Tiffanie Begin

Frühjahr B 2021
Bio 345: Evolution
16. März 2021

Aktivität 1.1: Natürliche Selektion von Allelen

Erste Schritte

- Geben Sie alle Ihre Antworten in blauen Text in dieses Arbeitsblatt

ein. Dadurch wird die Benotung viel schneller.

- Laden Sie die folgenden drei Modelldateien herunter:

 Einfache Geburtenraten Fixierung 2.0.nlogo
 Einfache Sterberaten Fixation.nlogo
 Zufällige Paarung Diploid Selection.nlogo

Diese befinden sich in Canvas, wo Sie dasselbe Arbeitsblatt gefunden

haben. Speichern Sie sie unbedingt irgendwo auf Ihrem Computer, wo
Sie sie später finden können (z. B. Desktop)!

- Gehen Sie auf die folgende Website:

https://ccl.northwestern.edu/netlogo/. Bitte verwenden Sie die
NetLogo-Webversion, um die Simulationen auszuführen.
Möglicherweise treten Probleme auf, wenn Sie sie mit dem
heruntergeladenen Programm ausführen.

Übung 1: Geburtenraten

Klicken Sie oben rechts auf „Datei auswählen“, um ein Modell

hochzuladen. Finden Sie die Simple Birth Rates Fixation 2.0.nlogo, in
der Sie sie gespeichert haben, und laden Sie sie auf NetLogo hoch.

Klicken Sie unten auf der Seite auf die Registerkarte

„Modellinformationen“, um auf wichtige Informationen zuzugreifen und
die folgenden Fragen zur Simulation „Geburtenraten“ zu beantworten:

1. Was bedeuten die roten und blauen Farben? Das Rot und das Blau
repräsentieren die beiden Populationen (Blaue
Fruchtbarkeit/Population der blauen Schildkröten und Rote
Fruchtbarkeit/Population der roten Schildkröten)
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2. Was bedeuten die Dreiecke (auch bekannt als „Schildkröten“ in
Simulationssprache)?

ANTWORT: Die Dreiecke sind die Individuen in den Populationen.

(Hinweis für mich selbst, bitte außer Acht lassen, wenn ich total

für mich bewerte, 😊 vielen Dank!!! : Diese "Schildkröten" ist ein

Begriff für die Form des Symbols, das in der
Modellierungssoftware {dieser speziellen Modellierungssoftware}
auftaucht, oder die Form der Personen, die in dem Modell
auftauchen, mit dem wir es zu tun haben.) [Dies ist meine Notiz
an mich selbst, bitte ignorieren]

3. Was bedeutet Tragfähigkeit? Die Tragfähigkeit ist die maximale

Anzahl von Individuen im Gelände oder die maximale Größe von
Populationen, was darauf hinweist, dass dies die höchste Anzahl
von einzelnen Organismen ist, die gleichzeitig in diesem Modell
enthalten sein können.

4. Was bewirkt, dass Schildkröten in der Simulation „sterben“?

Zufällige Chance verursacht, dass die Schildkröten in dieser
Simulation sterben

5. Ist es möglich, dass eine rote Schildkröte eine höhere oder

niedrigere Sterbewahrscheinlichkeit hat als eine blaue
Schildkröte? Nein, weil in dieser Simulation die
Sterbewahrscheinlichkeit vollständig randomisiert ist, so dass
das Rot und das Blau innerhalb der Simulation die gleiche
Sterbewahrscheinlichkeit haben, und das passiert, sobald die
Gesamtzahl der Organismen die Kapazität für das Gelände
erreicht hat.

6. Wie wirkt sich die Änderung des blauen Fruchtbarkeitsreglers auf

die Simulation aus?

Es verändert die Anzahl der Nachkommen, die von jeder blauen

Schildkröte in jeder Generation produziert werden.
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Schauen wir uns an, wie stark der Unterschied in der Geburtenrate in
einer kleinen Population sein muss, um eine Population konsequent
aussterben zu lassen.

Set:
 tragfähigkeit bis 100
 rote Fruchtbarkeit bis 2,0
 blaue Fruchtbarkeit auf 2,1 (was Blues einen
Fortpflanzungsvorteil von 0,05 verschafft).
 Beginnen Sie die Anfangspopulation halbblau (Startproportion-
blau = 0,5)

Führen Sie ein Experiment aus (mindestens 10 Durchläufe), indem Sie

auf Setup klicken, und führen Sie dann das Experiment aus (wodurch
das Experiment mehrmals ausgeführt wird). Die Ergebnisse jedes
Versuchslaufs werden im gelben Textfeld angezeigt.

