Organotr

VL Allgemeine Mikrobiologie: Ausgewählte Prokaryoten I
Vorlesung: Allgemeine Mikrobiologie
Ausgewählte Prokaryoten I
Organotrophe Organismen
Bert Engelen
engelen@icbm.de
www.icbm.de/pmbio
SS 2003 ©Bert Engelen
Ausgewählte Prokaryoten?
Ernährungsweise
Substrate
Lebensbedingungen
Stoffwechselprozesse
Abb.: Fritsche (1999)

Enterobacteriaceae
z.B.
Escherichia coli
Ausgewählte Prokaryoten
Bsp.: Escherichia coli
- aerobe Atmung
- Denitrifikation
- gemischte Säure-Gärung

Familie: Enterobacteriaceae
Escherichia coli, Salmonella, Klebsiella, Proteus, Yersinia
- bewegliche Stäbchen (Ausnahmen)
- gramnegativ
- wachsen aerob und fakultativ anaerob
- fermentieren Glucose, reduzieren Nitrat zu Nitrit (Ausnahmen)
- Oxydase-Reaktion ist negativ
- weit verbreitet (hauptsächlich im Darm von Mensch und Tier)

durch Ausscheidungen Umwelt kontaminiert (Wasser, Boden, Pflanzen, Lebensmitteln Luft)
Was gibt es über E. coli zu erzählen?

E. coli wurde 1885 von Theodor Escherich, einem deutschen Mikrobiologen entdeckt
E. coli ist:
- einfach zu kultivieren (Verdopplungszeit: 20 Minuten)
- generell nicht pathogen (Ausnahme: Toxin-produzierende Stämme)

- etwa 50% aller Durchfallerkrankungen von Reiseisenden
- das „Haustierchen“ der Genetiker
- in vielen Fällen Produktionsstamm zur Enzymproduktion
-der best verstandene Organismus
- Bsp.: Escherichia coli and Salmonella,
Cellular and molecular biology
F. C. Neidhard (ed.) ca. 2.800 Seiten

"Once we understand the biology of Escherichia coli, we will

understand the biology of an elephant". Jacque Monod
Nobelpreisträger (1965) – Enzymregulation (Jacob-Monod model)
Escherichia coli
- natürlicher Bewohner des hinteren Abschnitts des Darmtraktes
- ungefähr 1 % der bakteriellen Darmflora
Indikatorkeim für fäkale Kontamination
- stäbchenförmig (1,5 x 4 µm)
- meist beweglich (peritriche Begeißelung)
- z.T. unbewegliche Stämme,

0,5 µm
- einige bilden Polysaccharidkapsel
- z.T. Fimbrien, konjugative Pili Abb.: Neidhard (ed., 1987)
Plasmide codieren für:

- Adhäsion, Zuckervergärung, Colicin-, Hämolysin-, Enterotoxin-Bildung
- Resistenz gegen Antibiotika, Schwermetalle und Ultraviolett-Licht
Möglichkeiten der Dissimilation bei E. coli
1. Aerobe Atmung <CH2O> + O2 CO2 + H2O
Glucose e- schrittweise
über
ATP steigendes
Reduktions- NAD+ Redoxpotential
NADH äquivalente zu O2 transportiert
2 Pyruvat NADH
CO2, NADH 2 e-
H+ Protonen-Gradient
ATP
O2
H2O
CO2
GTP
Atmungskette
FADH2
NADH freie Energie wird zur ATP–Bildung benutzt

2. Anaerobe Atmung NAD+
NADH
Glucose 2 e-
ATP NO3-
NADH
H2O
Pyruvat NO2-
CO2
ATP
Spezialfall der Denitrifikation:
Nitrat-Nitrit-Atmung
TCC
CO2 ! Anhäufung von Nitrit im Medium (oder Blut)
GTP Bei nitratreicher Nahrung:

Cyanose bei Säuglingen (Methämoglobin)
NADPH
FADH2 NADH

Ein Ausflug in den Stickstoffkreislauf

Denitrifikation
2 NO3- + 2 H+ + 10 [H] N2 + 6 H2O

- liefert 90% der Energie der Oxidation von O2
Abb.: Cypionka (2003)
Ein Ausflug in den Stickstoffkreislauf

