Termin MAP molecular microbiology

1.DNA-Bindestellen für Regulatorproteine haben oft Palindrom-Struktur.

a) Was ist ein DNA-Palindrom? Erfinden Sie zur Erklärung ein Beispiel. (2 Pkt.) A palindromic sequence is
inverted Complementary sequences are formed of inverted repeat ATTCGAAT
b) Was lässt sich aus diesem Befund für die Struktur der betreffenden Regulatorproteine schließen? Es
ist ein Dimer

2. Zwei imaginäre E. coli-Gene werden durch cAMP-CRP reguliert. Bei Gen A liegt das Zentrum der CRP-
Bindestelle bei Position -10.5 (bezogen auf den Transkriptionsstart), bei Gen B bei Position -61.5.
a) Welches dieser Gene wird durch cAMP-CRP aktiviert, welches reprimiert? Gen A reprimiert, Gen B
aktiviert
b) Durch welche Umweltveränderungen wird die Expression dieser Gene über cAMP-CRP beeinflusst?
b. cAMP, kohlenstoff mangel – die adinelat cyclase wurde aktiviert , das fuhrt zum bildung von CRP
und damit cAMP-CRP. The CRP-regulated genes are typically involved in energy-related metabolic
pathways, such as galactose metabolism, citrate metabolism, and the phosphoenolpyruvate group
translocation system. In an environment with a low glucose concentration, cAMP accumulates and
binds to the allosteric site on CRP (cAMP receptor protein), a transcription activator protein.

3. Nennen Sie zwei Funktionen der C-terminalen Domäne der Alpha-Unter-einheit der bakteriellen RNA-
Polymerase. (2 Pkt.) the interaction with transcription factors, UP element or sigma factor

4. Nennen Sie drei Mechanismen, wie die Aktivität eines Transkriptionsfaktors kontrolliert werden kann.
Geben Sie für einen Mechanismus ein Beispiel an.
A ligand binding, B phosphorylation (ZB Two component system: a transcription factor becomes
phosphorylated - it can bind to the DNA to a specific binding site), C interaction with other
transcription factors

5. Welche Rolle spielt das OxyR-Protein in E. coli? Warum ist es Sensor und Regulator zugleich?
• OxyR is a H2O2 sensor that gets oxidized by H2O2
The E. coli oxyR gene is required for the induction of a regulon that is inducible by hydrogen peroxide
and confers resistance to oxidative stresses.
When the cells are exposed to H2O2, OxyR protein is activated via the formation of a disulfide bond
between the two conserved cysteine residues. Although functioning as an activator, E. coli OxyR
proteins in both oxidized and reduced forms possess DNA binding activity for a conserved binding motif
comprising four regularly spaced ATAG elements.

6. Ein klassisches Signaltransduktionssystem in Bakterien besteht aus zwei bestimmten Typen von
Proteinen. a) Wie nennt man das System und wie heißen die beteiligten Proteine? (2 Pkt.) - Two
component systems (TCS)- signal transduction through the cytoplasmic membrane. 2 component=
sensor histidine kinase and response regulator
b) Wie funktioniert dieser Typ des Signaltransduktionssystems?
Two-component systems typically consist of a membrane-bound histidine kinase that senses a specific
environmental stimulus and a corresponding response regulator that mediates the cellular response,
mostly through differential expression of target genes.-> allow organisms to sense and respond to
changes in many different environmental conditions.
7. Warum sind Bakterien in ihren natürlichen Habitaten ganz überwiegend in der stationären Phase?
The entry to the stationary phase can be caused by so many factors. At the stationary phase the
growth and death rate of the cells is balanced which is the key for long term survival of the bacteria. -
sufficient nutrients for the long-term survival of the total population without requiring the sacrifice of
cells to supply additional nutrients.

8. Nennen Sie zwei phänotypische Merkmale, durch die sich Stationärphasen-zellen deutlich von
exponentiell wachsenden Zellen unterscheiden. (2 Pkt.)
A Exponential or log phase (until OD=0.3): most resources go into ribosome synthesis, cells are non-
motile (optimal for growth)
B Post-exponential phase (0.3<OD<3): gene expression becomes more diverse; cells produce flagella;
master regulators: σ70, σFliA, CRP, FlhDC low c-di-GMP
C Stationary phase (OD>3): cells stop to grow and become small and ovoid; cells become multiple
stress-resistant; produce amyloid curli fibres and cellulose; master regulator: σS high c-di-GMP
(survival over growth)

9. Stationärphasenzellen von E. coli (also z. B. nach Wachstum in LB über Nacht) zeigen hohe Resistenz
gegen Wasserstoffperoxid. Nennen Sie ein Gen oder Genprodukt, dessen Mutationen dazu führt, dass
die Zellen in der stationären Phase wasserstoffperoxid-sensitiv bleiben und erklären sie, warum
(mehrere Nennungen möglich). (2 Pkt.)
Eine mutation in der katalase (the enzym that the wasserstoffperoxid abbaut) or mutation in RpoS