7. Wie oft stirbt Blau aus? 1:10 (1 von 10 Mal oder 10% der Zeit)

Stellen Sie nun die blaue Fruchtbarkeit auf 2,01 und führen Sie ein
Experiment durch (mindestens 10 Durchläufe). Stellen Sie sicher, dass
Sie nach dem Ändern des blauen Fruchtbarkeitswerts auf die
Schaltfläche Setup klicken.

**Tipp: Klicken Sie immer auf die Setup-Schaltfläche, bevor Sie ein
neues Experiment starten oder nachdem Sie Parameter geändert
haben.**

8. Wie oft stirbt Blau aus? 2:10 (2 von 10 Mal oder 20% der Zeit)

9. Vergleichen Sie Ihre Ergebnisse für die Fragen 7 und 8. Sind sie
anders? Warum hat/hat die Veränderung der Fruchtbarkeit den
Anteil der Zeiten beeinflusst, in denen Rotweine ausstarben?
Tipp: Zufallszahl jeder Farbwürfel in jeder Runde. Ja, sie sind
anders. Durch die Änderung der Fruchtbarkeit von 2,10 Kindern
auf 2,01 Kinder näherte sich die Fruchtbarkeit der blauen
Bevölkerung der Zahl der roten Bevölkerung an, die 2,0 betrug.
Dadurch veränderte sich die blaue Fruchtbarkeit der Bevölkerung
um 10% mehr als im vorherigen Experiment. Wenn sie von 10%
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auf 1% Vorteilsunterschied gingen, hatten die Roten immer noch
eine bessere Chance auf den Wettbewerb, aber als sie bei 2,10
Kindern waren, hatten sie einen höheren Fitnessvorteil als als
wir ihn auf 2,01 änderten. So oder so hatte die rote Bevölkerung
immer noch einen Vorteil, aber sie war wettbewerbsfähiger, da
die Kinder näher an der gleichen Zahl waren. Ja, die Modelle
waren anders. Wenn der Fruchtbarkeitsvorteil von 10 % auf 1 %
reduziert wurde, wirkte sich die Anzahl der zufälligen Todesfälle
gleichmäßiger auf beide Bevölkerungsgruppen aus. Wenn der
blaue Fruchtbarkeitsvorteil höher war, war die Auswirkung des
zufälligen Todes geringer, da es zunächst mehr davon gab.

10. Siehe Definition der Anpassung in CogBooks. Ist eine

höhere Fruchtbarkeit eine Anpassung? Warum oder warum nicht?
„Anpassung ist ein zentraler Begriff in der Biologie. Das Wort hat
zwei verwandte Bedeutungen. „Anpassung“ bezeichnet den
evolutionären Prozess, durch den Organismen im Laufe von
Generationen so verändert werden, dass sie in Bezug auf
Merkmale, die das Überleben oder die Fortpflanzung
beeinflussen, verbessert werden. "Eine Anpassung" ist
ein Merkmal eines Organismus, der sich durch natürliche
Selektion entwickelt hat. Beide Bedeutungen sind schwer genau
zu definieren [1, 2]. Eine Anpassung ist ein Merkmal, das das
Überleben oder die Fortpflanzung von Organismen, die es tragen,
im Vergleich zu alternativen Charakterzuständen verbessert.“

Ich glaube, dass in diesem Experiment die höhere Fruchtbarkeit

keine Anpassung war, weil uns gesagt wurde, dass die
Populationen und Ergebnisse vollständig randomisiert waren. Es
gab keine Vorteile, außer einen Ausgangspunkt für eine der
Populationen zu haben, die höher als die andere war. Wenn uns
gesagt würde, dass es eine Mutation gibt, eine natürliche
Selektion, bei der ein Merkmal einer der beiden Populationen
einen Vorteil oder sogar einen Nachteil gegenüber der anderen
gegeben hat, dann würde ich sagen, dass ich glaube, dass die
höhere Fruchtbarkeit bei einer Anpassung ein signifikantes
Ergebnis aufgrund der Eignung (oder des Mangels daran) in einer
der beiden Populationen, die wir durch die Simulation
experimentieren, verursacht hat.
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Lassen Sie uns untersuchen, was passiert, wenn ein neues

vorteilhaftes Allel für bessere Fruchtbarkeit in eine Population eintritt,
vielleicht durch Mutation (d. h. es ist zunächst selten). In diesem
Szenario wird die ursprüngliche Population rot sein, während das
Individuum mit dem neuen, vorteilhafteren Allel blau sein wird.

