Teige Biochemie

1.Vorlesung
Was ist Biochemie?
Früher / Heute
Früher: man Interessierte sich für zellulären Stoffwechsel der durch Enzyme angetrieben wird ->
musste Enzyme charakterisieren hat daher mit Proteinreinigung begonnen – dann Charakterisierung
wobei biochemische Arbeitsmethoden und Enzymologie im Vordergrund waren. Man hat mit dann
reinem Protein viel Proteinchromatographie gemacht dann Edman Abbau N-terminal das Protein an
sequenzieren können und dann über HPLC die AS auftrennen und mit Glück hat man 20-30 AS von N
Terminus bekommen -> wollte man mehr Sequenz musste man das Protein mühsam spalten und dann
weiter sequenzieren
Heute: geht man genau andersherum vor -> Gentechnik hat Proteinsequenzierung revolutioniert fängt
mit DNA (einfach sequenzierbar) -> Start war hier die Sanger Methode heute Parallel sequencing wobei
man schnell 800-1000 bp billig sequenzieren kann

Von DNA gelangt man zu Protein und von Protein zur DNA -> geht in beide Richtungen
Früher:
Ansatz 1 von Protein gestartet dann gereinigt und Sequenz bestimmt und hat dann DNA Probe
synthetisiert (oligos) dann library gescreent mittels southern blotting um ein Gen zu isolieren
Ansatz 2 von Protein gestartet -> gereinigt -> spezifischen Antikörper hergestellt und damit Libraries
gescreent mit Western blotting um dann zu Gen zu kommen
Heute:
Startet mit Gen oder cDNA -> man verwendet Computer und sucht Sequenz von Protein, das man
untersuchen will
Ansatz 1: synthetisiert Gen aus Oligonukleotiden und macht PCR Reaktion -> dann kann man Gen in
klonieren in Expressionsvektor und in E.coli exprimieren -> erhält so das kodierte Protein
Ansatz 2: Wenn man Antikörper gegen Protein machen will -> leitet AS Sequenz von der Gensequenz
ab -> schaut wo sind immunogene Bereiche, dann synthetisiert man Peptid mit dem kann ich
immunisieren und komme so zum für das Protein spezifischen AK

Human genome project war große Triebkraft dahinter dass immer mehr Genome komplett sequenziert
sind v.A menschliche dass in vielen Laboren gemeinsam komplett entschlüsselt wurde!
Weitere Voraussetzung -> Proteine leicht über Massenspektrometrie identifizierbar

Heute: Human genome project war große Triebkraft dahinter dass immer mehr Genome komplett
sequenziert sind v.A menschliche dass in vielen Laboren gemeinsam komplett entschlüsselt wurde!
Weitere Voraussetzung -> Proteine leicht über Massenspektrometrie identifizierbar
Moderne Methoden heute zur Erforschung von Stoffwechselvorgängen und allgemein Vorgängen im
Körper werden OMICS Methoden genannt sie beschreiben die sogenannten „ome“
• Genom = gesamte Erbinformation des Organismus
• Proteom = Protein und Genom -> ist exprimierte Information einer funktionellen Einheit (Zelle,
Organell
• Metabolom= gesamte Metabolitenpool einer funktionellen Einheit
Genomics, Proteomics, Metabolics fassen die Methoden zusammen, die diese erforschen
Wir sind in postgenomic area da durch Sequenzierung die meisten Genome bereits erforscht wurden
-> haben jetzt quasi Zubehörliste, aber viele unknown genes von denn wir Sequenz kenne aber nicht
wissen was sie machen

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Hier kommen funktional Genomics ins Spiel? Sie helfen Funktion der Genprodukte zu erforschen,
herauszufinden in welche Stoffwechselwege und Proteininteraktionen es involviert ist -> nutzen
Modellorganismen!

Genomgrößen
Genanzahl und Proteinanzahl variiert je nach Komplexität der Organismen
Einige BSP Bakterien 3000 Gene, Hefe 6000 Tiere ca 14.000-19.000 und Maus 30.000 genau wie
Mensch
Genome size paradoxon: Komplexität eines Organismus ist nicht immer mit Genomgröße
gleichzusetzen -> BSP Pflanzen Arabidopsis thaliana und Lilie (viel größeres Genom als Mensch) haben
sehr unterschiedliche Genomgrößen, bei Amphibien ähnlich -> habe oft sehr ungewöhnlich große
Genome, die nicht unbedingt mit Komplexität zu tun haben.

Gemeinsamer Ursprung des Lebens -> Tree of life

Versch. Organismen die morphologisch sehr unterschiedlich sind können trotzdem
biochemische Grundlagen gleich haben z.B Glykolyse läuft in Seeigel, Hauskatze gleich
ab
Das war Basis für Veröffentlichung des tree of life -> man hat Sequenzvergleiche
gemacht = AS Sequenz von gleichen Proteinen verglichen und kam aufgrund der
großen Ähnlichkeit zu Schluss dass es gemeinsamen Vorläufer gab hat dann Tree of
life gemacht je nachdem wie ähnlich Proteine sind. Je weniger weit ich weggehe in
Evolutionsspanne desto ähnlicher sind sich dabei die Proteine -> Myoglobin Sequenz
von Mensch und Schimpanse ist bis auf eine AS gleich! Übereinstimmung der AS Sequenz führt dann
auch meist zu gleicher 3D Struktur = divergente Evolution BSP Ribonuklease von Mensch und Rind ->
AS Sequenz wenig unterschiedlich -> Struktur gleich
Proteine mit gleicher Funktion wurden in einer Familie zusammengefasst
2 interessanten Abzweigungen zeigen Endosymbiosetheorie -> die zeigt dass 2 mal Bakterien in Zellen
aufgenommen und in eigenen Stoffwechsel integriert wurden -> hat gravierende Funktion
Cyanobakterienendosymbiose führte zu Chloroplasten bei Pflanzen, Tieren und Pilzen und
Alphaprotobakteriensymbiose zur Entwicklung von Mitochondrien
Molekular-evolutionäre Sicht
Es gibt viele konservierte Strukturen -> die gleiche Funktion ausführen sind Proteine also von der
Struktur her sehr ähnlich katalysieren sie meistens die gleiche Funktion -> gerne werden Dinge anstatt
neu erfunden leicht modifiziert und so von bestehendem Molekül ausgegangen z.B. Substratspezifität
verändert durch kleine Änderung in aktivem Zentrum gleiche Grundstruktur aber beibehalten
=Evolution!
BSP Proteinkinasen = riesige Proteinfamilie, Mensch ca. 500 verschiedene Proteinkinasen -> sie haben
alle sehr ähnliche Grundstruktur und nur kleine Anpassungen je nachdem auf welches Substrat sie
Phosphat übertragen um diese Übertragung spezifisch zu machen! (Substratspezifität) durch Domain
shuffeling
Oft lässt sich schon durch konservierte Sequenzbereiche Funktion eines Proteins vorhersagen wenn
man nur sequenziertes Genom ansieht
Mechanismus der Übertragung ist genau bekannt (später mehr) kann diese evolutionäre
Konservierung der Proteinkinasen und ihres Mechanismus praktisch ausnutzen in Forschung.
Untersuchen wir Proteinkinasen wissen wir genau wie konservierte Prozesse ablaufen und welche AS
für Interaktionen wichtig sind an welchen Stellen, bei Kinasen z.B 2 wichtige Lysinreste für
Phosphatgruppenbindung von ATP. Finde ich ein unbekanntes Protein kann ich Sequenzalignment mit
bekannten z.B Mapkinase machen und sehe ich, dass Sequenzen ähnlich sind und Sachen wie diese
konservierten Lysine in beiden vorkommen und weitere Ähnlichkeiten, kann ich nur aufgrund der
2
Primärsequenz bereits viel über Funktion des Proteins Vorhersagen.(whs auch Kinase die
Phosphorylierungen macht).= Molecular Modelling! Dann kann ich mittels weitere Tests herausfinden,
ob meine Annahme korrekt ist. Kann durch Mutagenes einen der Lysinreste zu z.B Methionin
verändern. Dann exprimiere ich das Protein unbekannte Protein einmal in Ursprungszustand und
einmal in mutierter Form. Gebe dann beiden radioaktive ATP und wenn es Kinase ist wird sie sich Auto
phosphorylieren (machen sie üblicherweise). Passiert also diese Autophosphorylierung war es Kinase.
Ich teste dann noch mit der mutierten Form um sicherzugehen -> jetzt sollte keine Aktivität mehr
stattfinden, da wichtiger Rest fehlt.
Kinasen könne auch z.B. ca. Domäne haben, (eingebaut durch Domain shuffeling), die sie dann CA
regulierbar machen geht mit versch. Metaboliten

BSP Aminotransferasen=Transaminasen (später mehr)

Homologe, Paraloge, Orthologe -> Biochemische Evolution

Es gibt Homologe der Proteine -> dabei 2 Unterklassen Paraloge und Orthologe
Paraloge: ähnliche Proteine innerhalb einer Art haben oft untersch. biochemische Funktionen aber
gleiche Strukur! Z.B in anderem Stoffwechselweg oder an anderer Stelle in der Zelle
Orthologe: verschiedene Arten, haben ähnliche Funktion BSP: Ribonuklease bei Mensch und Rind ->
gleiche Struktur und gleiche Funktion.

SELTEN: Kann auch deutliche Unterschiede in Primärstruktur (AS

Sequenz) geben aber dennoch ähnliche 3D Struktur -> kommt zur
gleichen Funktion auf unterschiedlichen Wegen
BSP Hämoglobin, Myoglobin, Leghämoglobin
Haben alle 3 ähnliche Strukur und Hämgruppe (O2 Bindung) aber sehr
unterschiedliche Primärsequenz

DNA verdeutlicht Beziehung zwischen Form und Funktion

Was haben sequenzierte Proteine/Genome zum Verständnis der Biochemie beigetragen?
Sehen uns an welche Grundprinzipien dahinterstecken und auch wie Form und Funktion eines
Moleküls zusammenhängen
DNA ist ein stabiles Polymer aus 4 verschiedenen Monomeren -> Aufgrund seiner Form ist DNA besser
für Funktion als genetischer Speicher der Erbinformation geeignet als RNA warum? Unterschied ist
DNA ist Desoxyribose und RNA normale Ribose = mit OH Gruppe -> diese OH Gruppe führt zu einer
Destabilisierung der RNA und leichterem Angriff für Hydrolyse daher nicht so gut wie DNA als
Langzeitspeicher geeignet wie DNA!

RNA dafür aufgrund erhöhter katalytischer Aktivität wegen OH Gruppe -> besser in Reaktionen
verwendbar -> Ribozyme RNA z.B. kann self-splicing betreiben -> in höheren Organismen enthält
mRNA Introns und Exons (kodierende und nichtkodierende Teile) manche RNAs können sich selbst
Introns raussplicen, Außerdem verwenden z.B. Ribosomen RNA als katalytische Komponente die bei
Dekodierung und Peptidbindungsformation maßgeblich beteiligt ist!

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Warum Thymin in DNA und nicht Uracil?
Unterschied Uracil – thymin ist eine Methylgruppe die keinen Einfluss auf BP
hat da H Brückenbindung zwischen den Basen wo anders stattfindet

Aber Uracil kann aus Cytosin entstehen durch oxidative Desaminierung (NH2
das Cytosin hat geht weg) (kann leicht passieren in oxidativer Umgebung) ->
das ist eine Mutation die dann die Basenpaarung beeinflusst in DNA wo kein
Uracil vorkommen sollte erkennt ein proofreading Mechanismus Uracil und
erkennt dass es ein Fehler ist und hier eigentlich C sein sollte da kein U
vorkommt in DNA nur T! Thymin wurde also statt Uracil eingeführt um
proofreading möglich zumachen und Fehler der druch oxidative
Desaminierung von Cytosin zu Uracil entsteht erkennen zu können

Dies macht spezifischen Reparaturmechanismus möglich und daher ist DNA weniger fehleranfällig für
Mutationen und so sicherer Informationsspeicher.
Warum gibt es dann überhaupt Uracil und nicht nur Thymin auch in RNA?
Thymin stabiler aber Uracil wichtig, das es großen Einfluss auf strukut hat
Uracil kann zu Pesudouridin modifiziert werden -> ist z.B. in tRNA und dorrt
wichtiger Carrier für aktivierte AS für Proteinbiosynthese- Auch Grund ->
einfach Mutation Annahme stark, dass DNA Welt zuerst existierte -> DNA
dann entwickelt und hat Uracil -> Thymin gemacht

DNA Sequenz = Primärsequenz legt die Abfolge der einzelnen AS in späterem Protein dann fest! Das
ist der universelle genetische Code!
BSP: Weizenkeim-Extrakt (Weizenkerne gemörsert +ATP Zugabe und Nukleotide) kann die genetische
Info von humanem Hämoglobinprotein lesen, es transkribiere, korrekt translatieren und so
menschliches Hämoglobin herstellen -> also Organismengruppenübergreifend gleicher Code
Wenige Unterschiede, BSP: UGnadA kodiert für Tryptophan in Mitochondrien aber für Stoppsignal in
Cytosol! -> Ursache Endo symbiotischer Ursprung von Prokaryot der zu Mitochondrium wurde -> in
Mitochondrium gibt es noch eigene tRNAs -> die lesen UGA eben als Tryptophan nicht Stop -> leicht
anderer Code

Wechselwirkungen (WW) zwischen Molekülen

1. Kovalente WW
Kovalente Bindung C-C, C=O sie ist die stärkste Art der Bindung
Formelschreibweise oder Resonanzstrukturen
2. Nicht kovalente WW
Wichtig für Dynamik in Prozessen! Nicht so starke Bindungen
1) elektrostatische WW = Ionen WW miteinander z.B Salzkristall
2) Wasserstoffbrücken haben Donor und Akzeptor > H hat kovalente Bindung mit N oder O und
Macht dann H-Brücke mit N oder O die freie Elektronengruppe haben des Akzeptors
3) Van der Waals WW: schwächste WW -> summieren sich aber auf -> sterische Kompatibilität ist
hier besonders wichtig damit sie wirken können -> nur in kleinem Bereich wirksam zum ausbilden
dürfen Moleküle weder zu nahe beisammen noch zu weit entfernt sein
4) Hydrophober Effekt

WW von Proteinen mit Substraten

Die meisten WW v.a. in biochemischen Sinne finden in wässrigem Milieu statt das hat Auswirkungen
auf die WW
elektrostatische/ionische WW -> ihre Stärke wird durch das Coulomb-Gesetz angegeben. Sie sit
abhängig von der Ladung der Teilchen, der Entfernung, und der Dielektrizitätskonstante
Die D von Wasser ist relativ stark-> hat Auswirkungen auf WW in wässriger Umgebung

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-> diese elektrostatische (ionische) WW kann ich in wässrigem Milieu durch Zugabe von Salzen
manipulieren -> je mehr Salz desto geringer WW
Salzzugabe in wässrigem Milieu führt außerdem zu erhöhten hydrophoben WW und
unpolare Moleküle können keine H-Brücken ausbilden -> kommt zu hydrophobem Effekt
Hydrophober Effekt: wenn man 2 unpolare Moleküle in wässriger Lösung hat, haben die
Summe von stabilisierenden nicht polaren Interaktionen und eine Hydrathülle außen
rum, dadurch wird Wasser aus bestimmten Bereich rausgehalten -> wichtiger Effekt für
Proteine und deren Funktion ganz wichtig -> er erlaubt Bereiche in Protein zu schaffen
wo Wasser ausgeschlossen wird -> wichtig für manche Reaktionen
H-Brückenbindungen: Es gibt amphiphile Moleküle z.B Fettsäuren mit hydrophiler
Kopfgruppe und hydrophoben Rest -> habe ich mehrere von diesen Kopfgruppen lagern sich in
wässriger umgebund außen an und kann richtige Interaktionen ausbilden -> hydrophoben Reste
interagieren (WW) miteinander und lagern sich zusammen -> kommt zu Mizellenbildung bzw. je nach
Fettsäurestruktur Membranbildung
H brücken können Substrate in katalytischem Zentrum stabilisieren und sie richtig sterisch ausrichten
um Reaktion zu ermöglichen bzw. bringen Reaktionspartner in unmittelbare räumliche Nähe um
Reaktion zu erleichtern
Ausrichten von Substraten in Enzym beruht aber nicht nur auf H-Brücken meist ist es Zusammenspiel
von H-Brücken, ionischen WW -> ermöglicht dann Reaktion des Substrates mit anderem Reaktanden
(=ablaufen der gewünschten Reaktion). Das zeigt Summe der WW ist für Funktion wichtig!

WW zwischen Proteinen
WW sind auch bei Proteinfaltung sehr wichtig -> die ungefalten Polypeptidkette ist nicht sehr stabil –
stabiler wird sie erst durch WW mit sich selbst = Faltung energetisch günstiger. Stabilisierung durch
WW nicht nur innerhalb der Polypeptidkette es können auch Proteine oder Proteineinheiten
miteinander interagieren (Komplexbildung) durch WW wie ionische WW, H-Brücken, VDW (ideale
zusammenpassende Konfiguration benötigt) Salzzugabe kann dazu führen dass diese Komplexe
wieder dissoziieren oder Faltung gestört wird -> Proteine fallen aus (sind nicht mehr löslich) Nutzt man
in Praxis z.B. bei Ammoniumsulfat Fällung von Proteinen -> entfernt langsam ihre hydrathülle und fällt
Protein so aus
In Proteinen kann man durch WW Mikroumgebunden schaffen die bestimmte Reaktionen erst
ermöglichen in wässrigem Milieu (Wasserausschluss) z.B. Hydrid-shift bei Redox Reaktion der NADH
kann nicht in wässrigem Millie stattfinden daher wird durch bestimmte WW in Protein dort wo
Reaktion stattfindet Wasser ausgeschlossen

Molecular crowding
In Proteinen gibt es viele AS die auf diese Art und Weise H-Brücken bilden können mit
Wassermolekülen. Ermöglicht Funktion des Wassers ein gutes Lösungsmittel zu sein (hohe
Dielektrizitätskonstante). Dadurch können hohe Proteinkonzentrationen in wässriger Umgebund
erreicht werden. Z-b 70% des Zytoplasmas der Zelle ist Wasser -> Konzentration an gelösten Proteinen
kann sehr hoch sein (300 mg pro ml) dass man von Molecular crowding – Wasser in Zelle als
Lösungsmittel limitierend
Wirkt sich aus auf: Diffusionsprozesse – kaum freie Diffusion in Zelle nötig, Substratkonzentration,
Enzymatische Reaktionen – Enzym oft lokal angereichert wo Substrat auch ist, „metabolite channeling“
notwendig = Multienzym Komplexe bilden sich aus und Enzyme reichen Substrate von Reaktionen in
Ketten weiter zu nächstem, dass dann Produkt der 1- Reaktion weiterverwenden kann

Grundreaktionen der Zelle

Zelle verwendet immer wieder gleiche Reaktionsmechanismen
Kovalente Bindungen können modifiziert werden -> haben verschiedene funktionelle Gruppen dabei
ganz wichtig die Carbonylverbindungen

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Wichtige Reaktionen von Carbonylverbindungen
BSP wichtiger Carbonylverbindungen
Kovalente Bindungen können modifiziert werden -> haben verschiedene
funktionelle Gruppen dabei ganz wichtig die Carbonylverbindungen
Ihre hohe Reaktivität kommt von dem polarisierten C-Atom -> da O in
der Verbindung höhere Elektronennegativität hat als C wird die
Elektronenwolke mehr zum O gezogen was eben zur Positiven
Polarisierung am C-Atom führt. Ein Angriff von Basen (Elektronenpaar)
z.B Aminogruppen ist dann an diesem polarisierten C-Atom ist gut
machbar! = nukleophiler Angriff!

BSP für diesen Nukleophilen Angriff:

• Acetalbildung mit Alkohol
Alkohol greift Carbonyl-C-Atom an und ein Halbacetal entsteht -> durch Abspalten von H20
entsteht Acetal

• Schiffsche Base mit Amin

Auch N kann angreifen (z.B. von Aminogruppe), da es auch freies e- Paar hat -> nach Abspalten
des H20 entsteht eine Schiffsche Base mit Amin

• Angriff am Carbonyl C-Atom

Aldol Kondensation
Reaktionen dieses Schemas finden wir wenn wir Polarisierungen haben
und eine DB damit ausbilden können bei Carbonyl C-verbindungen und
wenn wir dann dort freies e- haben kann dort noch eine Carbonylgruppe
angreifen lassen und neue C-C Bindung ausbilden -> macchen das bei z-b
Aldolkondensation und nutzen so die C-H Acidität (Polarität der
Verbindung – CH Verbindungen ja normalerweise nicht sehr
reaktionsfreudig – nicht polar)
Aldehyde und Ketone sind C-H acide Verbindungen warum?
BSP Keton haben alpha C-Atom diese Bidnung wo das rote Proton
leicht abgespalten wird weil wo wir eben dieses Enolat-Anion
bekommen das Mesomerie stabilisiert ist also wenn wir
Zwischenprodukt oder Produkt stabilisieren können ist es
langlebiger und Change ist größer, dass man 2 Moleküle in diesem
Zustand erwischt daher ist dieser Zustand auch reaktiver
Bei Aldol Kondensation (Aldol-Addition) bei C-C Verknüpfung
bekommen wir immer wieder solche Enol Strukturen und dann
passieren eben solche Stabilisierungen

Claisen Ester Condensation

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 Gleiche Prinzip wie Aldol Kondensation -> können CoenzymA
ausnutzen

Decarboxylation of beta-keto acid

Gleiches Prinzip wie Aldolkondensation hier genutzt um Co2
abzuspalten

Abnahme der Reaktivität

Reaktion soll an bestimmter Stelle in Zelle stattfinden, daher habe ich unterschiedliche Reaktivitäten -
> Aldehyd hat höhere Reaktivität als Ketogruppe, Carbonsäure noch weniger. Bei Carbonsäure liegt es
an der delokalisierten Ladung, reaktionsträger ist! -> Man kann diese Carbonsäuren aber auch
aktivieren indem man Stabilisierung der delokalisierten Ionen verhindert -> macht also Anhydrid

Wichtige Reaktionen von Schwefel und Stickstoffverbindungen

Funktionelle Gruppen die N enthalten BSP

Funktionelle Gruppen die S enthalten BSP

In Proteinen sind hier v.a. die Disulfidbrücken wichtig die zwischen SH gruppen gebildet werden
können. Passiert z-b zwischen 2 Cystein AS -> sie können geöffnet und geschlossen werden durch
Redox-regulation und sind in Proteinfaltung wichtig und bei enzymatischer Aktivität -> kann Aktivität
des Enzyms dann durch Redoxzustand regulieren (ob aktiv oder inaktiv)

Hydrolyse von energireiche Phosphat-Estern

Anhydride sind immer mit Energie verbunden BSP in ATP haben wir Anhydrid-
bindung zur letzten Phosphatgruppe -> kann durch Wasser abgespalten werden
und so wird Energie frei – zur Knüpfung einer solchen Bindung muss Energie
angewendet werden

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Kann z.B phosphatesterbindung nutzen zur Aktivierung von Substraten - > stelle
Ester her und mache Bindung so energiereicher
BSP 1. Schritt der Glykolyse Glucose wird mittels ATP phosphoryliert und so
aktiviert -> erreiche höhere Reaktivität durch Rest dran außerdem hilft es
rausgehen von Glucose aus Zelle zu vermeiden, da es als phophsorylierte Form
nicht durch den Transporte rauskann durch den es gekommen ist

Kleine organische Moleküle -> zu Großen Organischen Makromolekülen

Mensch benutzt einige wichitge organische Moleküle -> AS etc..Sie sind in präbiotischen Bedingungen
whs einfach spontan entstanden. Wurde von Urey Miller Experiment gezeigt. In urzeitlicher
Atmosphäre gab es CH4, NH4 H2O, H2 und Hitze und elektrische Entladungen -> nachempfunden in
experimentellem Set-up und nach einiger Zeit sind in diesem Umfeld spontan organische
Verbindungen entstanden BSP Blausäure etc
Durch Kondensationsreaktionen wurden aus den einfachen Molekülen komplexere -> z.B
Kondensation und Additionsreaktion von Blausäure führte zu Adenin
Wie ensteht dann Leben aus diesen organischen Molekülen? Dafür muss es Evolution geben ->3 Dinge
müssen dafür gegeben sein
1. Reproduktion lebende Systeme die Evolutio machen können sich replizieren/reproduzieren
2. Variation Moleküle liegen in vielen Kopien vor -> Variation möglich
3. Selektion -> Moleküle/Zellen die sich verdoppeln konkurrieren um Rohsoffe z-B chemische
Vorstufen. Konkurrenz ermöglicht Evolution durch natürliche Selektion auch auf molekularer Ebene

Evolution konnte in Experiment auch gezeigt werden -> dafür wurde zufällig RNA synthetisiert und
RNA Pool über Säule gereinigt und die auf ATP Bindung selektiert und das dann für nächste Synhtese
einsetzt und in 30-40 Zyklen nach der Selektion kommt man zu RNAs die ATP binden können. indem
ich also hier die selektion auf den Prozess mache und mehrere Zyklen durchgehe selektiere ich
automatisch auf diese Fähigkeit ATP zu binden und so kann man sich eben vorstellen, dass wir mit RNA
welt gestartet sind, in RNA haben wir schon geweisse Reaktivität drinnen, die wir zu beginn brauchen
wo es nur darum geht versch Substanzen ineinander umzuwandeln das ganze replizieren können und
erst später wenn wir ganzes System haben ist es wichtig die info stabil zu speichern und das erfolgt
dann in der DNA
Kleine Moleküle können als Redox-Katalysatoren oder Cofaktoren für Katalyse
dienen.
Beispiele:
Quinon hat chinoide Struktur, die reduziert werden kann = Elektronen und
Protonenaufnahme. Das entstehende Semiquinon kann dann nochmal
elektronen und Protonen aufnehmen und wird so zum vollständig reduzierten
Ubiquinol. Reaktion kann in andere Richtung wieder ablaufen d.h kann von
Ubiquinol durch Elektronenabgabe und Protonenabgabe zu Ubiquinon oxidiert
werden -> daher dienen sie als Katalysatoren. Der gelb markierte Bereich ist 10x
vorhanden, d.h wir haben großen hydrophoben rest der
Quinon/Semiquinon/Quionol fettlöslich macht! Es kann dadurch in Membran
plaziert sein. Wir brauchen es als Elektronentransporter in Photosythese und
Atmungskette der zwischen Einzelnen Komplexen in der Membran Protonen und
Elektronen überträgt. Es heißt quinon in Mitochondrien und Plastoquionon in
Chloroplasten.

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FAD/FADH2 hat auch chinoide
Struktur, haben wieder 2 reaktive
Reste und Zucker und Base und
Phospaht. Fungiert auch als
Elektronenüberträger. FAD z.B
cofaktor der succinatdehydrogenase
die in Citratzyklus die Bildung von
Fumarat katalysiert.

NAD+/NADP+ ist auch ein wichtiger Elektronenüberträger -> Strukutr: Base, Zucker, Phosphat und
Nicotinamidring (ähnlich vielen anderen Strukturen
BSP: Malatdehydrogenase hat NAD als Cofaktor bei
Oxidation von Malat zu Oxaloacetat (NAD zu NADH
reduzier);Lactatdehydrogenase
Es ist auch ein Redoxkatalysator. Reaktion passiert am
Nicotinamidring -> oxidierte Form hat am ring ein H und reduzierte
2 H dafür eine DB weniger. Also haben wir um von oxidierter Form
in reduzierte Form überzugehen eine H- Übertragung (selten,
normalerweise dissoziiert Wasser in H+ und OH-). H- ist Hydrid und
da sehr reaktiv kann diese Reaktion nicht in wässriger Lösung
stattfinden, da H- sofort mit wasser reagieren würde. Ein enzym
dass diese Reaktion macht bzw NAD+ als Cofaktor verwendet ist
Dehydrogenase und in dieser läuft Reaktion tief im inneren unter
Wasserausschluss ab. Dehydrogenasen haben dafür eigene NAD
bindetasche. Möglich durch hydrophobben Effekt
Die reaktion kann man auch diekt in Photometer beobachten bei
340 nm denn da sieht man die Absorption der oxidierten Form nicht sondern
nur die der reduzierten -> beobachtet Absorptionänderung bei 340 nm. So
kann man umsetzung von NAD+ messen und so indirekt die Enzymaktivität der
Dehydrogenase messen.
Hier BSP NADP+ zu NADPH zu sehen -> NADP+ ist sterisch größer als NAD+ und
geaden wegen der zusätzlichen Phosphatgruppe -> eigentliche Reaktion findet
aber nicht dort statt! Daher führen sie prinzipiell die gleihce Reaktion aus ->
nur Unterschied -> NADP+ und NADPH passen nur in Enzyme die viel Platz zur
Verfügung haben sie sind v.A im anabolen Stoffwechsel aktiv, NAD+ und NADH
im Katabolen Stoffwechsel (BSP Lactatdehydrogenase)!

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Vitamine Einige Enzyme brauchen essentielle Vitamine als Cofaktoren
Metalle wie Zn, Mg, Mo, Se etc

Große Makromoleküle sind oft Kombination mehrerer funktioneller Gruppen. BSP

2.Vorlesung
Struktur und Funktion- Proteine
Primärstruktur = Aminosäuresequenz sie legt die 3D Struktur der Proteine definiert fest. -> die
Sekundärstruktur wird durch Interaktion der AS miteinander erreicht (H-Brücken, Disulfidbrücken etc.)
diese nimmt dann eine 3D Konfiguration ein = Tertiärstruktur. Mehre Proteine können miteinander
interagieren und so eine Quartiärstruktur ausbilden
Proteine haben viele verschiedene Sekundärstrukturelemente BSP Alpha Helices, Beta Faltblätter,
Schleifen, Kehren

Alle Proteine sind aus einem Repertoire von 20 verschiedenen AS aufgebaut

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Aminosäuren haben eine Amino und eine Carboxylgruppe. Diese hängen an einem Chiralen Alpha C-
Atom (chiral= 4 versch. Substituenten an einem C. Aminosäuren eine L-Form und eine D-Form, wobei
in Proteinen meist nur die L-Form vorkommt. Warum?
In Evolution der Moleküle begründet. Aminosäuren für Proteine entstehen indem eine Aminogruppe
auf eine Alphaketosäure übertragen wird durch eine Aminotransferase. Alle Aminotransferasen haben
sehr ähnliche 3D Strukut (ausgehend von einem Vorläufermolekül) nur kleine Mutationen um mit
verschiedenen Substraten (AS) interagieren zu können (größere Substratbindettasche für größere AS
etc.) und bei Vorläufermolekül war es so dass Aminogruppe immer an einer bestimmten Stelel
gebunden und immer von dieser aus auf gleiche Seite auf Intermediat übertragen wurde Intermediat
wurde immer gleich eingespannt. Dies hat sich dann natürlich auf evolutionäre Nachkommen = andere
Aminotransferasen ausgewirkt -> auch sie spannen Substrat so ein und Aminogruppe wird von
bestimmter Seite übertragen -> so entstehen meist L-AS

Reaktion der Aminotransferasen = stereoselektive Reaktion

Aminotransferasen übertragen Aminogruppen von einer AS auf eine andere
(Alphaketosäure die dann AS wird)
Sie enthalten den Cofaktor Pyridoxalphophat =PLP(kommt von
Vitamin B6) im aktiven Zentrum. PLP hat eine sehr reaktive
Aldehydgruppe die eine Schiffsche Base ausbildet mit einem
bestimmten Lysinrest der Aminotransferase, der eine Seitenkette
mit einer freien Aminogruppe hat. (=Internal Aldimin)
(Carbonylverbindung reagiert mit Aminogruppe (VO1) PLP wird
außerdem durch einige andere WW (H-Brücken, ionische WW etc.)
in Aminotransferase positioniert und stabilisiert. Jetzt kommt
eingehende AS dazu und ersetzt Bindung an der Stelle wo Lysinrest
gebunden hat und bindet selbst über Aminogruppe an PLP! PLP wird
an der Stelle nicht mehr an Enzym gebunden (an anderen schon)
sondern bildet External Aldimin mit der Aminosäure. Jetzt wird AS
wieder abgespalten (Hydrolysiert) Aminogruppe bleibt aber an PLP
gebunden und nur Alphaketosäuregerüst der AS geht raus. (PMP
entsteht) Neue Alphaketosäure kommt hinein und bindet an PMP
= Ketimine und Aminorest kann auf sie übertragen werden so.

PLP auch bei Decarboxylasen und Aldolasen = universeller elektrophiler Katalysator

AS sind Zwitterionen
Das ist eine besondere physikalische
Eigenschaft der AS -> sie haben eine
Carboxylgruppe und eine
Aminogruppe und je nach pH wer können die entweder beide protoniert, eine deprotoniert eine
protoniert oder beide deprotoniert vorliegen -> bei physiologischem pH sind die meistens in ihrer
Zwitterionenform ein protoniert eine deprotoniert (Also eine Seite positiv eine negativ). Das gilt für
jede As in einem Protein, was dazu führt dass Protein je nach Summe der Ladungen positiv pder negativ
ist -> Punkt wo es neutral geladen ist = isoelektrischer Punkt hier sind Summe der Ladungen von
Carboxyl und Aminogruppen gleich!

Gruppen von Aminosäuren

Nichtpolare, aliphatische Aminosäuren
Glycin, Alanin, Prolin, Valin, Leucine, Isoleucin, Methionin
Hier sind keine Ladungen im Spiel -> daher keine Katalyse aber andere Interessante Funktionen
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Prolin:
hat Ringstruktur und ist daher ein Helixbrecher .> kommt Prolin in Strukturen wie Alphahelices
vor führt es zu Unterbrechung der Regelmäßigen Struktur und räumliche Ausrichtung der Kette
ändert sich -> turn

Kann zu Hydroxyprolin modifiziert werden -> wichtige Rolle bei Collagenbildung = wichtig für Festigkeit
des Bindegewebe
Prolin wird dabei oxidiert mit molekularem Sauerstoff und alphaketoglutarat wird benötigt -> Ascorbat
(aus Vitamin C) wirkt als Co-substrat für Enzym Prolyl Hydroxylase das Reaktion durchführt. -> dann
entsteht Hydroxyprolin und Co2 (Decarboxylierung) und Succinat

In Collagen haben wir Ausbildung einer Triplehelix -> also 3. Helix die sich zwischen Doppelhelix schiebt
-> Haben in diesen Helices viel Glycin, Prolin und Hydroxyprolin das erlaubt eine besonders stabile,
feste Struktur -> wird in Collagenfasern genutzt in basaler Lamina -> zusätzlich Feglecht durch andere
Proteine verklebt und es kommt zur Kollagenstabilität -> Für Collagenherstellung brauchen wir
dringend Vitamin C als Cofaktor da es bei Hydroxyprolinbildung benötigt wird -> Vit C ist essentielle AS
-> nehmen wir sie nicht mit essen auf kann es zu Skorbut kommen

Methionin:

Hat 2 CH2 Gruppen- dann Schwefel-dann CH3 Gruppe

→ diese Methylgruppe (Ch3) ist reaktiv und kann durch
Kopplung an ATP noch reaktiver gemacht werden -> S-
Adenosylmethionin (SAM) entsteht! SAM hat positive
Teilladung an Schwefel. Zur Kopplung an ATP wird viel
Energie verbraucht und Phosphat und Pyrophosphat dabei
abgespalten -> Reaktive sehenergireiche Methylgruppe kann auf
andere Akzeptormoleküle übertragen werden. SAM ist also
Methylgruppendonor! Und wird verwendet wenn ich eteas
methylieren will. Gibt es die Methylgruppe dann ab an anderes
Molekül wird es zu Homocystein. Das wird durch Tetrahydrofolat
wieder mit Methylgruppe ausgestattet -> Methionin wieder
hergestellt -> wieder Aktivierung mit ATP und SAM wieder
hergestellt -> ist richtiger Zyklus

Polare ungeladene Aminosäuren

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Serin, Threonin, Cystein, Asparagin, Glutamin haben polare Seitengruppen mit vielseietigen
Reaktionsmöglichkeiten.
Cystein:
Immer mit Redox verbunden (oxidation und reduktion) 2 Cysteine
können Disulfidbrücke ausbilden zwischen versch Stellen eines
Proteins = Tertiärstruktur ausbilden oder meherer Proteins =
Quartiärstruktur bilden wenn die Bindung oxidiert ist -> wird sie
reduziert öffnen sich die Brücken und Konformation und
Enzymaktivität des Protiens können sich ändern -> erlaubt
Regulation der Aktivität von Prtoeinen über Redox. Gibt dann z.B
Enzyme die aktiv sind wenn reduzierende Umgebung = viele
Elektronen weil dann Disulfidbrücken nicht ausgebildet (oxidiert
sind) werden und Enzym nur in diesem Zustand aktiv ist -> passiert bei Photoysyntehse wo voele
Prozesse reguliert sind über Elektronen, da diese nur zur Verfügung stehen wenn ich Licht habe =
Photosynthese läuft dann brauche ich eben diese speziellen enzymatischen Aktivitäten z.b der
Calvinzyklusenzyme (die sind im reduzierten Zustand aktiv), da sie an Elektronentransport gekoppelt
sind -> macht Sinn denn wenn keine elektronen da sind müssen Enzyme nicht aktiv sein, dann sind sie
durch oxidierte Disulfidbrücken inaktiviert
.
Serin und Threonin:
Haben OH Gruppe (wie Tyrosin) -> dieser kann phopshoryliert werden und
phophsorylierungen werden oft zur Regulation von Enzymaktivität verwendet ->
phosphorylierung aktiviert/deaktiviert Enzyme. Phosphorylierungen werden von
Kinasen durchgeführt. Signal ist Konsensusequenz (untersch. Je nach Kinase) und
dann wird eben das in Konsensusequenz liegenende Ser,Thr,Tyr phosphoryliert. Nur wenn
Konsensusequenz passt kann Targetpepitd so Kinase eingespannt werden dass Modifikation
stattfinden kann =richtige Interaktionen. Kinasen haben auch Nukleotidbindettasche wo sie
CoSubstrat ATP binden. Gamma Phosphatgruppe von ATP ist diejenige, die zur Phosphorylierung
herangezogen wird.

