VS : Systemische Physiologie - Animalische Physiologie für Bioinformatiker

© Martin Nawrot · Neuroifnormatik / Theoretical Neuroscience · Freie Universität Berlin

Messung und Analyse von Gehirnaktivität I

• Invasive Messtechniken (Methoden)

• Wieviel Information traegt ein einzelnes Neuron? (Aktuelle Forschung)

Martin Nawrot

Bernstein Center for

Computational Neuroscience

Neuroinformatics & Theoretical Neuroscience

Institute of Biology – Neurobiology

Vorlesung Animalische Physiologie für Bioinformatiker | FU Berlin| WS 2012/2013 | M Nawrot

 Themenliste

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20.12.12
Messung und Analyse von Gehirnaktivität I (invasive Methoden)

10.01.13
Messung und Analyse von Gehirnaktivität II (nichtinvasive Methoden)

17.01.13
Neuronenmodell I (Kodierungsmodelle)

24.01.13
Neuronenmodell II (Einzelneuronmodell)

31.01.13
Neuronenmodell III (Modelle synaptischer Plastizität)

14.02.12
Repetitorium

KLAUSUR 06.03.2013, 9:00 (s.t. !)

Nachklausur 27.03.2013, 9:00
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Introduction

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Data
Experiment
Analysis

Hypothesis Modeling
Applications

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Data
Experiment
Analysis

Hypothesis Modeling
Applications

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1 Methoden zur Messung von Hirnaktivität

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 1 Recording Techniques | Central Nervous System [CNS]

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 1 Recording Techniques | resolution in SPACE and TIME

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PET

NIRS Ca-imaging

intracellular

Vm
20μm

(adapted from Matt Fellows)

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 1 Recording Techniques | direct versus indirect measurement

electrophysiology imaging

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 direct measurement of neuronal signals  visualization of single neuron activity

intracellular recording from optical imaging of

- single neurons / dendrites intracellular Ca activity
- in vitro / in vivo
20μm - 2D / 3D

extracellular recording of  visualization of average activity

- action potentials (SUA/MUA) and
- local field potential (LFP, indirect) optical imaging with
voltage sensitive dyes

 measurement of electric mass signals

electrocorticography (ECoG) functional magnetic
- epicortical field potentials resonance imaging (fMRI)

electroencephalography (EEG)

positron emission tomography (PET)

magnetoencephalography (MEG)

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2 Intrazelluläre Messung des Membranpotentials

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 2 Intracellular Recording

• in vitro | in vivo

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• sharp recording | patch recording
• whole-cell patch | dendritic patch
• infrared microscopy

Vorlesung
© Clemens Animalische
Boucsein Physiologie für Bioinformatiker | FU Berlin| WS 2012/2013 | M Nawrot
 2 Intracellular Recording

• in vitro | in vivo

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• sharp recording | patch recording
• whole-cell patch | dendritic patch
• infrared microscopy

20m
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Vorlesung
© Clemens Animalische
Boucsein Physiologie für Bioinformatiker | FU Berlin| WS 2012/2013 | M Nawrot
 2 Intracellular Recording | spontaneous activity in vivo

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‘Spike Train’

Vorlesung
© Clemens Animalische
Boucsein Physiologie für Bioinformatiker | FU Berlin| WS 2012/2013 | M Nawrot
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3 Extrazelluläre Messung von Aktionspotentialen

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 3 Extracellular Recording | INPUT / OUTPUT lines of a single neuron

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© Clemens Boucsein, Universität Freiburg

INPUT
OUTPUT

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 3 Extracellular Recording | electrodes

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 3 Extracellular Recording | electrodes

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culture in vitro

► metal | silicon | glas electrodes

► spike output activity
► in vitro | in vivo

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 3 Extracellular Recording | recording sphere

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Cortex

Valentino Braitenberg & Almut Schüz

Cortex: Statistics and Geometry of Neuronal Connectivity
Springer, Berlin, 1998 (Second Edition)

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 3 Extracellular Recording | recording sphere

The Mouse Cortex

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Cortex

Undersampling !