Set:
 tragfähigkeit bis 100
 starrproportion-blau auf 0,01, es gibt also nur 1 blauen
Organismus und 99 Rottöne am Start.
 blaue Fruchtbarkeit zurück auf 2,1

Drücken Sie Setup und führen Sie das Experiment durch, bis die
Simulation mindestens 10 Mal ein Ergebnis erreicht.

11. Wie oft stirbt Blau aus? 9:10 (9 von 10 Mal oder 90% der
Zeit)

12. Vergleichen Sie Ihre Ergebnisse in Frage 11 mit Ihrer

Antwort auf Frage 7. Sind sie anders? Warum hat/hat sich die
Änderung der Seltenheit des vorteilhaften Merkmals auf den
Anteil der Aussterben von Rotweinen ausgewirkt? Ja, sie sind
extrem unterschiedlich. Für Frage Nummer 7 ist das Blau 1 von
10 Mal ausgestorben, im Gegensatz zu dieser Zeit ist die blaue
Population 9 von 10 Mal ausgestorben, was einen Unterschied
von 80 % macht, was ein dramatischer/drastischer Unterschied
ist. Die Auswirkungen eines der Individuen mit diesem
besonderen Merkmal, das stirbt, wenn es nur wenige von Ihnen
gibt, haben einen massiven Einfluss im Gegensatz zu einer sehr
großen Bevölkerung, die nur wenige mit diesem sterbenden
Merkmal haben, würde höchstwahrscheinlich nicht die größere
Bevölkerung sofort oder schnell beeinflussen, wenn dies
überhaupt der Fall wäre (möglicherweise würde es über
Generationen hinweg nichts tun, es würde/könnte einfach
verblassen/abfallen). Wenn die Fruchtbarkeitsrate hoch ist, ist
das ein großer Vorteil, aber wenn es nur sehr wenige in der
Bevölkerung gibt, wird es schwieriger, die rote Bevölkerung zu
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übertreffen. Die Auswirkungen der zufälligen Todesfälle auf die
Bevölkerung sind viel höher.

Übung 2: Überleben

Klicken Sie oben rechts auf „Datei auswählen“, um ein Modell

hochzuladen. Suchen Sie die Simple Death Rates Fixation.nlogo, in der
Sie sie gespeichert haben, und laden Sie sie auf NetLogo hoch.

Bisher haben wir nur eine Selektion basierend auf

Reproduktions-/Fruchtbarkeitsunterschieden simuliert. Aber auch bei
der natürlichen Selektion ist das Überleben wichtig. In diesem Modell
können Sie die relative Überlebenswahrscheinlichkeit des Blues im
Vergleich zu den Rottönen einstellen. Hinweis: Der Überlebensvorteil
erhöht nur die Überlebenswahrscheinlichkeit eines Individuums,
garantiert jedoch nicht sein Überleben.

Klicken Sie unten auf der Seite auf die Registerkarte

„Modellinformationen“, um auf wichtige Informationen zur Simulation
zuzugreifen und die folgenden Fragen zu beantworten:

13. Ist es möglich, dass rote und blaue Schildkröten in dieser

Simulation unterschiedliche Fruchtbarkeitsraten haben? Nein,
denn in den Modellinformationen heißt es, dass sich die roten und
blauen Populationen „mit den gleichen Geburtenraten bewegen
und reproduzieren werden“, was bedeutet, dass die
Fruchtbarkeitsraten genau gleich sein werden. Wir
experimentieren mit einem Fokus auf natürliche Selektion im
Gegensatz zu Geburtenraten.

14. Ist es möglich, dass rote und blaue Schildkröten in dieser

Simulation unterschiedliche Todeswahrscheinlichkeiten haben?
Ja, weil wir diese Simulation verwenden, um die
Wahrscheinlichkeiten von Vor- und Nachteilen der Anzahl der
blauen Organismen/Individuen im Gegensatz zu den roten zu
experimentieren. Diese Variable wird nicht konstant gehalten, da
wir versuchen, die Ursache und Auswirkungen von Todesraten
durch natürliche Selektion usw. zu experimentieren/zu
beobachten.
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15. Was bewirkt, dass Schildkröten in der Simulation „sterben“?

Die Schildkröten in dieser Simulation „sterben“, wenn die
Tragfähigkeit des Geländes überschritten wird.

Set:
 anfangsanteil Blues auf 0,5 (Hälfte)
 tragfähigkeit bis 100
 blauer Überlebensvorteil auf 1,1 (maximal)

Drücken Sie Setup und führen Sie das Experiment durch, bis die
Simulation mindestens 10 Mal ein Ergebnis erreicht.