Reaktion: BSP Serin durch Summe von WW durchgeführt -> Übergangszustand stabilisiert
OH gruppe des Ser wird durch Aspartatrest der Kinase aktiviert, da dieser mit negativer Ladung am H
Atom von OH zueht; ATP kommt im Komplex mit Magnesium vor und Mg bildet ionische WW mit
gamma phosphatgruppen des ATPs aus und richtet es so aus; 2. Mg richtet anderen Phosphatrest ausM
haben noch 2 Lysinreste mit posiriver Ladung diese binden negativen Ladungen der Phosphatreste und
richten ATP zusätzlich aus
Mittels dieser WW wird Phosatgruppe genau so eingepannt und fixiert, dass sie nicht mehr wegkann
und wird in unmittelbare Nähe des O von Oh
Gruppe des Serins gebracht (wird auch
eingespannt) -> Zwischenzustand wird also
quasi stabilisiert und Bindung geknüpft
(vereinfcht) Phosphat wird auf Serin
übertrage und von ATP abgespalten Kinasen
hab en auch Glycindeckel – Teil des Proteins
der Konformationsänderung durhcmacht
sobald Substrat gebunden hat inBindetasche
und ATP und target in nooch nähere
Umgebung bring -> auserdem sorgt es durch
dichtes schließen für Wasserausschluss ->
sonst bestünde Gefahr, dass ATP einfach hydrolysiert und Phosphat (energiereiche Bindung) verloren
geht und nicht an Serin bindet

13
Glutamin/Asparagin
Sie sind die Säureamide (Amidform) von Glutamat und Aspartat. Werden zur
Speicherung und Transport von aus fixiertem Stickstoff verwendet. Pflanze N auf
und baut ihn in organische Stoffe ein über AS -> reaktion in pflanzen von
Glutaminsyntethase katalysiert in Chloroplasten -> N wird dan über diese AS auf
andere Alphaketosäuren übertragen, sodass ich diesen pimär fixierten N in
anderen Molekülen verwende kann. Asparagin hat im Vergleich zu Glutamin ein
besseres C/N Speicherverhältnis. Wird also unter Kohlenstoffmangel als
Stickstoffspeicher verwendet z.B bei Spargel der unter Erde wächst wo C limitierend ist)
Andere wichtige Funktion der Aminde: Amide wie Asparagin sind zeichen, dass hier bestimmte
posstranslatorische Modifikation nämlich Glykolysierung stattdfinden kann! BSP: hat man eine
bestimmte Konsensusequenz ist das Signal (=notwendige Erkennungssequenz für Protein, dass Ketten
anhängt -> nicht wahllos an jedes asparagin gehängt)und dann kann an das Asparagin in Sequenz eine
Zuckerkette angehängt werden. Diese Modifikation des Proteins passiet in ER und kommt oft bei
sekretierten Serumproteinen (Protiene die nach außen exportiert wrden) oder Proteinen an
Zelloberfläche vor. Von ER kommen glykolysierete Proteine zum Golgi apparat wo sie in vesikeln
verpackt und nach außen transporitert werden.
Funktion von Glykolysierung:
Wichtig bei Erkennungsprozessen (Interaktionen mit Zellen etc.) z-b bei Immunoreaktionen zwischen
eigenen und fremden Proteinen. Auch Blutgruppen der Menschen unterscheiden sich durch
Modifikationen an Oberflächenzuckern.
BSP IS Slektine -> haben wir bei Entzyndungen gesehen -> vermitteln zell Zell ww ia
erhöhte Stabilität z.B wichtig bei Serumproteinen, die längere Zeit in Serum zirkulieren. Diese werden
durch Zuckerketten vor schnellem Abbau geschützt und haben so größere Halbwertszeit. BSP
Elastasegegeben ist! WW zwischen Zellen -> BSP Vermttlung spezifischer WW bei Lectinen. Es ist t
Kohlehydratbindendes
Glykolysierung kann auch dazu führen, dass biologische Aktivität gegeben ist. BSP Elastasegegeben
ist! WW zwischen Zellen -> BSP Vermttlung spezifischer WW bei Lectinen. Es ist t
Kohlehydratbindendes Protein, die spezzifische WW zwischen Zellen vermitteln. Ermöglichen
hochspezfisiche Erkennungen ihrer Interaktionspartner abhängig von glykolysierungen an proteinen

Aromatische Aminosäuren
Phenylalanin (F), Tyrosin (Y), Tryptophan (W)
Aromatiche AS haben einen aromatisschen Ring und sind für UV Absorption der Proteine
veranwrolicht. Nutzt dass aus um Proteine zu quantifizieren. Sie absorbieren UV Licht im 280 nm
Bereich. Hauptsächlich Tryptohan ist hier beteiligt. Sind essentielle AS.

Tyrosin kann phosphoryliert werden (OH) Gruppe.

Positiv geladene Aminosäuren

Histidin (H), Arginin (R), Lysin (K)
Sie sind positiv geladen.
R und K sind basische AS, His hat eher neutraleren pKa (physiologiescher pH) und hat daher oft
katalytisch wirksame Funktion -> könne protonieren und deprotonieren. His ist Bestandteil der
katalytischen Triade
Histidin und Lysin können oft Methyliert werden BSP in Histonen

Negative geladene, saure AS

Aspartat und Glutamat (D,E) = Glutamic Acid, Aspartic Acid
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Ihre abgeleiteten Amide sind Asparagin und Glutamin
Glutamat kann carboxyliert werde.

Proteinstrukturen
Übergang von 2D in 3-D Welt. Proteine werden gemacht aus 20 versch AS. Sie können ganz viele
verschiedene Strukturen, die auch noch später posttranslational modifziert werden können
annehmen. Es gibt große Vielfalt funktioneller Gruppen und Proteine können starre oder dynamiisch
Strukturen haben. Proteine können als Enzyme hochspezifisch chemische Reaktionen katalysieren.
Proteine können auch miteinander interagieren und mit Makromolekülen (z.BDNA) und Komplexe
bilden

Primärstruktur
Um Protein herzustellen werden Aminosäuren über Peptidbindungen miteinander verknüpft.
Biosynthese von Proteinen erfordert viel Energie.. Die Synthese erfolgt am Ribosom und wird durch
23S rRNA katalysiert. Einmal geschlossen ist Peptidbindung sehr stark.
N-> C terminal gelesen -> Carboxylende 1. As iwrd mit Aminoende 2. AS verknüpft usw. Peptidkette ist
daher polar -> Aminoende an Beginn Carboxylende am Ende

Entstehende Pepdibindung ist planar -> 6 Atome die sie Formen sind in einer Bene -> ein ausgeprägter
DB Charakter verhindert Rotation der Struktur. Doppelbindungscharakter bedeuted die Länge der C-N
Bindung hier liegt zwischen einer normalen C-N Bindung und einer C=N Bindung (ähnich
Resonanzstruktur)
Peptidbindung kann Cis oder Transkonfiguration einnehmen.
Trans
• Alpha-C atome der beiden Seitenketten schauen in entgegengesetzte
Richtung
• häufiger v.A wichtig bei großen Resten z.B aromatischer Rest von
Phenylalanin oder Tyrosin. Die sollen sich ja sterisch nicht in die quere
kommen.
• Energetisch günstiger
Cis
• Ist die Ausnahme bei X-Pro Bindungen -> diese Konfiguration ist ein
Helixbrecher
• Sie machen Schleifen und Turns
•

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 • Benötigt Katalyse um diese Rotation (schleifen Turns) zu machen. Diese passsiert durch
Peptidyl-Isomerase in ER. -> wichtig für Faltung
Ramachandran Digaramm
Es gibt dir erlaubten Werde der Rotationsfreiheit an -> Man findet in
diesem Diagramm die verschiedenen Winkel, die sich einstellen können
und es zeigt stabile Bereiche, wo sich diese Reste sterisch möglichst wenig
behindern. Kann in Diagramm sehen, wie stabil eine Struktur ist und ob sie
überhaupt erlaubt = „möglich ist! Also ob sie in grünem Bereich liegt oder
es zu Kollision kommen würde -> sagt als etwas aus über gute sterische
Ausrichtung.
Sieht also in welchen Winkelbereichen betasheet
wahrscheinlicher sit oder in welchen Alphahelix um
möglichst wenige sterische Probleme zu haben

Sekundärstrukturen
Nun gehen wir von der Primärstruktur zur Sekundärstrukur über. Primärstrukur AS können
miteinander interagieren und bestimmte Struktureelemente ausbilden um Konformation zu
stabilisiern indem möglichst viele H Brücken gebildet werden. Aminosäuren haben unterschiedliche
Neigungen zur Ausbildung bestimmter Sekundärstrukturen
3 Sekundärstrukturelemete
In Alpha Helices oft: Ala, Leu, Glu, Met
In Beta faltblättern oft: Val, Ile, Thr und Aromathen
In Kerhen oft: Gly, Asp, Pro
Präferenzen sind aber so gering, dass nur durch Sequenz struktur nur bedingt vorhersehbar ist. Gleiche
Peptidsequenz BSP: VDLLKN kann in einem protein teil einer Alpha Helix sein und in anderem Beta
Faltblatt -> hängt stark von Umgebund ab
Vorhersagen mittels Molecular Modelling sind viel genauer! = Vergleichen mit bekannten Strukturen,
deren Funktion man kennt.

Alphahelix
Sehr stabile, Kompakte,und Gewundene Struktur, stabförmigm
engaufgewickeltes Rückgrat, das durch H-Brücken innerhalb der Kette
stabilisiert wird C=O…H:-N von n und n+4 dder Hauptkette
Die Seitenketten der Aminosäuren zeigen nach außen
Sind 3,6 AS pro Windung
Alle alphahelices in Proteinen sind rechtsgängig
Können Coiled coil Struktur einnehmen -> sehr stabil z.B in Keratin
-> sind sehr lange helices

Beta Faltblatt

ausgestreckte Struktur; durch H Brücken zwischen

verschiedenen Strängen stabilisiert
gibt paralelles und antiparalelles Falblatt

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nicht so kompakt, viele Stränge können zu einem Strukturmotif vereint sein

Kehren (turns)
Umkehr zwischen 2 Strängen
Hier wird H-Brücke gebildet zwischen C=O Gruppe von AS und NH-Gruppe von n+3!
häufigste Kehre = Beta Kehre -> bei X-Glycin oder X-Prolin gemacht = Helixbreccher
wird auch hairpin genannt und ist direkte unmittelbare Umkehr

Schleifen (Loops) = kehrt nicht gleich um sondern ängerer Bereich. Sind flexibel und oft Stellen wo
Proteinne modifiziert und regukiert werden können. Sind auch Bereiche, die sich ändern wenn Substrat
gebungen hat und dann zu optimierter aktivierter Konformation führen
Kehren und schleifen richten
Liegen immer an Oberfläche
BSP Kinasen .> bereich wo ATP bindet und Phosphattransfer stattfinden immer glecih jedoch bereich
wo substratbindet ander -> Evolution, sodass versch Substrate gebunden werden können -> Änderung
findet hierbei in solchen Loops statt

Tertiärstruktur
Wasserlösliche Proteine falten sich zu kompakten Strukturen mit unpolarem Kern. Also der
hydrophobe Effekt ist die Antriebskraft bei Proteinfaltung = hydrophile AS nach außen hat und hy
drophobe nach innen
Viele Tertiärstrukutren durch Röntgenkristallographie und NMR-Analysen experimentell ermittelt.
AS haben ja polare Gruppen in Hauptketten C=O und N-H -> diese werden in hydrophoben Bereichen
zu Paaren vereinigt und auch VDW Kräfte wirken wozu jjedoch dichte Packung nötig ist ->
sterisch dichte Packung bei Proteinen durch viele kleine ähnliche unpolare AS erreicht (Val, Ile,
Leu)!

BSP Myoglobin -> kompakt 70% zu alphahellices gefangen

Es ist typisches wasserlösliches Protein, das hydrophile AS nach außen hat und hy drophobe
nach innen = hydrophibge Effekt
Meisten Proteine sind so hydrophil außen, hydrophob innen -> Ausnahme sind Porine sie
haben inside out verteilung da sie in Membran sind = hydrophoben Bereichen außen um
mit hydrophoben fettsäureteilen in Membran zu interagieren und wassergefüllte Kanäle in
mitte haben = hydrophil soll innen sein

Quartiätstruktur
Mehrere Polypeptidketten bilden eine Struktur z-B Apha2 beta2 tetramer des humanen
Hamäglobin -> es hat 2 idente alpha und 2 idente beta UE mit 4 Hämgruppen

Kann sehr komplex sein

Viren
Sie nutzen ihre begrenzten genetischen Ressourcen optimaal (nur kleines Genom möglichm da wenig
Kapazitäät) indem sie ihre Komplexen großen Hüllen (Quartiärsstrukur) aus Domänen aufbauen die
sich immer wieder wiederholen.Wiedeholen immer wieder bestimmte UE und machen versch. Gleiche
Bausteine um sich zu verpacken (=Hülle) 3-4 versch UE
BSP Rhinovirus, TBSV

Proteinfaltung

Denaturierung

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Auch Querverbindungen zwiscchen AS über Disulfidbrücken können sich zwicshen
Cysteinresten ausbilden S-S Brücke = oxidiert; SH SH = rediziert Brücke offen sind über
Redoxregulation reguliert. Sehr wichtig bei Proteinfaltung solche Brücken auszubilden und
auch bei fertiger Proteinstruktur,
Diese Disulfibrücken können auch durch SH Reagenzien rediziert werden und so geöffnet.
BSP Beta-Mercaptaethanol. Gebe ich zu Protein auch noch Urea (Harnstoff oder Guanidium
chlorid dazu, dass mit H Brücken interferieren -> kann ich die WW die Proteinstruktur
stabilisiern aufheben und Protein vollständig zu Primärstruktur denaturieren.
Anfinsen Experiment -> nimmt man dann aber Harnstoff mitteld Dialyse weg und das in
Gegenwart von Luftsauerstoff der wieder zu oxidierung der S-S Brücken führt bekomme ich
Struktur und Aktivität der Proteins wieder zurück. Das geht nur bei kleinien Proteinen, große brauchen
oft Faltungshelfer Chaperonine
-> Conclusio: Information der 3-D Sequenz ist ausschließlcih in Aminosäuresequenz erhalten!
Sequenz bestimmt Konformation

Proteinfaltung ist ein kooperativer Vorgang und verläuft fortschreitend über Stabilsierung sich
bildenden Zwischenprodukten. dann kommenn neue Teile der Kette raus und es geht weiter. Und neue
WW bilden sich aus. Das gefaltene Protein hat einen niedrigen Energiezustand durch die vielen
ionischen WW, H-Brückenbindugnen und VDW WW, daher ist es stabiler und energetisch Besser und
dieser Zustand will erreicht werden, daher überhaupt Faltung.
Also Proteinkette kommt aus Ribosom und Reste interagieren miteinander un PRtoeinstrukturen
bilden sich aus und oft passt das so und Protein ist richtig gefalten
Oft funktioniert Faltung nicht einfach so -> Protein faltet sich nicht gut, falsche WW werden
ausgebildet und wir bekommen missgefaltenes Protein, das katalytisch z.B dann nicht aktiv ist und
daher Funktion nicht erfüllen kann.
Gibt viele Kontrolmechanismen

1. Chaperone: sie sollen verhindern, dass missgefaltene Proteine überhaupt entstehen. = katalysieren
korrekte Faltung. Sie übernehmen Polypeptidkette wenn sie aus Ribosom kommt und binden an sie
und verhindern, dass falsche WW sich ausbilden bis weitere Teil aus Ribosom kommt, der dann richitge
WW ausbilden kann und dann gehen sie weg- so kann richitges Protein entstehen BSP Hsp70
(heatshockprotein), Sehr große, komplexe proteine verwenden dann GroEL wo Protein innen weiter
gefalten wird!

2. Ubiquitinierung = falsch gefaltene Protein, die nicht gerettet werend können werden zum abbau Ub
markiert

3. Protein Disulfid Isomerase (PDI) in ER katalysiert

korrekte Ausbilden von Disulfidbrüclen in Protein ->
sehr wichtig für korrekte Faltung. Sie können S-S
Brücken modifizieren, sollten sie sich irrtümlich
ausbilden und reagieren mit ihnen sodass andere
richitge S-S Brücke ausgebildet werden kann.
Nachdem sie katalysiert hat muss sie
Reduktionsäquivalente wieer los werden und das passiert mmittels anderen Enzymen die FAD
enthalten (eigene Maschinerie in ER)
4. Glutathion (GSH) bei Proteinfaltung in Cytosol. Es ist ein Tripeptid aus Glutaminsäure, Cystein und
glycin und katalysiert die Bildung von richtigen Disulfidbrücken in Cytosol! Dort ist es in hoher
Konzentration vorhanden. GSH ist der reduzierte Zustand der im 60:1 verhältnis zum oxidierten
zustand GSSG in Cytosol vorkommt. Bisschen andere Peptidbindung da nicht alphacarboxylgruppe
sondern Gammacarboxylgruppe kondensiert

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Pathologie und Pro teinfaltung -> Prionen
Es gibt Proteine die Krankheuten auslösen können = Prionen. Ie sind infektiöse Proteine. Sie sind aflsch
gefalten und können bei Konotakt mit andern Proteinen diese auch falsch ummfalten!
BSP PrPc Protein im Nervensystem und Gehirn. Prion ist PrPSc. PrPC hat viele alphahelices in Struktur
und kaum Beta faltblattelemente während PrPSc viele betafaltblattelemente und kaum alphahelices
hat -> kommt dieses falsch gefaltene PrPSC in berührung mit PrPC führt es dazu dass PRPC -> PrPSC
wird. Der nun erhöhte betafalblattanteil (mehr hydrophobe AS) macht es nicht gut löslich und lässt es
ausfllen und inaktiv werden -> Problem!

Proteindomänen
Die Polypepitdketten falten sich in mehrere kompakte Bereiche die dann für sich funktionelle Einheiten
ausbilden -> ein Bereich des Protein bindet z.b Substart anndere macht katalyse etc. =Sogenannte
Proteindomänen -> sie sind 30-40 AS lang
BSP Proteinkinasen
Sie haben mehrere domänen BSP katalytische domäne, die
zwischen versch Kinasen sehr konserviert ist da Reaktion
ommer gleich abläuft und variablen Bereich wo keine griße
ähnlichkeit ist -> hier wird Substrat gebunden gibt EF hand
domäne -> sind in Ca bindung involviert also ist diese Kinase
whs Ca reguliert

Struktur – Proteinfaltung
Faltung der Polypeptidkette bewirkt sterisch optimierte Umgebung für optimale WW mit Substraten
BSP schon gesehen Kinasen spannen ATP ein

PRÜFUNGSFRAGE:
Anderes BSP Interaktinonen Enzym und Ligand:
Hier sehen wir WW von Enzym mit cAMP
Mehrere schwache WW summieren sich auf und
ermöglichen so einspannen des Proteins. Die AS die
hier interagieren mit Substrat sind nicht nebeneinande
rauf Primärsequenz sondern weit entfernt tw und
kommen durch Faltung so zusammen, dass sie
gemeinsam mit Protein interagieren können.
cAMP hat negativen phosphatrest der interagiert in Enzym mit positiver AS (basin) hier Arginin (auch
lysin mögl) an anderen Stelen bindet es H-Brücken aus mit verschiedenen AS des Enzyms (AS Bennnen
können)

Grippe-Viren
Zelloberflächenerkennung über glykolysierte Zuckerketten
Glykolysierte Zuckerketten an Oberfläche sind wichtig für Freund/Feind Erkennung BSP: Grippe
Es gibt 3 verschiedene Typen von Grippeviren A,B;c, haben 16 H und 9 N untertypen die sich durch ihre
Zelloberflächenproteine unterscheiden. Diese Proteine sind glykolysierts und haben einerseits
BSP: Typ A kann Menschen infizieren er hat auf Oberfläche 2 Proteine
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H = Hämaglutinin = Konaktstelle des Virus zur Zelle
N = Neuraminidase = spaltet sialinsäure ab
Zelle hat an Oberfäche Glykoproteine mit Sialinsäure daran. Diese ist entscheidend in Erkennung der
Viren, da sie Hämaglutinin epitope an Oberfläche der Viren erkennen kann und daran binden. Das
Binden führt zur Verklumpung der Viruspartikel und sie können durch IS abgebaut und abtransportiert
werden. Aber Viren haben Neuraminidasen, die diese Zucker abspalten können also Sialinsäure
abspalten und dann funktionert der Erkennungsporzess nicht mehr -> so können sie Erkennung und
Bindung entgehen und sie ungehindert ausbreiten im Körper. Körper hat aber auch Hilfsmittel =
Neuraminidasenhemmer die diese Neuraminidasen blockeren, sodass Sialin nicht abgespalten werden
kann und Viren sich nicht lösen können -> Infektion blockiert
Viralen Proteine an Oberfläche ermöglichen Erkennung -> werden hochspezifisch durch lectine erkannt
welche von Virus zu Virus verschieden sinnd daher Grippeimpfung immer angepasst Virus andere
Strujtur an Oberfläche, wo interaktion von Wirt und Virus stattfinded um Zelle zu inifzieren.

3.Vorlesung
Proteinreinigung und Methoden
Analyse von Protienen

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Wieviele verschiedene Proteine haben wir eigentlich pro Zelle? E.coli hat z.B 3x10^6 Proteine
pro Zelle, Hefe 100x10^6 -> sind aber nicht alles verschiedene.
Proteine sind in unterschiedlichen Konzentrationen in Zelle vorhanden: manche redundanter
als andere gibt protein abundance database um das nachzusehen. Hefe hat z.b viele Aldolase,
Pyruvatkinase etc. -> klar da es auf Glukosebasis wächst und v.a Glykolyse macht.
Regualtorische Proteine oft selten, aber genau die will ich meistens ansehen

Läuft in mehreren Schritten ab

1. Gewinnnung-Reinigung
2. Bestimmung der Menge
3. Bestimmung der Molekulargewichts
4. Bestimmmung der Sequenz – klassisch: Edmann-Abbau Heute: Massenspektrometrie

1. Gewinnung-Reinigung
Zuerst Frage: Wo bekomme ich mein Protein her? Muss ich es nativ aus biologischem Material
reinigen oder kann ich es künstlich machen

Nativ aus künstlichem Material: suche Zelltyp/Organismus etc. wo Protein viel vorkommt und
leicht zu bekommen ist z.B tiereische Zelle, Pflanze etc. Dann muss ich die Zellen aufschliessen.
Junges Gewebe ist besser da leichter aufschließbar, bei Bakterien und Hefe immmer in
Logphase ernten.

Aufschlussmethoden:
Wie stabil ist das ganze? Gibt es starke Zellwand?
Einige BSP:
1. Bakterien: sie können sehr stabile Zellwand haben, daher reichen Scherkräfte oft nicht aus
und man muss Zellwand mit Lysozym verdauen und dann kann ich mit Sonicator aufbrechen
2. Hefe: Auch stabile Zellwand; brauche viel Gewalt; größer als Bakterien daher kann ich
Schüttelmaschine nehmen: mit Glaskugeln im Merckenschlager Homogenisator oder in
Kugelmühle einfach zermahlt
3. Pflanzen: stabile zellwand; große Zellen -> kann Küchenmixer verwenden
4. Tierische Zellen: Glasgefäß und Teflon homogenisator-> Zellen sind weniger Stabil
Bei allen Prozessen ist Kühilng auf EIS sehr wichtig!

Nach ausfschluss werden Protein in Puffer gelagert, wichtig hier Physiologischer pH, Cofaktor
Mg und EDTA, Proteaseinhibitoren, Reduktionsmittel etc.

Manche Proteine brauchen Solubilisierungsagentien wie SDS; TritonX 100 -> um Membranen
aufzuheben und ganze in Lösung zu bringen

Wenn nur Protein gebraucht: Nuklease/DNAse dazu damit diese weg, Nur DNA/RNA
gebraucht: gebe Protease K dazu oder mache Phenol Extraktion

Komplexe: Durch Aufbrechen der Zellen wird Inhalt stark verdpnnt (faktor 10-20) -> Manche
assoziierten Proteine werden so getrennt.

21
Proteinreinigung
Welches Trennverfahren für welche
Fragestellung??
Jetzt hat man Proteinextrakt und muss
soweit trennen bis Protein möglichst rein ist
Habe ich noch griße Organellen in Extrakt
werde ich um sie wegzubekommen erstmal
Pulsfeldelektrophorese machen und sie so
durch Zentrifugation abtrennen -> dann
habe ich nurmehr Proteine und nutze jetzt
chromatographische Techniken

2 wichtige Dinge hier: Wie hoch ist

Trennkapazität und wie hoch Trennleistung?

Trennkapazität soll zu beginn hoch sein, da viele Proteine da sind und ich grob vorsortiere, ->
dann wird Selektivität (Trennleistung) wichtigstes Kriterium!
Da ich ein bestimmtes Protein haben will muss ich mich fragen, nach Trennung in verschiedene
Fraktionen, wie finde ich mein Protein dann in diesen wieder? Kann nach bestimmten
Parametern trennen = Größe, Ladung etc.. aber in welcher der Fraktionen ist Protein dann? -
> brauche Enzymatischen Assay! ER misst enzymatische spezfiische Reaktion die
hochspezifisch Substrat umsetzen. Bei enzymatischen Assays reinige ich Enzymaktivität auf
und hoffe, dass nur dieses Enzym ist, dass das kann!
Zuerst wird Gesamtprotein gemessen, dann enzymatische aktivität = wieviel habe ich von
diesem Proteine und dann trenne ich den hergestelllten Proteinextrakt mit verschiedenen
Methoden und bekomme z.B 20 Fraktionen, die von Säulen eluieren und jetzt suche ich wo
mein gewünschtes Protein drinnen ist. Reichere dann immer mehr die Fraktion an wo Protien
drinnen ist und wähle so aus dass am wenigsten andere Protein drinnen sind, die mich nicht
interessieren

Enzymatische Assays
Einfachste enzymatische Assay ist der optische Test:
BSP Alkohol-dehydrogenase Reaktion
Umsetzung von Acetylaldehyd und NADH zu Ethanol (und umgekehrt mit NAD+) mittels ADH

Geht man vom Ethanol als

Edukt aus und gibt NAD dazu bekommt man das reduzierte NAD= NADH und Acetaldehyd, was
sehr reaktiv ist. Man kann zur Reaktion semicarbazid dazugeben und das hochreaktive
Acetaldehyd wir dsofort damit bevorzugt reagieren -> d.h ich entferne Acetaldehyd aus
Gleichung und Rückreaktion kann nicht mehr stattfinden. GW auf Seite von Acetaldehyd und
NADH+H verschoben! In diese Richtung kann ich Enzymaktivität dann gut messen, mache das
indem ich messe wieviel Cofaktor NAD+ umgesetzt wird! (nicht Ethanol oder Acetaldehyd). Da

22
NAD+ stöchiometrisch an Ethanolumsatz gebunden ist kann ich daraus schließen das NADh+H
Menge, die entstanden ist gleich Ethanolmenge ist
Optischer Test um NAD-> NADH Menge zu messen. Absorption wird bei 340 nm gemessen
weil nur hier die reduzierte Form NADH absorbiert, d.h ich detektiere hier das NADH das
entstanden ist durch Ethanolumsetzung und kann so auf Ethanolmenge, die umgesetzt wurde
schließen. DA ich enzymatische Umsetzung in mikromol Substrat pro Minute ich verwende
dann das Lambert beersche gesetz um die Proteinmenge zu berechnen.

Assay mit chromogenen Substanzen

Können Amid-, Ester-, Thioesterbindungen sein.
BSP Peptidasereaktion
Sie soaltet ein Pepid an bestimmten Stellen und man bekommt 2 polypeptide -> sehe ich nicht
in Photometer; kann chromogenes Substrat verwenden, dass sobald es gespalten ist also nach
Umsatz mit Peptidase einen Farbostoff vreisetzt den ich in Photometer messen kann. Hier ist
chromogenes Substrat p-Nitrophenolat, das gelb gefärbt ist und messbar bei 405 nm in
Photometer. Messe so Enzymaktivität

Trennprinzipien
Grobe Vorsortierung
Sedimentation
Trennung von Organellen, Komplexen wie Ribosomen über Dichtegradienten. Wenn ich Zellen
vorsichtige aufschließe (Zellwandverdau, Beschallung mit Ultrabeschalll nur kuzr) und
Organellen etc. Heil bleiben, kann ich sie über Zentrifugation mit Dichtegradienten trennen.
Dazu verwenden wir Röhrchen die steigende Konzenntnratio Saccharose (oder anderes
haben). Durch Zentrifugation wandern dann Sachen die dichter; kopakter und schwerer sind
tiefer in höherkonzentrierte Schichten des Gradienten. Mitochondrien, Chloroplasten,
Organellen finde ich also tiefer in Gradienten. Kann diese Komponenten auch einzeln
abzentrifugieren und so untersuchen. Indem ich immer länger zentrifugiere. Nach kurzem
Zentrifugieren bekomme ich Zellkerne, länger dann mitochondrien etc. in Pellet.

Ammonium Sulfat
Trennung aufgrund unterschiedlicher Hydrophobizität und Größe. Ist gut als grobe
Vorsortierung geeignet. Kapazität hoch, Schärfe gering. Nutze dabei aus, dass bei löslichen
Proteinen hydrophile AS außen und scih mit Hydrathülle stabilisieren und i Lösung halten.
Gebe jetzt steigende Konzentrationen Ammonium sulfat, das in hhier Konzetration löslich ist
und in lösung in Ammonium und Sulfationen zerfällt, zu Proteine. Diese Ionen bindne
Wassermoleküle, die dann auch von Hydrathülle der Proteine entfernt werden. D.h Proteine
verlieren tw die Hydrathülle, daher werden hydrophobe AS nach außen gefalten bis es ausfällt.
Je kleiner und hydrophiler das Protein desto länger bleibt es bei steigenden zugegebenen
Ammoniumsulfatkonzentrationen in Lösung. Gebe also stetig mehr Ammonium Sulfat dazu
(gibt Tabelle um das zu berechnen) 30,40, 50 % etc. lasse GW einstellen und zentrifugiere
regelmäßig ab und schaue nach welche Proteine bei der Sättigung ausgefallen sind. Vorteil:
sehr schonender Prozess, enzymaktivität bleibt erhalten! Ist also reversible Ausfällung

FPLC System
Haben festen Trägermix und dort Säule mit verschiedenen Laufmitteln=Puffern. Haben versch.
Pumpen, die Puffer aus Falschen ansaugen und Injector wo wir Probe reingeben können. Die
läuft dann über Säulen mit den Puffern und habe das gekoppelt an z.B Detektor der dann bei
23
280nm Proteinabsorptionen misst und auch Leitfähigkeit hat und dann Protiene in Fraktionen
danach auftrennt. Enzymatischer Assay dann vewendet, um zu sehen in welcher mein Protein
ist

Trennprinzipien- Chromatographie
1. Gelfiltration
Trennung nach Größe. Haben in Säulen eine
Matrix aus porösem Material. Dadurch bekomme
ich ein verzweigtes Netz. Kann Matrix so wählen,
dass verschiedene Porengrößen erreicht werden. Kleine Moleküle dringen beim wandern in
Proten ein während große nicht eindringen können sondern zwischen Partikeln laufen -> >
Größe eluieren also zuerst. Sind sie so groß, dass sie gar nicht eindringen werden sie nicht
aufgetrennt (ganz große) und werden daher Ausschlussvolumen genannt – also über
bestimmter Größe wird nicht getrennt. Kleine Proteine kommen in späteren Fraktionen und
Salze noch danach. Kann die Säulen kalibireren = Porengröße so einstellen,damit Filtration
Sinnn macht mit Proteinen deren kDA ich kenne und weiß an welcher stelle sie eluieren= wie
hoch molekulargewicht ist.
Material der Matrix hat hier großen Einfluss auf Trennleistung -> sind alle Partikel gleichmäßig
oder verschieden. Porengröße muss richtig gewählt sein, sodass mein Protein nicht in
Ausschlussvolumen landet -> nur Proteine die in Poren eindringen werden getrennt. Ist
diffusionsprozess also schlanke hohe Säule um Probe zeit zu geben und hoch konzentrierte
Probe! Probenvolumen soll eher klein sein! 1% von Säulenvolumen. Fraktionen sind also
Proteine nach nativem Molekulargewicht getrennt und man kann so über UE
Zusammensetzung erfahren
Kann Gelfiltration auch zum umpuffern verwenden. Wähle Porengröße dabei so, dass Proteine
gleich durchkommen (nicht in Poren kommen). Salze dringen ein und kommen später. Kann
so z-B Ammoniumsulfat entfernen = size exclusion
2. Hydrophobe Interaktionschromatographie (HIC)
Vergleichbar mit Ammoniumsulfatfällung (=grobe Vorsortierung). Hier verwende ich Liganden
, die hydrophobe Bereiche haben fixiert an einen Träger BSP Phenylgruppe (Phenylsepharose)
und gebe dann Protein dazu mit Salzen -> das exponiert die hydrophoben Domänen der
Proteine! Und WW können sich mit Trägermatrix ausbilden von steigender Salzkonzentration
zu niedriger und eluiere so schrittweise Proteine -> die mit weniger hydrophoben Resten
eluieren zuerst gehe (also die die selbst bei hoher Salzkonzentration wenig hydrophobe WW
machen)
3. Reversed phase RPC oder HPLC
Ähnlich zu HIC -mache das unter hohem Druck mit sehr hoher Leistung hier ist es so dass ich
hydrophobe Reste immobilisiert habe an Säule = lange Kohlenwasserstoffketten (C14, C16
etc.) -> Habe aber keine wässrige Lösung mit mehr oder weniger Salz wie vorher sondern
Gemische mit Acetonitrit oder organischen Lösungsmittel auch noch drin. Diese dienen als
Ionenpaarbildnern dann TFA =Trifluoraceticacid das dafür sorgt dass ich Ladungen aufhebe
und hydrophobe WW mit Säule habe -> wird eher für Peptide verwendet oder AS -> da
24
enzymatissche Aktivität verloren geht in Lösungsmittel und nicht gemessen werden kann und
Protein irreversibel denaturiert. Wird als letzter Schritt gemacht wenn man keine Aktivität
mehr messen will.
4. Ionenaustauscher
Trennung nach Ladung. Habe auch Matrix an der ich funktionelle Gruppe immobilisiert habe,
die positiv oder negativ geladen sind. Suche ich jetzt positive Proteine nuttze ich negativ
geladene Matrix = Kationenaustausche, bei negativen Proteinen nutze ich
Anionenautauscher. Proteine werden auf Matrix aufgetragen und bleiben hängen. Die
Proteine haben einen isoelektrischen Punkt, der relativ zum pH angegebenen Puffer -ist -> ist
der pH des gewählten Puffer größer als der isoelektrische Punkt sind Proteine negativ geladen
und ich kann es an Anionentauscher binden und umgekehrt. Wichtig den pH Wert des Puffers
so zu wählen, dass er über oder unter isoelektroschem Punkt der Proteine liegt, da sie sonst
Zwitter sind. (Ladung abhängig von pH) Bei Anionenaustauscher (Matrix hier positiv geladen)
muss ich aufpassen, dass ich nicht zu viele Salze = Anionen in Lösung habe, da sie sehr klein
sind un besser binden -> muss z.B sulfat entsalzen= Also Ionenstärle wichtig
pH wichtig! -> Volumen hier egal
Nach waschen mit normalem Puffer und es bleiben nur an Anionentauscher (positiv geladene
Matrix) negative Proteine Proteine hängen. Dann wasche ich mit meinem anderen Puffer, dem
ich immer steigende Konzentrationen von Anionen (Cl-etc)dazu -> diese ersetzen dann
Bindungen mit Matrix und Proteine werden nach und nach von Säule verdrängt. Die jenigen
mit wenig negativen Ladungen zuerst und am Schluss die mit vielen die sehr gut binden. (Ende
Anionentauscher kommen nukleinsäuren .> viel negative Phosphatgruppen)
Kationentauscher hat negativ geladene Matrix und wird genutzt um positiv geladene Proteine
zu finden – pH muss niedriger sein als isoelektrischer Punkt der Proteine. Proteine aufgetragen
und positiv geladene Proteine binden. Gebe dann stetig erhöhte Konzentration Kationen dazu
(Na+, K+), die dann positiven Proteine von Säule stetig eluieren. -> Fraktionen nach positiver
Ladung
5. Affintität
Bis hier Methoden nach denen ich generell auftrennen kann, Größe, Ladung etc. nicht
spezifisch für bestimmtes Protein. Affinitätschromatographie nutzt man etwas, dass spezifisch
von Protein erkannt wird nämlcih Substrat oder Liganden v.a etwas, dass es bindet. Nutzt das
aus wenn man weiß man möchte ein Enzym aufreinigen, dass dieses bestimmte substrat
bindet oder diesen Cofaktor verwendet. Man kann dann diesen Liganden immobilisieren und
darüber Protein binden. Muss dafür Liganden an Matrix koppeln: gibt dafür heute bereits
Matrices zu kaufen die bestimmtes Spacermoleküll dranhaben =Molekül mit funktioneller
Gruppe, die dicht an Matrix sitzt. Spacer kann dann Interaktion mit gewünschten Liganden
eingehen z.b Ligand hat freie Aminogruppe und kann an passenden Spacer binden und ist so
an Membran immobilisiert. Gibt es auch für Antikörper, die ich hier verwenden könnte.
Kann auch nicht hochselektiv verwendet werden -> kann Benzamide sepharose matrix nutzen
um alle möglichen Proteasen zu Koppelung diese so aufzureinigen.
Ablauf dann: Trägt Proteine auf Matrix mit immobilisiertem Liganden auf – großteil fließt
durch und bindet nicht. Nach einiger zeit kann man gebundenes Protein eluieren mit
steigender Salzkonzentration -> kann man auf einmal machen wenn nur ein Protein binden
sollte oder auch mit Gradienten wenn z.b mehrer Proteine binden .< wenn man blaue
25
sepharose verwendet z.b an die verschiedene Dehydrogenasen binden können. = weitere
Trennung
Linker ist notwendig aufgrund von sterischen Aspekten .-> da Liganden oft in aktivem Zentrum
tief in innerem von Enzymen binden ist Abstand der funktionellen Gruppe von Matrix wichitg.
Ist sie zu nahe dran kommt es zu sterischen Komplikationen mit Matrixmembran -> keine
bidnung möglich da kollision

Um Protein von Matrix zu trennen kann ich auch Erkennungssequenz für Proteasen einbauen
in meinen Spacer sodass ich in durch Cleaavage von matrix wieder trennen kann und so
Protein meiner Wahl erhalten (nach bindung an Substrat)

Heute auch andere Möglichkeit: Gentechnik erlaubt fusionieren von sogenannten „Affinity
tags“ an Protein -> passiert schon auf mRNA ebene; habe mRNA Sequenz des Proteins und
füge daran Sequenz an für einen Tag -> danach stelle ich cDNA her und kloniere das ganze in
ein Plasmid und exprimiere es als Fusionsprotein = Protein+Tag in Bakterienzellen. BSP
Produziere Protein mit Tag z.B Protein mit His Tag und kann dann das über Säule laufen lassen,
die Matrix hat die His bindet -> Oft auch Sequenz zum abspalten mittels Proteasen eingebaut

Polyacrylamidgelelektrophorese = Page
Auftrennung nach Größe in elektrischem Feld. Gel besteht aus Acrylamid und Bisacrylamid
und entsteht durch radikalische Polymerisierung. Bekomme vernetzte matrix zwischen 2
Glasplatten wo ich oben wells mache um Proben aufzutragen. Meist werden Proteine dafür
denaturiert, gibt aber auch native Gele. Wichtig ist braucht Sammelgel und Trenngel.
Sammelgel ist oben um Proben aufzukonzentrieren. Sammelgel hat weniger Vernetzungsgrad
(schnellere Wanderung) und sauren pH Das Trenngel hat dann höheren pH von 8,8 und ist
dicther gepackt. Daher stauen Proteine an der Grenze und stapeln sich um dann gemeinsam
loszustarten. Effekt kommt auch durch Glycin in Puffer Tris,Glycin. Diese wandert schneller
(liegt in pH 8,8 völlig als Anion vor- vorher Zwitter Ion) und überholt Proteine und drückt sie
so an Grenze zusammen. Man erhält dann auf Gel sehr scharfe Banden! = hohe Trennschärfe.
Auf Gel werden Banden erst sichtbar nach Färbung mit Farbstoff z.B Comassie blue, lasse
Markerprotein mitlaufen um Proteingrößen zu vergleichen= wie Molekulargewicht ist. Mache
ich SDS page nach Aufreinigung sehe ich im Idealfall hier nur ein Protein = eine Bande-> zeigt
also hier wie sauber ich gearbeitet habe

Wanderunsganomalien – modifizierte Proteine

Kann mit SDS auch Modifizierungen wie phosphorylierungen von
Serinresten etc. ansehen. Dazu sehe ich mir das gleiche Protein öfter
unter versch. Bedingungen an (setze Zelle unter stress etc.) und man
kann beobachten, dass Protein manchmal größer und kleiner ist was
auf Modifikation hindeutet = mobility shift nach oben! Da zusätzliche Phosphatgruppen z-b
Protein größer machen und es daher langsamer wandert und höher blliebt -> Nachweis
einfach und schnell

Proteine sollen der Größe nach nicht Ladung aufgetrennt werden -> da aber Proteine viele
untersch. Seitenketten haben und unterschiedlich geladen sind ist das schwierig, da Ladung ja
wichtigen Faktor hätte. Daher denaturiere ich Proteine vollständig mit SDS – hat
Mercaptaethanol, das Proteinsturkut aufhebt -> wird entfalten (reduziert S-S Brpücken) und
26
da ich es negativ geladen ist und ich 1,4 g SDS pro g Protein verwende maskiert es alle
eigentlichen Ladungen des Proteins =macht es negativ geladen. Auftrennung nur nach Größe!

