)
• Auch mit lebenden Zellen möglich
• Mehrere Labeling-Methoden (tags, farbstoffe)
• Direkt oder indirekt
• FISH, FRET & FRAP als Beispiele -- BiFC
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Elektronenmikroskopie
• Abbildung der Oberfläche des Objekts mit Elektronen

Transmissionselektronenmikroskopie TEM
• Vakuum notwendig
• Specimen usually fixed, embedded, sectioned, strained with an electron-dense
material
• Auf Grund der starken Streuung und Absorption im Objekt können nur
Präparate mit einer Dicke von bis zu 100nm untersucht werden. Typische
Untersuchungsobjekte sind Bakterien, Gewebeproben, Viren, Makromoleküle
usw. Der Strahlengang verläuft im Vakuum, damit die Elektronen nicht durch
Luftmoleküle abgelenkt werden. Typische Beschleunigungsspannen von TEM
sind von 80 – 400 kV.
• Kryo-EM erweitert das Potential von TEM enorm

Rasterelektronenmikroskopie – REM (SEM -scanning…)

• Präparat wird rasterförmig mit Elektronen beschossen
• Die dabei freigesetzten Elektronen werden von einem Detektor aufgefangen
und in ein Bild umgewandelt
• Vorteil gegenüber TEM: 3D Images

In general, if you need to look at a relatively large area and only need surface details,
SEM is ideal. If you need internal details of small samples at near-atomic resolution,
TEM will be necessary.

Scanning Electron Microscope (SEM)

Imagine you are in a dark room with a weak flashlight. To explore your surroundings,
you might sweep the light across the room, much like someone reading a book: left
to right and top to bottom. SEM functions similarly, sweeping the electron beam
across the sample and recording the electrons that bounce back. This technique
allows you to see the surface of just about any sample, from industrial metals to
geological samples to biological specimens like spores, insects, and cells. While SEM
cannot see features to the level of detail as a TEM can it is much faster, less restrictive,
and can sometimes be performed with limited or no sample preparation.
Transmission Electron Microscope (TEM)
When a movie plays in the theater, light is transmitted through an image on a film. As
the beam of light passes through, it is modified by the image and the contents of the
film are then displayed. TEM works in the same way but with electrons, passing
through, or transmitting, an ultrathin sample to a detector below. TEM allows you to
observe details as small as individual atoms, giving unprecedented levels or structural
information at the highest possible resolution. As it goes through objects it can also
give you information about internal structures, which SEM cannot provide. TEM is,
however, limited to samples that can be thin enough to let electrons pass through
them. This thinning process is technically challenging and requires additional tools to
perform
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Fragen 28.10.20

1) Arten von Membranproteinen (Transmembrane, ...)

2) FACS erklären
3) 4 Funktionen der Plasmamembran
4) 3 Arten von Stammzellen und je Bsp und Anwendung dafür
5) Lipiddroplets Aufbau und 2 Funktionen
6) Zellzyklusphasen und Checkpoints erklären
7) Gibt es Flagellen nur bei Eukaryonten? (Ja/Nein/Weis nicht + Begründung)
8) 3 Besonderheiten von Dictyostelium discoideum und was man damit untersuchen
kann
9) Wie geht man vor bei der "Herstellung" von Knock-out Mäusen?
10) Arten von Membrantransport (Aktiv/Passiv, ...). Ich glaub die Frage war so in die
Richtung was durch die Membran durch kann und warum (nicht)
11) Was sind (kleine?) G Proteine und was ist ihre Aufgabe?
12) Sind Gap Junctions für die Stabilität der Zellverbindungen verantwortlich?
(Ja/Nein/Weis nicht + Begründung)
13) Findet die Lipidsynthese im Golgi Apparat statt? (Ja/Nein/Weis nicht + Begründung)

Wie unterscheidet sich UPR von ERAD

Treadmilling
Wenn das Aktinpolymer den steady state erreicht hat, erfolgt ein Nettoaufbau von
Aktin am Plus-Ende des Aktinfilaments. Zur gleichen Zeit erfolgt ein Nettoabbau von
Aktin am Minusende des Aktinfilaments. Die Länge des Aktinfilaments bleibt dabei
konstant. Gleichzeitig existiert ein Nettodurchfluss von Aktinmonomeren. (Hemmbar
z.B. durch Pflanzengift)

Makroautophagie

Sekretorischer Weg
translatiertes Protein enthält eine ER-Signalsequenz. Nach Transport zum ER, erfolgt
dort fertige Synthese. Danach Golgi und zu versch. Zielorten geleitet (Lysosom,
Plasmamembran). z.B.: Sekretproteine, Enzyme und Proteine des ER und des Golgi-
Apparates, Lysosomen etc.

Proteine ohne ER-Sequenz werden ins Cytosol freigesetzt. Wenn eine organellen-
spezifische Sequenz vorhanden ist werden sie zu diesen weitergeleitet:
• Chloroplasten/Mitos: Proteine müssen 2 Membranen durchqueren; verbleiben
dann entweder in der Matrix oder werden in andere Kompartimente des
Organells weitergeleitet. Die Proteine müssen gefaltet vorliegen für die
Translokation.
• Peroxisomen: Die Proteine bleiben hier vollständig gefaltet

Freeze Thaw

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Anhang

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