Valentino Braitenberg & Almut Schüz

Cortex: Statistics and Geometry of Neuronal Connectivity
Springer, Berlin, 1998 (Second Edition)

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 3 Extracellular Recording | electrophysiological setup

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field potential spikes

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 3 Extracellular Recording | raw signal and Multi Unit Activity [MUA]

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Extrazelluläre Aufnahmen im somatosensorischen Kortex der Ratte. Spontanaktivität unter Anästhesie.
Data Curtsey: Clemens Boucsein und Dymphie Suchanek, Neurobiologie & Biophysik, Universität Freiburg
Fucke et al., 2011

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 3 Extracellular Recording | raw signal and Multi Unit Activity [MUA]

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Extrazelluläre Aufnahmen im somatosensorischen Kortex der Ratte. Spontanaktivität unter Anästhesie.
Data Curtsey: Clemens Boucsein und Dymphie Suchanek, Neurobiologie & Biophysik, Universität Freiburg
Fucke et al., 2011

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 3 Extracellular Recording | raw signal and Multi Unit Activity [MUA]

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‘Spike Train’

Extrazelluläre Aufnahmen im somatosensorischen Kortex der Ratte. Spontanaktivität unter Anästhesie.

Data Curtsey: Clemens Boucsein und Dymphie Suchanek, Neurobiologie & Biophysik, Universität Freiburg
Fucke et al., 2011

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 3 Extracellular Recording | spike sorting and Single Unit Activity [ SUA]

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200
µV(µV)

02 01
8 100
A_D1_-70

18
Voltage

0 0

-71.61

A_D1_-70
1

µV
-100
-200
11
-200
200
258.20 258.22 258.24
D_2
µV

s
2 0
100
Spike Templates
-200
0

A_D1_-70
200

µV
18 -100
D_3

-200
µV

3 0
-300

-200 1050 1060 1070 1080 1090

s
1100

Events G X Principle Components

254 255 256 257 258 259 260
s
Time (s)
Extrazelluläre Aufnahmen von α-extrinsischen Neuronen im Bienengehirn. Antwort auf Duftreiz.
Data Curtsey: Dr. Martin Strube, Neurobiologie, Freie Universität Berlin

Strube-Bloss et al., 2011

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 Spike Sorting: Errors !

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Estimated numbers of errors
[1] [2]X
false positive rate : 13% ~10%
false negative rate : 19% ~10%

single unit ≠ single neuron

[1] Joshua, Elias, Levine, Bergman (2007) J Neurosci Meth doi: jneumeth.2007.03.012
[2] Pouzat, Delescluse, Viot, Diebolt (2004) J Neurophysiol 91
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 Neuronal output: ‚spike train‘

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t1 t2 tn

discrete representation
(list)

10100001000100000000001010010100000100010100000000001
binary representation
(array)

discrete time series of events

concept : information encoded in action potentials

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 Interval and Count : Random Variables

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2 basic random variables

- inter-event intervals X (continuous random variable)

- number of spikes N (discrete random variable) in interval of length T

Any mathematical point process definition uniquely determines its

interval and count stochastic, and both random variables are related.

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4 Extrazelluläre Messung von Feldpotentialen

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 4 Field Potentials | electrophysiological setup

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field potential spikes

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 4 Field Potentials | extracellular Local Field Potential [ LFP ]

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• local field potential • spike output activity

Extra.wav

main contribution: Post Synaptic Potentials in pyramidal neurons

(also true for EEG / ECoG)

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 4 Field Potentials | extracellular Local Field Potential [ LFP ]

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• local field potential • spike output activity

Lfp.wav Extra.wav

spiketrain.wav

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 4 Field Potentials | extracellular Local Field Potential [ LFP ]

© Martin Nawrot · Neuroifnormatik / Theoretical Neuroscience · Freie Universität Berlin

• local field potential • spike output activity

Band_lfp.wav

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 4 Field Potentials | Epicortical Field Potential [ EFP ]

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Elecrocorticogram [ ECoG ]