Spezieller Nachweis: Westernblot

Um Proteinmodifikationen mancher Proteine zu untersuchen ist es wichtig, dass schnell zu
tun und gleich aus Rohextrakt ohne lange aufreinigung vorher. Geht mit Page nicht, da zu viele
Proteine, daher verwende ich Spezielle Nachweisreaktion. Verwende dafür Antikörper. Ich
färbe Proteine der PAGE nicht gleich sondern übertrage= blotte sie auf eine
Nitrocellulosemembran und wasche anschließend mit Puffer um SDS und andere
Denatirerungsmittel wegzubekommen. Proteine falten sich langsam zurück bis enzymatisceh
aktivität wieder da ist und Domänen die Antikörper spezifisch erkennt wieder da sind.
Antikörper ist auf Nitrocellulosemembran und ist spezifisch designt um ein Protein zu
erkennen aus tausenden. ER bindet es dann und mit einem Sekundärantikörper, der 1.
Antikörper erkennt kann Protein nachgewiesen werden. Spezifische selektive detektierung.
Kann AK auch so designen, dass er nur modifiziertes Protein erkennt und so genau
herausfinden unter welchen Bedingungen er modifiziert ist.

2. Proteinmengenbestimmung
1. Spektrometer und Lambert-Beer Gesetz
Kann Proteinmenge messen durch Aborption der
Proteine. Aromatische AS (F,Y,T) können bei 280
nm absorbieren und diese Absorption kann
gemessen werden. W ist für Hauptabsorption
verantwortlich. Berechne dann über Lambert
Beersches Gesetz die Konzentration.

2. Farbreaktion ist Standardproteinbestimmungsmethode

a. Bradford assay: verwendet Farbstoff Comassie Blue der in sauerer Lösung an Proteine
bindet. Normal ist Farbstoff braun und er bindet an geladene AS. Durch binden wird
Farbstoff blau und man misst Absorption die man mit Standardeichkurve vergleicht.
Nachteil: Proteine können ausfallen
b. Warburg-Christian Unspezifisch aber nicht destruktiv misst Absorption von Y und W
Resten bei 280 nm -> Gesamtproteinmenge bestimmbar
3. mittels Antikörpern, PAGE+Färbung, ELISA, Ponceau S

4.Vorlesung
Enzymkinetik
Enzyme sind Proteine, die Reaktionen katalysieren.

27
 Man kann sie einteilen nach Reaktionstypen, die sie klassifizieren. Name richtet sich dabei
nach Substraten und Reaktionen. Suffix „ase“ angehängt ATPase z.b spaltet AT, ATP syhnthase
= synthetisiert ATP
Einteilung in 6 Hauptklassen nach Art der Reaktion EC klassifizierung
Klasse Reaktionstyp BSP Info

1. Oxidation-Reduktion Oft Enzyme aus der Glykolyse/ Alle Enzyme die mit
Oxidoreduktasen Energiestoffwechsel Lactat dehydrogenase, Oxidation und Reduktion
GAPDH zu tun haben ->
unabhängig von
Cofaktoren
2. Transferase Gruppentransfer -> alle die Nucleosid Monophosphat kinase,
Gruppen übertragen Proteinkinasen-> übertrage Phosphatgruppen
3. Hydrolasen Hydrolysierungsreaktionen Chymotrypsin -> hydrolysieren z.B
Peptidbindungen -> GW der Peptidbindung liegt
eig auf freien AS aber stabil in wässriger Lösung -
> daher Enzymkatalyse nötig für spalten
4. Lyasen Hinzugeben oder Fumerase (Citratzyklus) Reagieren mit DB ->
wegnehmen von Moleküle werden in
Doppelbindungen Struktur umgebaut
5. Isomerase Isomerizierung Triosephosphat Isomerase Versch Stellungen von z.B
OH Gruppe
6. Ligasen Ligieren 2 Substrate -> Aminoacyl-tRNA synthase, DNA Ligase
brauchen ATP

Enzyme können Reaktionen oft millionenfach oder mehr beschleunigen

Es gibt 2 wichtige Bereiche die man bei Enzymkinetik untersucht bzw. die man ansieht um
Enzymreaktionen zu beschreiben
1. Thermodynamik
Trifft aussage darüber ob Reaktion überhaupt spontan ablaufen würde bzw unter welchen
Bedingungen.
Diese Frage wird durch Gibbs Energie G eine Zentrale Rolle
(auch freie Enthalpie oder freie Reaktionsenthalpie genannt)
beantwortet.
Die Änderung dieser freien Enthalpie ΔG währen der Reaktion
ist entscheidend dafür (beschreibt) ob Reaktion spontan ablaufen kann oder wir Energie
reinstecken müssen.
Ist das errechnete ΔG <0 dann ist es eine exergone Reaktion = spontan
Ist das errechnete ΔG =0 dann ist es eine Gleichgewichtssituation = keine Reaktion
Ist das errechnete ΔG >0 dann ist es eine endogene Reaktion = nicht spontan, brauche
Energiezufuhr
ΔG ist abhängig von der freien Standartenthalpie = ΔG0 und von der Konzentration der
Produkte und Edukte. -> sehe ich mir diese freie Standardenthalpie erkenne ich, exergone
(spontane) Reaktionen laufen immer solange ab bis sich GW Zustand eingestellt hat und ΔG=O
(gilt in Prinzip für alle enzymatischen Reaktionen) -> Reaktion läuft solange ab bis fast alles
28
umbesetzt ist -> dann wird Rückreaktion bevorzugt bis GW eingestellt! Daher ist dies schwer
zu messen -> um zu messen verwenden wir also in Praxis Trick um immer nur Reaktion in eine
Richtung zu messen= wir entfernen Produkt immer aus Reaktion um so Rückreaktion zu
verhindern. (BSP ADH semicarbazid aus reaktion entfernt)
Andere Gleichung= Gibbs Helmoltz-Gleihcung sie
beschreibt zusmamenhang von ΔG mit der
änderung der Reaktionsenthalpie und
Entropieänderung

Reaktion kann exergon = spontan sein weil sie exotherm abläuft (delta H negativ) oder weil
sie Entropiegetrieben ist (delta S positiv) -> das ist typisch für biochemische Reaktionen!
(bei exothermen Reaktionen nimmt Entropie meist zu)
Entropiegetriebene Reaktionen oft an exergone Reaktion wie ATP Hydrolyse angekoppelt

Exergone Reaktion kann auf endergonische Reaktion antreiben.

Bei ATP Hydrolyse ΔG = -30 kJ/mol (=exergon weil <0)haben wir energireiche Anhydridbindung
zu gamma Phosphat und die kann hydrolysiert werden wobei Enrgie frei wird -> kann eben
genutzt werden um jede energone Reaktion anzutreiben deren ΔG nicht größer als +30 kJ/mol
ist! (sonst hat sie nicht genug Energie)

BSP Proteinsynthese: verbaucht sehr viel ATP in Zelle -> Pro Bindung brauchen wir 3 Moleküle
ATP; eines für Aktivierung der AS -> um aminoacyltRNA zu machen dann weitere Aktivierung
und Synthsen brauchen anderen 2 ATPs.
-> kleines Molekül Myoglobin mit 150 AS braucht da schon 450 mol ATP!
Schnell wachsende Zellen stecken 2/3 ihrer Energie in Proteinbiosynthese.

Enzyme -> Katalyse führt zur Absenken der ΔG0

Eyring Theorie besagt, dass ich um neue Bindung zu knüpfen Überangszustand überwinden
muss der sich ausbildet und von da zerfallt dieser dann in Edukte oder Produkte d.h hier am
Sattelpunkt ist es energetisch die WHS für beide Richtungen gleich groß -> nutze ich Enzyme
um dieses Energieniveau, dass erreicht werden muss herabzusetzen indem ich diesen Zustand
stabilisiere durch WW läuft Reaktion schneller und effektiver ab!
Stabilisierung dieses Übergangszustandes und so Erniedrigung der Aktivierungsschwelle ist
geschwindikeitsbestimmender Schritt.

2. Kinetik
Erlaubt mir Informationen über Reaktionsweg und Reaktionsmechanismus zu erhalten und
über Geschwindigkeit der Prozesse
Reaktionsgeschwindigkeit -> Konzentrationsänderung pro Minute

Erste Messungen -> hat Spaltungsreaktion von Saccharose +H20 -> Glukose + Fructose
untersucht und festgestellt egal wie viel Saccharose man dazugibt reaktion wird an
bestimmten Punkt nicht mehr schneller = Reaktionsgeschwindigkeit ist irgenwann unabhängig
von Sacccharose reaktion nullter Ordnung in Bezug auf Saccharose (wie radioaktiver Zerfall)
reaktion besteht aus 2 Elementarreaktionen

29
1. Bildung des Enzymsubstartkomplexes (ES) der dann zerfällt in
Produkt+ Edukt. ES ist definiert durch Dissoziationskonstante
ES ist der Übergangszustand, der sich in aktivem Zentrum ausbildet durch viele Interaktionen
mit Resten des Enzyms und Substartes und so seine Konformation stabilsiert wird an
bestimmter Stelle -> spezifische Bindungen

Ist alles Enzym mit Substrat gesättigt wird es vollständig in ES umgewandelt

dann ist Der Zerfall von ES -> Edukt und Produkt ist der
geschwindigkeitsbestimmende Schritt. Komme über diese maximale
Geschwindigkeit nicht hinaus =Vmax -> typisch für Michaelis Menten Kinetik
Die Reaktionsgeschwindigkeit kann man dann
berechnen über ES Konzentration.

Konzentration ES ist die Differenz aus Bildung und

Zerfall des Komplexes -> hier brauche ich Vereinfachungen sonst nicht lösbar!

ES wird als Michaelis Menten Komplex bezeichnet

Vereinfachen zum Berechnen der ES Konzentration

1. Definiere die Dissoziationskonstante des 1. Schrittes ->
GW Enzym-Substrat stellt scih ein wenn k-1>>k2

2. Fließgewicht -> beruht darauf, dass wenn ich sehr viel

Substrat nehme in Vergleich zu Enzym bleibt die Konzentration des ES nach kurzer
Anfangsphase (bildung) konstant! Kann dann sagen Änderung = 0 und mache steady state
annahme

3. Praktische Größen

Da ich steady state zustand annehme (großer

Überschuss Substrat) = Konzentration ES bleibt gleich
stelle ich gleichungen für Bildung und Zerfall des ES an
-> definiere mir daraus die Michaelis Menten
konstante die dann Reaktionsgeschwindigkeit definiert.
Außerdem sind bei maximaler Geschwindigkeit alle aktiven Zentren des Enzyms mit Substrat
gesättigt -> Vmax= K2* (E)t

so kommt es zur Michaelis Menten gleichung:

Praxis:
Meine Annahmen für reaktionsgeschwindikeiten werden in Praxis nur in
bestimmten Bereichen erfüllt, daher messen wir in Enzymkinetik immer
Anfangsgeschwindigkeit
Pipettiere das zusammen -> nach paar Sekunden stellt sich Fließgewicht
ein und ich messe in Photometer Geschwindigkeit -> messe (je nach
30
Protein) einige Zeit, dann gelten meine Annahmen nicht mehr! -> störender Einfluss von zN
reversibler Hemmung, Inaktivierung etc. Ist zu viel von meinem Substrat umgesetzt flacht
Kurve ab -> hier stimmen meine Berechnungen nicht!
Rückreaktion ist vernachlässigbar
Ich messe in Praxis immer mit Substratlösungen mit Enzym
Verdünnungen -> messe zuerst mit hoher Substartkonzentration wo
Enzyme abgesättigt habe, dann fällt das ganze mit der Zeit ab weil
Substrat umgesetzt wird und es limitierend wird. Trage die
Ergebnisse in Diagramm auf Substratkonzentration gegen
Reaktionsgeschwindigkeit

Kann daraus Information gewinnen über die Affinität meines

Substrates zum Enzym! = Km Wert -> den habe ich bei ½ Vmax
(=Halbsättigung der Enzyme). Habe ich sehr hohe Affinität habe
ich steile Kurve, brauche also wenig Substrat um schnell Sättigung
zu erreichen = Km Wert klein. Habe ich niedrige Affinität ist Kurve
eher satt und ich brauche viel Substrat um Sättigung zu erreicchen
-> Km Wert ist hoch!
Info über Affinitäten in Praxis sehr wichtig wenn ich Enzyme habe
die um gemeinsame Metabolite oder Substrate konkurriere. -> Reaktion mit höhere Affinität
läuft eher ab
Um den Km wert abzulesen wählen wir Reziproke Darstellung =Lineweaver-Burk Diagramm
da man hier Vmax etc. schlecht ablesen kann! Hier wird 1/V gegen 1//S) aufgetragen!

Affinitäten sehr unterschiedlich zwischen mykromolar und millimolar und können abhängig
von pH Wert sein
BSP: tRNA synthestasen haben sehr hohe Affinität = niedrigen Km wert -> alles was Energie
kostet eher hohe Selektivität

Vmax Werte
Wie schnell ist Reaktion? Wechselzahl gibt an wie hoch turnover number ist = wieviele
Substratmoleküle umgesetzt werden könnne pro s (oder anderes)
Gibt Enzyme mit hohem und niedrigem Umsatz Lysozyme oder Tryptophansynthasen sind
sehr langsam, Carboanhydrase sehr schnell

Optimaler Katalysator:
kinetische Optimum ist beschrieben durch das kcat/Km Kriterium
Sagt aus wie schnell und Selektiv das ganze ist! Soll möglichst schnell aber gleichzeitig Affin
sein!
Bei diffusionskontrollierten Reaktionen ist kcat/Km in Bereich von 10^9-10^9 -> das bedeuted
dass bei fast jedem Zusammentreffen Substrat-Molekül Reaktion erfolgt. Optimaler
Katalysator in Praxis oft erreicht -> daher sind enzymatische Reaktionen oft nur
diffusionsabhängig. Jedoch ist in Zelle diffusion stark eingeschränkt (molecular crowding) und
man braucht andere Strategien.

1.Kompartimente

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Viele Enzyme machen nur eine Reaktion, bwz Produkte folgen Weg von einem zum nächsten
Enzym -> hier macht es sinn diese Reaktionen räumlich zu Kompartimentalisieren um sich hin
und hertransportieren von Substraten zu Enzymen zu ersparen = kürzere Diffusionswege
Können klassiche Organellen sein (abgeschlossene Reaktionsräume durch Memrbanen
getrennt) wie Mitochondrien/Chloroplasten
Funktionelle Trennungen sein durch Multienzymkomplexe oder besondere Lokalisierungen
bestimmter Proteine

Lokalisierung z.B durch Einbauen der Enzyme in Membran -> Substrat geht von einem entlang
Mmebran zu anderem

Multienzymkomplexe
BSP: Tryptophan Synthetase
Bei Reaktion ist Produkt ein hydrophobes Indol, dass leicht durch Membranen
durchdringen kann und somit in Zelle verloren gehen würde und
wegdiffundieren. Um das zu verhindern gibt es Kanal in Tryptophan synthetase
das Produkt Indol der 1. Teilreaktion direkt an 2. Katalytisches Zentrum
weitergibt = Substartkanalisierung. Daher kurze Diffusionswege und Produkt geht nicht
verloren

Biochemische Reaktionen mit mehreren Substraten

Die meisten biochemischen Reaktionen haben mehr als ein Substrat
Die Reaktionen laufen dann nach folgendem Schema ab meistens A+B → P+Q
Man kann sie in 2 grobe Gruppen unterteilen

1. Sequenzielle Verdrängung
= alle Substrate binden bevor Produkt gebildet wird, typisches BSP Lactatdehydrogenase

BSP sind Redox-Reaktionen mit NAD+ oder NADH als Codaktor

Reaktion: katlysiert durch Lactatdehydrogenase! Cofaktor sind

NADH

Einzelnen Schritte:

32
Zuerst wird ein Enzym Substratkomplex gebildet aus Enzym Lactatdehydrogenase und NADH dann
kommt Pyruvat dazu und es kommt zur enzymatischen Reakton -> zuerst wird Produkt Lactat
freigesetzt dann NAD+ -> es ist ein geordneter sequentieller MEcchanismus! Die Reaktion läuft immer
so ab nicht umgekehrt dass z.B Pyruvat zuerst bindet dann NADH
-> Dieser geregelte Prozess also, dass zuerst NADH gebunden wird dann Pyruvat und bei Produkten
zuerst Lactat abgeht dann NAD+ wird über Affinitäten gesteuert -> Cofaktor NADH bindet am besten
an Substrat = hat niedrigen Km wert (100-300 mykromolar) dann hat Pyruvat die 2. Höchste Affinität

2. Ping Pong Mechanismus

Doppelte Verdrängung= Verdrängungsmechanismus,
ein oder mehrere Substrate werden freigesetzt bevor
noch alle Substrate binden
BSP: Aspartat-Aminotrasnsferase

Ablauf reaktion -> Aspartat bindet an Enzym Aspartat-

Aminotransferase -> dann geht Oxaloacetat ab (wird freigesetzt) -> Aminogruppe bleibt gebunden ->
dann kommt Alphaketoglutarat dazu und Aminogruppe wird übertragen und am Ende geht Produkt
Glutamat aus! Gesamtheitlich betrachtet entstehen Glutamat und Oxalacetat als Produkte!

Dieser Reaktionstyp wird hier verwendet da alle Aminotransferasen ungefähr gleiche Struktur haben
und Pyridoxalphosphat als Schiffsche Base gebunden haben -> auf das wird Aminogruppe übertragen
und dann ist sie an Enzym gebuden und Oxaloacetat (Rest ohne Aminogruppe) kann abgehen -
>Alphaketoglutarat kann sich nun gebundene Aminogruppe schnappen

Allosterische Enzyme
Sie gehorchen nicht der Michaelis-Menten Kinetik
Trägt man Reaktionsgeschwindigkeit auf gegebn Substratkonzentration erhält man sigmoidale Kurve
Vereinfachen der Gleichung von Michaelis menten stimmt also nicht immer überein mit
Realität
Grund hier sind Enzyme die aus z.B mehreren UE bestehen (dimere, tetramere) und
an allen aktiven Zentren kann gleiche Reaktion aublaufen -> Kann sein dass die Bindung
eines Substrats an ein aktives Zentrum die Konformation ändert und so die
Bindungseigenschaft der anderen Zentren beeinflusst ! Bindet das Substrat und das führt dazu das
Bindungseigenschaft an anderen Zentren erhöht wird spricht man von positiver allosterischer
Kooperativität

Inhibitoren
Inhibitorenstudien können beim Erforschen des Reaktionsmechanismus helfen . normalerweise habe
ich ja WWmit den verschiedenen Resten in aktivem Zentrum um ES auszubilden. Gibt Inhibiroren, die
das auf verschiedene Arten blockieren
Gibt verschiedene Modelle von Inhibition abhängig von Bindung
• Irreversible Hemmung z.B Arzneimittel und Gifte -> binden kovalent oder starke nicht
Kovalente bindungen mit aktivem Zentrum und blockieren so dauerhaft -> kann so über
Struktur erfahren

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 Selbstmord Inhibitoren -> noch stärker Substanzen werden als substrat erkannt und in aktives
Zentrum aufgenommen, binden dor fest und kovalent mit Aminosäurereste -> des aktiven
Zentrums -> blockieren dauerhaft = Selbstmord
BSP = Penicillin -> inhibiert Enzym Transpeptidase dass die Quervernetzungen herstellt
zwischen Peptidoglykansträngen bei Zellwandsynthese -> Inhibierung ist irreveribel

Penicillin hat beta Lactamring -> peptidbindung dieses Rings ist hochreaktiv -> Penicilin hat
Strukutr die D-Alanin ähnelt was normalerweise das Susbtrat ist für Transpeptidase -> sie
macht Quervernetzungen -> Penicillin ist aber viel reaktiver als D-Alanin und wird daher eher
von Enzym verwendet! -> bindet Penicilin können keine Quervernetzungen mehr gemacht
werden -> quasi Vergifen von innen

• Reversible Hemmung – grundsätzlich Umkehrbar, Feinregulatino des Stoffwechsels

Inhbitoren können mit Enzym Enzym Inhibitorkomplex bilden -> dieser zeigt verminderte oder
gar keine Aktivität (=vollständige Hemmung) -> man kann durch Einsatz von Inhibitoren
Informationen über Umsatz des Enzyms erhalten
Es gibt verschiedene Subtypen:

Kompetitive Hemmung: Substrat konkurriert mit Hemmstoff um

Bindung an aktives Zenturm -> es können nicht beide gleichzeitig an
Enzym binden - Inhibitor ist nicht Enzymatisch umsetzbar wenn er
bindet und stoppt so Enzymarbeit mit zunehmender Konzentration
des Inhibitors wird Substrat immer mehr verdrängt und Enzymaktivität
vermindert -> wenn man Substratkonzentration erhöht kann man
Vorgang umkehren (wenn genug Substrat Inhibitorhemmung ganz umgekehrt)
Kinetik: Bei dieser Art der Hemmung ändert sich die Km und die Geschwindigkeit (verringert
sich) -> da mehr Konkurrenz wenn Inhibitorkonzentration zunimmt

Unkompetitive Hemmung -> Hemmstoff bindet nur an Enzymsubstratkomplex -> nicht an

freies aktives Zentrum des Enzyms, Bindung des Hemmstoffes verhindert katalytische
Umsetzrung des Substrates zum Produkt

Nichtkompetitive Hemmung -> Hemmstoff kann freies Enzym und ES

binden -> Der ES-Inhibitor kompelx ist katalytisch inaktiv
Kinetik: Substrat kann immer noch an Enzym-Inhibitorkomplex bindet
(bindet an andere Stelle) aber es wird kein Produkt gebildet -> das
bedeuted Substrat konkurriert nicht mit Inhibitor also bleibt Km gleich -
> Reaktionsgeschwindigkeit (und vmax) werden also verringert
Funktioniert so: Umso mehr Enzyme von Inhibtor gebunden werden umso weniger aktive
Enzyme gibt es -> Reatkionsgeschwindigkeit wird immer langsamer bis irgendwann keine
freien Enzyme mehr vorhanden sind -> Kein Produkt mehr gebildet

Man kann also mittels Kinetischen Daten Aussagen darüber treffen wo etwas bindet -> ob Konkurrenz
oder nicht mit eigenem Substrat -> also ob Bindung an selbes aktives Zentrum oder außerhalb -> je
nachdem sind Kurven anders

5. Vorlesung
Positive Kooperativität wurde erstmals an Bindeproteinen wie Hämoglobin beschrieben . Ist weit
verbeitet bei Proteinen mit mehrern UE
Sigmoides Sättigungsverhalten der Kurve -> Bindung an ein aktives Zentrum führt zur
Konfromationsänderung in den anderen aktiven Zentren und dort höherer Affinität zur Bindung
weiterer Substrate. Kann auch zur Bindung eines Liganden außerhalb des aktiven Zentrumss kommen
34
und dadurch zur Konfromationsänderung die so weitergegeben wird dass die aktiven Zentren des
NEzyms beeinflusst werden -> so kann es sicch gleich auf meherer UE auswirklen

Hämoglobin hat 4 UE mit je einem aktiven Zenturm mit einer Hämgruppe die ein fe2+
koordiniert. Hämgruppe hat Tetrapyrrolring der Eisen koordiniert. (wäre Magnesium
koordiniert wäre es Chlorophyll) Hämoglobin ist Sauerstofftransporter und 02 kann an
Fe2+ in einer der 4 Hämgruppe binden -> dadruch kommt es zur Konformationsänderung
und anderen 3 Hämgruppen habe n höhere Affinität für Sauerstoff

Die 4 Hämgruppen in Hämoglobin werden von je 8 alpha Helixes

umgeben.

Das Fe2+ der Hämgruppe kann prinzipiell von 8 Seiten koordiniert

werden, 4 davon werden von Tetrapyrrolring abgedeckt, und von
oben und untern wird Fe2+ von 2 Histidinen koordiniert, Eines
davon koordiniert direkt -> andere His jedoch nicht = hier ist frei für
Bindung des Sauerstoffes (wichitg ist 2. AS trotzdem (blau) da die
Redoxstufe Fe2+ von Eisen in reaktiven Sauerstoff umgewandelt werden könnte und His das
verhindert)

Ist kein O2 gebunden schaut das eisen leicht aus Ebene des Pyrrolrings heraus -> bindet nun 02 wird
es herangezogen = Strukturänderung –-> diese Änderung führt dann dazu das Helix außerhalb des
Rings von linaren zu gebogenen Zustand übergeht (markiert in Bild) -> das bewirkt Struktuänderung
in restlichem Enzym = anderen aktiven Zentren und so Übergang von T Form des Hämoglobins =
gespannt, tensed, welche niedrige Affinität hat zu R State = relaxed state, der hohe Affinität hat

bindet nun 02 wird es herangezogen = Strukturänderung – andere Proteinreste und AS Gruppen folgen
der Bewegung und H Brücken werden gebrochen -> Bohrprotonen (H+) entstehen und Co2 wird
freigessetzt -> das Co2 hat am Ende jeder UE gesessen an NH2 gebunden

Bindungstärke von Sauerstoff kann auch durch pH Konzentration und Co2 Konzentration verändert
werden, da Hämpglobin im gegensatz zu myoglobin (monomerer 02 Transporter) auch CO2 und H+
binden kann. Muskel nutzen steigende pH Konzentration steigende Co2 Konzentration als Zeicehn um
Sauerstoffbedarf zu signalisieren, da sie O2 abgabe fördern
Abgabe von Sauerstoff wird außerdem über Regulatormolekül 2,3 Bisphosphoglycerat mediiert

35
In der Lunge -> es gibt hohen Sauerstoffpartialdruck und genug Sauerstoff
zur Verfügung -> Myoglobin und Hämoglobin binden Sauerstoff ->
Hämoglobin ist idealer Sauerstoffüberträger was wir am besten dann im
Muskelgewebe sehen können, wo Sauerstoff wieder freigesetzt werden soll
– hier soll Enzym niedrige Affinität haben zu O2 haben – bei Myoglobin bleibt
Affinitöt zu O2 noch sehr hoch (aber Kurve geht runter wie bei normaler
nicht kooperativer Kinetik) d.h es würde zu wenig Sauerstoff abgeben
Myoglobin ist also auch Sauerstoffspeicher in Muskelgewebe genannt beo
Hämoglobin aber als sauerstoffüberträger wird modizifiert und hat hohe
Affinität und schnelle Reaktion in Lungen -> erklärbar durch positive
Kooperativitöt und geringe Sauerstoffaffinität in Muskelgeweben ->
erreichbar durch 2,3 Bisphosphaoglycerat -> Kooperativität verstärtkt Sauerstofffreisetzung in
Geweben zusätzlich
2,3 Bisphopshoglycerat bindet an Zentrum des Tetramers an andeerer Stelle als
Sauerstoffbindung und wirkt sich auf Konformaiton und Bindungsfähigkeit von
Sauerstoff aus -> es ermöglicht bessere Abgabe von Sauerstoff -> erniedrigt O2
affinität in T Form

Induced fit
Was bei Enzymen passiert wenn sie ein Substrat binden, sie nehmen es in Bindetasche auf und
stabilisieren Übergangszustand durch WW sohingehend, dass Reaktionen leichter ablaufen können mit
anderen Partnern

BSP: Hexokinasen
Für Eingang in Glykolyse wird aus Glucose Glucose-6-phosphat gemacht so bald es in Zelle kommt ->
dafür brauchen wir ATP > die gamma phosphatgruppe von ATP wird auch C6-OH Gruppe der Glucose
übertragen -> Bindung von Substrat Glucose und ATP bewirkt Konformationsänderung in geschlossene
Konformation ->Phosphatgruppe quasi eingeschlossen -> findet also induced fit statt bei dem richtigen
Sterische Umgebung entsteht

Es gibt verschiedne Katalytische Strartegien -> manchmal werden verschiedene dieser Strategien in
einer Reaktion vereint z.B Chymotrypsin

I. Kovalente Katalyse
Neue Bindungen werden geknüpft und aufgelöst -> es findet eine wirkliche Bindung von
Substrat an Enzym statt!
aktives Zentrum enthält reaktive Gruppe -> meist stark nucleophil
BSP- Chymotrypsin - Transaminierung
II. Allgemeine Säuren Basen Katalyse
Aktives Zentrum enthölt Protonendonor oder Akzeptir
BSP: His-Rest bei Chymotrypsin, der Protonen überträgt
Kann auch Aspartat sein
III. Metallionenkatalyse
Metallionen als elektrophiler Katalysator der negativen Ladungen von Zwischenprodukten
stabilisiert oder die Acidität einer benachten Gruppe erhöht
BSP: Zink bei Wassermolekül in Carboanhydrase
Carboanhydrase katalysiert die hydratisierung von Co2
zu HCo3- wichtig in roten Blutkörperchen wo Co2 als
Bicarbonat transportiert wird -> ohne katalyse wäre
Hydratisierung (reaktion) mit Wasser sehr langsam und
Gasaustausch/Transport von Co2 in vom Gewebe in Blut unvollständig

36
 Carboanhydrase ist eines der schnellsten Enzyme Umsatz: 10^6 (10^7 mal schneller als
unkatalysiert)
Struktur von uhmaner Carboanhydrase:
Sie hat Zink im aktiven Zentrum und es wird an einen Imidazolring von 3 Hisresten gebunden
(=His koordiniert das Zink) und es hat eine freie Stelle -> hier bindet ein Wassermolekül = so
wird Übergangszustand stabilisiert (=Prinzip der Katalyse)
Um herauszufinden welche Katalysestrategie von Enzym verewndet wird gibt es Trick -> man
kann bei versch pH werten durchführen und schauen ob sich etwas verändert -> wenn JA ist
meist H+ beteiligt -> im Fall der Carboanhydrase wird
das durch Zink gebunden und so stark polarisiert dass
pKS von7 wird also Wasser zu starker Säure wird und
Proton (H+) an Zink abgeben kann -> OH- bleibt an
Zink

Mechanismus der Carboanhydrase:

1. Zink ermöglicht Freisetzung von H+ aus H20 OH- bleibt an Zn gebunden = aktivierung von
Zink
2. Co2 bindet an aktives Zentrum des Enzyms direkt neben OH- Ion positioniert = sterische
Positionierung -> Stabilisierung des Übergangszustandes
3. OH- Ion greift C atom des Co2 an und setzt es zu Hydrogencarbonat um
(rubisco macht ähnliche stabilisierung)

Metallionenkatalyse kann also neutrales Molekül wie H20 polarisieren

IV. Katalyse durch Annäherung

Wennn 2 verschiedene Substrate an einer Reaktion beteiligt sind wird
Reaktionsgeschwindigkeit deutlich erhöht wenn diese beiden an Pberfläche des Enzyms
gebunden werden und ganz dicht zusammengebracht -> passiert bei meisten Reaktionen

Um herauszufinden wie ein Enzym funktioniert kann man z.B durch ändern des pHs herausfinden ob
H+ beteiligt ist. Man kann aber nocch mehr machen
1. Frage sollte sein Welche funktionelle Gruppe ist beteiligt?

Dafür kann man Punktmutation des Enzyms machen und schauen ob Reaktin noch funktioniert z.B
Um zu ermitteln wie Enzym funktioniert kann nman dann:
• Röntgenstruktur ermitteln mit Substrat gebunden
• Irreversible Inhibitoren verwenden -> sie können beim Untersuchen des
aktiven Zentrums helfen – um herauszufinden welche Gruppen verwendet
werden kann man Inhibitoren nutzen, die einzelne AS des aktiven Zentrums
spezifisch inhibieren
BSP NIhibitoren: DIPF (Diisopropylphosphoflouridat) -> es kann serinreste
irreversibel miodifizierten -> es modifiziert z.B spezifiscch den Serin Rest 28
von Chymotrypsin -> ist besonders Reaktiv
Weiteres BSP ist Iodacetamid -> es modifiziert spezifisch Cysteine irreversibel -> kann das
Enzym mit Iodacetamid reagieren lassen -> wird Reaktion dadurch nicht stattfinden weiß man
dass Cysteinrest beteiligt war -> weiß aber nicht welcher

Kann auch wie bei Penicillin gesehen Substratanaloga verwenden

TPCK ist Strukturanalog für Chymotrypsin (= Protease) und reagiert irreversibel mit His in aktivem
Zentrum des Chymotrypsins -> hat dadurch Herausgefunden wie es arbeitet

37
Chymotrypsin gehört zu den Protease, die durch Hydrolysereaktion Peptidbindungen spaltet ->
addition eines Wassermoleküls an Peptidbindung. Die Reaktion ist thermodyamisch begünstigt aber
ohne Katalysator = Protease sehr sehr langsam (10-1000 Jahre). Chymotrypsin ist spezielle Protease
die an der Carboxylseite von aromatichen und großen hydrophoben Seitenketten spaltet!

Chymotrypsin benutzt kovalente Säuren-Basen Katalyse als Strategie -> es setzt eine stark nukleophile
Gruppe z.B Base, freies Elektronenpaar ein um die nicht reaktive Carbonylgruppe der Peptidbindung
anzugreifen. Mittels spezifischem Inhibitor DIPF konnte herausgefunden werden, dass spezielle sehr
Reaktive Serinrest 195 and Katalyse beteiligt ist
Katalyse erfolgt in 2 Schritten, die über kovalentes Zwischenprodukt miteinander verknüpft sind.
Mechanismus konnte dank Kinetischen Messungen geklärt werden. Dafür wurde Chromogenes
Substrat verwendet -> wenn Umsetzung erfolgreich wird gelber Farbstoff sichtbar (p-Nitrophenolate)
der wird in Photometer messbar in Anfangsphase konnte so im stopped -flow Verfahren gemessen.
Die Anfangsphase der Chymotrypsinreaktion ist sehr schnell, deshalb mit stopped-flow gemessen da
sie kinetische Messungen in Kolben in millisekundenbereich von Freisetzung des gelben Produkts
messen kann.
Ablauf der Reaktion

1. Schritt: schnelle Anfangsphase, Serin 195 greift mit freiem

Elektronenpaar Carbonylgruppe der Peptidbindung an und ein
Acylzwischenprodukt entsteht = kovalente Katalyse über Serin 195
Acyl ist quasi immobilisierte form der Carboxylgruppe = schneller
Schritt

2. Schritt: Im zweiten schritt erfolgt Hydrolyse -> Wasser greift an

und spaltet anderen Teil ab = langsamer Schritt

Wie ist Serin 195 so reaktiv, dass es Angriff machen

kann=
Serin 195 ist über H Brücken mit Imidazolring von His57
verebunden und His ist wiederum über H Brücke mit
COOH = Carboxylgruppe von Aspartat 102 verbunden -
> KATALYTISCHE TRIADE

38
Histidin zieht nämlich an H von OH Gruppe des Serins->
verstärkt wird zuf noch durch Aspartat das an His zieht
-> dadurch geht H zu His über und Serin hat O-
(Alkoxidion), das sehr Reaktiv ist und jetzt Carbonyl- C
Atom angreifen kann
-> es entsteht kovalent gebundenes Zwischenprodukt
mit Alkoxid (hat negative Ladung) das wird durch
Oxyaniontasche des Chymotrypsin über H Brücken mit
Glycin und Serin beteiligt stabilisiert
Dann zerfällt Zwischenprodukt und Acyl Enzym
entsteht -> die Peptidbindung ist gespalten durch
Hydrolyse, dann wird Estergruppe hydrolysiert -> dabei
Hilft Aspartat -> es gibt Proton an His zurück und
erleichtert so Hydrolyse und Abspaltung des 2. Teils ->
His dient also über Aspartat als allgemeiner Säure
Basen katalysator

Wie kommt es jetzt aber zur Substratspezifität? Chymotrypsin spaltet ja

z.Bdirekt hinter AS mit großen hydrophoben Resten. Wieso spaltet es also nur
bestimmte Polypeptidketten

Durch Untersuchungen mit Substratanaloga fand man heraus dass Chymotrypsin eine tiefe
Hydrophobe Tasche = S1 Tasche hat in welche die hydrophoben Steiteketten hineinpassen -> dadurch
werden sie positioniert in aktivem Zentrum und entsprechende Peptidbindung danach wird gespalten
Es gibt auch andere Proteasen. Diese haben andere S1 Taschen-> und je nach Tasche passen andere
AS sterisch gut/schlecht hinein -> dadurch kommt
unterschiedliche Substratspezifität zu stande
Chymotrypsin – hat große Tasche -> hydrophobe Reste
passen gut rein

Trypsin -> hat negative Ladungen am Ende der Tasche ->

viel Platz -> hier passen gut positiv geladene AS rein ->
spaltet nach langen positiven Ladungen

Elastase -> dichte Tasche durch verzweigtkettige AS ->

spaltet nach AS mit kleinen Seitenketten

Anm. IN große Taschen würden ja auch kleine A spassen aber WW ist deutlich stärker mit großen AS
und Energiezustand -> daher große bevorzugt

Es gibt auch weitere Mechansimsen für Hydrolyse von Peptidbindungen

39
Cysteinproteasen-> gleichen Mechanimus wie Chymotrypsin -> Angriff an Carbonyl-C-Atom ->
Stabilisierung Oxyanionund Säurebasenkatalyse über His haben nur SH =Cystein statt Serin
Apsartatproteasen -> 2 Aspartate in aktivem Zentrum die polarisieren Wassermolekül selbst und dann
wird mit OH- angegriffen.
Metalloproteasen: haben Zn in aktivem Zentrumkoordiniert und Base als Protonenakzeptor -> stelle
OH- her aund mit OH- greife ich dann carbonylCatmonan
Katalytische Startegie ähnlich -> reaktiver Rest zu starkem Nucleophil aktiviert

Prüfungsfrage: As abgebildet und soll sie benennen,

schreiben wo Trypsin, Chymotrypsin schneidet,
welche Modifikationen mögl. Sind etc.

