Primärantikörper für die spezifische Bindung an Gewebe-Epitope werden
entweder direkt aus dem Serum immunisierter Tiere gewonnen (polyklonale
Antikörper ) oder in Hybridom-Zellkulturen produziert (monoklonale Antikörper ). Ein bekannter Nachteil polyklonaler Antikörper ist das Vorkommen „verunreinigender“ natürlicher Antikörper, die zu irreführenden Färbeergebnissen führen. So sind im Serum vieler Kaninchen natürliche Anti-Zytokeratinantikörper vorhanden, die mit den gängigen Reinigungsverfahren nicht immer vollständig entfernt werden. Die Vorzüge polyklonaler Antikörper zeigen sich vor allem im Routinebetrieb: da sie immer gegen größere, aus mehreren Epitopen bestehende antigene Strukturen gerichtet sind, kann selbst bei fixierungsbedingter Zerstörung einzelner Epitope die spezifische Bindung des polyklonalen Antikörpers nicht vollständig blockiert werden. Diese Voraussetzung für hohe Sensitivität findet sich bei monoklonalen Antikörpern nicht, da sie zielgerichtet meist gegen nur ein einzelnes Epitop hergestellt werden. Wird nun dieses Zielepitop durch Fixierung maskiert oder zerstört, verliert der monoklonale Antikörper seine spezifische Bindungsmöglichkeit. Auf der anderen Seite ist die sehr hohe Antigen-Spezifität monoklonaler Antikörper bei intakten Epitopen ein großer Vorteil.
Die korrekte Lagerung der Antikörper ist eine Voraussetzung
reproduzierbarer immunhistochemischer Färbungen. Antikörper sind Eiweißmoleküle, deren Tertiärstruktur durch wiederholtes Tieffrieren und Auftauen zerstört wird: Antikörper sollten, wenn überhaupt, nur ein einziges Mal tiefgefroren werden. Polyklonale Antikörper lassen sich unverdünnt bei 4 °C viele Monate und Jahre lagern. Dasselbe gilt für das Lyophilisat monoklonaler Antikörper. Monoklonale Antikörper im Gewebekulturüberstand oder im aufgelösten Lyophilisat dagegen sollten aliquotiert und sofort tiefgefroren werden. Um den Verlust von Antikörpern durch permanente Anlagerung an Glas oder Kunststoffmaterialien der Gefäßwand zu verhindern, wird in der Regel 1–3 % Bovines Serum Albumin (BSA) zugesetzt.