16. Wie oft stirbt Blau aus? 0:10 (0 von 10 oder nie/es stirbt
überhaupt nicht aus)

Setzen Sie nun den blauen Überlebensvorteil auf 1,01, drücken Sie
Setup und führen Sie das Experiment durch, bis die Simulation
mindestens 10 Mal ein Ergebnis erreicht.

17. Wie oft stirbt der Blues aus? 1:10 (1 von 10 Mal oder 10%)

18. Vergleichen Sie Ihre Ergebnisse für die Fragen 16 und 17.
Sind sie anders? Warum hat/hat sich die Änderung des
Überlebensvorteils auf den Anteil der Aussterben von Rotweinen
ausgewirkt? Ja, sie sind anders. Wenn der blaue
Überlebensvorteil 1,1 (das Maximum) betrug, ist der Blues nie
ausgestorben, wohingegen, wenn der blaue Überlebensvorteil auf
1,01 (ein Unterschied von 0,09) geändert wurde, es einen großen
Unterschied macht, auch wenn es nicht wie ein großer
Unterschied erscheint, aber von Null/überhaupt nicht
ausgestorben zu 10% oder 1 von 10 Mal ausgestorben zu sein, ist
ein signifikanter Unterschied. Es ist nicht riesig, aber es ist
definitiv etwas, das Sie beachten und zur Kenntnis nehmen
müssen.

19. Sowohl in den Geburtenraten- als auch in den

Überlebenssimulationen wuchs die blaue Population um ein
Vielfaches schneller als die rote und drängte die rote schließlich
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zum Aussterben. Vergleichen und kontrastieren Sie, wie sich die
erhöhte Fruchtbarkeit oder das Überleben auf die Art und Weise
auswirkte, wie die blaue Population in den verschiedenen
Simulationen zunahm. Der Anstieg der Fruchtbarkeit beeinflusste
die Art und Weise, wie die blaue Population ihr Überleben in den
verschiedenen Simulationen auf der Grundlage der Zahlen, mit
denen wir gearbeitet haben, erhöhte. Zum Beispiel macht es
angesichts der geringsten Änderung des Überlebensvorteils
tatsächlich eine wirklich große Sache, von 100 % überhaupt nicht
auszusterben/die Überlebensrate von 100 % im Gegensatz zur
Änderung der Überlebensrate von 1,10 auf 1,01 (ein Unterschied
von 0,09), die Überlebensrate der blauen Population von 100 %
auf 90 % steigen zu lassen. Das änderte auch die Überlebensrate
der roten Bevölkerung. Sie starben zu 100 % aus, als die blaue
Überlebensvorteilrate 1,10 betrug, während ihre Überlebensrate
10 % betrug, als wir die blaue Überlebensvorteilrate auf 1,01
änderten. Es ist auch sehr bedeutsam, von überhaupt nicht zu
überleben, um mindestens 10% zu überleben. Wenn man mehr
darüber nachdenkt, sind es im Grunde genommen zwei völlig
unterschiedliche Dinge, die entweder aussterben oder vom
Aussterben bedroht sind. Es ist vorhanden oder nicht. Selbst
wenn man die 10% überlebt, könnte man technisch gesehen der
ultimative Überlebende sein, indem man sich möglicherweise
durch Mutation, genetische Drift oder natürliche Selektion usw.
entwickelt und anpasst. Wer weiß, was passieren könnte, vor
allem manchmal mit dem Glück der "Ziehung, welche Karte auch
immer Sie wählen, Sie können Glück haben", wie im Lotto zu
gewinnen.

Übung 3: Zufällige Paarung

Klicken Sie oben rechts auf „Datei auswählen“, um ein Modell

hochzuladen. Suchen Sie das zufällige Paarungsdiploid
Selection.nlogo, in dem Sie es gespeichert haben, und laden Sie es auf
NetLogo hoch.

Die Dynamik der Evolution ändert sich leicht gegenüber den vorherigen
Szenarien, in denen Organismen diploid sind und rezessive und
dominante Allele aufweisen können. Dies liegt daran, dass
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verschiedene Genotypen den gleichen Phänotyp erzeugen können, und
auf den Phänotyp wirkt die natürliche Selektion.

In diesem Modell können Sie die Fitness (d. h. die produzierten

Nachkommen) jedes Genotyps einstellen; AA (rot), Aa (blau) oder aa
(grün), sowie die Häufigkeit jedes Genotyps in der Population. Diesmal
repräsentieren die Farben nicht verschiedene Populationen, sondern
verschiedene Genotypen innerhalb einer Population. Sobald die
Population die Tragfähigkeit erreicht hat, sterben zufällige blaue, rote
oder grüne Schildkröten.