Schneiden von DNA

Ähnlcih zu Peptidketten hier auch Problem -> haben lange Kette ein polymer und wollen hier möglichst
spezifisch Teile der DNA schneiden. Dafür muss es Proteine geben die spezifische ELemnte in DNA
erkennen.
Restriktionsenzyme können spezifisch DNA spalten. Sie erkennen besetimmte
Basensequenzen der DNA und spalte diese in definierte Fragmente. Manche
Restriktionsendonukleasen schneiden DNA gerade durch beide Strönge = blunt
end andere schneiden sticky ends= mit komplementären überhängen (für gentechnick wichtig)

Biologische Funktion von Restriktionsendonukleasen:

Sie sind Teil der Verteidigungssystems von Bakterien und zur Erkennung fremder DNA z.B Viren oder
Phagen (die sie inifizieren wollen) gedacht. Das eigene Genom der Bakterien ist methyliert und anhand
der fehlenden Methylierung erkennen sie fremde DNA und zerschneiden sie! Sie wirken mit DNA-
Mehtyltransferasen zusammen, die ihre eigene DNA methylieren

Typ II endonukleasen erkennen eine Palindromische Sequenz= kurze Basensequenz

doppelsträngiger DNA oder RNA -> Einzelstrangabschnitte haben spiegelverkehrte
sequenz! (Abfolgen auf beiden Strängen revers komplementär) -> schneiden dann nach
Erkennung an bestimmter stelle innerhalb der Sequez oder außerhalb.

40
Spaltungsreaktion
Dort wo Basen geschnitten werden (hier BSP zwischen A und
T) ist ein Magnesium koordninert das interagiert mit 2
Aspartatresten des Restriktionsenzyms. Diese Magnesium
hat Wassermolekpl stark polarisiert sodass es an
phosphatatom angreift. (ähnlich Proteinkinasen -> dort auch
Magnesium) also Aspartat und Mg2+ ganz wichtig

Substratspezifität der Restriktionsenzyme

Wie funktioniert die Spezifität? Haben nach außen hin Rückgrat und
innen die WW mit der Basen in der DNA Struktur. Erkennung der
Erkennungsequenz passiert nur in Magnesiumanwesenheit, Magnesium
braucht man für die Spezifität der WW und zwar ist es so , dass die Typ II
Endonukleasen als Homodimer binden. Es hat an N Terminue eine
Dimerisierungs-Protiendomäne bestehend aus 2 kurzen Alphahelices
einem zweisträngigen antiparalellen beta Faltblatt und einer lagnen
Alphahelix
BSP EcoRV -> es umklammer DNA -> Erkennungsequenz startet mit GC
PAAR zwischen denen bilden sich H Brücken aus -> relativ starre Struktur gefolt von A-T leichter
verfomrabr da eine H Brücke weniger. An dieser Stelle wird DNA Struktur gebogen und nur
passenese Sequenz (Biegung) passt in EcoRV. Ermöglicht dann ausbildung der richtigen Struktur in
aktivem Zentrum mit Aspartatresten und Mg2+. Nicht passende Sequenzen können nicht so geformt
werde, dass sie in aktives Zentrum locker reinpassen. DNA Rückgrat ist dann zu weit von DNA Enzym
entfernt und wird nicht geschnitten. (ähnlich induced fit)
Bei passender Erkennungsequenz ist Bindungsenergie erhöht -> ermöglicht Ausbildung des
katalytisch aktiven Komplexes.

6. Vorlesung

Kohlehydrate
Sie haben zentrale Bedeutung in Tieren und Pflanzen für Energie und
Speicherstoffe -> Sind Grundlage für den Aufbau der gesamten
Biomasse
Es gibt Aldosen und Ketosen
BSP

41
Wir finden Zucker meist in der Zyklischen
Form d.h entweder als Glucopyranose (ger
ring)oder Fructorfuranose (5erRing)

Kohlehydrate werden oft mit Alkoholen und

Aminen verknüpft über glykosidische
verbindungen
Gibt N -glykosidische und O-glykosisische
Verbindung

Durch Glykosisiche Bindungen können auch Disacharide entstehen.

Verknüpfung kann linear erfolgen wie hier oder über 2

seotenreste erfolgen also 1,4 und 1,6 glykosidische Bindung
-> so können verzweigte Kohelhydrate entstehen

Mensch kann nur Monosaccharide verwenden ->

müssen also zuerst glykosidische Bindungen hydrolysieren wenn wir poly oder disaccharide zu
uns nehmen -> wird z.B durch Lactase gemacht in Darmepithelzellen

Reduzierende – nicht reduzierende Zucker (Disaccharide oder Polysaccharide)

Sie haben unterschiedliche Reaktivität abhängig von freier Aldehydgruppe.
Aldehydgruppen sind hochreaktiv und können mit OH Gruppen reagieren um Halbacetal zu bilden z.b
oder mit Aminogruppen -> führt dazu, dass Verbindungen nicht nur innerhalb des Moleküls erfolgen
(Zyklisierung) sondern es auch zu komplexen Ketten von KH kommen kann.

Reduzierender Zucker: Freie Aldehydgruppe beudeuted, dass Anomeres C -Atom nicht an

glycosidbindung beteiligt ist -> Aledhydgruppe also frei oder als Halbacetal nicht aber Vollacetal. Sie

42
haben dann eben Aldehydgruppe die zur Carboxylgruppe oxidiert werden kann (und umgekehrt
reduziert)

Nichtreduzierender Zucker: die keine Reduktionswirkung zeigen, da die glycosidischen OH-Gruppen

beider Monosaccharideinheiten miteinander reagiert haben. Nichtreduzierende Disaccharide sind z. B.
Saccharose.

Test um herauszufinden ob reduzieren oder nicht = Reduktion mit Cu2+ in alkalischer

Lösung = Fehlingsche Lösung Es enthält Cu dass rediuert wird von Cu II zu Kupferoxid
(I) Reduktion passiert wenn in kontakt mit reduzierenden Zuckern z.b durch Glucose
durchgeführt werden mit freier.Aldehydgruppe. Diese werden nämlich von Aldehyd -
> Carboxylgruppen oxidiert durch CU2+ wodurch Cu rediziert wird. Kupferoxid macht
dann aus eigentlich blauer Lösung -> eine Rote
Glucose also reduziered Saccharose z.B nicht.Fructose eigentlich auch nicht
reduzierend -> da es aber tautomere Form einnehmen kann und in dieser oxidiert
werden kann ist Test hier falsch. Kann also mit dem Test Glucose und Fructorse nicht unterscheiden.

Komplexe KH entstehen durch Verknüpfungen von Monosacchariden. Sie haben auch freie
Aldehydgruppen -> also ein reduzierendes und ein nichtreduzierendes Ende. Reduzierendes Ende: hier
ist freie Aldehydgruppe ->

Aber ich kann nicht nur Zucker untereinander Verknüpfen sondern auch verschiednee Substanzen
dranhängen BSP N-haltige Substanzen oder Substanzen mit Sulfatgruppen wie Heparin -> das finden
wir v.A an Zelloberfläche oder ain Plasma als wichige Erkennungsequenz. In immunologie sehr wichtig
für Bindungserkennung. Glykosaminoglykane werden da an Proteine drangehängt -> die nennt man
dann Proteglykane
Polysaccharide
BSP Chitin = polysaccharid aus Acetylglucosaminen
Hauptbestandteild er Zellwand von Pilzen und Exoskelett von ARthropodedn .
haben eine Acetaminogruppe an disem Zuckermonomere, die dazu führt, dass
Chitin stärker ist als Zellulose.

Glykoproteine

43
Zucker werden mit Proteinen verknüpft -> Posttranslatorische
Proteinmodifikation -> kann N glykosidisch in ER passieren oder O
linked drangehängt werden (selten passiert in Golgi).
Meist an Asparagin in Konsensussequenz (nicht an jedes) gehängt
(N-linked) oder eben an Serin O glykosidisch
Anhängen der Zuckerketten erfolgt meist cotranslational schon.
Ribosom synthetisiert Protein, das hat an N terminus gleich
erkennungsequenz = signalpeptid das zeichen gibt, dass es ein
Protein ist, dass in ER soll und glykolysiert (dann meist sekretiert)
werden soll. Synthese stoppt und Ribosom bewegt sich zu
translocon an ER -> bindet und Kanal öffnet sich und Ribosom
synthetisiert gleich weiter in ER hinein in Lumen des ER. Sieht man auch nennt man das raue ER, wo
Ribosomen direkt an ER sind.

Wo kommt Zuckereinheit her? Aus Cytosol. Werden in ER importiert dabei hilft

Dolichilphosphat. Es besteht aus 20 Isoreneinhieten und ist fest in Membran
verankert durch hydrophiben teil. Er kann aktiviert werden mit UDP = werden 2
phosphatreste drangehängt bekommt dann Zuckerkette von Mannosetyp
dransynthetisiert an Cytosolseite. Dann macht DP einen flip in Membran
(enzymkatalysiert) sodass Mannosetypkette nun an Innenseite des ER ist. Nun kann sie an ASparagine
in Konsensussequenzenvon Proteinen gehängt werden.
Es werden so in ER Manosereste an Protein gehängt und daarn dann auch
hier noch 3 Glucoereste -> wichtig für Qualitätskontrolle in ER. Protein
faltet sich langsam in ER und spaltet 2 der Reste ab einer bleibt. Protein
namens Calnexin oder Calreticulin erkennt nun diese Proteine, die noch
den einen Glucosereste haebn und bindet sie und lösst sie erst los wen
endgültige Faltung erreicht ist! Wichtig da Faltung im ER ja für Proteine
ist, die sich schwer falten oder richtig ausbilden! Ist faltung fetig wird
GLucoerest
entfernt und
Export kann
beginnen. Von Er
gehen sie dann zu Golgiapparat wo sie weiter
modifiziert werden können -> einheitliche
angehängte zuckerkette kann umgebaut und
modifiziert werden. Proteine werden dann
verpackt und sekretiert

Umwandlung von Zuckerphosphaten

ineanander

Prinzipiell 4 Enzyme nötig um Zucker ineander

umzuwandeln: Transketolase, Aldlase,
Isomerase, Epimerase

44
Mit BSP aus dem Calvinzyklus = auch reduktiver
Pentosephosphatweg genannt.
1. Verknüpfen wir die C atome miteinander mit
Aldolasereaktion: verknüpfen 2 C3 (GAPDH und
DHAP) zu C6 Fructose-1,6-bisphosphat geht in
beide Richtungen
2. kann dann mit Fructose 1,6 bisphosphatase ein
phospaht abspalten (C6) und mit weiterem GAP
und Transketolase C2 von C6 -> C3 übertragen
mache also aus C6+C3-> C4+C5 -> Transketolasen
übertragen also C2 Erythrose-4-phosphat (C4)
und Xylose-5-phosphat (C5) entstehen
3. wieder Aldolasereaktion mache aus Erythrose-
4-phosphat (C4) und DHAP (C3) C7 =
Sedoheptulose-1,7-bisphosphat
4. Epimerasereaktion -> kann Position der OH gruppe ändern
Weitere Reaktionen in Bild – all diese Umwandlungen in prinzip mit 4 Enzymen möglich (fenau
ansehen)

Transketolasereaktion
Ketose ist Donoer und Aldose akzeptor -> C2 von Ketose auf
Aldose übertragen. Ketose nun um C2 verkürzt und andere um
C2 verlängert

Wird durch Thiamin-

Pyrophosphat (TPP)
katalysiert: hat Transketolase
in aktivem Zentrum

TTP hat Heterocyclus der N und S enthält und hier sehr CH acide
Verbindung hat sodass wir hier wieder starkes nukleophil generieren,
womit wir an Ketose angreifen können, d.h haben wieder ähnlichen
Reaktionsmechanismus wo wir mit
Nukleophil CarbonylCatom angreifen nur
immer anderes nukleophil wie hier z.B
Carbanion das gebildet wird von dieesm
TTP Es bildet sich hier dann
Additionsverbindung und jetzt erinnert
das ganze an Reaktion die wir z.B von
Transaminasen (mit cofaktor
pyrodoxalphosphat) kennen wo wir
wieder auch ein Teil übertragen ans
Enzym binden dann geht eben das eine
Edukt raus und neues kommt rein wi wir
hier neue bindung knüpfen -> nach
übetragung wird dann ketoseprodukt
wieder entlassen KLASSISCHE
KOVALENTE KATALYSE

45
TPP ist hochkonserviert ähnlich wie Pyridoxalphospaht bei Aminotransferasen -> phospahtrest
sterisch optimal aiusgerichtet und Uach Zucker dazu

Aldolasereaktion
Kann Zwei Zuckereinheiten kondensieren C3+C3 -> C6 -> ähnlich wie reverse Aldolkondensation.
Keinen Cofaktor sondern einen Lysin mit freiem Elektronenpaar in aktivem Zentrum der Aldolase. Uach
noch weitere Base als Akzeptor. Hier Reaktion von 1,6-Bisphosphoglycerat zu DHAP und GAP
gezeigtKovalente Katalyse: Stelle Art schiffscher Base her in Enzym mit Lysinkette. Kommt auch zu
nukleophilem Angriff und Stabilisatipn des Zwischenzustands über Rest. 1- Produkt wird dann raus und
ich habe C3 Körper GAP 2 teil noch gebunden ans Enzym dann geht das ganze zurück und ich entlasse
GAPDH dann 2. Produkt DHAP Geht in beide Richtungen -> reiche katalytisch aktiver Reste stabilisiert
Zwischenprodukte und knüpft und öffnet Bindungen
Isomerasen und Epimerasenreaktion

Unterschiede Ribose und Ribulose -> haben ketose und Aldose die wir mittels Isomerase inenander
umwandeln können -> beide sind phosphoryliert. Mit Epimerase kann ich nur OH Gruppe verschieben
auf andere Seite

Wie wird Zucker Gespeichert?

Können glykosidische Bindunge mach O und N und so lange zuckerketten herstellen.
Pflanzen:
Haupstspeicherform von fixirtem C in Pflanzen ist Sucrose (=Saccharose) = Disaccharid aus Glucose
und Fructose.
Synthese erfolgt über UDP Glucose (=aktivierte Form der Glucose) die mit Fructose-6phospaht
reagiert mit Enzym Sucrosephosphatsynthse um so Sucrose-6-phosphat herzustellen. Phosphatase
spaltet dann phosphat ab und wir erhalten Sucrose oder Saccharose. Kann durch SuS oder INvertase
wieder gespalten werden.
Meistens wird Zucker in Speichergewebe bzw Vacuole gespeichert -> Transport aus Chloroplast(blatt)
erfolgt über Protonenpumpen durch Antiporter. Invertase kann sie dann wieder in Glucose und
Saccharose spalten um sie nutzbar zu machen und damit z.b Zellwandsynthese zu betreiben (dafür
müssen Ketten polymerisiert werden)

46
Weiter Speicherform in Pflaanzen: Stärke -> speichern in Chloroplasten selbst (wo auch Zucker
entsteht) oder in Speichergewebe = Knollen

Aufbau von Stärkekörnern:

Stärkekörner können sehr viel Zucker speichern. Stärke
Akkumuliert in Chloroplasten und besteht aus sehr vielen
Schichten. Besonders im Sommer wenn durch Lciht viel
Photosynthese passiert und Co2 fixierung, dass
Transportkapazität erstmal nicht aureicht um alles wegzutransportieren. Wird als Stärke
gespeichert, die ist unlöslich und hat keine Osmolarität. Zucker hat Osmolarität -> daher kann
ich nur begrenzte Mengen speichern als Zucker sonst würde ich so viel Wasser aufnehmen
und Zellen Platzen. Stärke also da um Osmolaritätsproblem zu entgehen. Wenn kein Lichtstoffwechsel
stattfindet (kein licht -> nutze ich dann Stärke, die ich über Tag akkumuliert habe

Stärke hat ein 1,4 alpha linkeage (cellulose beta linkeage) wodurch runde Struktur entsteht bilden Art
aufgewundene Ketten -> kann Stärkenachweis mit Iod machen weil der in
diese Helikale Struktur reingeht und dort bleibt -> blaue Färbung
Kann auch 1,6 linkeages vverzweigungen machen und daher Verzweigungen
herstellen. Der verzweigungsgrad wird bei Aufbau aber reguliert -> bauen aus
Polymere eine SChcht auf indem wir Ketten machen und verzweigen immer
weiter bis es zu dicht wird. Hier haben höhere Pflanzen Starch Debranching
Protein. Die kann Verzweigungen wieder entfernen sodass wir weniger
Ketten haben und dann voorangig außen weiter neue ketten
Dransynthetisieren -> neue dünne Schicht entsteht außen

Tiere:
Glycogen:
KH Speicherform in tieren und Cyanobakterien
Ist leicht mobilisierbar, Glycogenspeicher:Leber ( 10%) Skelett (2%) , auch so Osmolaritätsproblem
entgangen.
Auch in Cytosol in Form von Granula gespeichert.
Es ist weniger Reduziert als Fettsäuren (mehr Wasser nötig) in denen steckt noch mehr Energie

Glycogen = verzweigtes Polymer -> es hat nichtreduzierende Enden von denen aus
das ganze weitersynthetisiert werden kann (Rot). Aldehydgruppen. Von hier aus
erfolgt auch ABBAU. Habe keine Helikale struktur wie bei stärke nur enden von
denen ich ausgehend Stück für Stück abbauen kann um Zucker zu nutzen -> habe
mehrere Mobilisierungspunkte (jedes rote Ende) -> schnell mobilisierbar in
größeren Mengen!
Glycogen Synthase die Glycogen herstellt katalysiert nur die Knüpfung von alpha 1,4 bindungen für
Verzweigungen wird branching enzyverwendet

47
Abbau erfolgt mittels Phosphorolysereaktion
Glykogen wird zu Glucose -1-phospaht abgebaut -> aus
der kann durch Glucosephosphatmuthase leicht
Glucose-6-phosphat entstehen -> ist aktivierte Form der
Glucose die gleich verwendet werden kann zur
Energiegewinnung z.b für Glykolyse oder in
pentosephospahtweg
Das geht dank Phosphorolyse -> die spaltet direkt
Glucosephospaht ab (nicht Glucose -> müsste mühsam
wieder phosphoryliert werden) Reaktion habe Enzym in
dem Phosphat gebunden ist, das hat negative Ladung
und istt an positive AS in Enzym gebunden = Arginin und
Lysinrest. Benötige Pyridoxalphosphta als Cofaktor! Er
katalysiert die Aufspaltung der O-glykosydischen
Bidnugn hier -> Phosphatrest wird genau so positioniert, dass er an Richiger stelle sitzt damit ich diese
Bindung durch Bindung an Phosphat ersetzt -> GLucosephosapht abgespalten! -> KATALYSE durch
ANNÄHERUNG, da ich phospahtrest ausrichte

Habe bei Glucogenabbau zwar viele Ansätze von denen ich aus
abbauenk kann und viele Glucosemoleküle freisetzen aber
irgenwann komme ich zur Verzweigung und hier kann
Phosphorylase nicht einfach weitermachen, da zu eng und
daher sterische Kollision > verwendet dann Enzym Transferase,
dass verzweigung immer weiter nach hinten stoßt und so habe
so lineare Kette, die weiter abgebaut werden kann ->
irgendwann geht nichts mehr daran vorbei und muss
Verzweigung lösen -> Glucosidase wird verwendet -> sie knüpft
diese Verzweigung auf –

Synthse -> ist getrennter Stoffwechselweg von Abbau -> hier

wird Glucose1-phosphat mit UTP aktiviert zu UDP Glucose und
die an bestehendes Glykogenmolekül angehängt.

Cori-Zyklus -> haben einen Zyklus der garantiert, dass ein

permanenter Blutzuckerspiegel gehalten wird um bestimmte
Stoffwechselvorgänge und Funktinen der Organe zu gewährleisten

Hier wird Zucker selbst in Blut transportiere und das eng mit
anderen Stoffwechselwegen verknüpft -> Glykolyse,
Gluconeogenese etc.

48
In Leber steht Gluconeogenese in Vordergrund hauptsächlich Lactat genutzt -> das in Glycolyse in
Muskeln entsteht um Glucose herzustellen und bestimmten Blutzuckerspiegel aufrecht zu erhalten.
Gykolyse z.b in Muskel verbaucht Glucose

Zellwandsynthese
Aufbau von Celluloseskeletten -> Glucose kann für Aufbau von Zellwandbestandteilen verwendet
werden. -> baut eben Monosaccharidbausteine für Zellwand auf aus Glucose
BSP Pektine

7. Vorlesung
Kohlehydrat -Stoffwechsel
Glycolyse& Gluconeogenese
Oxidativer Pentosephosphatweg
Reduktiver Pentosephosphatweg
Glucose als Energiequelle im
Stoffwechsel
Glucose kann Weg der Glykolyse gehen -
> definitionsgemäß bis Pyruvat.
Von Pyruvat kann es weitergehen zu
verschiedenen Geweben und je nach
Organismus und Gewebe kann es

1. Vollständig oxuduert werden bis CO2

in Mitochondrien
2. in Gärung gehen in Muskelgewebe und Lactat herstellen z
3. Hefe z.b kann in alkoholische Gärung gehen und Pyruvat decarboxylieren und so Ethanol herstellen

Glykolyse

Lässt sich Funktionell in 2 Stufen unterteilen:

49
1. Destabilisierung und Spaltung von Glucose
2. ATP Erzeugung

50
51
1. Destabiliserung und Spaltung von Glukose
1. Schritt

Glucose + ATP --→ Glucose-6-phosphat

Enzym: Hexokinase
Glucose also mittels Kinase zu Glucose-6-
phosphat
Hexokinasen = Enzym das induced fit
durchführt -> bindet ATP und macht dann
Konformationänderung in Protein ->
geschlossene Konformation, die für
Wasserausschluss sorgt um einfache
Hydrolyse des ATPs zu verhindern. Phospaht
soll ja nicht einfach weg sondern auf
Glucose übertragen werden
1. schritt (kann man umgehen wenn man
Glucose aus Glykogenspaltung gewinnt ->
da hatt man gleich Glucose-6-phosphat)

2. Schritt
Glucose-6-phosphat ---> Fructose-6-phosphat
Enzym: Glucose-6-Phosphat Isomerase

3. Schritt
Fructose-6-phosphat + ATP ---> Fructose-1,6-bisphosphat + ADP+H+
Enzym:
Phosphofructokinaase
Hier wird ATP hydrolysiert
Phosphofruktokinase wird
allosterisch reguliert ->
haben merere katalytische
Znetren -> durch hohe Hohe ATP Konzentration allosterisch gehemmt -> muss wenn viel Energie da
nicht unbedingt Energie machen über Glykolyse

52
Gibt auch Aktivator = Fructose-2,6 Bisphosphat (nicht 1,6) -> wird hergestellt wenn wir Glykolyse
aktivieren möchten und sorgt für schnelle und hohe Aktivität von Phosphofructokinase -> starke
Aktivierung – brauche wenig substrat um vollen Umsatz zu erreichen
Ist irreversibler Schritt
In schritt 1 und 3 wurden je ein mol ATP verwendet -> insgesamt 2. Wihig wenn bei Schritt ATP
verwendet wird = enerige reingsteckt sollte er genau reguliert und kontrolliert werden ansonstsen
sind Reaktionen in Prinzip reversibel. Die mit ATP drinnen irreversibel!
4. Schritt
Fructose-1,6,bisphosphat --→ Dihydroxyaceton (DHAP) + Glycerinaldehyd-3-phosphat (GAP)
Enzym: Aldolase
C6 -> C3+C3
Es enstehen 2 Triosephosphate
Ist reversibler schritt

Glycerinaldehyd -3- phosphat kann direkt in

Glykolyse weiterverwendet werden für Phase 2 = Ertragsphase
DHAP nicht! Es braucht hier Triosephosphatisomerase
die DHAP in GAP umwandelt. GW der Reaktion würde
eigentlich stark! auf DHAP Seite liegen, aber da dies
immer entfernt wird um in Glykolyse weiterzulaufen
liegt es au f GAP Seite und Reaktion kann ablaufen ->
geht energetisch bergab.

TIM ist sehr schnell und effektiv.

Struktur: Tim-barrel Struktur innerer kern umgeben von 8 paralellen β-
Strängen und 8 α-Helices.
(selbe Struktur bei Aldolase, Enolase, Pyruvat Kinase

Im aktiven Zentrum sind Glutamatrest und Histidinrest, die an Katalyse

maßgeblich beteiligt sind -> DHAP kommt in Tim -> Induziert durch die 2 Reste wird in aktivem
Zentrum Enediolzwischenpordukt gebildet.
Die Katalyse verläuft über ein Enediol Zwischenprodukt
Durch umwandlung einer DB in andere wird und
Übertragung eines Protons wird Reaktion zu GAP
katalysiert
>Glu 165 rest ist allgemeiner säurebasenkatalysator er
Übertägt mit Hilfe von Stabilisator Histidin das Proon
zwischen den C-Atomen!

53
2. Phase ATP Gewinnung

5. Schritt

Glycerinaldehyd-3-phophat + NAD+ +P ---> 1,3

Bisphosphoglycerat + NADH+ H+

Enzym: GAP Dehydrogenase

Wir können dann GAP weiterreagieren lassen. Hat

sehr reaktive Aldehydgruppe. Wird jetzt mit NAD+
oxidiert -> ist Prozess bei dem viel Energie frei wird ->
lassen wir aber nicht einfach hydrolysieren sondern
Koppeln den Process energetisch an
Phosphorylierung (Oxidation von GAP gekoppelt an
Phosphorylierung) Kopplung passiert über
Tioesterzwischenprodukt und in dem wird dann
Energie gespeicchert durch Phoshproylerung. -> Acylophosphat bildung
2 reaktionen die zu 1,6-Bisphosphoglycerat führen

54
Kopplung funktioneirt über Cystein
und Histidinrest in aktivem Zentrum
der GAPDH. Sie sind in aktivem
Zentrum neben dem gebudnenen
NAD+
Wir binden Cysteinrest an GAP
durch nukleophilen Angriff von
Elektronenpaar vom S von SH freift
Carbonyl-CAtom. Ein Hemiacetal
bildet sich. Dann Angriff -> Proton
wird von NAD+ pbernommen -> als
Hydrid Übertragen NAD+reduziert
zu NADH. Anderes Proton bindet an
His ->positiv geladen -> DB ensteht
und so Thioesterindermediat. NADH
geht raus neues kommt rein
In dieser Verbindung steckt viel Energie drinnen ->
können wir jetzt nutzen um Phosphat zu verdrängen
(ähnlicher Mechanismus wie bei Phosphorylyse von
Glykogen) -> Dabei entsteht 1,3 BIsphosphoglycerat! =
energiereiches Acylphosphat!

6. Schritt
1,3 Bisphosphoglycerat +ADP+ H+ ---> 3-Phosphoglycerat +ATP
Enzym: Phosphoglyceratkinase
In 1,3 Bisphosphglycerat steckt so viel Energie
drinnen dass diese durch
Substratkettenphsophorlyierung auf ADP übertragen
werden kenn um ATP herzustellen! -> Es enstehen in
dem Schritt 2 x ATP (eines pro
1,6Bisophosphoglycerat – habe ja 2 weil 2xC3)

55
7. Schritt
3- Phosphoglycerat -> 2 Phosphoglycerat
Enzym phosphoglyceratmutase
Phosphatgruppe nur auf andere Position übertragen -> benötigt katalytische Mengen 2,3
bisphosphoglycerat

8. Schritt
2-Phosphoglycerat --> Phosphoenolpyruvat (PEP)
Enzym Enolase
Hier ensteht wieder energiereiche verbindung. Reaktion zu PEP verläuft über Enolat. In katalytischem
Zentrum von Enolase haben wir Lysinrest zusammen mit 2 Mg2+ Ionen polarisiert dieser die
Carboxylgruppe des 2-Phosphoglycerats (wie bei Tim -> energireiches Enolat hatten, das mit anderen
Bindung ausbildet) -> Enolatintermediat entsteht und ist in Enzym stabilisiert -> daraus machen wir
daann PEP -> das hat enerfiereiche verbindung

9. Schritt
Phosphenolpyruvat +ADP+ H+ ---> Pyruvat + ATP
Enzym:Pyruvatkinase

PEP ist auf hohem Energielevel und wir können Phosphatgruppe wieder durch Phosphorylreaktion
auf ADP übertragen und ATP herstellen-> subratkettenphsophorylierung -> macht Pyruvatkinase
2mol ATP entstehen wieder

Dieses Sclüsselenzym wird durch phosphorylierung reguliert. Gibt Proteinkinase die Pyruvatkinase
pshophoryliert (reversibel) und osmit inaktiv macht! Durch entfernen der Phosphatgruppe mit
Phsophoatase wird Pyruvatkinase wieder aktiviert.

Aufrechterhaltung des Redoxgleichgewichts in Glykolyse

IN Glykolyse habe ich NADH generiert = reduzierte Form von NAD+. Um das wiederherzustellen
müssen wir es oxidieren um RedoxGGW wieder herzustellen
Möglcihkeiten

56
1. Anaerob: Pyruvat mit Pyruvatdecarboxylase CO2 abspalten zu Acetaldehyd und dann über ADH in
Ethanol umwandeln dabei wird NADH zu NAD+ oxidiert -> nur bei Hefe
2. Anaerob: Pyruvat kann mit Lactatdehydrogenase zu Lactat= Milchsäure umgewandelt werden ->
bei Mensch in Muskel dabei NAD+ wieder
Hergestellt.

3. Aerob: Pyruvat kann decarboxyliert werden und

zu Acetyl-coA gemacht werden -> dann weiter
oxidiert

Gluconeogenese

Ist keine direkte Umkehr der Glykolyse. Sie ist die synthese von Glucosemolekülen aus nicht-
Kohlehydraten als Substrat.
Schlüsselreaktion der Glykolyse ist die PEP-→ Pyruvat (mit pyruvatkinase9
In dieser Reaktion haeb ich sehr energireiches Zwischenprodukt, das PEP das ADP -> ATP
substratkettenphosphorylierung macht -> ist irreversiblet schritt!

Eingehen können in GLcuoneogenese:

• Lactat und Pyruvat (Lactat teil des Corizyklus- in Muskel wird aus Pyruvat -> Lactat, dass dann
in leber transportiert wird und dort zu Pyruvat gemacht und dann zu Glucose gemacht in
Gluconeogenese) f
• Glycerin aus Fettsäure-Katabolsimus
• α-Ketonsäuren aus AS-Stoffwechsel z.B bei Proteinabbau bekomme ich AS Alanin die kann
durch Aminotransferase in Pyruvat umgewandelt werden andere AS in OAA umgewandelt
•
-> in Gluconeogenes geht dann Pyruvat ein (alle 3 oben in Pyruvat umgewandelt) muss
Umweg gehen. Pyruvat wird in Matrix der Mitohcondrien transportiert. Dort gibt es
Pyruvat Carboxylase, die macht Reaktion Pyruvat +ATP + Co2→ Oxaloacetat +ADP+ H+
OAA wird dann umgewandelt in Malat und so aus Mitochondrien Rausgebracht in
Cytosol. Dort passiert reaktion Oxaloacetat+GTP -> PEP +GDP+Co2 = decarboxylierung,
die durch Carboxykinase katalysiert wird. Das ist entscheindender Schritt

PEP Carboxylase ist mitochondrriales Enzym mit Biotin als Carrier für
aktiviertes C02. Regulation der Pep Carboxylase ist metabilisch über
Acetyl-coA, es wird in mitochondrien verheizt und daraus Energie in
Form von ATP gemacht -> habe ich genug ATP und noch viel Acetyl-coA
brauche ich das ja nicht verheizen -> sindern kann damit PEP
caarboxylase aktiviern und Zucker aufbauen

57
Bei Fructose-1,6-bisphosphat habe ich wieder irreversiblen Schritt -> wichiger Kontrollpunkt -> hier ist
bisphosphatase aktiv, die es dephosphoryliert -> sollte nur aktiv sein wenn ich wirklich in diese
Richtung gehen will. Auch bei Glucose-6-phosphatase. -> also immer wenn ich Phosphatgruppe
abspalte und Rückreaktion so erstmal unmöglich mache sollte Regulation genau stattfinden. ->
Kritische Regulation ob Enzyme der Glykolyse oder Gluconeogenese aktiv -> was von beiden abläuft.
Denn würde beides Gleichzeitig immer ablaufen macht es keinen Sinn -> Sinnloser ATP cyclus der nur
verbraucht. -> Kritische Regulation.

Glykolyse und Gluconeogenese

Corizyklus -> haben Lactat das in Muskelzellen unter Starker
Beanspruchung produtiert wird (milchsäuregärung) diese Lactat wird
dann über blut zur leber gebracht wo dann GLuconeogenese erfolgt
damit ich wieder genug Glukose herstelle um Blutzuckerspiegel
herzustellen Außedrem haben wir hier den Hauptspeicherort für
Glykogen! Deswegen habe ich unterschiedliche Isofomrne der LDH in
Muskelzellen, Skelettmuskel und Leber z.B die sich kinetisch
unterscheiden Das ist auch Grundlage für herzinfarktdiagnostic gibt in
Herzmuskel Lactatdehydrogenase die man mittels elektorphorese von
der von Muskelzelel trennen kann da andere UE (strukutr) und so kann
man gezielt feststellen ob t.B der Herzmuskel geschädigt wuede oder
anderes indem ich LDH nachweise
kann icht nur Herzinfarkt nacchweisen sondern auch z.B wie sieht das mit der Leber aus

Oxidativer Pentosephosphatweg
Bis jetzt war ATP im Vordergrund -> Energiestoffwechsel im Vordergrund
Bei oxidativen Pentosephosphatweg ist Produktion Von NADPH in Vordergrund -> hier generiere ich
Reduktionsäquivalente in Form von NADPH (für anabolen stoffwechselwege -> Aufbau)
Außerdem dient er zur Produktion C5-Zuckern aus C6 -> Ribosen als RNA/DNA Bausteine

58
Ablauf: Gewinnen NADPH in erstem Schritt des Oxidativen Pentosephosphatwegs.
Glucose-6-phosphat + 2 NADP+ ---> Ribulose-5-phophat + 2NADPH = Oxidation
Enzym: Glucose-6-phosphat-Dehydrogenase, Lactonase, Phosphogluconatdehydrogenase
Glucose-6-phosphat wird mit Glucose—
6-phosphatdehydrogenase zu 8-
phosphogluconolactone oxidiert 1. Mal
NADPH gewinnung. Dann Reaktion mit
Lactonase zu 6-phosphogluconate. Dann
Reaktion mit 6-Phosphogluconate
dehydrogenase = Decarboxylierung =
Carboxylgruppe abgespalten -> ein 2.
NADPH entsteht und Ribulose-5-
phosphat

Dann folgen verschiedene Umwandlungen von Ispimerasen, Epimerasen etc. die

wir schon kennen.

NADPH wird generiert für Biosynthesen hier.

59
 8.Vorlesung

Stoffwechselwege
• Glykolyse
• Citratzyklus
• Calvinzyklus =reduktiver Pentosephosphatweg
• Harnstoffzyklus
• Oxidative Pentosephosphatweg
Haben verschiedne Stoffklassen, die wir hier miteinander verbinden.
Glykolyse ist zentraler Stoffwechselweg um ATP zu gwinnen. Gehen
wir bis Endstufe Pyruvat -> können wir zu Lactat vergäären oder
Ethanol (Hefe) oder als Acetyl-coA in Citratzyklus einspeisen ETC.
NIcht nur KH bzw nicht nur Glucose können hier einfließen -> kann
versch Zucker ineinander umwandeln und kann z.B direkt Fructose oder Fructose-6-phophat in
Glykolyse einschleußen. Oder kann direkt Pyruvat einschleußen von dem aus dann in versch
Richtungen weitergehen kann z.B Richtung Citratzyklus oder Gluconeogenese. Kann auch aus
lipidstoffwechsel Einspeisen in Citratzyklus -> das ist dann auf niedrigerer Stufe passiert erst bei
AcetylcoA Haben bei Citratzyklus als zentrale Drehscheibe die Möglichkeit all diese Sachen auch den
AS Stoffwechsel in Citratzyklus umzusetzen. AS stoffwechcsel ist auch noch auf anderen ebenen mit
Energiestoffwechsel verbunden -> kann mittels Transaminasen die Aminogruppen entfernen und
Alphaketosäure generieren das kann in einfachsten Fall Pyruvat sein wenn ich von Alanin ausgehe ->
kann ich einspeisen. Aber gibt noch andere Stellen, wo ich einspeisen kann -> Alphaektoglutarat zu
Glutamat z.B auch beliebter Ausgangspunkt. Oder Oxaloacetat. Gibt viele Schnittpunkte wo
Stoffwechcsel mit Energiestoffwechsel zusammenhängt und so kann ich auch die versch stoffklassen
ineinander überführen d.h ich kann so Katabolismus von Proteien betreiben der AS freisetzt und kann
dann über oxosäuren in den TCA ZYklus einspeisen und von da kann ich auch Gluconeogenese
betreiben -> kann über Umweg PEP (Phosphoenolpyruvat) herstellen und kann daraus wieder Zucker
aufbauen um den Blutzuckerspiegel hoch zu halten wobei da muss man sagen abbau der AS macht der
Körper als letztes um Energie zu gewinnen Das ist auch eng verknüpft mit Nukleotidmetabolsimus d.H
auch die Nuklelotide mmüssen wir damit herstellenund damit bedienen wir uns auch z-b Beo
ausgansstoffen des Citratzyklus
Meisten Reaktionen gehen aus von Pyruvat und Acetyl-coA
Andere ABB:
Pyruvat kann ich auch zu Alanin gehen und von 3-
phosphoglycerat zu Serin -> auch umgekehrt, da
Transaminasenreaktionen reversibel sind und so kann ich
abgebaute AS auch in Energiestoffwechsel einschleußen. Auch
bei PEP und DHAP möglich.
Von Fructose-6-phosphat kann ich z-b auch zu Glykolipiden
gehen oder Glycoproteinen oder Glucose-6-
phosphatnukleotiden, schon bei oxidativem
Pentosephosphatweg gesehen, der da ist um Glucose zu
oxidieren und NADPH herzustellen dabei und C6->C5

60
Von Citratzyklus gehen auch viele Verknüpfungen aus -> Citrate -> fettsäuren und Cholesterol;
alphaketoglutarat in AS Stoffwechsel zu Glutamat oder anderen AS, Purine , Succinyl-coA zu Hem (nicht
Chlorophyl wird aus Glutamat hergestellt in Pflanzen), OAA für Asoartat und anderer AS , Purine und
Pyrimidine verwendet.
Cori Zyklus auch verknüpfung
Glykolyse ihr Ziel ist in 1. Linie Energie zu Produzieren -> läugt von Glucose zu Pyruvat -> ds können
wir dann anaerob zu Lactat vergären oder aerob zu Acetyl-coA machen -> diese kann in Citratzyklus
eingeschleust werden und dort weiter oxidiert. Ist effektive Weg, der Reduktionsäquivalente generiert
über Elektronentransportkette und wir weiteres ATP herstellen können.