• in vivo
• planar surface electrodes Ø 4mm
• subdural epicortical placement
• id electrocorticograohy [ECoG]

Photo: J Honegger, University Hospital Freiburg

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 4 Field Potentials | Epicortical Field Potential [ EFP ]

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• in vivo
Elecrocorticogram [ ECoG ]
• planar surface electrodes Ø 4mm
• subdural epicortical placement
• id electrocorticograohy [ECoG]

Photo: J Honegger, University Hospital Freiburg

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 4 Field Potentials | Epicortical Field Potential [ EFP ]

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Movement Related Potential [ MRP ]

raw single channel ECoG, multiple trials

filter

low-pass filtered at 0.5Hz cut off

average
average across 50 trials

color code

Mehring et al. (2004) J Physiol Paris 98: 498-506

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 4 Field Potentials | Epicortical Field Potential [ EFP ]

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Movement Related Potential [ MRP ]

Mehring et al. (2004) J Physiol Paris 98: 498-506

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Wieviel Information trägt ein einzelnes Neuron?

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 Motion detection in cortical area MT | Experiment

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Mazurek et al. (2003) Cereb Cortex 13: 1257
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 Motion detection in cortical area MT | Neurometric function

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 The response count of a single neuron in relation to the stimulus
contrast (here coherence of moving dots) can be mapped to the
psychometric function of stimulus discrimination. Hence, the single
neuron discriminates ‘as good as the monkey’.

Mazurek et al. (2003) Cereb Cortex 13: 1257

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 Single neuron activity can cause sensation

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Behavioral responses to stimulation of a single layer 5b pyramidal neuron. (a) Reconstruction of the stimulated
neuron with dendritic tree (red) and axon (blue, incompletely filled). Superimposed is a micrograph of a stimulation
pipette and a tungsten microstimulation electrode aligned along the electrode track. Barrel rows (brown) are labelled
with letters. L = layer, WM = white matter. (b) Action potential raster plots (ticks) and first lick responses (red squares)
during juxtacellular single cell stimulation trials (top), no-current-injection catch trials (middle) and 19 randomly selected
microstimulation trials (bottom). (from Houweling and Brecht, Nature 451: 65-68, 2008)

Houweling and Brecht (2008) Nature 451: 65-68

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FIN

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 References

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Braitenberg, Schüz (1998) Cortex: Statistics and Geometry of Neuronal Connectivity. Springer, Berlin, Second Edition

Fucke T, Suchanek D, Nawrot MP, Seamari Y, Heck D, Aertsen A, Boucsein C (2011) Stereotypical spatio-temporal activity
patterns during slow-wave activity in the neocortex. Journal of Neurophysiology 106:3035-3044

Houweling and Brecht (2008) Behavioural report of single neuron stimulation in somatosensory cortex Nature 451: 65-68

Léger JF, Stern EA, Aertsen A, Heck D.(2004) Synaptic integration in rat frontal cortex shaped by network activity. J
Neurophysiol. 93:281-93

Mazurek A, Roitman J, Ditterich J, Shadlen MN (2003) Role for Neural Integrators in Perceptual Decision Making. Cereb
Cortex 13: 1257-1269

Mehring C *, Nawrot MP *, Cardoso de Oliveira S, Vaadia E, Schulze-Bonhage A, Aertsen A, Ball T (2004) Comparing
information about arm movement direction in single channels of local and epicortical field potentials from monkey and
human motor cortex. J Physiol Paris 98: 498-506

Strube-Bloss M *, Nawrot MP *, Menzel R (2011) Mushroom Body Output Neurons Encode Odor-Reward Associations.
Journal of Neuroscience 31(8):3129-3140

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 1 Recording Techniques | electrophysiological techniques

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macroscopic
electroencephalography EEG NEURONAL
non -

MASS
magnetencephalography MEG ACTIVITY

signal level
epicortical field potential EFP NEURONAL
POPULATION
local field potential LFP ACTIVITY
invasive

extracellular single unit activity SUA SINGLE

microscopic
CELL
intracellular recording ACTIVITY

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