Zuerst werden wir untersuchen, wie lange es dauert, bis ein

dominantes Allel mit einem Fitnessvorteil eine Fixierung erreicht,
wenn es selten ist.

Set:
 tragfähigkeit bis 100
 startfrequenz der homozygoten AA auf 0
 startfrequenz der Heterozygoten (Aa) bei 0,01 Frequenz (das
bedeutet, dass Sie mit nur 1 A-Allel in der Population beginnen).
 fitness von aa zu 1
 fitness von AA und Aa zu 2, so dass das A-Allel dominant ist und
einen GROSSEN Vorteil hat

20. Wenn AA auf 0 und Aa auf 0,01 gesetzt ist, was ist die
Frequenz von aa? 0,99

Drücken Sie Setup und führen Sie das Experiment durch, bis die
Simulation mindestens 10 Mal ein Ergebnis erreicht.

21. Wie oft geht das A-Allel zur Fixierung (d.h. es gibt keine Aa-
oder Aa- Individuen mehr, daher ist das a-Allel nicht mehr in der
Population)? 8:10 (8 von 10 oder 80% der Zeit), anscheinend
musste es einige in der Population geben, die entweder das
rezessive Allel irgendwo versteckt hatten oder dass eine
Mutation/genetische Drift dort auftrat, wo ein rezessives Allel
auftrat.
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Setzen Sie nun die Start-Heterozygotenfrequenz auf 0,1 (10%) statt
0,01, so dass das A-Allel weniger selten ist und somit weniger
wahrscheinlich durch zufällige Todesfälle verloren geht (d.h.
genetische Drift – wir werden im nächsten Modul mehr über genetische
Drift erfahren). Drücken Sie Setup und führen Sie das Experiment
durch, bis die Simulation mindestens 10 Mal ein Ergebnis erreicht.

22. Wie oft geht A in diesem Fall zur Fixierung? 10:10 (10 von
10 Mal oder 100%)

Vergleichen Sie dies mit, wenn das vorteilhafte Allel rezessiv ist.

Set:
 eignung von AA zu 1
 fitness von Aa zu 1
 die Eignung von aa zu 2
 die Startfrequenz von AA auf 0,9
 lassen Sie die Startfrequenz von Aa bei 0,1

Drücken Sie Setup und führen Sie das Experiment durch, bis die
Simulation mindestens 10 Mal ein Ergebnis erreicht.

23. Wie oft wird ein Allel fixiert? 6:10 (6 von 10 oder 60%)

24. Vergleichen Sie Ihre Antworten mit den Fragen 21, 22 und
23. Welche Faktoren spielen eine Rolle, die dazu führen, dass die
Antwort 21 23 ähnlicher ist als 22? d. h. warum hat ein seltenes
dominantes Allel das gleiche Schicksal wie ein häufigeres, aber
rezessives Allel? Wenn ein seltenes dominantes Allel und ein
rezessives Allel verglichen werden, sind beide an sich selten. Das
rezessive Allel ist 20 % wahrscheinlicher als das seltene
dominante Allel, weshalb diese Berechnungen sinnvoll sind: Für
das seltene dominante Allel waren es 80 %, für das rezessive
Allel 60 % und für die Heterozygote 100 %. Die Faktoren, die im
Spiel sind, sind, dass die üblichen "Pop-ups" oder eher
auftretende Szenarien/Allele am häufigsten auftreten, was sich
noch einmal an den Zahlen und Simulationsexperimenten zeigt.
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25. Beschreiben die Entwicklung eines Merkmals, wenn es
durch ein rezessives Allel vermittelt wird und wenn es durch ein
dominantes Allel vermittelt wird. Die Entwicklung eines
Merkmals, wenn es ein dominantes Allel ist, ist vorteilhaft, weil
es dominant ist, so dass Sie nur eines der Allele benötigen, um
dieses Merkmal weiterzugeben, im Gegensatz zu dem rezessiven
Allel, das zwei (oder beide) der Allele benötigt, um rezessiv zu
sein, da es nicht dominant ist. Es ist viel schwieriger, ein
rezessives Allel und Merkmal weiterzugeben und auszudrücken,
da es rezessiv ist. Zum Beispiel wäre in einem Punnett-Quadrat
zwischen einem homozygot dominanten Elternteil und dem
anderen Elternteil, der heterozygot ist, die Möglichkeit der
Ergebnisse ihrer Nachkommen: 25 % homozygot dominant, 50 %
heterozygot und 25 % homozygot rezessiv.