NAD/NADP -> wann verwende ich was? Unterscchied ist phosphatgruppe beide machen
HYdridüübetreagung.
NAD in Katabolismus verwende unt NADP in anabilen Stoffwechselwegen.
Das ist wichtig da ich 2 Wege prinzipiell immer trennen möchte.

Energiegewinnung in Stoffwechsel
ATP -> Anabolismus und Katabolismus verwenden beide ATP ->
relativ hohe Konzentration soll immer in Zellen aufrecht erhalten
werden 8-10 mM -> wenig ADP; Bei NAD/NADH möchte ich hohe
Konzentration oxidierte Form =NAD+ weil ich die eher brauche um
zu reduzieren
ATP durch Glykolyse -> hier stelle ich energiereiche Verbindungen
her und übertrage Phosphatgruppe dann mittels
Substratkettenphosphorylierung auf ADP -> generiere ATP. Die
enrgireichen verbindungen entsehen dadruch dass ich Zucker
umbaue spalte und dann hydrolysiere nicht mit Wasser sondern
z.B als Thioester wie bei GAPDH = energiereiche Verbindung
Mache ATP also aus höheren Energireichen Verbindungen wie 1,3,-
Bisphosphoaglycerat.

Acetyl-coA
Ist Zentrale Drehscheibe -> von hier aus geht es in Citratzyklus. Dort geht es darum Lektronen zu
gewinnen und Elektronentransport für oxidative Phosphorylierung zu nutzen -> noch effizienter als
Substratkettenphosphorylierung -> stellt noch mehr ATP her
Wichtige Verknüpfung zu Fettsäurekatabolismus -> werden wir später genau ansehen

Kreatinphosphat
Wenn viel Energie nötig ist z-B bei Muskelkontratktionen ist ATP schnell aufgebraucht (paar s) haben
daher Zwischenspeicher in Muskelgeweben = Kreatinphosphat der dann Energie bereitstellt. Er kommt
nur in dem Stoffwechselweg vor. Kann man daher in hihen Mengen akkumulieren.
Reicht aber auch nicht sehr lange.

Daher wird Glykolyse auch schnell betrieben in Muskeln in anaeroben Bedingungen d.h lactat entstet
dabei. Quellen wie Lipide oder Glykogen reichen dann noch länger weil noch stärker reduziert, wird
aber erst unter Langzeitbelastungen aktiviert da Abbau vo nhochenergireichen Phosphaten zuerst
pssiert. Dann alctatgärung und dann als allerletzte Möglichkeit werden Proteine abgebaut! (mühsame
Synthese die viel ATP brauch)
61
 Energiebilanz Glykolyse

2 mol ATP müssen hineingesteckt werden

Gewinnen 4 mol ATP -> also insgesamt 2!
Bilsanz außerdem haben wir am Schluss
pyruvat und 2 mol NADH -> mpssen wir
dnan regenerieren

-> das ist nicht viel daher geht Pyruvat dann meist weiter in
Citratzyklus -> dafür wird es decarboxyliert ung in Acetyl-coA
umgewandelt und geht dann eben in reduktiven phosphatweg um
noch mehr Energie zu gewinnen -> hier wird Acetyl-coA
schrittweise verheitz und über Kopplung mit Elektronentransport
wird viel ATP generiert! Hier großteil der ATP gewinnung

9.Vorlesung
Lipide und Membranen
Brauche Lipide für viele verschiedne Sachen: Membranen -> zum abrennen von Reaktionsärumen und
Komparimentierung; als energiespeicher; als Signalmolekple und Pigmente etc.

62
Lipide sind wasserunläsliche Biomoleküle, die in organischen Lösungsmitteln BSP Chloroform gut
löslich sind. Daher sind sie schwiereich zu untersuchen, da Biochemie meist in wässriger Lösung
arbeiten weil dort Proteine aktiv sind und Metabolite, Zucker etc. gelöst sind.
Zwischen Lipiden (fetten) und Wasser haben wir Phasentrennung -> massiver hydrophober Effelt
Um also in Praxis etwas zu untersuchen wie Membranen, Membranprotein, Lipide etc. brauchen wir
Lösungsmittel sogenannte Detergenzien /emulglatoren/Tenside etc. die eben Solubiliserung machen
und das ganze in Lösung bringen.
Tenside erlauben das mischen von nichtmischbaren Flüssigkeiten ->
BSP Wasser und Öl
-> bestehen aus polaren und umpolaren Teil = amphiles molekpl und
umschließen Fette in so Öltröpchen. Hydrophiler Teil (kopfgruppe)
interagiert mit Wasser und hydrophober Teil mit Lipid
BSP Seife
Sie sind Natriumsalze von Fettsäuren hergestellt durch Verseifung -> Fette werden mit Natronlauge in
Natriumsalze der Fettsäuren (=Tensid) und Glycerin zerlegt
Problem ist alkalischer pH

Lipide
Gehören dazu:
 Fettsäuren
 Triglyceride
 Wachse
 Phospholipide
 Shingolipide
 Glycolipide
 Etherlipide
 Isoprenoide
Fettsäuren
Sind Hauptbestandteile der Lipide
leiten sich von Kohlenwasserstoffen ab und Varrieren in Kettenlänge und Sättigungsgrad. Das hat
wichtige Konsequenzen für chemische Eigenschaften (Schmelzpunkt) und Auswirkungen auf
physiologische Funktion = Membranfluidität. Die Membranfluidität kann durch nachträgliche
Modifikation der
Fettsäuren in Mmebran
noch modifiziert werden

kommen oft aus

Nahrung -> BSP
pflanzliche Öle wie
Olivenöl -> viel
ungesättigte Fettsäuren
daher flüssig
Tierische Fette wie
Butter: mehr gesättigte
fettsäuren -> daher
fester

63
Fettsäuren sind oft mit anderen Molekülen verestert
BSP Triglycceride -> Glycerin mit Fettsäure verestert
Sie sind typisches Fettspeicherlipid (analog zu Glykogen in Stärke)
Findet sie in Tieren in Fettspeichergewebe (Adipozyten), in
pflanzensame als C-Speicher zur bereitstellung während Keimung
(geringes gewicht) in Ölkörpern gespeichert
Ist beste Speicherform weil geringes Gewicht und hoher
Energiegehalt. Kommt daher dass weniger Wasser gebunden wird
als bei z.b Glucogen (bracht 2g wasser pro g Glucogen)
Vollständige oxidation liegert daher 28 kJ/mol Glucogen nur 17

Wichtigsten Speicher und Memrbanlipide

Gundgerüst wie Shingosin und Glycerol -> daran sind fettsäuren verestert
Haben 1-2 Fettsäuren an Grundgerüst gehängt (nicht 3 wie bei Glycerin -> Speicherfette)- Grundgerüst
wie Shingosin hat selbst schon langen hydrophoben Res.
Glycerol und Shingosin können noch Kopfgruppen haben die ssich unterscheiden.
1. Phospholipide -> Haben z.B choline oder Alkohol über Phosphatgruppe gebunden
2. Glycolipide – haben Zucker gebunden -> mache Spingolipide und Galactolipide
3. haben nicht Ester sondern lange Kohlewasserstoffketten, die über Eter verknüpft sind -> noch
langkettiger und stabiler -> oft bei Archae, die sich anpassen müssen an schwere bedingungn

Membranen
starke Unterschiede in Zusammensetzung von Membranlipiden
Je nachdem welche Membran es ist habe ich unterschiedliche Membranlipdie bevorzugt
(Kopfgruppen, Plattform etc)

64
Plasmamembran hat vor allem Phospholipide (Phosphatidylcholin und Phosphatidylenolamin) und
Cholesterol und Glykolipide -> Zuckerkette an Fettsäure
Mitochondrienmembran hat viel Cardiolopin
Chloroplastenmembran viel Galactolipide -> whs hier durchgesetzt weil Phosphat für sie stark
limitierend ist daher verwenden sie für Membranbau lieber Zucker

Die Membranlipide bilden bilayer aus in wässsriger Lösung ->

Phospholipidi Doppelschicht -> jede Membran hat durch
Sättigungsgrad der beinhalteten Fettsäuren (in
Membranlipiden) unterschiedliche Memrbanfluidität -> mehr
ungesättigt = fluider; mehr gessättig = weniger fluid

Anpassung der Membranfluidität

TIere -> kann Sättigungsgrad ändern oder Cholesterin einbauen. Cholesterin
ist stark hydrophobes, großes Steroid -> starke WW mit Lipiden. Es hält
Mmebranen bei niedrigen Temperaturen eher flüssig und bei hohen T ist es
stabilisierend.

Pflanzen und Bakterien -> kein Cholesterin um membranfluidität anzupassen ändern sie
Sättigungsgrad der Fettsäuren. Führen DB ein bei Kälte sodass membran fluider wird weil ungesättigter
wird. T-anpassung bei Pflanzen sehr wichtig, da schwankenden T mehr ausgesetzt.

Proteine und Membranen

WW von Proetinen und Memrbanen häufig -> gibt auch
Memrbanproteine = Proteine die in Membran integriert oder daran
geheftet sind.

Wege zum Verankern -> Periphäre Memranproteine

1. Anheften eine Periphären Proteins -> kann Proteni selbst
modifizieren indem ich es acyliere -> hänge Fettsäure an
BSP Hänge Fettsäure Myristat an. Dafür brauche ich freien N
terminus -> Glycin
BSP Kann Palmitinsäure anhängen an Cysteinrest
Die 2 Modifikationen komme oft gemeinsam vor und ich
verankere Protein über diese 2 WW in Mmebran
2. Farnesylierung oder Geranylgeranylisierung -> Hänge Fettsäure
an C termonus an -> und verankere so in Membran

Periphäre Membranproteine haben großen Teil des Enzyms außerhalb der Membran = in löslcihen
Bereich der Zelle und haben Ketten die eben hydrophoben AS = Anker in Membran verankern
BSP: Memrbangebundenes Enzym Prostaglandin synthase
Hydrophobe alpha Helix sorgt für starke Membranbindung an Oberfläche
Enzym nurtr Arachidonsöure = Membranlipidteil und macht in 2 Reaktionen dann
Prostaglandin daraus = wichtiger Botenstoff

Integrale Membranproteine
Gibt Proteine die in Membran di rekt integriert sind -> diese sitzen fest in Membran, kann sie nicht
durch Salze ablösen wie periphäre Membranproteine
Sie müssen gelöst werden von Membran durch Solubilisierung
BSP Solubilisierung mit SDS

65
SDS hat lange Fettsäure mit Sulfatgruppe -> kann sich darüber an Membranproteine lagern und sie
rauslösen

BSP Porine (schon gesehen)

BSP Proteine mit β-Barrelstrukur

hier kann man an Primörstruktur nicht unmittelbar sehen, dass wir
Transmembrandomäne haben. Habe hier Reste die über ganzes Protein verteilt sind die
miteinander Interagieren -> Struktur nicht so einfach vorhersehbar -> meist aber
nebeneinanderhydrophil/hydrophob weil ich abwechselnd WW nach außen und innen
habe

Aber kann Prinzipiell Vorhersagen machen anhand der AS Abfolge über Struktur bzw ob
Transmembranbereich oder nicht. Man kann AS danach klassifizieren ob sie sehr hydrophob oder
hydrophil sind und natürlich -> lysin argingin, glutamta, aspartat interagiern lieber mit Wasser, da
geladen -> sehr hydrophil. Andere AS wie Isoleucin, Leucin, Valin etc sind sehr hydrophob Hat dem dan
Wert auf Skala gegeben. Auf der skala die wir ansehen ist Hydrophobizitätsgrenze +84 definiert für ein
Protein damit es eher hydrophibe WW eingeht -> teilt dann AS ein und kann das ganze dann
vorhersagen ->hat man also viele As die eher bei +84 liegen haben wur eher einen hydrophoben
Bereich also wenn man sich dann von N-> C terminus die AS kette ansieht sieht man hier bereich wo
man sehr viel Ile leu phe etc. hat (darf auch mal hydrophiles dazwischen sein) -> dieser Bereich
überschreitet son einen Cutoff wert (+84) d.h über so einen hydrophobizitätsplot kann man sich dann
Protein ansehen und vorhersagen -> nutzt Hydrophobizität um Struktur vorherzusagen

Ca. 20 AS langer Brereich nötig um Membran einmal zu durchspannen

BSP: Bakteriorhodopsin
Struktur gut durch Hydrophobizitätsplot erkennbar. Man
hat hier 7 Bereiche je 20 AS lang mit vielen hydrophoiben
AS -> durch Anhäufung kann man vorhersage, dass WHS
transmembrandomäne ist = α Helix mit hydrophoben
Resten nach außen interagiren dann mit Lipiden -> auf
anderer Seite machen sie Loops.

66
Membranlipide als Signalmoleküle
Oft enstehen signalmoleküle dadruch, dass Fettsäuren(Membranlipide) aus
Membran freigesetzt wrden und dann von Enzymen umgewandelt werden
Freisetzung von Substraten erfolgt durhc Phospholipasen -> sie spalten
Fettsäuren ab von Membranbestandteilen -> verschiede Gruppen spalten an
verschiedenen Stellen

BSP Prostaglandine in Tieren-> Arachidonsäure (Substrat wird aus

Membranlipid freigesetzt und von Prostagladinsynthase dann in
Prostaglandin umgewandelt

BSP: Jasmonsäure oder Jasmonat in Pflanzen -> auch aus Memrban

freigesetzt und dann wcihtiger Botenstoff in Verteidigungsreaktion von
Pflanzen

BSP Inositolphosphat -> hier ist Kopfgruppe nicht Fettsäure der wichtige Botenstoff aber auch von
Membranlipid abgespalten. Es wird durch Phospholipase abgespalten und ist Zucker. Wird er
freigesetzt und bindet an Receptor der an ER Mmebran sitzt und dort Ca2+ rauslässt. -> wichtiges Signal
für Proteinkinase C = Aktivierend

Biosynthese von Lipiden

Woher kommen Bausteine für Herstellung der Lipide?
Hier haben wir also Problem schon dass wir Löslichkeiten berücksichtigen müssen -> bei
Membranlipiden und normalen Lipiden-> BSP Carotinoide in Pfanzen. Also sind Einzelbausteine, die
wir haben erstmal noch relativ löslich und werden aus Cytosol angeliefert oder aus Stroma von
Chloropalsten und haben dann Enzym die aus den EInzelbausteine diese langen moleküel hertsellen.
Fettsäuren aus C2 Einheiten = AcetylcoA sukzessive aufgebaut. Teile wie Choline oder Glycerol werden
erst außen an Membran sitzend synthetisiert und flippen dann nach
innen (wie Gykolisierung)
BSP Synthese Isoprenoide
Isoprenoide sind große Gruppe der Lipide und haben viele
Funktionen: Bausteine von Membranen, Photosynthesepigmente,
Hormone oder als Sekundörmetabilite. Auch in Stoffwechsel wichtig
-> Steroide, Virtamin A, Cholesterol, Colichol (=wichtige um Zucker in
ER zu bekommen Dolicholphosphat) etc.

67
 Isopren in aktivierter Form = Isopentenyl-
pyroophosphat (C5) ist Ausganstoff für
viele verbindungen!

Synthesewege für Isopentenylpyrophosphat

Tiere: Acetat-Mevalonat Weg -> in Cytosol
Pflanzen: Acetat-Mevalonat Weg -> in Cytosol + Deoxy-DXylulose Phosphat Weg (DOXP) -> in
Plastiden

Acetat Mevalonatweg
Start: AcetylcoA (Grundbaustein) -> Aceto-AcetylcoA mit Thiolase. Das regiert dann weiter mit HMG-
CoA synthase und HMG-CoA Reduktase, diese erwendet NADPH zur Reduktion (=Anabol). Es ensteht
Mevalonat. (Aus 3 Molekülen Acetyl-coA) Mevalonat wird dann mit Mevalonatkinase phosphoryliert
und dann nochmal durch Mevalonatphosphatkinase zu Mevalonatdiphosphat. Dann kommt MVAPP
Decarboxylase ins spiel -> sie spaltet Co2 ab (C2-> C5 gehe) und nohcmal ATP genutzt um Hochreaktive
DB herzustellen! Diese hochreaktive DB ist Grundlage für weiteren Aufbau der Isoprenoide.

68
Exkurs: Wirkung von Cholesterinsenkern
Statine = Cholesterinsenker blockieren die HMG-CoA Reduktase -> diese blockieren also so
Isoprensynthese (Isopentenyl Phosphate) aus denen dann Cholesterin ensteht. Statine haben ähnliche
Struktur wie Substrat der HGM-CoA Reduktase = HGM-coA und binden fest an aktives Zentrum ->
daher keine Synthese

Verknüpfung der Isopren Einheiten

Dafür werden Isopentenyl (C5) Einheiten (=aktiviertes Isopren) an dieser
hochreaktiven DB verknüpft -> Grundvoraussetzung
Verknüpfe immer Dimethylallylphosphat = isomere Form der
Isopentenylphosphat (=Akzeptor) mit Isopentenylphosphat (=DONOR) –
immer Pyrophospaht abgespalten. Habe dann stabilisiertes Alylkation und
dass erlaubt Kopfschwanzaddition = dann immer Verlängerung um C5
Reaktion funktioniert gut da ich gute Fluchtgruppe habe, dich ich abspalten
kann und Stabilisierung duch Alylkations habe

69
Squalen (C30 wird so hergestellt) -> ist dann
Ausgangsstoff für Cholesterol und Andere Steroiden!
Es zyklisiert indem es in Epoxid umwandelt und klappt
dann DB en -> einfach zum Squalen und von da zu
Cholesterin/Cholesterol
Wichitge Derivate des Cholesterins sind -> Gallensalze
= Lösungsvermittler; Steroidhormone, Vitamine

Verwertung von Lipiden

Nehmen wir Lipide mit Nahrung auf und
verwerden sie müssen wir sie zuerst verdauen
und müssen auch Löslichkeitsproblem umgehen
-> dafür brauchen wir Gallensalze, die als
wichtige Lösungsvermittler fungieren indem
diese in der Nahrung solche Emulsionen
stabilisieren. Dann müssen wir in Darmlumen
Lipasen aktivieren die das ganze zerspalten in
Glycerin und Fettsäuren werden dann über
Membran transportiert und aufgenommen in
Schleimhautzellen. Dann wieder Triacylglyceride
zusammengebaut und in Fetttransportkörperchen eingebaut und in Blut transportiert. Dort haben wir
auch Lipasen um schnell zu modifizieren und Chilesterin drinnen und Apoliproteine (Proteine die
draußen sitzen). Werden weiter zerlegt und endgültig in Mitochondrien oxidiert.
Lipoproteine für Transport haben verschiedene Dichten: hohe Dichte (HDL)-> gut Cholesterin für
Synthese etc. geringe Dichte (LDL) -> Transport von Cholesterin in periphere gebiete -> schlecht wenn
viel davon

ZF: Grundsätzlich beginnt es damit, dass wir Fettzellen

haben oder das ganze mit Nahrung zu uns nehmen dass
wir Enzyme haben die das spalten -> Lipasen zerlegen mal
in Glycerin und Fettsäuren und das können wir dann
nutzen, Glycerin können wir in Glykolyse nutzen um
damit Energie zu machen oder in Gluconeogenese um
Blutzuckerspiegel zu halten Fettsäuren können weiter
oxidieren um dann mehr Energie zu gewinnen über Acetyl-
coA -> mittels Citratzyklus
In Überblick wir haben sehr hohen Energiegehalt da drinnen weil wir so viel Reduktionskraft haben
d.h wenn wir das ganze herstellen wollen = Fettsäuren synthetisieren wollen müssen wir viel
reinstecken -> fließt sehr viel NADPH rein für Synthese. Reaktion läuft immer über C2 Einheiten
(Synthese und zerlegen) aber Abbaufindet in Matrixraum der Mitohcondrien statt bei Tieren und das
gilt sowohl für Pyruvat das auch der Glykolyse kommt als auch für die C2 Einheiten die aus
Betaoxidation freigesetzt werden

Wachse= Ester von Fettsäuren und langkettigen Alkoholen

70
Tierische Wachse BSP Lanolin oder Bienenwachs
Pflanzen: oft Wachs auf Blättern und Früchten als austrockenschutz -> wasser soll nur bei
Spaltöffnungen rauskommen
10.Vorlesung
Membranen und Transportprozesse
Membranen trennen verschiedene Reaktiosnräume ab -> in unterschiedlichen Kompartimenten
laufen verschiedene Prozesse ab. Z.B Abbau und Aufbau von Substanzen räumlich getrennt.
Konsequenz: Proteine, Metabolite etc. müssen hin und her transportiert werden.
BSP Glucose Transport
Glucose wird sobald es in Zelle kommt über GLucosetransporter phosphoaryliert -> das anhängen der
großen Phosphatgruppe verhindert, dass Glucosetransporter es wider nach außen bringen kann.
GLUT hat 12 amphiphile Transmembrandomänen um sich in Plasmamembran zu
setzen .> hydrophobe Teile also außen und in Mitte von kanal hydrophile AS um
Prote für Glucose bilden zu können.

Membranen
bilden Lipiddoppelschicht -> Zusammensetzung welche Lipide je nach Membran
unterschiedlich. Sie sind assymetrisch außen und Inennschicht enthalten andere Lipide,
Proteine etc.
Laterale Diffusion in Membranen ist gut möglich -> also rechts links etc. ist abhängig von
Membranfluidität
Transversale Diffusion (Flip-Flop) ist schwierig -> also etwas von einer Membranseite auf
andere zu brindne ist schwer. Wird durch Flippasen durchgeführt. Passiert öfter bei ER
Membran wo wir Zucker für Glykolysierungen über flippasen nach innen flippen

Permeabilität
Die biophysikalischen Eigenschaften der Bilayer sind wichtig für Funktionen der
Zelle. Wir haben untersch. Membranen mit untersch.
Diffusionsgeschwindikeiten für verschiedene Anionen und Kationen etc. =
Permeabilität Ist wichtig. Kann ich experimentell messen: nutze dafür Set up
mit Tank mit Wasser und Trennwand mit ca. 1mm Loch -> das verschließe ich
mit zu untersuchender Lipodoppelmemnran und kann nun Ionen zugeben und
Strom anschließen -> kann so Permeabilität für Ionen wie Cl-, NA etc messen.
(wie schnell sie wandern) Na hat viel geringere Permeabilität als Cl- -> wandern
also unterschiedlich schnell durch Membran eund in Zelle stellt sich darüber ein
gewisses Membranpotential ein dadurch dass versch- Ionen durch Membran diffundieren -> das kann
ich mit Elektrode eben messen -> da stellt sich aber GW ein
Außer natürlichen Potential gibt es auch noch Ionenpumpen, die ich verwenden kann um Ionen gezielt
über Membran zu tranportieren. -> der benötigt energie
Da membranpotential zusammenbricht wenn ich Cyanid zugebe (hemmt ATP = Enrgie produktion kann
ich darauf schließen, das sich sowohl natürliches diffundieren als auch
energiebenötigendes Pumpen der Ionen über Membran brauche um
Membranpotetial auzubauen

Bild zeigt Einsteleln des membranpotentials:

Tiere: Hier K+/Na´+ Transporter der 2Kalium gegen 3Natrium transportiert =
Antiporter. 2 K kommen rein gegen 3 Na die rausgehen

71
Gibt auch reine Na und K transproter
Bei Tieren können ungewünschte Ionen (ungewünscht in Cytosol) entweder in
extrazellulären Raum oder in Vakuole transportiert werden!

Transportsysteme und Membranpotential

BSP Sehen hier Pflanzliche zelle mit zusätzlich Chloroplasten habe hier jede Menge
Prozesse hier wo ich ATP hydrolysiere -> also hier brauche ich Energie um
Membranpotenziel herzustellen! Habe hier in Plasmamembran z.B meinen
Protonen-ATPase die eben jetzt ATP hydrolysiert zu ADP und Phophat und dabei
Protenen rauspumpt und genauseo habe ich andere
Protonenpumpen wie V typ ATPase, die an Vakuole sitzt die auch ATP
hydrolysiert und Protonen da reinpumpt. In Vakuole habe ich dann
durch reinpumpen der Protonen einen niedrigeren pH Wert = 5,5. In
cysotol wo, ich Protonen wegpumpe habe ich pH 7,5.
So habe ich jetzt Membranpotetial, untersch pH und untersch.
Ladungen -> ich habe also viele negative Ladungen inen und positive
Ladungen außen -> das hat daher natürlich folgen für Transport
anderer Stoffe die ich hier drinnen haeb

Transporter vs Diffusion
Wied mittesl Transporter -Carrier transpoortiert erkennt man das an
Enzymkinetik -> nicht linear wie diffusion
Diffusion durch offene Kanäle ist idealerweise proportional zu
Konzentrationsgradienten

Membrantransporter
Gibt eben viele Transporter die dann den Gradienten, Membranpotential
ausnutzen der sich heir aufbaut. 3 Klassen unterteilbar: Kanäle, Transporter und Pumpen

72
1. Kanäle:
hier geht es um Erleichterung der diffusion. BSP: Aquaporin um Wasser zu transportieren -> es könnte
auch so durch diffundieren aber geht nicht so schnell. Mit Pore dann geht es viel besser. 2.
2.Transporter/carrier
3.Pumpen beschleunigen noch weiter -> hier geht es aber immer von höherer zu niedrigerer
Konzentration = engenetisch bergab BSP wenn ich Gradienten aufbauen möchte wie z.B Na K gradient
muss ich Enrgie benützen um Gradienten aufzubauen muss z.B ATP Hydrolyse machne um Na in
Vakuole oder aus Zelle raus zu pumpen

Transporte an Membranen
Vakuolenmembran
BSP V-Typ H+ ATPase
= vakuläre ATPase -> transportiert Protonen in Vakuole (zur
aufrechterhaltung des Membranpotentials
Struktur anders als bei Plasmamembran ATPase -> ist wue F-Typ ATPase in
Mitochondrien und Cloroplasen
Umgekehrte Reaktion zu ATP synthase. -> ATP hydrolyse an V1 Teil (alpha
und Beta Ue) wird über Stab an untere Vo UE weitergegeben wo es zur
Drehung und zum pumpen Von Protonen darurch kommt
Proton Antiporter
Nutzen Ladungsgradienten und pH Gradienten -> nutze den Gradienten für
Antiporter bringen gleichezeitig rein und raus um so akkumuliere ich Na und Ca und Sucrose innen

Plasmamembran
Plasma-Membran H+ ATPase
Verschieden von V-Typ ATPase und ATPsynthase -> vgl mit Ca2+ ATP ase
Transportiert Protonen über Plasmammebran und wird bei Transport phsophoryliert

haben auch Transmembrandomäne und verschiedene helices-> ein

Teil in Cytosol und anderer Extrazelluulär haben in cytoplasma den
aktiven Teil mit aktivem Zentrum für die ATP h ydrolyse -> hier wird
ATP gebunden und hydrolysiert aber das eigentliche passiert dann in
Transmembranteil
haben also Strukur mit Domänen in Cytosopl mit ATP Bindung und
dann Aspartatrest und Argininrest in Transmembrandomäne -> haben
dann versch Konformationszustände von diesem Protein und zwar ist
es so dass wir einersteits den Kanal offen haben zum Cytosol sodass
Protonen hier reingehen können und híer Aspartatrest Protonieren und dann kann dieses Proton auf
den Arginninrest übertragen werden und dann kommt es durch ATP Hydrolyse in cytosolischem
Bereich, als an Stelle die in Protein weit weg ist von eigentlichem Transport, zur
Konformationsänderung. Die wirkt sich auf auf Teil der durch Mmebran geht so dass sich Kanal nach
außen öffnet und Proton so nach außen gehen kann. Dann geht Konformatiosnänderung wiede zurück
und proton kann wieder von Cytosol aus binden.

ATP Hydrolyse -> in Enzym

Hydrolyse = abspalten der gamma phosphatbindung bewirkt durch spezifische WW ->
Konformationsänderung in manchen Enzymen, die sehr groß ist -> so kann man es für
Bewegungprozessen nutzen -> HYDROLYSE FÜHRT IMMER ZU
KONFORMATIONÄNDERUNG!

73
ATP bindet diese Transporter meist an konservierten P-Schleifen -> sie ist diejenige die scih dann
Bewegt. Finde diese z.b in beta UE von ATP synthase, in Kinasen, Helkasen etc.

Transport von Ca2+ aus Zelle -> Ca 2+ Signaling

Warum wichtig?
Einerseits wegen Membranpotential (wie Na und K). 2. Haben viel Phosphatbasierten Stoffwechsel in
Zellen -> Zuckerstoffwechsel etc. ATP Konzentration (Phosphat) in Zelle sehr hoch. Problem ist Ca
reagiert mit phosphat gerne und bildet Ca-phosphat. Es ist seht schlecht löslich und stört zellulären
Stoffwechsel. -> Ca Konzentration daher niedrig gehalten!
Haben daher viele Ca Transporter, die viel Energie brauchen. Ca ist aber da er so niedrige Konzentration
in Zelle hat guter Signalstoff. Unter bestimmten Bedingungen können Ca kanäle geäffnet werden und
Ca schnell in Zelle strömen (Gradient hoch) -> diese erhöhte C kann druch Ca abhängige Protein als
Signal erkannt werden und sie aktivieren/deaktivieren. Z.B Muskelkontratkionen udrch Ca2+ anstieg
ausgelöst -> Aktiviett Myosin ATPase, die bindet Myosin an Actin und setzt ATP frei
(konfromationänderung)-> Kontraktion

Funktion ca2+ Transporter

Habe auch transmembrandomäne und Bereich wo ich die beiden komplexierten
Ca binden kann. Habe das ganze eben zu dieser Seite der Membran offen sodass
Ca binden kann. Habe dann an anderer Stelle in Protein (was bei
Plasmamaembranatpase) die ATP Bindung und Hydrolyse, die
Konformaitonsänderung macht und an der Seite zumacht und dann zur anderen
öffnet sodass Ca2+ wieder rauskann auf anderer Seite.

Ionenkanäle
Sind hochselektiv für bestimmte Ionen -> wie kommt das zustande
Können reguliert sein durch Liganden -> Inositolphosphat reguliert Ca Kanal
Können durch Membranpotential reguliert sein = voltage gated channel -> Spannung messbar mit
patch clamp Methode
Patch Clamp Methode -> saugt kleinen Teil der Memrban in Mikrokappilate und kann dann über diese
Spannung messen (man geht, davon aus dass man dabei nur einen dieser Kanöle z.B Na kanal
eingesaugt hat). Lege dann Spannung an und messe Stromfluss -> der ist nur da wenn Kanal offen ->
Kann testen wie groß muss Spannung = Membranpotential sein, damit Strom fließt

K Kanäle -> wie kommt es zur Spezifität

Warum transportieren diese nur Kalium. Sie haben verschiedene Transmembrandomänen und habe
Nucleotidbindingdomain = deuted auf regulierung durch Ligandenbindig hin. Transmembrandomände
formt eine Pore.
Porenbereich ist unterschiedlich bei verschiedenen Kanäle unterscheiden und hier muss also Spezifität
herkommen. Kaliumion, dass durch geöffneten Kanal will interagiert mit verschiednen Seitenketten
der Aminisöuren der Poren. Ionen haben ja prinzipiell Hydrathülle ->
diese müssen sie aber ablegen, da sie mit diesr nicht durchpassen und
dafür brauchen wir Energie -> Energie kann geringer gemacht werden
wenn Ion durch WW mit Porenkanal Seitenketten stabilisiert wird
(induced fit). Also Poren sind prinzipiell breit und mit Wasser gefüllt
und alle ionen können rein dann gibt es kleinen selektivitätsfilter ->
dort muss Hydrathülle abgelegt werden und Stabilisierungen durch
WW mit Seitenketten müssen passieren. (=wie Nadelöhr)

74
Wichtig: Ionengröße ist nicht entscheidender Punkt um durch Filter zu kommen -> Na kleiner als K kann
nicht durch K kanal. Es ist die sehr spezifische Einnspannung von Ion ind diesem Kanal und die genau
passenden WW um es stabilisieren -Glycinreste beteiligt. 4 Glycinreste ersetzen die Hydrathülle (6
H20 Molekple) WW mit anderen Ionen passen nicht bei K Kanal und z.b Na hydrathülle könnte durch
diese WW nicht entfernt werden -> Stabilisierung nicht groß genug -> Energie um Hülle zu entfernen
wäre zu groß

Transport in Kompartimente
Pflanzliche und tiereische Zelle sehr komplex -> haben viele unterschiedlich Kompartimente. Zwischen
denen müssen wir hin und hertranspotieren
Einige Kompartimente durch Endosymbiose entstanden -> Mitochondrien eintstanden als eine
Vorläuferzelle ein Alphaprotebakterium aufgenommen hat und integriert –
Chloroplasten aus Endosymbiose von Cyanobakterium entstanden
Diese 2 Organellen kodieren aber jetzt den großteil ihrer Proteine nicht mehr selbst sondern wird von
Zellkern übernommen.
BSP Chloroplasten hat 2000-3000 Proteine beinhaltet, aber nur ca 100 Proteine werden drinnen selbst
kodiert und translatiert!-> haben eigene tRNAs und Translationsmaschinerie und Proteinbiosynthese
und RIbisomen -> hier eden zentralen Komponenten der Photosynthese kodiert -> rest wird außerhalb
kodiert. (mitochondrien ähnlich)
Zellkodierte komponenten, die in Chloroplasten gebraucht werden müssen Reintransportiert werden
-> das führt zu Transporproblem
Andere Kompartimente haben sogar gar keine eigen maschinerie (peroxisomen) -> allses muss
reintranspotiert werden!

Transport in Kompartimente erfolgt dann wie folgt:

Während Proteinsynthese in Cytosol wird ja meist schon Protein gefalten -> das wird erstmal
verhindert mit Chaperoninen und ich checke die targeting sequenz, die Proteine haben die in
bestimmtes Kompartiment müssen. Jedes Kompartiment hat unterschiedliche Sequenz. Diese wird
Erkannt und lineare Sequenz wird zu passendem Kompartiment gebracht. Dort werden sie durch
Kanäle hineingelassen und weiter reinsynthetisiert -> Chaperonine ziehen es dann hinein. Und es wird
an bestimmungsort gefalten!
Target Peptid ist an N-Terminus (bei ER schon gesehen)

Spezialfall -> Thylakoide in Chloroplasten -> manche Proteine müssen speziell in Thylakoide. Dafür gibt
es dann 2. Targetingsequenz – eine für Transport in Chloroplasten, dann eine für Transport in
Thylakoide

75
 Großteil der Proteinbiosynthese in Cytosol
und Proteine verteile ich dan nauf 3 vesch.
Wege zu den verschiednene
Kompartimenten.

1) in Nukleus über Nuclear Pore Kompelx

2) mit Targetpeptid und Translokatoren
bringe ich sie in Organellen
3) vesikulärer Trasnport -> packe Proteine
in Vesikel und schicke die an Richtige stalle
-> auch bei Cell surface porteins und
Membranproteinen, Adressierung an
Oberfkäche dieser Vesikel

11.Vorlesung
Mitochondrien und ihr Stoffwechsel

Mitochondrien -> Kraftwerke der Zelle

 Haben Doppelmembran -> wurden als Endosymbionten aufgenommen =
Alphaproteobakterien und Membran behalten
 50-70 Gene in Chloroplasten selbst kodiert aber 2000-3000 Proteine (kommen aus Kern)
Haben eigene Translationsmaschinerie und bisschen anderes Codon usage
 Innere Membran wichtig -> hier haben wir funktionelle Proteinkomplexe, ATP synthase etc.
Membran enthält viel Cardiolipin
 Hat viele Metbolitentransporter -> hier viele wichtige Prozesse
 Sind flexibel und klein fusionieren manchmal und bilden richtiges Netzwerk
 Ander funktion: melden Zustand der Zelle und Energiezustand -> ist alles fit? -> wennnicht wird
CytC aus Mitochondrien Freigesetzt und leitet Apoptose ein
Zentraler Stoffwechselweg in Mitochondrien ist Citratzyklus
= Drehscheibe des Stoffwechsels weil hier Austausche mit vielen verschiedneen Stoffklassen
Stattfindet

Könne nicht nur AcetylcoA einspeisen,

sondern an jeder Stelle (wichtig da oft
was rausgenommen wird!)

76
Haben gesehen gibt verschiedene Möglichkeiten was mit Pyruvat nach Glykolyse passiert -> aerob ist
der bevorzugte Weg decarbixylierung zu AcetylcoA und dann Eingang in TCA
Vorteil: Elektronentransportkette und oxidative Phosphorylierung -> bekommen hohe
Energieausbeute!