10. Warum werden RpoS-abhängige Gene in der oberen Schicht von E. coli-Kolonien auf Agarplatten
exprimiert? Nennen Sie ein Beispiel für ein solches Gen. (3 Pkt).
A two-layer architecture of E. coli K-12 colony biofilms
Top layer: Stationary phase σS-dependent gene expression in small starving cells, including genes
required for synthesis, secretion and assembly of amyloid curli fibers (stained with thioflavin S)
Bottom layer: Post-exponential growth Vegetative gene expression (σ70, σFliA) in growing cells,
including genes required for synthesis, secretion and assembly of flagella

11. RpoS wird durch die ClpXP-Protease abgebaut, wobei RpoS eine Bindestelle für ClpX Untereinheit
besitzt. Warum wird darüber hinaus auch das RssB-Protein als 'proteolytic targeting factor' benötigt, um
RpoS abzubauen? (2 Pkt.)
RssB has 2 roles: sigma s binds to rssb and RssB unfolds ClpX pore for degradation of sigma s. Rssb is
an essential recognition factor for sigma s proteolysis which delivers RpoS to ClpXP.
Rssb acts by binding and delivering RpoS to the ClpXP protease. RssB is not co-degraded with RpoS,
but is released from the complex and can initiate a new cycle of RpoS recognition and degradation.

12.a) Durch welche chemische Reaktion wird c-di-GMP synthetisiert? From GTP molecules
b) Wie heißen die Enzyme, die diese Reaktion katalysieren? diguanlate cyclase
c) Durch welche Domäne sind diese Enzyme gekennzeichnet? “GGDEF” protein domain
d) Wofür steht der Name dieser Domäne? Amino acids
e) Welche Funktion hat c-di-GMP in der bakteriellen Zelle? Regulated cellular functions in bacteria-
biofilm , motility , virulance

13. Was versteht man unter Quorum Sensing bei Bakterien? Quorum sensing bacteria produce and
release chemical signal molecules called autoinducers that increase in concentration as a function of
cell density. Quorum Sensing (QS) signaling molecules constitute a complex environmental system
that is regulated according to the density dynamics of the bacterial population. It mainly involves N-
acyl homoserine lactones (AHLs) and/or alkyl quinolones (AHQ) signaling pathways

14. Was haben klassische Autoinducer-Moleküle in Gram-negativen Bakterien strukturell gemeinsam

und weshalb sind sie trotzdem spezies-spezifisch? (2 Pkt.) XXXXXXXX

15. a) Welche Funktion hat eine Signalsequenz in einem Protein? Signal sequences are located on the
N-terminus of some proteins and enable those proteins to find their correct location outside the cell
membrane. The signal sequence tags the protein for transport through the cell membrane and out of
the cell.
b) Nennen Sie zwei charakteristische Merkmale einer Signalsequenz? (2 Pkt.) Signal sequences are on
average 16–30 amino acid residues in length, A positively charged n-region, a central hydrophobic h-
region and a c-region with the cleavage site for signal peptidases.
c) Nennen Sie eine zelluläre Komponente, die Signalsequenzen erkennen kann. The signal recognition
particle (SRP)

16. Wo befindet sich das SecY-Protein in der bakteriellen Zelle und welche Funktion hat es?
In the membrane. The function is secretion.

17.a) Ist das Milieu des Periplasmas in Gram-negativen Bakterien eher oxidierend oder reduzierend?
The envelope of Gram-negative bacteria is composed of the outer (OM) and inner (IM) membranes and
a thin peptidoglycan (PG) layer located in the periplasmic space, which is a highly oxidizing
compartment.
b) Durch welches System wird dieses Milieu erzeugt? DSB system
c) Was bewirkt dies bei periplasmatischen Proteinen? DsbA and DsbB introduce DSBs into periplasmic
proteins????

18.a) Was ist typischerweise der erste chemische Schritt bei einer Oxidation eines Proteins durch
Wasserstoffperoxid? formation of sulfenic acid as a reactive group (reaction of cysteine)
b) Nennen Sie zwei (von mehreren) Möglichkeiten einer weiteren Reaktion. • formation of glutathion•
further oxidation to sulfinic and sulfonic acid
c) Nennen Sie ein zelluläres System, das oxidierte Proteine wieder reduzieren kann. thioredoxin system
d) Woher bezieht dieses System die dazu nötigen Elektronen? Trx have numerous functions in cell
growth such as the electron donor for ribonucleotide reductase, which is essential for DNA synthesis
and repair. NADPH as the electron donor

19. Was bedeutet die Bezeichnung W3110 rpoS::kan? (3 Pkt.) Strain of E. Coli with a mutant of rpos,
substituted with kan

20. Läuft die DNA im Agarosegel zum Plus- oder zum Minuspol? Warum?
DNA is negatively charged, therefore, when an electric current is applied to the gel, DNA will migrate
towards the positively charged electrode.

21. Sie haben im Praktikum ein SDS-Gel verwendet.

a) Welche Funktion hat SDS im Gel? Protein analysis
b) Werden SDS-Gele für DNA oder Proteine verwendet? proteins
c) Wonach erfolgt die Auftrennung? Molecular weight – by mass