In Citratzyklus wird Kohlenstoff oxidiert und 2x Co2 freigesetzt schrittweise und dabei energireiche
Elektronen gewonnen, Die dann genutzt werden in Elektronentransportkette. Diese werden dann
genutzt um Protonen über Membran zu pumpen und so mittels ATP Synthase Energie zu erzeugen

Eingang in Citratzyklus
Erfolgt über Acetyl-coA -> kann auf versch. Weisen hergestellt werden
1. Aus Glykolyse -> Endprodukt Pyruvat wird durch Pyruvat
Dehydrogenasekomplex decarboxyliert zu Acetyl-coA in Mitochondrien
2. Aus AS Abbau -> BSP: Alanin kann direkt über Transaminierung (Cofaktor
PLP) -> zu Pyruvat werden
3. A
4. us Fettsäureabbau – β-Oxidation -> dort werden direkt C2 =AcetylcoA
abgespalten

Wie kann Pyruvat verwendet werden?

Pyruvat kommt mittels Antiporter in Mitochondrien und trifft dort auf
Pyruvatdehydrogenasekomplex -> der macht es zu Acetyl-coA
Riesiger Enzymkomplex PDC hat 3 Enzyme und 5
Coenzyme

Enzyme:
1. Pyruvat Dehydrogenase
2. Dihydrolipoyl Transacetylase
3. Dihydrolipoyl Dehydrogenase
Cofaktoren:
1. NAD+
2. Thiaminpyrophosphat
3. FAD
4. co-A
5. liponsäure -> über Lysinrest in Enzym
verankert
Diese katalysieren die oxidative Decarboxylierung von Pyruvat -> energetische Koppelung dadurch ist
günstog und treibt das ganze an -> Co2 wird freigesetzt = Reaktion ist irreversibel! Genaue Kontrolle
Es wird NADH gebildet und Elektronen -> in Atmungskette eingeschleust

77
NAD und FAD sind Elektronenüberträger, TPP transferiert die Acetylfruppe auf Liponsöure und CoA ist
ein Acylcarrier -> kann Acylgruppe als hochenergetische Thioesterverbindugn weitergeben (Vgl GAPDH
Reaktion)
Reaktion In Überblick:

Pyruvat wird decarboxyliert -> negative Ladung muss oxidiert (NAD+) werden und wird Auf coA
übertragen – acetyl-CoA entsteht

Teilreaktionen genau:

1. Decarboxylierung von
Pyravt
Von CH Acidität getrieben
und dadurch dass ich
Ladung wieder stabilisieren
kann
Co2 geht raus

2. C2 Gruppe bleibt zurück an TPP -> Gruppe greift dann

an Disulfidbrücke des Liponamids an und kann Teil der
Brücke reduzieren -> bindet sso an Liponamid Statt TTP ->
Liponamidarm ist also Zwischenspeicher

3. Dihydrolipoly Transacetylase (E2) Übertrögt dann den

Acetylrest auf coA

4. Oxidierte Form von Liponamid wird reduziert mit FAD -

> dann das über NAD* regeneriert NADH entsteht

Zusammenfassung;

78
Reaktionen erfolgen eben in diesem
riesigen Enzymkomplex, wo wir diese
Reaktioen an einer Stelle in
unmittelbarer räumlicher nähe fixiert
haben. Habe dort diese versch
Reaktionen, liponamidarm und dieses
TPP abhängige Enzyme wo
Decarboxylierung erstmal erfolgt ->
dann wird auf Arm übertragen und
dann auf coA und letztendlich
freigesetzt. Räumliche strukut zeigt
habe innen Liponamid Arm und dort
wo ich Decarboxylieung habe ist außen
kann also unmittelbar dafür sorgen
dass ich das eine Produkt auf das
nächste übergebe und hier das
tatsächlich über den ausbgeldeten Arm von einer UE zur nächsten bringe.

Alphaketoglutarat Dehydrogenase hat ähnlichen Mechanismus

Vorteile von Multienzymkomplexen

PDC ist gutes BSP
Die Reaktionen sind diffusionseliminiert -> Produkt direkt für nächste Reaktion weitergeleitet =
optimale Katalyse -> kein Entwischen des Substrates möglich – einfach gemeinsam koordinierte
Regulation

Regulation des PDC

Kann und muss gut reguliert werden -> katalysier irreversible
Reaktion
Soll nur ablaufen wenn wirklich Energie benötigt daher ist PDC durch
hohes ATP Level inhibiert
ATP phosphorlyiert Kinase, die dann PDC phoshoryliert und
inaktiviert. Wenn wenig Ennergie da ist wird nicht inaktiviert. Gibt
auch Ca abhängige Phosphatase, die PDC dephosphorlyieren und so wieder aktiviern kann.
Acetyl-coA regulierbar -> viel da ist brauche ich nicht mehr -> hemmt PDC
Abläufe des Citratzyklus
Haben jetzt also Acetyl-coA
Citratzyklus ist Zyklus von Oxalacetat bis Oxalacetat -> er ist Akzeptor an beginn!

Also übertragen wir unser Acetyl-coA auf OAA (C4) und stellen so Citrat (C6) her. Das wird dann
schrittweise umgebaut und am Ende OAA wieder hergestellt. Es geht 2x Co2 raus und es enstehen das
kostbare NADH und FADH2! -> verwenden wir dann für Energieproduktion. Außerdem entsteht ein
ATP

1. Schritt des Citratzyklus:

Oxalacetat zu Citrat mit Citratsynthase
Kondensiere OAA mit AcetylcoA zu Citrat -> spalte
dabei Coenzym A ab
Energetisch günstig da energiereiche CitrylcoA
thioesterbindung entsteht

79
Reaktion auch über induced fit -> Bindung von OAA an Citratsynhtase führt zur
Konfomrationsänderung -> lässt Bindetasche für Substrat AcetylcoA entstehen. OAA ist an Enzym
gebunden und wird mit AcetylcoA durch HIskatalyse kondensiert. Enolzwischenprodukt entsteht ->
reafiert weiter zu CitrylcoA verbindung

2. Reaktion
Aconitasereaktion
Macht aus Isocitrat-> Citrat (Isomerisierung)
Entferne Wasser-Cis-Aconitase zwischenprodukt
wird geildet -> gebe wieder Wasser dazu ->
isocitrat

Aconitase hat Eisen-Schwefelcluster -> katalysiert

bindung von Substrat und Addition von Wasser
GW wird in Richtung Isocitrat verschoben nnicht cis-Aconitat weil das weiterverwendet wird
Katalyse erfolgt über Eisenschwefelcluster die Wasser anlagern und sie können es Polarisieren = FE ist
ja Metallion (Metallionenkatalyse. Und es aktivieren sodass es DB angreift (ähnlich Carboanhydrase

3.Reaktion
Isocitrat ->Oxalsuccinat -> α-Ketoglutarat
Enzym: Isocitratdehydrogenaase

Cofaktor NAD+ benötigt -> oxidiert zu

Oxalsuccinat zuerst; ist instabil und wird
decarboxyliert Reaktion produziert nADH und
H+
Alphaketoglutarat hat viele Verknüpfungen zu anderen Stoffwechselwegen

4. Reaktion
α- ketoglutarat -> SuccinylcoA
Enzym: α-Ketoglutarat-dehydrogenase
Produziert NADH Speicher Energie der Oxidation in der
Thioesterbindung von SuccinylcoA = Bindung mit hohem
Energieniveau. Das verwendete Co-substrat coA bleibt
gebunden. Wieder Decarboxylierung -> Co2 abgespalten
Reaktion sehr ähnlich zu Pyruvatdehydrogenasereaktion

5.Schritt
Succinyl-CoA → Succinat
Enzym: succinyl-coA synthetase
Nutze hier die energiereiche Thioesterbindung von
SuccinylcoA -> Produziere durch
Substratkettephosphorylierung GTP (übertrage
phosphat auf GDP) CoenzymA abgespalten (regenerieren ich)

80
Reaktion der Succinyl-coA synthetase ist in 3
teilreaktionen unterteilt
Ähnlcih GAPDH

Regeneration von OAA jetzt!

6. Reaktion
Succinat -> Fumarat
Enzym: Succinatdehydrogenase
FADH2 entsteht -> die Reduktionskraft können wir auhc wieder in Elektronentransportkette nutzen
wie NADH

7.Reaktion
Fumarat -> Malat
Enzym: Fumarase
Leicht reversible hydratisierung

8.Reaktion
Malat -> OAA
Enzym: Malatdehydrogenase
Können 2 Elektronen un Protonen übertragen – gewinnen NADH
Akzeptor OAA wurde regeneriert!
Reaktion ist genetisch ungünstig -> aber nächste mit Citrat synthase ist günstig -> Treibt zyklus voran!

Zyklus: gewinnen GTP, 3 NADH und 1 FADH2 und Elekronen

81
Regulation des Citratzyklus
An PDC (schon gesehen)
Auch gut an Übergang isocitrat zu Alphaketoglutarat machbat und bei Reaktion zu SuccinylcoA -> viel
ATP inhibiert hier

hier haben wir auch ein BSp für Substratkanalisierung -> unterscheidet sich aber von dem was wir
gesehen haben bei Pyruvatdehydrogenase

82
denn sieht man sich gekoppelte
REaktion an = eingang in
Citratzyklus aso von OAA zu CItrat
wenn ich citratsynthaseraktivität
messe in Reaktion mit der
Malatdehydrogenase und frage
wieviel dieses INtermediats kann
ich rausnehmen wenn ich
Konkurrenzreaktion mache wenn
ich anderes Enzym dazu gebe wie
GLutamat aspartat
aminotrasnferase würde ich
erwarten wenn es gleiche
Affinitäten sind je mehr ich von
dem Enzym dazugebe desto
weniger geht Richtung Citrat raus hier haben wir gesehen kommt darauf an wie gut diese
ennzyme sind ob es diejenigen sind die normalerweise auch in selbem Kompartiment arbeiten wie hier
in MItochondrien oder ob es welche sind die normalerweise in cytossol oder mitochondrien sind dann
stelle ich fest habe ich die Enzyme die in selbem Kompartiment sind passen die so gut zusammen dass
ich von dem konkurrenzenzym sehr viel mehr dazusetzen muss bevor die Reaktion runtergeht -> OAA
intermediat wird offensichtlich nicht freigesetzt und kann so nicht so leicht weggeschnappt werden
muss also sehr deutlichen Konkurrenzenzymüberschuss dazu geben um wirkubg zu sehen und das
ganze ist abhängig von der Ladung d.h wenn ich einfach das ganze in Puffer mache wo kein glycerin
merh drinnen ist um protein ptorien WW zu stabilsieren sondern mehr salz dazugebe was dazu führ
dass proteine eher dissoziiieren sehe ihc unterschied nochot mehr -A> erklärbar damit dass wenn man
oberflächenladungen ansieht auf Enzymen haeb ihc im großen und ganzen gleihce globale Form von
den Enzymesn aber die oberflächenladungen sind genau gegenteilig! bei citratsynthase habe ich auch
positive Ladungen die zu aktivem zentrum führen dass führt dazu dass Enzyme in komplex sind was
dazu fürht dass daruch diese positiven Ladungen auch Intermediat einfach nicht freigesetzt wird noch
nicht so weit wie bei PDC wo alles genau weitergereicht wird und versch UE in einem sind -> sondern
hier reichen posivite Ladungen aus um das OAA was als Dicarbonsäure negativ geladen ist hier zu
behalten -> kanalisierung

12.Vorlesung
Elektronentransport und ATP-Synthese
Wir brauchen viel ATP! (83kg ATP pro Tag) -> ATP wird auch oft recyclt ca 300 mal pro Molekül
ATP Herstellung durch Glykolyse alleine reicht nicht aus -> daher oxidative Phosphorylierung (TCA+
Elektronentransport) in Mitochondrien

Elektronentransport -> Redoxpotential ist Triebfeder des Elektronentransports

Was gibt eher die Elektronen her?
Sehen uns Redoxpotential in biomechischem Verlauf an mitochondrialer Elektronentransportkette.
Wir generieren bei Biochemischen Vorgängen oft NADH =reduziert und gibt leiccht Elektronen ab und
hat daher deutlich negatives Reduktionspotential an anderem Ende des Spektrums haben wir anderes

83
Extrem -> wenn wir oxidieren Dann mit Sauerstoff und der möchte
gerne Elektronen haben! Gehen also von Reduzierter -> Oxidiertester
Form

#Dazwischen sind die Komponenten der Elektronentransportkette

einzuordnen -> NADH mit negativstem Reduktionspotential -> dann
FMN(Flavinmononukleotid) dann Eisenschwefelkluster ann versch
Komponenten oft Häm -> genaue Redoxpotential kann modifiziert
werdenje nachdem was in Protein eingelagert ist daher gibt es Häm
mit höherem und niedrigeren Redoxpotential -> kann also von
höherem -> niedrigerem auch Elekronen übertragen -> genaue Weg
für Elektronen durch diese Elektronentransportkete ist also durch
immer niedriger werdendes Redoxpotential vorgegeben. (extra
dahingehend modifiziert) Es geht hier stark bergab -> kopple das noch
an anderen Prozess = Protonenpumpen -> Es steckt viel Energie
drinnen die wir nutzen als Triebkraft und treiben damit ATP Synthese
an!

Glykolyse produzuert Pyruvat -> und ein wenig ATP; Pyruvat umgewandelt in AcetylcoA und in
Mitochondrien in Citratzyklus verheizt, produzuert auch ATP/GTP aber v.A NADH und FADH2 -> das
nutzen wir dann um es in Elektronentransportkette zu pumpen von Elektronen und machen
Protonengradienten -> Bewegung des PRotonengradienten verwenden wir zur ATP synthese!
Müssen viele Protonen sammeln -> Elektronentransportkette
muss stark bergabgehen (schrittweise oxidieren) ->um Energie
zu konservieren gekoppelt an Memrbanpotential. Habe
Ladungsttrennung über Membran ist reine Ladung die
getrennt ist (+ eine Seite und – andere) aber auch delta pH ->
der betreibt Protonenpumpen -> gemeinsam ergeben die
Prozesse die Protonenmotorische Kraft (PMF) die ich dann
nutze um ATP herzustellen

Elektronenüberträger NAD+/NADH und FAD/FADH2

NAD schon gesehen

FAD/FADH2
Bei succinat -> fumarat
FAD-> FADH2 2elektronen und 2 Protonen aufgenommen = 2
Elektronenüberträger!
FAD -> FADH2 Reduktion braucht weniger energie als NAD->NADH
also wenn wir weniger Energie nur zur Verfügung haben
(succinatdehydrogenase) machen wird das.
Innerhalb von Membrankomplexen kommt es oft als FMN
(Flavonmononukelotid vor) -> kann man auch reduzieren zu
FMNH2

Gibt also Elektronentarnsporter mit 1 und 2 Elektronenübergängen!

84
Elektronentransportkette

So sieht sie in Mitochondrienmembran aus->

oben NADH und am Ende übetragen wir das
auf Sauerstoff

4 große Komplexe -> bilden Supramolekularen

Komplex = Respirasom

Komplex I -NADH quinon oxidoreduktasekomplex

Bekommt Elektronen als NADH geliefert und habe ein FMN FeS Cluster im inneren -> Redoxpotential
geht bergab. Docke NADH ann und gebe Elektronen ab -> NAD+ entsteht
Übertrage die Elektronen auf Ubiquinon
Beim fließen über FMN und Eisenschwefelcluster werden hier auch 4
Protonen gepumpt (viel Energie wird frei dadurch, dass ich Protonen
aufnehmen mit Elektronen bei Komplex III) und 2 aufgenommen um
sie mit auf Quinon zu übertragen

Komplex II -> Succinatdehydrogenasekomplex

Es ermöglicht FADH2 einzuspeisen
Ist Enzym des Citratzyklus und Membrangebunden. Succinat bindet daran und es verwendet FAD und
macht FADH daraus um Fumarat zu machen. FADH“ wander dann über FeS Cluster zu FAD oxidiert
und Elektronen auch auf Ubiquinon übertragen ->wird reduziert
Da wir hier energetisch niedriger einsteigen als bei NAD (niedrigeres Reduktionspotential) können wir
hier keine Elektronen pumpen

Ubquinon
muss von struktur so sein dass es mit komplexeninteragieren kann und löslich in Membran sein ->
haben 10 Isoprenreste (C5) dranhängen an Ubiquionon -> ermöglicht einbetten in Membran

bekommt Elektronen von Komplex I und II und wird zu Ubiquinol reduziert

geht in 2 Schritten -> Ubiquinon (ox. Form) wird mit einem Elektron und einem Protin zu Semichinon
reduziert -> dann weiteres Elektron und 2 Protonen zu Ubiquinol (red. Form). Ubiquinol auch Coenzym
Q genannt.

85
2 Protonen werden hier auch aufgenommen -> dadurch kommt es in anderem Teil des Enzyms =
Komplex I zu pumpen von weiteren 4 Protonen über Intermembranteil

Komplex III - Ubiquinol-Cytochrom-C-Oxidoreduktase

Ubiquinol-Cytochrom-C-Oxidoreduktase übertägt dann Elektronen und Protonen von Ubiquionol auf
Cytochrom C. Dafür Bindet Ubiquinol und wird oxidiert -> geht dann über FeS Cluster und Häm zu
Cytochrom C
Cytochrom C
Kann Eisen (II) und Eisen (III) haben -> als ist Ein-Elektronenüberträger kann Eisen 3 zu Eisen II
reduzieren – dafür brauche ich nur ein Elektron. Da Cytochrom C nur eines der 2 Elektronen der
Reduktion von Ubiquinol aufnnimmt -> parke ich es zwischen in Komplex II wo ich quinon innen
gebunden habe dass ich damit zu Semiquinon reduziere. -> wenn noch ein neues Ubiquinol reinkommt
kann ich Semiquionon mit überiggebliebenem Elektron zu Ubiquinol machen- Das gebundene Quinol
kann ich dann auch wieder oxidieren und Cytochrom C Elektronen geben-
Cytochrom C ist kleines Protein -> bewegt sich leicht zwischen Komplex III und IV Und bring Elektron
so dorthin und übertrage es zu Komplex IV. Übertrage Elektronen hier auf Sauerstoff -> Das ist
thermodynamisch so günstig, dass ich Protonenpumpen anwerfen kann und 4 Protonen über
Membran pumoen.

Komplex IV Cytochrom-C Oxidase

Katalysiert dann die Reduktion von Sauerstoff zu Wasser
Enzym hat Bindestelle für Sauerstoff wird festgehalten und lektronentransportkette sorft für
Pbertragung in richtige Richtung -> e- Werden Übertragen. Um H2O herzustellen generiere ich 4
chemische Protonen -> steckt viel Energie drinnen sodass ich 4 andere Protonen über Membran
transportieren kann! Es entsteht H20!

Bei Elektronentransportkette in Mitchondrien können ROS entstehen -> wo Sauerstoff eingespannt ist
zwischen Fe und Cu und wir langsam reduzieren -> hier entsteht auch peroxid - >wird weiter zu Wasser
aber kann auch ROS entstehen daraus auch Superoxid und brauhce dann auch reduziertes Glutathion
-> passiert das nicht können Komplexe geschädigt werden und Cytochrom C wird Freigesetzt -> ist
dann Zeichen für Apoptose und Zelle wird abgebaut

Respirasom liegt nahe beisammen sodass keine weiten wege entstehen!

86
Zusammenfassung haben Komplex I wo wir nADh oxidiern und ELktronen transportieren und 2h+
mitnehen zu Ubiquinon -> machen Ubiquinol daraus. Können auch Elektronen über Komplex II
einspeisen (FADH2). -> Ubiquinol geht zu Komplex III wird oxidiert und liefert Elektronen ab -> werden
auf Cytochrom C übertragen -> das transportiert weiter zu Komplex IV wo wir das ganze oxidieren. Der
überträgt Elektronen dann auf Sauerstoff -> verbrauchen dabei chemische Protonen und können auch
welche über Membran Pumpne

Nutzung des Gradienten

-> Durch Protonenpumpen bauen wir pH gradienten auf den wir nutzen können = Proton motif force
um ADP -> ATP umzuwandeln Mit ATP synthetase.
Auch Ladunggradient treibt PMF an

ATP Synthase
F1 Teil oben, FO unten in Membran

In F1 Teil haben wir alpha und beta UE, in Beta UE haben wir ATP
synthese. -> haben dort vorerst ADP+Phosphat gebunden.
Die Bildung von ATP ist hier gar nicht das große Problem ADP+P->ATP
geht öfter hin und her zwischen den beiden. Beta UE bringt die beiden
so gut in räumliche Nähe, dass Knüpfen nicht viel Energie braucht.
(Übergangszustand gut stabilisiert) -> Freisetzung von ATP ist der
kritische Punkt -> hier wird Konformationsänderung gebraucht
Diese passiert eigentlich in FO Teil = Transmembrandomäne (in
Membran verankert) hier haben wir C Einheiten, die rotieren können.
Habe auch a Teil in Membran -> ist fest und mit Stator verbunden. Der
in F1 Teil reicht. In a teil habe ich einen Aspartatrest (hydrophil) in
einem versertzen Halbkanal. Hier kann ich Proton auf einer Seite
reinziehen. H+ haben wir ja viel, da wir Gradienten erzeugt haben.
-> drinnen wird H+ auf Aspartatrest übertragen -> erst wenn die Übertragung stattfindet beginnt
Rotation! -> C Einheiten rücken um eins weiter und H+ kann auf anderer Seite freigelassen werden ->
durch hohen Protonengradienten habe ich Druck Protonen über Membran zu transprotieren und diese
Synthasen sind einzige möglichkeit Protonen rüberzubringen! Daher treiben Protonen diese Rotation
an (wie Trubine) -> das induziert Drehung die über Rotator weitergegebn wird, der in alpha und Beta
UE des F1 Teils reicht wo ATP gebunden ist. Stamm rotiert nicht beta UE! Kommt dann oben zur
Konformationsänderung und wir können ATP freilassen. (ADP+P-> ATP)

CHemiosmosetheorie
Binding Change Mechanismus -> Hypothese kommt von Messungen die eben zeigen, dass ADP+P ->
ATP nicht Problem ist, da durch UE schon so gut angenähert. Experiment mit gelabeltem Phospaht
87
gemacht und hat festgestellt, dass ATP nicht immer gamma Phosaphat gelabelt war! Sollte man ja
annehmen wenn man Phospahtgruppe auf ADP überträgt -> zeigt es geht öfter hin und her zwischen
den beiden Stadien und Konforamtionsänderung nicht so dringend für Reaktion zu ATP gebraucht.
Freisetzung ist Problem. Lange nicht geglaubt -> weiß ja man braucht Substratkettenphosphorylierung
und energireiche Intermediate um ATP herzustellen (aus glykolyse).
Dann Experiment designt um herauszufinden -> Reaktion müsste ja in beide Richtungen funktionieren.
Hat in oberem Teil eine ATP dazugegeben müsste ja Konformationänderung machen und dann Drehen
der gamma UE machen -> hat das ganze immobilisert und dann an gamma UE fluoreszierendes
Aktinfilament genetisch gebaut und angesehen wie es sich bewegt! Also Konformationsänderung oben
durch ATP binden oben führt zu Drehung unten! Rotation dabei ist in F1 teil eben innen und nicht
außen!

ATP synthese passiert an Spitze der Cristae der inneren Mitochondrienmembran ->
Christae weil großer Komplex (oft auch als dimer)

PMF oder Kraft des Protonengradienten ergibt sich eben aus delta pH und den
Ladungen -> haben unterschiedliche Ladungen auch über Membran trasnportiert und rein!
Haben viele Transporter und Carrier in innerer mmbran
PMF kann auch bei Bakterien zb Rotation der Flagellen antreiben!

13.Vorlesung
Photosynthese I
Lichtreaktion
Auch bei Photosynthesereaktion geht es primär darum Elektronen zu transportieren über eine
Transportkette und dabei Reduktionskraft zu erzeugen und ATP das wir dann nutzen könnne.

Haben also letztes Mal gesehen wie wir in Mitochondrien Energie gewinnen durch Oxidation von
Subtraten -> also letztendlich NADH generieren aus Acetyl-coA und dann über
Elektronentransportkette nutzen um Protonengradienten herzustellen, den wir zur ATP synthese. Fällt
dabei CO2 und wasser an.

Heute schauen wir uns entgegengesetzten Prozess an = wie Pflanzen in der Lage sind aus CO2,
Lichtenergie und Wasser -> Kohlenhydrate herzustellen und Energie zu gewinnen -> damit ist viel
verknüpft -> eine der wichtigsten sachen ist dass Leben so wie wir es heute auf Erdde vorfinden erst
möglich wurde nach "erfinden" der Photosynthese. Davor hat es eben überhautp keinen sauerstoff in
der atmosphäre gegebn -> ersten photosynthetische Zellen waren z.B cyanobakterien haben erstes O2
freigestzt. Viel später kam es dann zur Verbreitung der Prozesse die wir beim letzten Mal gesehen
haben -> Energie über oxidative phosphrylierung ist viel effektiver dafür brauchen wir aber sauerstoff
d.h das wurde erst möglich nach O2 herstelllng -> dann kam es zur entwicklung der ersten
endosymbiosen = ersten eukaryotischen Zellen und damit zum Anstieg der Sauerstoffkonzentation auf
die Menge die wir heute finden (20%). Nicht nur für uns wichtig da wir O2 brauchen zum Atmen
sondern auch bei anderen Prozessen wichtig.
Co2 fixierung und Photosynthese haben sich eben entwickelt als es wenig O2 in atmosphäre gab

Pflanzen leben Autotroph

In photosynthetischen Zellen nutzen wur CO2 Fixierung und Wasserspaltung um Energie
berreitzustellen O2 fällt als Abfallprodukt an und wir stellen Kohlenstoffverbindungen her unter
Lichteinwirkung

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Pflanze besteht nicht nur aus Zucker > sondern haben enge Verknüpfung zum weiteren
Kohlenhydratstoffwechsel = auch Zellulose für Zellwand aber auch N Stoffwechsel jegliches N den
wir in organischen Molekülen finden , AS z,b wir dudrhc GS GOT Zyklus in Chloroplastne fixiert und
wir sehen auch S-Stoffwechsel udn AS-Stoffwechsel undterscheidet sich da ganz startk -< seehn auch
was zur synthese von essentiellen AS und Vitamien und auch plfanzlicher sekundörstoffwechsel ust
daran gekoppelt

Photosynthese
-> findet statt in Blättern in Chloroplasten

In Chloroplasten haben wir noch weiter Unterteilung in verschiedene

Reaktionsräume -> umgeben von Doppelmembran. Stroma = Löslicher Teil (wie
mitochondrienmatrix) und grana und Stroma und t hylakoide!

Junge und alte Pflanzentellen unterscheiden sich

Junges Pflanzengewebe hat wenige Chloroplasten -> Vakuole noch nicht so dominatn
Ältere Blätter -> riesige Vakuole (Speicherorganell und Zellturgor) und Chloroplasten machen Großteil
der Zelle aus -> viel Photosynthese und auch Synthese von Stärke, Lipiden und AS

Chloroplasten entwickeln sich lichtabhängig -> ohne Licht keine

Photosynthese und keine Ausbildung der Komplexe, die wir für
Photosynthese brauchen. Wir haben Lichtsammelkomplexe für
Photosynthese in Thylakoiden (Chloroplasten), die Chlorophyll (grün)
beinhalten und letzte Schritte der Synthese von Chlorophyll ist
lichtabhängig. Keimen Pflanzen also ohne Licht -> wachsen sie zwar aber
ergrünen nicht. Nutzen gespeicherte Stärke aus Keim etc um zu wachsen
=heterotrophe Lebensweise. Switchen dann zu Photosynthese= autotroph
(lichtabhängig)
Bei Ergrünung ändert sich ganze Struktur der Chloroplasten -> wird von
Epiplast zu Chloroplast. Sind vorher noch keine richtigen Grana- und Stromastapel ausgebildet sondern
Prolaminkörper -> unfertige Memrbanen. In fertigen Chloroplasten finden wir dann große Grana und
Stromastapel und Thylakoidstapel -> haben jetzt hier Proteine (Lichtsammelkomplexe) eingelagert.

Kann zusätzlich in Blatt auch Farbstoff einlagern -> Chromoplast (Blütenblatt) oder auch Stärke
einlagern -> wird zu Amyloblast

Chlorplasten haben viele Aufgaben -> nicht nur Photosynthese. Sind aber meist mit Photosynthese
verknüpft
 Co2-Fixierung -> fixieren Kohlenstoff aus Luft (CO2) – machen ihn zugänglich!
 Kohlehydrate -> haben Energie gewonnen durch Reduktion in Photosynthese -> nutzen wir um
Kohlehydrate aufzubauen
 Aminosäuren herstellen nach N und S fixierung
 S-Stoffwechsel und N-Stoffwechsel -> sowohl S als auch N liegen in umgebung (durch hohen
O2 anteil alles oxidiert) v.a oxidiert vor -> Pflanzen reduzieren Sulfat (ox) und Nitrat (ox) damit
ist es möglich es in organische Stoffe einzubeuen und AS herzustellen
 Lipide (ungesättigt)

Transport in Chloroplasten
Brauche hier auch gerichteten Transport um Produkte der pohtosyntehse zu exportieren

89
Photosynthesereaktion
In Chloroplasten haben wir Granathylakoidstapel -> an Rändern dieser sitzen die ATP syntasen. Innen
auch Lumen. Thylakoide haben viele Galactolipide in Membran -> nicht so viele Phospholipide, weil
Phoshpat limitierend.
Photosynthese wird funktionell zwischen diesen Räumen unterteilt und habe hier Prozesse des
Elektronentransorts und der Photophosphorylierung durch ATP synthase an Membran und CO2
Fixierung in Calvinzyklus. ( ist nicht Dunkelreaktion wie oft beschrieben da nur funktioniert wenn
Lichtenergie zur Verfügung steht -> nur dann haben wir genug Redoxpotential, der
elektronentarnsport refuliert um zu Fixieren)

Räumliche Unterteilung:
Stroma haben wir Calvinzyklus, KH stoffwechel etc.
Thylakoiden haben wir Elektronentransport und Wasserstpalten und ATP Synhtese

Lichtabsorption
Bei Photosynthese wird Licht absorbiert.
Verschiedene beteiligte Pigemente
absolbieren in verschiednen Bereichen.
Chlorophyll A und B, Bakteriochlorophyll,,

Chlorophyll hat Tetrapyrrolring mit Mg in

aktivem Zentrum -> langer Rest für
Membranlöslichkeit

Gibt auch noch Carotinoide wie betacarotin

und auch Bilinpigmente -> in Algen

Messungen über Sauerstoffentwicklung -> bestrahlt Pflanzenschicht mit Spektum an Licht darüber
lasse ich in Gefäß Bkterien Schwimmen, die O2 brauchen-> Bereiche außer grünem Bereich kam es zur
Sauersstoff entwicklung -> dort akkumulierten Bakterien also wird in den Bereichen Absorbiert -> aber
gibt Grünlücke

Billinproteine BSP Phycobilisomen -> besonderer Trick den manche Rotalgen angwenden um
Grünlückce zu schließen.Sie ragen aus Thylakoidoberfläche heraus und leiten Lichtenergie zu
Reaktionszentren weiter. Sie absorbieren in grünem Wellenlööngenbereihc licht (können Chlorophylle
etc. nicht) und schicken so weitere Energie aus dem grünen Bereich in Reaktionszentrum. Vorteil wenn
ich in Wasser mit anderen Algen konkurrieren muss

Zuerst dachte man:

Alle Lichtabsorption passiert in Photosystem I
liegt als trimer in Membran vor mit sogenanntem Antetnnenchlorophyl -> hat also einerseits
die Proteinketten und auch sehr viele chlorophylmoleküle fest daran gebunden! -sieht auch
ein paar carotinoide da drinnen

Ein Photosyste m absorpiert bei ca 680 nm Licht und anderes bei 700 nm.

Struktur Photosystem: Sie absobieren Licht

In photosystemen habe ich also diese proteinkomplexe mit Portein und chlorophyll das dann dazu
führt dass in Reaktionszentrum Elektronen auf ein hohes Energieniveau angehoben werden können
Wichtig: Habe nicht nur ein einziges Reaktionszentrum, dass Lichtenergie absorbiert, sondern große
90
Lichtssammelkomplexe haben. Habe also effektive Oberfläche die
ich nutzen kann um Lichtenergie einzufangen = Photonen zu
gewinnnen. Brauche Photonen um Electron anzuregen.

Energie, die in Licht steckt ist umgekehrt proportional zur

Wellenlänge = je kürzer Wellenlänge desto mehr Energie steckt
drinnen. Sehe ich mir also Lichtsammelkomplexe an wo ich viele
Chlorophylmoleküle habe, die nebeneinander liegen und ich
möchte gerne die Energie die ich weiter außen einfange nach innen
weiter übertragen um innen dann Elektronen anzuregen. Daher
muss es von außen nach innen energetisch bergabgehen.
Wellenlänge muss sich also immer ein bisschen verschieben wenn
das eine das andere anregt d.h Energie wird immer etwas in
längerwelligen Bereich hineinverschoben.

Zentrum des Lichtsammelkomplexes:

haben letztes Mal gesehen wie ich durch Modifizieren der EisenS cluster Art Treppe bauen kann und
so genaue Redoxpotential bestimmen kann (immer weniger Reduktionskraft) -> kann so
Elektronentrasnport in ganz genau gerichtete Richtung schicken (energetisch bergab)
Passiert hier auch bei Lichtsammelkomplex -> absorbierte Spektrum abhängig davon wie ich das
aufbae Das nutzen wir hier in Lichtsammelkomplex und moduliere das so, dass ich außen in
kurzwelligstem Bereich absorbiere (Moleküle, die dort sitzen absorbieren dort) und die weiter innen
sitzen absorbieren in längerwelligen Bereichen -> Energie geht bei Resonanztransfer verloren über
Schwingungen -> Licht wird längerwelliger -> so kann ich von außen nahc innen Energie über
Resonanztrasnfer übertragen -> geht so energetisch bergab zu Zentrum! -> Lichtenergie aus großem
Bereich kann eingefangen werden

Konzentriere das dann auf Dimer von chlorophlyllmolekülen A, das ic in aktiven Reaktionszentrum
habe -> IMMER Chlorophyll A hier! Überträgt die elektornen dann weiter auf Elektronenakzeptor

-> nutze meine 2 Photosysteme die ich

habe -> PSII absorbiert bei 680nm und PSI
bei 700nm. Absorption in Realität weicht
ein wenig von diesen idealwerten ab!
Bilde hier also Trichter Elektronin
Photosystem II wird zuerst angeregt und es
geht weiter zu Photosysteme I -> dort wird
es wieder angeregt mit
Lichtsammelkomplex

Wir haben jetzt Lichtenergie, die wir von außen über

Lichtsammelkomplexen sammeln, die wir dann zu diesem
speziellen Chlorophyllpaar leiten (chlorophyl A Paar in PSI und
PSII) von da an habe ich wieder eine richtige
Elektornentransportkette -> ich gebe genau weg vor -> Ich
schalage ihc da ein elektron raus aus dem Chlorophyll A Paar, dass
wird dann über Elektronentranportweg rauftransportiet wieder
Phätophytin und fest gebundenem (heißt hier Plastochinon nicht
ubiquinon) -> wird zu Plastoquinol (schneller Prozess)

91
Das Plastoquinon transportiert Elektronen dann zur nächsten
Komponente = langsamer Prozess

Bei herausschlagen -> kommt es zur ladungstrennung -> wenn ich hier
negative Ladung rausschlage bleibt hier positive Ladung zurück -> habe
quasi Elektronenloch jetzt bei Chlorophyll A. Loch wird vorläufig durch
Elektron von Protein D1 gestopft. Holt Elektronen dann wieder aus
Wasser Zurück (von Wasserspaktendem Enzym)

Habe Mangancluster in D1 Protein -> Elektronenloch muss augefüllt

werden. Mangan in Cluster wird durch Ca und Mg stabilisiert.
Mangan hat Redoxstufen +2-+7 Lichtenergie kommt rein schlägt Elektron raus -> wird von
Typrosinrest des D1 genommen -Cluster liefert es nach. Passiert 4 mal (4 Elektronen, da wir soviele
Brauchen umm wasser schrittweise zu oxidieren (spalten)

Wasserspaltung in Photosystem II
IN PSII oxidieren wir langsam Wasser und gewinnen dabei Protonen und
Elektronen -> Lichtenergie wird hier eingefangen von Dimer aus
Chlorophyll A in reaktiven Zentrum -> Elektron herausgeschlage wird über
Phätophytin -> Quinon zum austauschbaren Quion Transportiert und
Wasser wird eben oxidiert -> Sauerstoff dabei produziert und Protonen
werden frei auch reduziertes Plastoquinon = Plastiquinol bereitgestelt
Protonen werden in Thylakoidlumen entlassen!

Was passiert mit Elektronen von Plastochinon?

Cytochrom-b6-f Komplex oxidiert im Q-Zyklus Plastoquinol zu quinon -> dabei
werden 4 Protonen in Thylakoidlumen transportiert. Plastocyanin überträgt
Elektronen dann weiter von Cytochrom-b6-f-Komplex auf PSI
(Plastocyanin übernimmt quasi Rolle des Cytochrom Cs)

PSI -> Reaktion

Elektron wird abgegeben und selbe passiert wie bei PS II -> Lichtsammelkomplexe sammel Licht ->
kommt zur Anregung – herausschlagen, Elektronenweitergabe etc. genau vorgegebender Weg für
Elektronen durch Protein über Schwefelcluster bis Ferodoxin
Ferrodoxin
Hat auch 2 Fe2S Cluster und damit kannn es die Elektronen von PSI auf Ferrodoxin NADP reduktase
übertragen die die 2 dann nacheinander über FAD-FADH2 auf NADP+ überträgt -> NADPH

Lichtschutz

In Zentrum wird Chlorophylldime auf höheres Energielevel gebracht um Elektronen dort

rauszuschlagen. Photonen entstehen!

=Potentielle Gefahrenquelle -> könnte hier zu viele Photonen ansammeln und sie fließen nicht schnell
genug ab – passiert wenn Elektronentransportkette nicht richtig funktioniert

Lichtsammelkomplex muss etwas anderes mit Photonen machen -> kann es wieder auf tiefes Niveau
fallen lassen und Energie als Schwingungsenergie und Hitze abgeben oder kann Runterfallen und

92
Fluoreszenz-Lichtenergie abgeben -rotes Licht -> funktioniert hier nicht alles gut kann der
Proteinkomplex dabei geschädigt werden! -> besonders D1 Protein in Komplex anfällig – wenn viel
Licht sehr kurzlebig (12 minuten) muss oft neu synthetisiert werden. Daher ist seine Snyhtese noch
direkt in Chloroplasten (kodiert in Chlodoplasten DNA) -> schnelle Reperatur

ROS kann entstehen

Kann auch single oxygen entstehen -> z.B kann an Photosyste I Hydroxylradikal gebildet werden. Kann
durch Superoxiddismutase umgewandlet werden zu Superoxid) und brauche dann reduziertes
Glutation um zu entgiften. – funktionier das nicht wird Apoptose eingeleitet
(auch bei Elektronentransportkette in Mitchondrien können ROS entstehen)

Lichtschutz mit Carotinoiden

Um eben Schädigung zu verringern -> nutzen wir Xantophylle = oxidierte Form der Carotinoide
BSP Violaxanthin
Es funktioniert quasi als Blitzablieiter -> sind da Elektronen, die sich auf Sauerstoff übertragen würden
und reaktive Sauerstoffspezies machenen würden kann dieses Xantophyll =Carotinoidform sie an ihre
DB addieren -> Epoxid entsteht
Epoxid kann dann über Xantophyllzyklus wieder regeneriert werden – dafür brauchen wir Ascorbat
(VitC)

Zusammenfassung: Baue Elektronentransportkette zusammen.

Beginne hier mit PSII elektorn wird hier herausgeschlagen
nachgefüllt aus dem Wasserspaltenen enzymkomplex = oxygen
evolving komples und geht dann über die
Elektornentrantportkette zum Quinon das überträgt es dann zu
cytochrom B6f complex der dann auf Plastocyanin so weiter zu
PSI -> dann wieder angeregt und geht wieder über kette bis zum
Ferrodoxin und über dieses und Ferrodoxinredukatse wird NADP
zu NADPH rediziert d.h so kann man sich diese KEtte vorstellen
Es bildet sich durch da pumpen von Protonen bei Cytochromb6
Komplex und PSII Wasserspalten auch ein Prtonengradient aus. -> pH Unterschied. Gradient über
biologische Membran wieder.

Protonengradient und Ladungsgradient hier nur andersrum wie bei Mitochondrien -> will protonen in
Lumen (transportiere sie dorthin bei elektronentrasnportkette) und lasse sie dann über ATP synthase
raus -> bei Mitochondrien pumpe ich sie in Intermembranraum und kann sie dann wieder
hereinlassen
Protonengradient veranwortlich für ATP synthese = Chemiosmosetheorie
Beweis: Hat Thylkoide in Puffer mit niedrigem pH in kubiert eine zeit lang sodass sie sauern pH hatten
hat es dann abzentrifugier und in Puffer mit höherem pH inkubiert und dann ADP dazugegeben und
radioaktives photphat und fand dann, dass er auch in dunklem ohne licht ATPSynthese machen konnte
-> hat also gesehen ma nbraucht da eben nicht Lichtenergie sondern pH gradient reicht aus dass war

93
der grund dafürdass man es hier gut zeigen konnte> dass hier wo pH gradient so hoch ist und es os als
Modell dafür sehr gut verwenden konnte
ATPsynthase in Chloropalsten ist zusätlich noch Redoxreguliert -> zusätzlich UE – aber Prinzip der
Synthse gleich!
Darüber kann ich Assoziation von Lichtsammelkomplex zu PS regulieren -> viele
Enzyme in Chloroplasten sollen nur aktiv sein wenn Licht da ist = Photosynthese
läuft. = also in reduzierender Umgebung. Kann das über Thioredoxin regulieren ->
es reduziert die Disulfibrücken von Enzymen der Photosynthese und zwar so dass
sie nur dann aktiv sind wenn Lichtenergie da ist und ich Reduktionsäquivalente zur
verfügung habe und ich Calvinzyklus betreiben eill! BSP für solche regulierten
Enzyme = Rubisco, Phosphatasen des Calvinzyklus

Unterschied zu Energiegewinnung in Mitocohondrien -> passes den

Elektronentransport an Photosynthese an (schnelle -langsame Prozesse) ->
langsamer Transport zwischen Komponenten nach schnellem Befinn -> gib
Anpassungsmöglichkeiten

BSP Zyklische Variante des Elektronentransports kann also von PSI wieder zu Cytochrom-b6f-oxidase
zurückgehen und dort wieder E- einspeichern -> Zyklus mache ich wenn ich mehr Protonen pumpen
bzw NADP nicht schnell genug loswerde!

NADPH ist nicht endgültiger Akzeptor -> ist nur Zwischenspeicher bevor ich es auf CO2 übertrage um
Kohlenstoff zu reduzieren und haben Pflanzen bei großer Hitze ohre Stomata geschlossen um
Wasserverdunstung zu vermeiden -bekommen wir auch weniger CO2. Haben dann meist viel Licht ->
und Elektronen und könnte viel NADPH machen aber endgültier Akzeptor fehlt. -> hier transportiert
man lieber im Kreis bevor nicht genug Co2 vorhanden ist -> Energie ist ja da können wir nicht abdrehen
(vgl zu 2. Einspeisen wie es bei Komplex II in Mitochondrien funktioniert)

Elektronentransport -> Angriffspunkt für Herbizid

Ist ja essentiell für Pflanzen gibt Stoffe wie DCMU oder Paraquat die hier spezifisch den
Elektronentransport in den Chloroplasten hemmen! Bekomme dann Radikale und schädige
Chloroplasten soweit, dass Pflanzen absterben!

Wofür Werden NADPH und ATP verwendet?

= entscheidedne Kopplung zischen 2 Wegen hier.
1. ICh fange die Lichtenergie ein und nutze sie zur Wasserspaltung setze
Sauerstoff frei um energiereiche Elektornen um eben Reduktionskraft
zu generieren mit NADPH und reduziertem Ferrodoxin und ich betreibe
damit auch Photophosphorylierung über ATP Synthase um ATP zur
Verfügung zu stellen
2. schauen uns dann nächstes mal an wie eben diese reduktionskraft in
dem NADPH und Energie in ATP genutzt wird zm CO2 zu zuckern zu
reduzieren und was damit noch verbunden ist.

14.Vorlesung
Chloroplasten Stoffwechsel- Photosynthese teil II
Haben gesehen dass Photosynthese ATP generiert und auch NADPH -> Reduktionsmittel, dass genutzt
jetzt um CO2 zu reduzieren
CO2 ist finaler Akzeptor der Photosynthese

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Oft werden Photosynthese und Calvinzyklus gerne in Licht und Dunkelreaktion unterteilt -> nicht
Korrekt! Prozesse sind beide unmittelbar gekoppelt- ist redoxreguliert d.h nur dann kann CO2 fixierung
auch stattfinden.
Co2 Fixierung und Reduktion
Co2 Fixierung in Calvinzyklus = reduktiver Pentosephosphatweg
-> viele Verknüpfungen mit anderen Stoffwechselwegen

Erste versuche von Calvin, Benson und Bassham

Sie nutzten radioaktive Isotope C14 markiertes Bicarbonat die Fixierung Co2 in Algen anzusehen. BSP
Chlorella. Hatte sie in Gefäß mit starker Lichtquelle belichtet. Zwischen Licht und CHlorealla waren
noch 2 Wassertanks um sie vor der starke Hitze zu schützen die Lcihtquelle dabei abgibt. Haben dann
das ganze mmit markiertem Bicarbonat versetzt aus dem dann CO2 freigesetzt wird und nah einiger
Belichtzungszeit hat man unden Öffnungen gemacht und Inhalt in heißes Etanol tropfen lassen. Hat
dann Algen untersucht um zu sehen, wo Co2 eingebaut wurde. Dazu hat man 2D
Dünnschichtchromatographige gemacht. Nach 30 s Belcihtungszeit ha man schon vielfältigen Einbau
von markiertem C in organischen Stoffen in Alge. -> Reaktionen die CO2 fixieren und Einbauen laufen
schnell. Nicht nur in Primärprodukte der Photosynthese wie Zucker und Zuckerphospahte eingebaut
sondern auch schon in Glycin, Serin, Aspartat, Malat, etc. Geht also schnell- bei 5s Belichtungszeit nur
einbeu in 3-phosphoglycerat -> 1. Hauptprodukt das gebildet wird.
Hat dann mit Wissen über einbau der Komponenten einen Zyklus etabliert der CO2 Fixierung
beschreibt = Calvinzyklus.

Calvinzyklus = reduktiver Pentosephospahtzyklus

Kann man in 3 Schritte unterteilen
1. Co2 Fixierung = Carboxylierungreaktion ->
primärer Akzeptror ist Ribulose-5-phosphat
(C5). Wird phosphoryliert zu Ribulose-1,5-
bisphosphat und carboxyliert. 3-
Phosphoglycerat entsteht. Co2 ist jetzt also in
organischem Molekül eingebaut als
carbonsäure = max. oxidierte Form -> muss
reduziert werden

2. Reduktion mit NADPH -> Reduzieren zu

Triosephosphat = DHAP und GAP in
Gleichgewicht. GAP geht raus zum aufbau von
Zuckern

3. Regeneration des Akzeptors Ribulose-1,5-

bisphosphat. ->wird durch Zuckerunwandlugen
erreicht Gap geht raus
Rubisco
• Häufigses Enzym der Erde -> brauche viel da Enzym langsam (wenig Umsätze) -Reaktion die es
macht ist aber auch Komplex!
• Hohe Rubisco Konzentration in Zelle
• Hohe Affinität (niedriger Km für CO2
• Katalysiert die Fixierung von Co2 =irreversible Fixierung zum Aufbau von Biomasse genutzt ->
Zuckereinbau

95
 • Besteht aus 8 großen UE –(LSU) -> die sind noch in Plastiden (Chloroplasten kodiet) und 8
kleinen UE -> die sind in Kern kodiert

1. Schritt CO2 Fixierung

Reaktionen von Rubisco
1. Aktivierung von Rubisco
Wird durch Carbamoyleriung an einem Lysinrest aktiviert. Dadurch kann es Magnesium in aktivem
Zentrum binden und stabiliseren. Hat auch noch Aspartat und Glutamtrest in aktivem Zentrum
über die es mit Magnesium interagiert.
2. Fixierung von Co2
Mg gebrauchtt das Zwischenprodukt zu stabilisieren. (Übergangszustand stabilisiert -> induced fit
> katalyse) es dient der Sterischen Ausrichtung von Ribulose-1,5-bisphosphat. Proton von
Ribulose-1,5-bisphosphat wird noch an His gebunden um Bindung von Co2 zu erleichtern.
Doppelbindung entsteht = Ribulose1,5-bisphosphat wird zu Eniolat Zwischenprodukt. Co2 wird
direkt daneben gebunden. CO2 muss aber erst polarisiert werden durch Magnesium (weil enertes
Molekül -> sehr gleichmäßig auf beiden Seiten). Mg polarisiert so dass Elektronen auf eine Seite
gezogen werden. -> das erlaubt knüpfen der Bidnung zwischen CO2 und Endiolatzwischenprodukt
(Ribulose-1,5-bisphosphat) durch Stabilisierung. -> dann Hydrolyse mit Wasser und 3-
phosphoglycerat wird Freigesetzt. 2. Noch gebundene 3-phosphoglycerat bekommt Proton von
Lysinrest in Rubisco -> wird auch freigesetzt.
Haben jetzt Co2 fixiert in organischem Molekül 3-Phosphoglycerat als Carbonsäure
-> Kombination aus Metallionenkatalyse (Co2 Polarisierung) und stabilisierung von
EndiolatZwischenprodukt (häufig in Zuckerstoffwechsel) (Säurenbasenkatlyse)

96
2. Schritt: Reduktion der Carbonsäuregruppe
Kohlenstoff in 3-Phosphoglycerat in max. oxidierter Form in
organischen Stoffen = Carbonsäure. Reduktion erfolgt über
Aktivierung mit ATP (energie hinein) -> es entsteht 1,3-
Bisphosphoglyeratun. 1,3-Bishosphoglycerat wird zu
Glycerinaldehyd-3-phosphat mit GAP-DH und DHAP rediziert mit
NADPH (wird zu NADP+). =2 Triosephosphate entstehen
GAP-DH hier NADPH abhängig nicht wie bei Glykolyse NADH
abhängig weil hier Anabolismus.
In ganzen Zykklus bauen wir 3xCO2 ein -> können daher 6x 3-
phosphoglcerat hertstellen! Dann können wir ein Triosephosphat
rasunehmen und 5 bleiben in Zyklus (=5xC3) -> aus denen werden
dann 3 Ribulose-1,5-Bisphosphate wieder hergestellt (3x C5) und
dann können wir wieder 3 CO2 einbauen! -> müssen Akzeptor
immer regenerieren!

3. Schritt Regeneration des Akzeptors

Brauchen 4 Enzyme -> Transketolase, Aldolase, Isomerase, Epimerase.
Zucker ineinander umwandeln -> haben schon gesehen wie! C2
Einheiten weren mit Transketolase übertragen -> wichig da wir
aus C3->C5 machen müssen (um Ribulose-5-phosphat (C5) aus
Triosephosphaten (C3) wieder herzusstellen)
Einfachster Fall der Regeneration: machen Aldolasereaktion ->
2 Triosephosphate (GAP, DHAP) werden zu C6 -> dann Phosphat
entfernt (irreversibel) und kommen so zu Fructose-6-phosphat
(C6). Kann aus C6 und C3 mit Transketolase -> Überträgt C2
Einheiten C5 und C4 machen. Mache aus Fructose-6-phosphat
und C3 mit Transketolase Xylose-5-Phosphat (C5) und
Erythrose-4-phosphat (C4). Xylose-5-phosphat epimerisiere ich
dann zu Ribulose-5-phosphat.
Erythrose-4-phosphat kann ich wieder mit Aldolasereaktion mit
C3 zu C7 machen -> dann dephosphoryliere ich und kann dann
mit weiterer C3 und transketolase 2 C5 machen daraus!

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Regulation des Calvinzyklus
Habe hier viele irreversible Schritte, die gehen genetisch stark bergab und ich verbraucche ATP: BSP
IRbulose-t-phosphat zu Ribulose-1,5-bisohosphat mit Ribulose-5-lkinase. Hier brauche ich Energie (ATP
Spaltung). Macht nur sinn das zu machen wenn Lichtenergie da ist und der Zyklus läuft!
Daher habe ich regulation über Redox – Thioredoxin -> fuktiniert über delta pH denn ich ausbilde bei
Elektronentransport in Photosynthese (reduzierende Umgebund erreicht)

Reagulation über 3-phosphglycerat. Hohe Konzentrationen inhibieren -> muss ja nicht mehr herstellen
wenn ich schon so viel habe. Inhibieren z.b Schritt Ribulose-1,5bisphospht zu 3-Phosphoglycerat
(RUBISCO)
Auch bei Reaktion der Regeneration Fructose-1,6-bisphosphat zu Fructose-6-phosphat Regulation
wichtig da irreversibel! Glycerat und delta pH regulierung hier

Sauerstoff – Problem für Photosynthese -Photorespiration

Rubisco hat hohe Affinität für CO2 -> niedriger KM aber auch Affinität für Sauerstoff. Problem O2 ist
in Atmospähre viel häufiger als Co2 (O2 20% Atmosphäre, Co2 0,035%)
Photosynthese entstand in Zeit mit viel niedrigerem O2 Gehalt in Atmosphäre

Unter normalen Bedingunge ist also Fixierungsverhältnis von Rubisco

O2-Fixierung/CO2 Fixierung = =0,4!
Das bedeuted das fast jedes 2. Mal falsch O2 statt Co2 eingebaut wird! (oxygeniert Statt carboxyliert)

Problem oxygenierung statt Carboxylierung:

Wird O2 statt CO2 Eingebaut bekommen wir statt
2 x 3-Phophsoglycerat – >
1x 3-Phosphoglycerat und 1x 3-phosphoglycolat
(C2)
3-phosphoglycerat kein Problem.
3Phosphoglycolat wird in Glycolat (C2)
umgewandelt -> können wir nicht nutzen müssen
wieder in C3 oder C5 umwandeln um es an Anfang
des Zykluses nutzen zu könenn

98
Photorespiration = Umbau des entstehenden Glykolats um es
nutzen zu können
Bauen Glykolat jetzt also um zu C3 oder C5. 3-Phosphoglycolat
wird Phosphat abgespalten und Glykolat in Peroxisomen
transportiert. Peroxisomen sind spezialiesiertes Organell
dafür.Sitzen gant in Nähe der Mitochondiren
Photorespirationsstoffwechsel passiert in Peroxisomen in
Blättern - dominierender Stoffwechselweg in C3 Pflanzen wenn
viel Licht da ist Sommer (da jedes 2.Mal schiefgeht). Zeigt
hotorespiration-> ist großes Problem.
Glykolat in Mitochondrien wird mit Sauerstoff zu Glyoxylat
oxidiert. Das wird durch Transaminase transaminiert = bekommt
Aminogruppe und wird so in Glycin umgewandelt (Errinerung:
haben gesehen bei Anfangsexperiment – es entseht relativ
schnell nach Photosynthesebeginn Glycin -> O2 einbau statt Co2
ist grund!) Glycin wird dann in Mitochondrien gebracht. Dort
macht Glycindecarboxylase aus 2 Glycins ein Serinmolekül
(Ammoniak entsteht dabei) – es wird CO2 Freigesetzt und NADH
entsteht. Serin wird in Peroxisome zurückgebracht und gibt
Aminogruppe auf Glyin ab und Ketogruppe entsteht haben
Hydroxypyruvat. Wird Reduziert zu Glycerat =C3. Glycerat wird
in Chloroplasten gebracht -phoshorlyiert und wir haben 3-
phosphoglycerat!
=sehr komplizierter Weg um falschen Einbau von O2
auszubessern
C3 Pflanzen – C4 Pflanzen
Warum heißen die C3 pflanzen C3 pflanzen?
Sie fixieren Co2 und als primäres Produkt entsteht triosephosphat=C3! =C3 Photosynthese daher
heißen Pflanzen die das machen C3 Pflanzen
gängige C3 pflanzen: in unseren Verhältnissen heimiscch sind C3 pflanzen üblich bsp einer C4 pflanze
heir wäre Mais (auch nicht heimisch)
C4 Pflanzen haben C4 als primäres Stoffwechselprodukt

C4 Photosynthese
C4 Pflanzen haben anderen Ausweg als Photorespiration
gefunden für Umgang mit O2 Problem. C4 Pflanzen sind
Pflanzen, die unter sehr hohen T und hoher Lichtenergie
wachsen. (Wüste etc.)
Vorfixierung von CO2:
Habe CO2 Fixierung und Reduktion räumlich getrennt!
(Calvin Zyklus an 2 verschiedenen Orten), haben
Mesenphyllzellen, die machen äußeren Kranz um
Bündelscheide. Mesenphyllzelle hat Chloroplasten
drinnen und über Stomata komm jetzt Co2 rein in
Mesenphyllzellen und auch O2. Gasaustausch nur über
stomata. In Mesenphyllzellen habe ic diesen neuen Zyklus
mit PEP carboxylase. Co2 kommt rein und reagiert als
Bicarbonat mit Pep Carboxylase. PEP carboxylase kann
nicht mit O2 reagieren. Es ensteht C4 Produkt OAA ->
99
daraus machen wir Malat! C4 ist quasi primäres Produkt. Malat wird dann in Bündelscheide
transportiert über Plasmodesmata. Dort setzt es CO2 frei! -> das macht dann normalen Calvinzyklus!
SO nur CO2 kein O2 in Calvinzyklus

CAM Stoffwechsel

Biochemisch gleich wie C4 Stoffwechsel. Von crassulacaen

(Wüstenpflanzen) oft gemacht -> öfnnen Stomata für
Gasaustausch so wenig wie möglich um verdunsten zu
verhindern. Um Co2 aufzunehmen müssen sie aber öffnen.
Mache das in Nacht! Öffne stomata über Nacht lasse CO2
rein – mache Vorfixierung wie bei C4 über PEP und mache
OAA und reduziere zu Malat und speichere das in Vakuolen.
Tag wenn Licht da ist mache ich Photosynthse und uach
Calvinzyklus wird betrieben – dann nutze ich Malat bringe
es in Bündelscheidzellen und setze CO2 frei. -> verhindere
so wieder O2 einbau

Zusammenhang Glykolyse - Calvinzyklus

Austausch mit anderen Stoffwechselwegen: -> kann Produkte des Calvin zyklus mit Glykolyse
(Zuckerstoffwechsel austauschen) -> z.B DHAP, GAP, 3-phosphoglycerat etc.

15.Vorlesung
Lipid und Schwefelstoffwechsel
Lipidstoffwechsel
Fettsäuren sind stark reduziert -> enthalten sehr viel Energie
Speicherfette: fette meist als Triacylglyceride gespeichert -> die werden durch Enzyme verdaut un in
Glycerin und Fettsäureteil gespalten. Glycerinteil komme in Lebr und kann dort für Glykolyse oder
Gluconeogenese verwendet
Fettsäureteil kann weiter oxidiert werden
Fettsäureoxidation passiert in Mitochondrien (Tieren) oder Peroxisomen (Hefe, Pflanzen)
Β- Oxidation in Mitochondrien:
Start passier außerhalb von Mitochondrien:
Aktivierung von Fettsäure mit CoenzymA durch AcylcoAsynthase passiert in 2 Schritten:
1. Fettsäure + ATP -> Acyladenylat + Pyrophosphat abgespalten
2. Acyladenylat+ CoA -> AcylcoA + AMP
Aktivierung mit ATP nötig da Carboxylgruppen der fettsäure nicht sehr aktiv
sind und so reaktiver gemacht werden müssen (wie bei Peptidbindung)
Es wird Pyrophosphat dabei abgespalten und dann Acyladenylat hergestellt.
Das kann dann mit Coenzym A umgesetzt wrden indem der S-am aktivierten
CarbonylCAtom der Fettsäure angreigen kann und dabei entseht AcylcoA (hat mehrere C noch dran als
rest – lange Kette AcetylcoA ist C2 einheit des AcylcoA)
Jetzt ist ausreichend Energie da für Leichte Übertragung.
Transport von AcylcoA in Mitohcondrien erfolgt über Carnitine-acyltransferase und dann translokase.

100
Β-Oxidation in Mitochondrien
In mitochondrien passiert dann β-Oxidation -> Immer gleiche Reaktionssequenzen = Abspalten von
C2 = AcetylcoA
BSP Zerlege C16 Fettsäure -> mache 8 AcetylcoA und NADH (red. NAD) und FADH2 (red. FAD)
Acetyl-coA kann ich in Citratzyklus (TCA) Einspeisen und dort weiter oxidieren. NADH und FADH kann
ich in Elektroenntransportkette in MItohocndiren nutzen. Erstelle dort dann Protonengradienten mit
dem ich ATP herstellen kann!!

4 wiederkehrende Reaktionen
• Oxidation von FAD
• Hydratisierung
• Oxidation von NAD+
• Thiolyse von CoA

β -Oxidation weil β-C-Atom der Fettsäure in 1- Schritt

oxidiert wird!
1. Schritt -> Oxidation mit FAD
wir oxidieren β-Atom mit FAD (FADH2 entsteht)
Carboxylgruppe ist durch CoA aktiviert
Generieren Doppelbindung zwischen α und β C-Atom
Katalysiert durch Acyl-coA Dehydrogenase.
Enoyl-coA entsteht

2. Schritt -> Hydratisierung

An diese DB wird Wasser angelagert bekommen OH
Gruppe an β C-Atom -> HydroxyacylcoA ensteht
3. Schritt -> Oxidation mit NAD+
Wir Oxidieren diese dann mit NAD (wird zu NADH)
Enzym: hydroxyacyl-coA dehydrogenase

4. Thiolasereaktion
Nehmen dafür neues coA Enzym, dass wir an Kette hängen (nach β C-Atom) und setzen so Acetyl-coA
frei

101
β Oxidation bei ungesättigten Fettsäuren
Haben Fettsäuren die Doppelbindung haben -> komme hier zu Schritt wo ich
DB nicht so schnell einfügen kann mehr. (schritt 1)-> keine weiter β-
Oxidation mehr möglich. Brauchen Isomerase, damit wir das ganze hier
weiter aktivieren können. Diese verschieben Doppelbindung! Problem bei
Doppelt gesättigten oder mehrfach gesättigten Fettsäuren noch komplexer.
Brauche noch mehr Isomerisierungen

β Oxidation bei ungeradzahligen Fettsäuren

Komme hier zum Schluss dazu, dass ich C3 Rest habe, den ich auch verwerten
muss -> mache ich mit Cobalt abhängigen Enzymen
Wie entsehen überhaupt ungeradzahlige Fettsäuren?
Bei synthese haben wir ja gesehen in Prinzip ist Fettsäuresynthese immer C2 Stoffwechsel -> Aufbau
und Abbau in C2 Einheiten.
ABER! -> Man kann auch aus Aminosäurestoffwechsel von Serinstoffwechsel in Fettsäuresynthese
reingehen -> habe dann also C3 Gerüst an das ich dann in Fettsäurestoffwechsel C2 dranhänge!
Serin wird dafür oxidiert und so in Fettsäurestoffwechsel eingespeist -> kann so Energie aus Proteinen
in Fettsäuren speichern

Β-Oxidation in Peroxisomen
Haben wir sehr langketteige Fettsäuren und ungesättigte kann Abbau in
Peroxisomen stattfinden (auch bei Mensch).

Erste Oxidationen werden dann in Peroxisomen gemacht -< spsäter in

Mitochondrien, da dort direkte verbindung zu Succinatdehydrogenasekomplex
ist (Komplex II Photosynthese, der einspeisen von FADH2 erlaubt)
Oxidation der Fettsäure in Peroxisomen im 1-Schritt wird von AcylCo
Dehydrogenase gemacht über FAD-> FADH2 entsteht, dass wird über O2 oxidiert
wieder -> es entsteht H2O2= Peroxid
Peroxid muss entfernt werden -> Entgiftung durch Catalase

Komplizierterer Weg -> Warum ist bei Pilzen und Pflanzen dann Fettsäureabbau
hauptsächlich in Peroxisomen?
Müssen ja dann Acetyl-coA exportieren (in Mitochondrien und auch genereierte
Redoxäquivalente NADH und FADH2 -> mehr Transport nötig (beta Oxidation in
Mitochondrien -> kann direkt an Ort und stelle die Produkte nutzen)

Verknüpfung mit anderen Stoffwechselwegen.

Um Acetyl-coA in Citratyklus verwenden zu können brauchen wir OAA (auf das wird es ja übertragen
um Citrat zu machen). Wenn Citratzyklus nicht gut läuft haben wir nicht genug OAA als Akzeptor (wird
ja regeneriert) -> kann dann AcetylcoA nicht verheizen! (Fett verbrennt in der Flamme von
Kohlehydraten – Pyruvat aus Glykolyse geht ja auch in Citratzyklus und macht OAA). Also ohne
ausreichen OAA kommt es zur Bildung von Ketonkörpern = Fusion von Acetyl-coA Resten. -> aus denen
kann ich Acetat machen, ist also Zwischenprodukt aus Abbau der Fettsäuren wenn Citratzyklus nicht
102
gut läuft. (manchmal Ketonkörper auch absichlich gemacht da gute Transportform -> bringe sie in
periphären Gewebe und mache dort daraus Energie) –
Da Pflanzen Glyoxylatzyklus haben macht es für sie Sinn beta Oxidation auch hier in Peroxisomen zu
machen! Gemeinsamer Ablauf -> kann aus Beta oxidation direkt in Glyoxylatzyklus einspeisen und so
höhere Zucker aufbauen

Bei Pflanzen Glyoxylatzyklus

Gibt Glyoxysomen = Peroxisomen währen der Keimung -> dort lebt sie meistens von Fettsäuren, die in
Keim in Oleosomen gespeichert sind und macht Glyoxylatzyklus
Glyoxylatazyklus erlaubt aus C2 Einheiten – Aufbau höherer Zucker! Glucose aus AcetylcoA
Wir können AcetylcoA nur verbrennen
Zyklus:
Bei keimung wird Triacylglycerol frei -> diese Fettsäure wird dann in β Oxidation zu Acetyl-coA
abgebaut. Malatsynthase schnappt sich das -> sie wandelt Glyoxylat in Malat um. Von hier geht es
genauso weiter wie in Citratzyklus mit Malatdehydrogenase zum OAA -> Citrat zu Isocitrat zu Succinat.
Dann haben wir Isocitratlyaserektion die Glyoxylat herstellt!
Glyoxylatzyklus also ähnlich dem Citratzyklus aber 2 Unterschiede. Reaktion Isocitrat mit Isocitratlyase
zu Glyoxylat und Succinat -> Succinat (C4) kann rausgehen Zucker
aufbauen. Glyoxylat ist ja dann nur mehr C2 (Citratzyklus könnte sso nicht
weitergehen) aber hier haben wir die möglcihkeit mit Malatsynthase und
Acetyl-coA (C2) aus Glyoxylat (C2) -> Malat (C4) zu machen
Aus dem Succinat dass ich hier rausnehmen kann lann ich dann mit
mehreren Enzymen über Gluconeogenese Glucose herstellen in
Mitochondrien
Wir können C2 nur verbrennen oder Fettgewebe daraus machen.

Glyoxylatzyklus macht Sprung von C2 (acetylcoA) zu C4 (malat) --> können

es in Acetat einbauen udn daraus zucker machen die wir dann für
Gluconeogenese verwenden oder Succinat das wir dann in Mitochondrien
weiter verbrennen

Gleiche Mechanismen in Mitochondrien Stoffwechsel

Die Mechanismen, die wir hier geshen haben: beta Oxidation von
Fettsäuren - also Oxidation die FADH2 generiert -> DB Bildung
dann Wassereinalgerund und weitere Oxidation mit NAD+ (->
NADH) . Diese Reaktion finden wir auch an anderen Stellen
wieder. -> bei Citratzyklusreaktion der Succinatdehydragenase –
macht fumarat und speist FADH2 in Komplex II der photosynthese
ein -Fumarase macht dann Malat aus Fumarat `=
Wassereilagerung Malatdehydrogenase generiert dann NADH
und stellt OAA her (Regeneration -> wieder Anfang Zyklus

Fettsäuresynthese und Fettsäureabbau

Fettsäuresynthese bei Mensch in Cysotol -Abbau in Mitochondrien -> räumlich Trennung wichtig
103
Bei Pflanzen ist sie in Chloroplasten
Fettsäuresynthese
1. Schritt Aktivierung von AcetylcoA
Wird carboxyliert zu MalonylcoA und das ganze läuft ab an einem Enzymkomplex. Acetyl-coA wird
carboxyliert unter ATP verbrauch und MalonylcoA entsteht. Carboxylierung wird durch Biotin
katalysiert (ähnlich PEP carboxylase) ATP für Aktivierung benötigt -> also Eingang in Synthese nur wenn
genug Energie da. Acyl carrier Protein (ACP) überträgt dann weitere Acylreste.

Carboxylierung mit Biotin

Habe Biotincarrier Protein an das ich Biotin
anlagere -> Biotincarrierprotein ist in Komplex
mit Biotin carboxylase und Transcarboxylase
Enzym. Bicarbonat wird auf Bicarbonat
carboxylaseseite eingelagert und bindet an
Biotin. Biotin an biotincarrier Protein ist quasi
Arm -> der schwenkt um in
Transcarboxylasedomäne wenn carboxyliert ->
dort bindet Acetyl-coa und wir können
Carboxylgruppe übertragen -> MalonylcoA
ensteht (carboxylierte form von acetylcoA)

(Reaktion vergleichbar zu Pyruvatdecarboxylasekomplex wo ich auch versch Enzymaktivitäten in

einem Komplex habe und Arm der Substrate hin und her reicht ung beweglich ist)
/Carboxylierung kennen wir schon von Pyruvatcarboxylase aus Gluconeogenese -> typischer C1
Stoffwechselcofaktor)

Fettsäuresynthese an Fettsäuresynthasekomplex
Auf Malonyl-coA werden jetzt AcetylcoA Einheiten gehöngt
durch Enzyme und Kette wird so verlängert.
Fettsäuresynthetase macht das alles ->
Multienzymkomplex Enzymkomplex (NADH wird dabei zur
Reduktion verwendet)
Fettsäuresynthase hat versch. Katalytische Domänen in
einer Polypeptidkette -> bei Tieren (ein Enzym)
Bei Pflanzen und Pilzenn habe ich verschiedne Ketetn, die
miteinander Interagieren und Komplex machen
Multienzymkomplex erlaubt Metabolite channeling ->
Intermediat wird nicht entlassen sondern bleibt gebunden -> Kondensiere immer wieder neue C2
daran!
Fettsäuresynthese bis C16 in Chloroplasten (Pflanze) oder Cytosol (Tier)
104
So also machen dann aus C3+C3 -> C5 und CO2 wird einmal abgespalten = Kondensationsreaktion ->
reduziere dann mit NADPH und Wasser wird abgespalten -> bekomme DB und dabei reduziere ich
weiter wieer mit NADPH -> habe so gesättigt und verlängert!
Für Reaktion brauche ich NADPH -> 2 Pro Schritt -> muss ich zur Verfügung haben. Fettsäures ->ynhtese
in Cytosol bei Tieren – muss NADPH also aus
Mitochondrien rausbringen oder in Cytosol herstellen
(glykolyse macht ja nur NADH aber Glucose-6-
phosphatdehydrogenase in Pentosephosphatweg
macht NADPH (und Glukose)
Also kann NAPH von dort nehmen oder nutze
Aspartat-Malat shuttle und bringe es so aus
Mitochondrien oder Chloroplasten->
Metabolitentransporter zwischen Organellen

Fettsäuresynthese ab C16

Geht dann in ER weiter -> gibt dort very long chain fatty acid synthethasee (C18-C34) -> und andere
Enzyme mit anderen spezifitäten.
Dort in ER werden auch DB eingefügt -> verbindungen zu Redoxtransfer
Doppelbindungen werden von Desaturasen eingefügt

Schwefelstoffwechsel
Schwegelstoffwechsel ist eng mit Redoxregulation und C1 Stoffwechsel verbunden
Wichtige Verbindungen CoenzymA; TPP, SAM, Biotin (wichtig in C1 Stoffwechsel bei carboxylieren)
Schwefel und Redoxchemie -REgulation
Schwefel kommt in den meisten nicht metallischen verbindungen in der Natur in max. oxidierter Form
vor -> Sulfat. In Lebender materie habe ich es meistens in Reduzierter Form ->
Sulfid. Reduktion von Schwefel aus Natur um in ihn organische Materialien
einzubauen wichtig! Sulfatassimilation in Pflanzen in Chloroplasten
Rolle als Glutathion
Schwefel ist sehr wichtig in Glutathion
Glutation ist ein Tripeptid aus Glutamat-cystein- Glysin. Besonderheit
Isopeptidbinung mit Cystein in Mitte. Cystein in Mitte hat SH Gruppe.
Kann als GSH =reduzierte Form und GSSG= oxidierte Form vorkommen ->
diese 2 Formen stehen in GW kann dieses aber über NADP/NADPH steuern
.-> mehr GSSG in meisten Zellen
Es ist wichtiger Puffer den ich brauche für:
1. Proteinfaltung in Cytosol-> brauche den Cofaktor wenn ich in
Cysotol bei Faltung der Proteine Disulfidbrücke ausbilden und reduzieren möchte

105
 2. Prozessen wo ROS (reaktive Sauerstoffspezies) entstehen CytochromCoxidase in
Mitochondrien oder Cytochrom-b6fkomplex in Chloroplasten -> hier verwende ich Glutation
zur Entgiftung -> mit Glutation Peroxidase gemacht

Schwefel in AS – C1 Stoffwechsel
Wir brauchen Schwefel um die AS Methionin herzustellen, ist immer
erste AS die bei Proteinsynthese verwendet sind. Methionin als AS ist
sonst aber selten in PRotinen vorhanden -> meiste wird für S-
Adenosylmethioninstoffwechsel verbraucht.

SAM -Stoffwechsel:
Methionin kann aktiviert werden mit ATP -> SAM entsteht!
Sam ist Hauptdonor von Methylgruppen (C1), d.h durch starke
Polarisierung des Methionins kann die endständige Methylgruppe
(die nach S) -> leicht übertragen werden auf andere Molekül.

Wurde Methylgruppe des Methionins übertragen entsteht aus

Methionin -> Homocystein
Homocystein kann wieder recycelt werden! -> passiert über
Tetrahydrofolat, das Methylgruppe auf Homocystein
übertragen kann -> wird wieder zu methionin = Zyklus

Methylgruppen -> werden für Methylierungen verwendet –

kommen eben von SAM (indirekt Methionin)
Brauche ich oft um Genaktivitäten zu regulieren z.B -> Histone z.B werden methyliert und damit Gene
und Genbereiche ausgeschalten -> können auch Acetyliert werden und so wird Transkription wieder
aktiviert! Da brauche ich sehr viel Methyl und SAM vermittelt das
-> Also wichtige Rolle in C1 Stoffwechsel (da es C1 überträgt) und in Regulation und Biosynhtese
C1 stoffwechsel -> addieren einder C1 Verbinung -> carboxylierung! Pyruvat Carboxylase oder Biotin
carboxylierung

16.Vorlesung
Protein und Stickstoffstoffwechsel
Lebende Materie – organische Materia haben hohen Anteil an N. Diesr liegt reduziert vor in
organischen Molekülen). Brauchen viel Energie (ATP) um Stickstoff zu reduzieren – zuerst müssen wir
in aber fixieren.
N-Bedarf wird gedeckt durch:
1. Fixierung von Luftstickstoff = N aus Luft aufgenommen -> können nur wenige Bakterien
2. Assimilation von Nitrat oder Ammonium -> machen Pflanzen N aus Boden aufegnommen
Nitratassimilation macht 90% des Stickstoffs in organischen Molekülen
Technisch kann N fixiert werden mit Haber Bosch Verfahren -> braucht sehr hohe T und sehr hohen
Druck und Eisenkatalysatoern um diese Stabilen Moleküle umzusetzen in Ammonium

106
N bei Menschen
Menschen nehmen fixierten Stickstoff mit
Nahrung zu uns in Proteinen. Um ihn
anderwertig zu verwenden müssen wir
Proteine abbauen.

Abbau beginnt in Magen – Proteine werden

hier durch Proteasen gespalten -> sie
spalten die Peptidbinungen (proteolyse) -> dann kommen diese Fragmente (kurze Peptide oder AS) in
Dünndarm. Dort werden sie weiter abgebaut

Pepsin
In magen zur Spaltung der Peptidbindung brauchen wir Pepsin
 Saure Endopeptidase
 Wird aus inaktiver Vorstufe gebildet -> ist typisch für Proteasen- sie soll ja nicht überall aktiv
sein (zerschneidet sonst alles) sondern nur in Magen (sauerer pH) -> mache Vorstufe und wenn
diese in sauren PH kommt = Magensäure Spaltet sie Teil von sich selbst durch Autoproteolyse
ab und ist nun in aktiver FOtm!
 Ist Aspartatprotease! (siehe kapitel über Chymotrypsin und Aspartatprotease)
Abbau unterschiedlich schnell
Enzyme werden unterschiedlich schnell abgebaut! -> N-Terminus hat darauf entscheidenden Einfluss
(N-end-rule). Proteine starten ja eigneltich alle bei Synthese mit Methionin (weil Start Codon ATG –
kodiert für Methionin) aaber oft wird an N Terminus Teil abgespalten und jetzt kommt es bei
Halbwertszeit von Proteinen darauf an was hier sitzt!
Gibt AS hier die stark stabilisieren (Ala, Pro, Cys) und welche die stark destabilisieren (Asn, Asp etc)
Je nachdem kann Halbwertszeit von über 20h bis wenige Minuten sein
-> kann auch noch modifizieren (oxidieren, deanimieren) und so Halbwertszeit weiter
modulieren!

Ubiquitinierung -> Markierung für Abbau

Nicht nur Proteine aus Nahrung müssen abgebaut werden sondern auch Proteine die
flasch gefalten oder z.B durch Oxidation geschädigt sind. = Qualitätskontrolle
notwendig

Woher wieß ich jetzt welches Protein in Zelle abgebaut werden soll?
Ubiquitin -> es erkennt falsch gefaltene Proteine und markiert Proteine für den Abbau
Es hat Glycinrest an C -Terminus mit dem bindet es an Lysinreste in Protein, dass
abgebaut werden soll -> passiert mit 3 Hilfsproteinen und es wird Isopeptidbindung
geknüpft. ATP nötig!

107
Reaktion:

E1 Enzym aktiviert das Ubiquitin mit ATP (notwendig da Carboxylgruppe am C terminus nicht sehr aktiv
ist) -> aktivierte Ubiquitin wird dann von E2 Enzym gebunden = konjugierendes Enzym. Dann kommt
E3 Ligase -> sie bindet E2-Ub Komplex und das abzubauende Targetprotein. E3 Ligase bringt Spezifität
-> sie Erkennt die Enzyme die abgebaut werden sollten. Gibt viele versch. E3 Ligasen = große
Proteinfamilie. Bindung von E3 katalysiert dann Bildung der Isopeptidbingun zwischen lysinrest in
Protein und dem Ub. -> so wird ein Ubiquitin angehängt.
S von E1 invilviert in Aktiviertung der gruppe -> wie bei SAM
Ubiquitin hat selbst auch Lysin -> gibt hier Möglichkeit der polyubiquitinierung! Passiert uach so
Ubiquitin markierte Proteine werden in Proteosom abgebaut
Proteosom erkennt dann diese Proteine mit PolyUb. Proteosom besteht aus alpha und beta UE formen
tonnenartige Struktur -> außen habe ich alpha UE erkennen UBiquitiniertun (bilden Art Deckel) und
lassen Ub markierres Protein hinein -> in beta UE innen habe ich proteolytisches Zentrum -mit vielen
Proteasen.
Die entstehenden Peptidfragmente werden nach Abbau wieder freigesetzt und Ubiquitin wird
abgespalten und auch wieder verwendet.
Peptidfragmente können für Neusynthese von Proteinen verwendet werden (zuerst in AS zerlegen),
zur Fettsäuresynhtese oder Gluconeogenese.
Oder kann sie Nutzen um Energie zu gewinnen -> wandle sie in AcetylcoA um und verheize sie in
Citratzyklus. Dafür muss ich zuerst Aminogruppe entfernen. Beste Weg hier ist Umwandlung der
AMinosäruen in Glutamat -> dafür übertrage ich jeweilige AS auf Alphaketoglutarat und erhalte so
Glutamat. Das kann ich dan oxidativ desaminieren und setze daraus leicht Ammonium frei. ->
Glutamat ist guter Aminogruppenübertraäger für andere Biosynhtesewege. Mache ich Oxidative
Desaminierung von Glutamat erhalte ich alphaketoglutarat -> kann ich dann Verwenden und andere
AS ist Amminogruppe los.
(Kontaktpunkt Stickstoff und Kohlehydratstoffwechsel)

108
BSP Aspartat Aminotransferase
Reaktion in VO1

Exkurs:
Alanin-Zyklus
Diese Reaktion wird nicht nur genutzt zum Abbau von AS fürs verheizen sondern auch für den
Austausch mit peripheren Geweben. Austausch Muskel und Leberzellen in Bezug auf
Energiestoffwechsel. In Muskeln haben wir verstärkt Transaminierungen bei denen z.B. Alanin
freigesetzt wird, weil dort in starken Ma? AS
zur Energiegewinnung eingesetzt werden v.a.
verzweigtkettige Aminosäuren in
Mitochondrien. Dann wird dieses Alanin zur
Leber transportiert und dort in Pyruvat
umgewandelt -> kann ich dann für
Gluconeogenese verwenden oder andere
Stoffwechselwege -> erinnert an CORIZYKLUS
– auch Austausch zwischen diesen Geweben

Malat-Aspartat-shuttle
Nutzt auch diese Reaktionen. Hier gebraucht für Transport über Membran -> dafür wird Malat in OAA
umgewandelt und das kann dann über Aspartat Transporter auf andere Seite gebracht werden. Und
dort wieder in Malat umgewandlet werden -> geht durch Malat Transporter wieder zurück. DA an
diesen Transport Redoxäquivalente geknüpft sind kann ich somit Redoxäquivalente zwischen Cytosol
und Mitochondrien hin und her transportieren (generieren)

Entsorgung des Ammoniums

Bei oxidativer Desaminierung des Glutamats
entsteht Ammonium. Aminosäuren sind zwar
jetzt ihre Aminogruppen los (1. Schritt des AS
Abbaus) haben aber jetzt Ammonium generiert.
Das muss auch abgebaut werden.

109
Passiert über den Harnstoffzyklus! Bei Tieren
Hier wird überflüssiges Ammonium wird also
in diesem Zyklus in Harnstoff umgewandelt.

1. Reaktionen in Zyklus
Bicarbonat -> Carbamoylphosphat
Passieren in Mitochondrien -> weil viel Energie gebraucht und dort verzweigtkettige AS abbgebaut
werden um Energie zu machen (diesen wird Aminogruppe entfernt -> Ammonium)
Bicarbonat wird dafür aktiviert mit ATP (unreaktive Carboxylgruppe aktivieren) und wir bekommen
Carboxy Phosphat -> darauf übertragen wir dann unser Ammonium und stellen so Carbamat (carbamic
acid) her. Verwenden 2. ATP und machen Carbamoyl Phosphat.

Durch 2. ATP haben wir hohes Übertragungspotential

dieser Anhydrid Bindung -> können es so auf Ornithin gut
übertragen und machen es zu Citrullin

Citrulline wird nun in Cytosol exportiert -> dort

kondensiert es mit Aspartat und wir verwenden ATP und
Argininosuccinat entsteht.

110
Aus Argininosuccinat machen wir dann mit
Argininosuccinase Arginin und Fumarat. = Spaltung.
Arginine enthölt jetzt C mit 2 N -> so finden wir das
in Harnstoff. Eines kommt dabei von
GLutamatoxidation (AS Abbau) und eines von
Ornithin.

Jetzt kommt Arginase ins Spiel -> Sie hydrolysiert Arginin

sodass wir wieder Ornithin herstellen (Akzeptor von
Carbamoylphosphat) und Harnstoff
Harnstoff wird ausgeschieden und Zyklus ist geschlossen
da Ornithin wiederhergestellt -> Ornithin geht wieder in
Mitochondrien

Urea wird ausgeschieden. Diese Entfernung des Ammoniums braucht viel wasser da nur ein N pro
Harnstoff eigentlich eingebaut wird.
Andere Möglichkeit der Entfernung -> Harnsäure .> machen Reptilien oder Vögel,die begrenzt
Wasservorat haben oder nicht viel mit sich rumtragen können (fliegen). Harnsäure ist schwer löslich. -
> Problem kann zu Ablagerungen in Gelenken als Harnsäurekristallen -> Gicht kommen
Carbamoylphosphatsynthase
Hat verschiedene Isoenzyme:
1. in Synthese ovn Pyrimidinring involviert (später mehr)
2. Katalysiert Reaktion: Bicarbonat -> Carboxyphosphat -> Carbamat -> Carbamoylphosphat
Mehere Reaktive Zentren -> Substrat von einem zum
Anderen Weitergegeben -> Substratkanalysierung
Wir haben in diesem mutifunktionellen Enzym in Prinzip
3 Enzymaktivitäten kombiniert in oberem schritt haben
wir Glutaminhydrolyse -> setzen hier Ammonium frei
dass wir dann im Enzym belassen also gar nicht nach
außen diffundieren lassen -> Ammonium wird dann zu
Bicarbonat phosphorylation site weitergegeben – dort
wurde Bicarbonat zu Carboxyphospaht phosphoryliert.
Ammonium reagiert nun unter ATP Einnfluss imt ->
findet in blauen Teil statt und verwendet ATP dabei
entsteht Carbaminsäure -> diese wird dann gleihc an roten Teil weitergegeben und
nochmal phosphoryliert zu Carbamoylphosphat also in diesem Enzym sind die 3
enzymaktivitäten so zusammengefasst adss oben Glutamin hineingeht wir dann hier
daraus das Ammonium freisetzten dass wrid an nächstes Enzym weitergegeben und dann an letztes -
> Carbamoylphosphat entsteht

Citrat Zyklus und AS

Abgebaute AS können nun in Citratzyklus verheizt werden -> Energiegewinnung
111
Unterscheiden Ketogene und Glucogene AS -> je nachdem
ob sie zu Ketonkörper =AcetylcoA werden (aromaten,
leu,ile, trp) oder zu glucogenen Substanzen wie
alphaketoglutarat, Pyruvat, OAA, Fumarat et.
(Ala,Arg,Glu,Gln,His,,Pro,Met;T)

BSP GLucogene AS Alanin sehr leicht zu Pyruvat gemacht

(spaltet Aminogruppe ab), Glycin und Cystein muss man
einmal decarboxylieren dann desamnineren , Threonin
über umweg
Ketogene AS meist über Glutamat abgebaut -> wird zu alphaketoglurarat desaminiert. Glutamin,
Prolin, Arginin, Histidin

Stickstoffassimilation
In Pflanzen-> sie nehmen Nitrat auf haben dafür viele Transporter .> können es in Vakuole
zwischenspeichern oder gleich zu Nitrit reduzieren in Cytosol -> wird dann in Plastiden Transportier un
in GS-GOGAT Zyklus fixiert. Müssen hier viele Elektronen reinstecken – habe aber Photosynthese hier
und ausreichend zur Verfügung
1. Schritt:
Reduktion von Nitrat zu Nitrit mit Nitratreduktase in Cytosol
Nitartreduktase ist großes Enzym mit vielen Cofaktoren FAD, Häm, Molybdän und Molybdäncofaktor.
(MoCo) Die Aktivität des MoCo ist Redoxreguliert -> sodass nur aktiv wenn photohsynthse läuft und
genug Elektronen da -> ansonsten könnte Nitrit akkumulieren -> kann giftig werden

2. Schritt ->
Nitritreduktase: Nitrit wird mit Ferrodoxin reduziert zu Ammonium -> direkter Eingriff an PSI ->
übernehmen hier Reduktionsäquivalente Schnell da sonst NItritakkumulation

GS-GOGAT Zyklus
Ammonium wird dann duch Glutaminsynthase fixiert-> zu viel Ammonium in Zelle auch nicht gut
Glutamat + Ammonium +ATP -> Glutamin Enzym
Glutaminsynthase (GS)
Ammonium in Form von Glutamin jetzt zum ersten Mal in
organischem Molekül fixiert
Entstandene Glutamin überträgt dann in
Transaminierungsreaktion die erhaltene Aminogruppe auf
alpha-ketoglutarat (=2-Oxoglutarat) -> Akzeptor so
wiederhergestellt und weiteres Glutamat generiert. Enzym,
das das macht heißt GOGAT!
-> GS-GOGAT Zyklus erlaubt also Fixierung von Ammonium
in organischem Molekül -> Glutamat!
Alles N in Pflanzen wird über Glutamat fixiert

112
 Aminosäurebiosynthese
Glutamat können wir dann als Donor von Aminogruppen verwenden und so andere AS herstellen
(Glutamine, Proline, Arginine)

Andere AS kommen aus anderen Substanzen _> OAA ->Aspartat -> Asparagine, Methionin, Threonine,
Lysine etc.
sehen hier Citratzyklus und Glykolyse wichtige Austauschpunkte für AS Synthese -> AS bauen auf
Stoffen der beiden AUf

Grundgerüste kommen aus Glykolyse oder Citratzyklus

BSP: Glutamatfamilie
N-Fixierung -> macht Glutamat aus alpha-Ketoglutarat
Prolin
Prolin wird aus Glutamat hergestellt -> Synthese:
Carboxylgruppe des Glutamats wird hier aktiviert mit
ATP daraus entsteht dann Zwischenprodukt , das mit
NADPH reduziert wird zu Glutamat-Semialdehyd. Wird
dehydratisiert und Pyrrolin-Carboxylat entsteht =
Zylklisierung -> wieder mit NADPH reduziert und Prolin
bildet sich

113
Arginin

Arginin auch aus Glutamat hergestellt -> muss Carboxygruppe

wieder Aktivieren Problem: sobald ich aktiviere passiert
Zyklisierung! Um davor zu schützen (wollen wir nicht machne
hier sonst stellen wir ja Prolin her wieder) maskieren wir
Aminogruppe in 1. Schritt indem wir AcetylcoA anhängen
(Acetylierung) -> Verhindert also Zyklisierung und kann
Carboxygruppe wieder mit ATP aktivieren -> die
phosphorylieren wir dann und reduzieren sie wieder zu
Semialdehyd und dann kann ich weitere Aminogruppe aus
anderem Glutamat daran daran hängen, deacetyliere dann
und habe jetzt Ornithin. Ornithin ist dann Substrat in
Harnstoffzyklus -> kann dort Carbamoyl-phosphatgruppe
anhängen und weitere Aminogruppe von Aspartat und habe so
Arginin

Häm Biosynthese
In Pflanzen geht Häm Biosynthese von Glutamat
aus! (tieren von succinylcoA)
Häm Biosynthese in Pflanzen:
Glutamat wird hier mit tRNA aktiviert (Glu-t-RNA)
bekomme Glutamyl-t-RNA (durch Glutamyl-tRNA
Synthetase – geschwindigkeitsbestimmender
schritt) -> dann Reduktion zu Glutamatsemialdehyd
– Reaktion mit aminotransferase (mit PLP) zu
Aminolävulinat -> durch Dehydratisierung mach ich
daraus Porphobilinogen -> aus 2 dieser Moleküle
mache ich dann den ersten Pyrrolring -> 4 davon
und ich habe Chlorophyll und Häm

Häm Biosynthese bei Tieren

Starte mit SuccinylcoA und mache daraus mit Glycin ->
Aminolävulinat –
-> 2 davon werden zu Porphobilinogen ->1. Ring davon
brauche ich 4 für Häm

114
Essenzielle AS - Aromatische AS
Wir haben auch essenzielle AS -> können wir selbst nicht herstellen! Sie sind prokaryotischen
Ursprungs und werden in oft Chloroplasten synthetisiert. BSP Aromatische und verzweigtkettige AS
haben dort für uns essenzielle Vorstufen. Aromatische AS wichtig v.A bei Elektronenüberträgern z.B
Ubiquinon etc.
Aromatische AS werden in Chloroplasten über Shikimat-Weg synthetisiert
Ensteht aus Phosphoenolpyruvat (Glykolyse) und erythrose-4-phosphat (Calvinzyklus). PEP muss aus
Cytosol -> Chloroplasten gebracht werden mit PEP Transporter. Erythrose-4-phosphat ist ja schon dort.
Aus der C4 und C3 Verbindung machen wir dann den aromatischen Ring mit Carboxylgruppe =
Shikimat. Verwende dann noch ein PEP und mache Chorismat. Aminogruppe aus Glutamat wird noch
angefügt (Aminotransferase) und dann habe ich Aromaten quasi fertig. Kleine Reaktion zu Typrosin
und Phenylalanin.
Tryptophan-> hier gehen wir von Chorismat aus und machen es durch Aminogruppe gleich zu
Anthranilat. Nutze dann aktivierte Ribose PRPP und mache Indolring -> der bringt mich zu Trypthophan
Kann über Shikimatweg auch andere Sekundärmetabolite herstellen wie Lignin oder Flavinoide

Fixierung von Luftstickstoff

Nur Bakterien können Luftstickstoff fixieren -> brauchen dafür viel Energie und spezielle
Bedingungen. Diese N-fixierenden Bakterien können Symbiosen mit Pflanzen eingehen.
Bakterien fixieren N und tauschen ihn mit Pflanzen gegen C. -> ist sehr teuer für Pflanze 1g N
kostet ca.15 g fixiertes C.
Symbiose findet in Wurzelknöllchen statt -> kleine Knöllchen mit Bakterien an Pflanzenwurzel!
BSP solcher Symbiosen: Rhizobien mit Leguminosen; Cyanobakterien und spezielle Farne
Ist ohnehin genug N vorhanden in Boden als Nitrat kann z-B Leguminose Knöllchenbildung
unterdrücken

Wir brauchen anaerobe Bedingungen für N-fixierung in Bakterien -> entweder leben
Bakterien in anaeroben Bedingungen (Boden, Wasser) oder sie schaffen interne anaerobe
Bereiche
BSP Kompartimentierung der N-Fixierung in Heterocysten bei Cyanobakterien ->
Heterocysten sind dickwandige Bereiche und bilden abgeschlossenen anaeroben Bereich -
> haben kein PS II -> keine Sauerstoffproduktion -> O-Ausschluss

Sauerstoffausschluss auch erreichbar durch hohen Sauerstoffverbrauch oder

Verwendung von Leghämoglobin. (ähnliche Struktur zu Myoglobin und
Hämoglobin nur 15% gleiche Struktur. Leghämoglobin bindet Sauerstoff sehr
fest (hohe Affinität) -> lässt ihn nicht los und senkt so Level an freiem Sauerstoff
ab und Schützt Enzym. Haben hohe Konzentration von Leghämoglobin in
Leguminosen. -> Cytosol von Knöllchen bei Sojabohne 700 mykromolar ->
Knöllchen dadurch Rosa gefärbt.
Diese Bakterien in Wurzelknöllchen z.B fixieren jetzt N aus Luft -> liefern es dann als Amide (Gln,
ASn)oder Harnstoffderivate an Pflanzen.
Diese wiederum liefern Malat an Bakterien
Fixierungreaktionen von N- Nitrogenasekomplex
Der Nitrogenasekomplex macht die Fixierung von N -> ist sehr Sauerstoffempfindlich und muss
geschützt werden.
115
Er besteht aus 2 Proteinkomponenten:
1. Reduktase -> liefert e- mit großer Reduktionskraft
2.
3. Nitrogenase -> verwendet e- von Ferrodoxin zur Reduktion von n2 zu NH3
Beide Teile sind FeS Proteine.
Reduktase nimmt Elektronen von Ferrodoxin auf
Wichtig ist hier die Hydrolyse von ATP -> sie führt
Konformationsänderung durch und nähert so die 2 UE
an -> Reduktase rückt näher zur Nitrogenase

Nitrogenaseteil ist ein Tetramer aus 2 alpha und 2 beta UE-> hat P-Cluster mit Fe und S Molekülen und
Teil der Molybdän gebunden hat und Cofaktor. Bildet sich also ein Würfel aus -> Jeder Cluster ist über
Cysteinreste mit Protein verbunden und an einer Stelle haben wir freien Platz -> ist so damit jedes
Eisen Bindung mit Stickstoff eingehen kann = gerichtetes Einspannen (passende räumliche
einnspannung) -> dann fließen Elektronen über Ferrodoxin rein und Eisenprotein überträgt das auf
Molybdäncofaktor -> der überträgt es dann damit N zu Ammonium reduziert werden kann auf
eingespanntes N! Reduktion erfordert sehr viel Energie -> daher muss Pflanze viel Malat liefern für
Reaktion!
Fixierter N wird dann in Form spezieller Speicherproteine gespeichert.

17.Vorlesung
Nukleotide und ihr Stoffwechsel
Nukleotide bestehen aus Base Zucker und Phosphat
Häufister Zucker oder Ribose und Desoxyribose. -> Zucker ist mit glykosidischer
Bindung mit Base verbunden. Phosphatrest auch an Zucker gehängt = Nukleotid.
Gibt 5 verschiedene Basen -> 2 Arten Pyrimidine und Purine

116
Nicht nur für Augbau der Basen einige Nukleotide haben wichtige Rolle in Stoffwechsel
cAMP -> ist wichtiger Signalstoff entsteht durch Zyklisierung von AMP
Rezeptor in Membran macht aus ATP -> cAMP -> das kann andere Proteinkinasen
aktivieren und involvieren – Rolle bei Glykogenabbau!
In Signaltransduktionskaskaden involviert

ATP ->universeller Energieträger der Zelle

Da Nukleotide so wichtig -> hier wichtiger Angriffspunkt für Regulation -> Nukleinsäurebiosynthese bei
besonders schnell wachsenden Zellen v.A wichtig. – Tumore wachsen auch schnell. Viele Therapien
setzen hier an und blockieren Biosynthesen von Nukleotiden.
Synthese von Nukleotiden
2 Möglichkeiten:
1. Salvage Pathways
= recyclingwege -> Base wird erneut mit Ribose PrPP verknüpft.

2. De novo Synthese
Pyrimidine -> Base wird zuerst aufebaut dann an Ribose gebunden

Purine -> Stück für Stück aus verschiedenen Stoffwechselwegen an der

Ribose Base aufgebaut

Pyrimidine
Verwende Carbamoylphosphat (Isoenzym bereits in Harnstoffzyklus gesehen) um
Pyrimidinring herzustellen. Sie macht Reaktion Hydrogencarbonat+Ammonium (von
Glutamin) zu Carbamoylphosphat -> das geht dann in Ringsynthese ein und liefert
C und N für Ring. Der Rest des Ringes kommt aus Aspartat
Carbamoylphosphatreaktion (siehe VO 16)
Carbamoylphosphat verknüpfe ich mit Aspartat -> mit Aspartat Transcarbamoylase
-> Phosphatrest wird abgespalten -> erlaubt Bindungsknüpfung und Dihydroorotat
ensteht -> oxidiere ich mit NAD+ zu Orotat. Das übertrage ich dann auf RIbose

117
Wird auf aktivierte Ribose übertragen = PRPP -> mit ATP aktiviert -> Pyrophosphat angehängt ->
Phosphat an O drangehängt macht gute LFuchtgruppe, die abgespalten werden kann zum dranhängen
der Purine -> hier kann nukleophil gut mit Elektronenpaar von N angegriffen werden

#
Orotat und PRPP werden gemeinsam zu Ororidylat -> wird
dann durch decarboxylierung zu UMP!

Aus UMP mache ich mit UMP-Kinase -> UTP durch Phosphorylierung
Aus UTP mache ich dann mein CTP

Aminogruppe kommt aus

Gluramin und ersetzen O mit
Aminogruppe

Pyrimidine
Hier muss ich 2 Ringe herstellen -> daher ist Synthese direkt an Ribose
Starte mit aktivierter Ribose PRPP (oben) -> daran wird N gehängt
aus Glutamin -> andere Atome werden nacheinander angebaut!
• 2x Formylgruppe aus Tetrahydrofolat
• 1x Hydrogencarbonat -über carbamoylphosphat
• 1xAspartat
• 1x Glycin
• 2x Glutamin

Synthese führt mich zu IMP -> mache dann AMP und GMP daraus
Um AMP und GMP zu machen brauche ich jeweils das entgegengesetzte
Nukleotid für die Synthese.
Um AMP zu machen muss ich in IMP NH2 Gruppe enibauen und diese wird
in dem Fall mit GTP aktiviert – jetzt ähnlich Reaktion wie in Harnstoffzyklus
– am Ende bleibt N über gebunden IMP = -> AMP und Fumarat geht raus
118
Um GMP zu machen verwende ich wieder IMP und hänge N aus Glutamin da dran. Ich muss Sauerstoff
der an der Stelle war mit ATP aktivieren = phosphorylierung -> geht so leichert ab bzw Reaktion ein mit
Aminogruppe -> GMP entsteht

Ribonukleotidreduktase
Haben jetzt Ribose als Zucker -> um DNA zu machen muss ich jetzt
Desoxyribose herstellen -> wird durch Radikalreduktion gemacht.
Ribonukleotidreduktase macht diese Radikalreduktion -> macht
Ribonukleotide zu desoxyribonukleotiden
Struktur: Sie hat 2x 2UE -> 2xR1 und 2xR2 -> formen immer Dimer
In R1 haben wir wichtigen Glutamatrest und verschiedene Cysteinreste
In R2 haben wir Tyrosylradikal (relativ stabil) -> ist mit Eisen stabilisiert und anderen Resten auch
Sauerstoff in der Nähe.

119
Cysteine haben bei der Reaktion eine wichtige Rolle. Wir wollen OH Gruppe entfernen um aus Ribose
-> Desoxyribose zu machen. Jetzt haben wir noch 2 OH. In R1 UE haben wir in aktivem Zentrum einen
Glutamatrest der macht jetzt WW mit der OH Gruppen. Zusätzlich kommt es zu Ausbildungen von H-
Brücken von Cysteinresten mit der anderen OH Gruppe. Ein weiteres Cystein in aktivem Zentrum wird
in Radikal umgewandelt durch Tyrosylradikal -> Elektron und Proton, das von Cystein abgespalten
werden gehen zu Typrosylradikal. Cysteinrest nimmt sich jetzt ein H von Ribose -Cystein bildet S-H
Bindung aus. An Ribose hat sich jetzt an C´3 Position ein Radikal gebildet -> Radikal verdrängt jetzt OH
Gruppe an Position 2 -> OH Gruppe schnappt sich weiteres H von unterem Cystein und geht raus als
H20 -> Radikal haben wir jetzt an Position C2´ Diese schnappt sich ein H von anderem Cysteinrest und
dadurch bildet sich Disulfidbrücke zwischen den beiden Cysteinen aus (oxidierte Form) -> erfolgreich
Desoxyribose gemacht -> geht dann raus aus Enzym und wir müssen Ribonukleotidreduktase jetzt
wieder regenerieren!
Redoxkette musste gebaut werden um eben Ribose auf Desoxyribose zu reduzieren -> brauchen hier
viel Energie -> kommt von NADPH über FAD und Thioredoxinreduktase zu Thioredoxin und von da
weiter zu Ribonukleotidreduktase -> hier geht Kraft über Zustand der Disulfidbrücken

Regulation von Ribonukleotidreduktase -> erfolgt über starke Feedback Inhibierung

Ich brauche Desoxyribonukleotide ja nur zu machen wenn ich DNA Synthese betreibe -> also habe ich
bereits viele dNTPS akkumuliert -> inhibiert das Reduktase und es kann kein neues mehr entstehen ->
ATP stimuliert hier.

120
Auch wichtiges Regulationsmerkmal ist Crossreaktivität -> wenn ich von IMP versch Basen machten
möchte brauche ich um zu ATP zu kommen GTP und umgekehrt. Sowas findet sich hier wieder - >
Effektive allosterische Regulation bei Ribonukleotidreduktase

Herstellung von dTTP

Haben bis jetzt ja nur dUMP gemacht -> daraus müssen wird noch dTMP bzw dTTP für DNA Synthese
wird mit Thymidylat-Synthase gemacht Unterschied zwischen den beiden ist Methylgruppe -> diese
kommt von Methylentetrahydrofolat -> wird zu Dihydrofolat Dihydrofolat muss regeneriert werden -
> das passiert über Dihydrofolatreduktase.
-> das erfolgt über Regeneration von erfolgt über Tetrahydrofolat -> wird Katalysiert von
Dihydrofolatreduktase.
Abbau von Purinen
am BSP AMP -< zuerst einmal wird Phosphat
entfernt sind dann bei Adenosin -> das
desaminieren wir dann und wir machen Inosin
(Aminogruppe wird entfernt) dann wird
Ribose abgespalten und komme so zu
hypoxanthin und von da geht es los dass ich
anfange den ring zu oxidieren d.h gibt zum
einen xanthinoxidase und von da komme ich
zu demselben schritt auch bei Abbau von
Guanin hin und von hier komme ihc dnan
über xanthinoxidase zu Harnsäure und Urat -
< diese Verbindungen kennen wir schon
haben beim letzten mal gesehen es gibt auch
Organismen die nicht wie wir N aus Harnstoff
entsorgen sondern wenn ich mir das bei Reptilien und vögeln ansehen habe ich da denn punkt dass
ihc Wasserknappkeit habe weil sich das in ei entwickelt und fertige Vögel können auch nicht so viel
Wasser transportieren beim Flug und da habe ich bei Harnsäure Vorteil viel N einbauen zu können also
nicht so viel Wasser zu brauchen um das zu läsen kann bei dem weg auch zu Krankheitsbildern kommen
kann, passieren das Harnsäure sich in Gelenken lagert und man Gicht bekommt

18.Vorlesung
DNA, RNA, Gentechnik
Basenpaare sind gestapelt und Stabilisieren DNA Doppelhelix über Van der Wals WW
(nicht nur Rückgrat auch hier stabilisierende WW. Eine Windung umfasst 10 Basen.

DNA hat große und kleine Furche, ergibt sich aufgrund ihrer Struktur

121
Unterschiedliche WW mit Proteinen aufgrund dieser
Furchen möglich. Proteine können an DNA in großer
Furche binden und dort Sequenz ablesen und so
spezifisch interagieren.
B Form in DNA häufiger unter physiologischen
Bedingungen -> große Furche gut zugänglich für
Interaktionen mit Proteinen durch C´ endo
Konformation der Zucker
A-Form hat C3´ endo Faltung -> dadurch sind
Basenpaare anders geneigt -> nicht gut zugänglich
da breiter und kürzer

BSP Interaktionen DNA

mit Proteinen!

RNA hat Möglichkeit mit

sich selbst Strukturen zu formen -> Teile können Basenpaaren („falsche“
Basenpaarung ist für diese komplexen Strukturen verantwortlich
Häufig: Stemloop, Hairpin

Doppelhelix Ausbildung messbar

Kann Basenpaarung über Hypochromizität messen.
Trennen der DNA wird als Schmelzen bezeichnet ->
Schmelztemperatur (Tm) ist dann die T bei der Hälfte
der Doppelstränge offen und Hälfte geschlossen
vorliegen. Ich kann es messen über Änderung der
Absorption – Aromatische AS absorbieren Licht -kann
ich hier nutzen -> Absorption dieser ist nämlich
geringer wenn DNA als Doppelhelix vorliegt als wenn
offen. Nutze das packe DNA in Photometer und erhöhe
langsam T -> Messe dann Anstieg der Absorption und
erstelle daraus Schmelzkurve! (280nm) gemessen
122
DNA in Eukaryoten von RNA Polymerase synthetisiert -> hat Mg2+ als notwendigen Cofaktor -> Matrize
ist Doppelsträngige DNA -> s

Es gibt unterschiedliche Signalsequenzen in Prokaryoten und

Eukaryoten -> Regulation von Transkription erfolgt über
Promotoren -> es wird mRNA erzeugt
Die mRNA von Eukaryoten hat meist noch
Exons und Introns -> Introns müssen noch
herausgespliced werden, da sie nicht in
Protein translatiert werden

mRNA ha außerdem Start und

Stoppsignale für Proteinsignale

DNA und Gentechnik

PCR, Klonen, His-Tag (Affinity Tag) GST-Fusionsprotein

19.Vorlesung
Bei anderen Vos dabei

20.Vorlesung
Proteinsynthese
DNA wird transkribiert -> mRNA -> geht ins Cytosol wo sie an Ribosomen abgelesen wird und
translatiert -> in Proteinsequenz übersetzt
Grundbausteine der Proteine sind Aminosäuren- eine AS ist kodiert aus einem Triplett von Basen
4 verschiedene Basen in je 3er Kombis kodieren für 20 AS und 3 Stopcodons und ein Startcodon ->
Code ist redundant = degeneriert -> mehere Tripletts kodieren für eine Aminosäuren -> wichtig da wir
an 3. Stelle wobble Base haben -> sie wird bei Dekodierung nicht exakt überprüft -> Stelle 1 und 2
genauer. BSP GCG GCA; GCC und GCU kodieren alle 3 für Alanin
An Ribosom passiert die Translation wo eben der Code -> AS übersetzt wird. Dekodierung findet hier
statt

123
Wie funktioniert Code? Wie hat man das herausfanden?
1. Frage: Wie lange muss Codon sein?
Wusste ich muss 20 AS kodieren -> wieviele Basenpaare brauche ich also dafür? 1 -> reicht
nicht aus, 2-> macht 16 möglichkeiten -reicht auch nicht aus 3-> 64 Möglichkeiten
=ausreichend für AS und Platzt

2. Entschlüsselung des Codes -> welches Triplett kodiert für was?

Haben dafür mRNAs künstlich synthetisiert mit immer selben Codon darauf (immer AAA;
immer ACG etc.) hat dann entdeckt z.B aus dem polyU wurde Polyphenylalanin. Hat ihn also
über Produkte entschlüsselt

Ribosomen
• Interaktion mit DNA Doppelstrang -> brauchen Magnesium
• Ribosomen auch als Ribozym bezeichnet -> bestehen zu 2/3 aus RNA,-> die hat
auch katalytische Aktivität und ist für s
Struktur verantwortlich -> 1/3 Protein
• Prokaryotische Ribosomen haben 70S und Eukaryotische 80S
• tRNA liefern aktivierte AS als Bausteine
• mRNA dient als Matrize

E.coli hat BSP 20.000 Ribosomen.

Aufbau Ribosomen

124
Translation an den Ribosomen
Wir haben mRNA als Matrize -> sie bindet kleine UE – große bindet darauf.
Hat mehrere Stelle A site hier findet Dekodierung statt P site hier finde
Peptidbindungknüpfung statt und E site dort geht die nascente
Polypeptidkette wieder raus. Wichitg ist für Knüpfen der Bindung müssen wir
in hydrophoben Bereich arbeiten, 23S rRNA katalysiert dabei das Knüpfen der
Bindung.
An mRNA sitzen oft mehrere Ribosomen hintereinander, die parallel
beginnen die mRNA zu translatieren

Knüpfen der Peptidbindung

Aktivierung der Aminosäuren durch aminoacyl tRNA ->
AS werden also acyliert um die Ausbildung der
Peptidbindung zu ermöglichen
Peptidbindung ist zwischen Carboxygruppe und
Aminogruppe -> Carboxygruppe ist ja normalerweise sehr wenig
reaktiv – daher mache ich Anhydrid indem ich es acyliere und erhöhe
so die Reaktivität.
tRNA -> in tRNA haben wir oft modifizierte Basen -> z.B methylierte-
> dadurch können wir bestimmte Basenpaare nicht ausbilden ->
andere WW aber möglich. An anderen Stellen werden sie schon
ausgebildet-> führt zu der besonderen Struktur der tRNA.
3 Basen an unteren Ende dienen des Erkennen des Codons auf mRNA
in Ribosom. Am oberen CCA Ende bindet am 3´OH die Aminosäure.
Haben außerdem die DHU und Pseudouracilschleife.
Anticodonschleife dockt dann an mRNA in kleiner UE an lange
Teil reicht mit CCA Ende an dem AS hängt in große UE in P site
wo 23 S rRNA die Peptidbindung ausbildet.

125
Dekodierung
Die Codon-Anticodon WW ist entscheidend für Einbauen der Richtigen AS
-> dabei bindet. tRNA kommt also rein und Anticodon bildet WW mit Codon
auf mRNA aus. Die 16s rRNA kontrolliert diese Basenpaarung mit einem
konservierten Adenin. Hier werden die ersten 2 Stellen des Codon-
Anticodon genau kontrolliert. 3. Ist wobble Base 16 s rRNA bildet also WW
(H-Brücken) mit dem Codon und Anticodon Basen aus und stabilisiert sie-
Wenn richtige WW zwischen den beiden stabilisiert es soweit, dass tRNA
hängen bleibt und Peptidbindung ausgebildet werden kann -> ist try and
Error Prozess -> tRNA kommt rein probiert -geht wieder wenn es nicht
passt -neue kommt rein.

Aktivierung der Aminosäuren

Aminosäure wird mit ATP aktiviert -> Aminoacyl-AMP und dann mit tRNA beladen. ->
Aminoacyl-tRNA
= ein gemischtes Anhydrid entsteht
Beladen der AS ist kritischer Punkt! -> wichtig, dass alles richtig ist; jede AS hat eigene tRNA
und kann nur mit dieser die richtigen Interaktionen eingehen, sodass eine Bindung möglich
ist.
Wurde falsch beladen, kann die Korrekturlesefunktion der tRNA genutzt werden -> sie
kontrolliert noch einmal über WW die Beladung und kann notfalls hydrolysieren falls ein
Fehler gemacht wurde.

Translation in 3 Phasen
Initiation, Elongation und Termination

START der Translation - Initiation

AUG ist Start Codon hier beginnt die Translation. Voranstehend haben wir Shinedalganosequenz -> sie
sichert, dass die Ribosomen richtig positioniert werden.
Das Startcodon = 1.AUG kodiert für besondere AS = fMET = Formyl-methionin. Das ist wichtig damit
Synthese immer von 5´-> 3´geht. Durch Formylierung ist nur die Carboxylgruppe der AS frei
Außerdem brauchen wir für noch Initiationsfaktoren sodass Komplex richtig angelagert wird. IF1 und
IF3 -> lagern den den 30S UE an und dann kommt IF2 = G-Protein und lagert sich an Shine-
Dalgarnosequenz mit 30s Initiationskomplex zusammen. -> GTP Hydrolyse führt dann zur Bildung des
70S komplexes

Elongation
Danach kommt Elongation = Kettenverlängerung
Verwende dafür verschiedene Elongationsfaktoren.
Besonders wichtig ist Elongationsfaktor TU = EF-TU. ER ist G-
Protein und bindet die AminoacyltRNA in seiner GTP Form.
Er bringt die aminoacyltRNAs zur A Stelle. Er schützt sie vor
Hydrolyse und wenn richtiges Codon erkannt wurde betreibt
er GTP Hydrolyse und sorgt für Konformationsänderung in
Protein -> rückt so tRNA besser in P Site sodass Bindung
geknüpft werden kann. Außerdem nutze ich 23S rRNA in P
Site -> sie richtet weiter richtig aus. Peptidbindung ist dann
KATLAYSE DURCH RÄUMLICHE ANNÄHERUNG durch
korrekte Ausrichtung und starke Aktivierung der
Komponenten erfolgt knüpfen selbst spontan! ->

126
Thermodynamisch günstig ! Nach knüpfen der Bindung geht tRNA raus und neue aminoacyltRNA wird
reingebracht von anderem EF-TU (GTP=´)

Terminierung
Mit einem Stopcodon -> hier passt einfach keine tRNA – Release faktor kommt dann und spaltet Peptid
ab ->ribosom fällt auseinander

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