Nitrat-Ammonifikation
NO3- + 2 H+ + 8 [H] NH4 + 3 H2O

- geringere freie Energie als bei Umsetzung zu N2
Abb.: Cypionka (2003)

Gewinn an freier Energie (∆G0’)

je nach:
Anzahl der übertragenen Elektronen
Differenz der Redoxpotenziale (Eo’)
Stichwort: “Nernstsche Gleichung”
Eo’ [mV]
Aerobe Atmung O2/H2O +820 ∆G0’ = -2870 kJ/mol Glucose
Denitrifikation NO3-/N2 +751 ∆G0’ = -2715 kJ/mol Glucose
Nitrat-Ammonifikation NO3-/NH4 +363 ∆G0’ = -1800 kJ/mol Glucose
NADH/NAD+ - 320
FADH/FAD + - 220 Energiegewinn
Was kann E. coli noch?
Frage?
Was tun, wenn kein Elektronenakzeptor
für die Atmungskette vorhanden ist?
Antwort!
Gärung!

Das generelle Prinzip einer Gärung
Energiekonservierung nicht durch:

- chemiosmotische Mechanismen (Protonen-Gradient)
sondern durch:
- Substrat-Phosphorylierung
ATP-Ausbeute und Wachstumsertrag gering!
Bsp.: Alkoholische Gärung: wenig Biomasse, viel Alkohol
Bezeichnung der Gärungen nach ihren charakteristischen Endprodukten

Alkohol (Ethanol) Milchsäure
Buttersäure Propionsäure
Gemisch verschiedener Säuren
Das generelle Prinzip einer Gärung
Glucose Organisches Substrat
ATP Abbau
Reduktions- ATP
NADH äquivalente
Atmungskette Intermediate
2 Pyruvat
CO2, NADH
Protonengradient [H]
ATP
oxidierte reduzierte
Produkte Produkte
CO2
Energiekonservierung nicht :
GTP
- chemiosmotisch (Protonen-Gradient)
FADH2 sondern:
NADH
- Substrat-Phosphorylierung


3. Gemischte Säure-Gärung
Glykolyse
Glucose Pyruvat Lactat
CO2
Succinat
Ethanol CH3-CH2OH
Succinat COOH-CH2-CH2-COOH
Ethanol
Lactat CH3-CHOH-COOH Acetyl~CoA
Acetat
Acetat CH3-COOH +
CO2
Formiat HCOOH Formiat
H2
Wasserstoff H2
Kohlendioxid CO2
Lactobacteriaceae
z.B.
Lactobacillus sp.

Bsp.: Lactobacillus sp.
- homofermentative und
heterofermentative
Milchsäure-Gärung
Photo: M. Dykstra, R. Barrangou, R. Sanozky-Dawes, and T. R. Klaenhammer
Aus dem mikrobiologischen Garten:
www.mikrobiologischer-garten.de
Lactobacteriaceae (Milchsäurebakterien)
- Gram-positive Stäbchen oder Kokken
- obligate Gärer (besitzen keine Atmungskette)
- Katalase-negativ (häufig aerotolerant)
Natürliches Vorkommen:
- Milch und Milchprodukte, Fruchtsäfte,
Pflanzenprodukte, Darm, Schleimhaut
- spielen besondere Rolle für die
Herstellung von Sauermilchprodukten
oder auch: Sauerkraut und Salami

www.mikrobiologischer-garten.de
Lactobacteriaceae geordnet nach:

Form (Kokken oder Stäbchen) und Gärtyp
Homofermentativ Heterofermentativ
Kokken Stäbchen Kokken Stäbchen
Lactococcus Lactobacillus Leuconostoc Lactobacillus
L. lactis L. plantarum L. mesenteroides L. brevis
L. casei L. bulgaricus L. dextranicum L. kandleri
L. acidophilus
Enterococcus
E. faecalis
Streptococcus
S. thermophilus
S. salivarius
S. mutans
S. pyogenes
hauptsächlich Lactat verschiedene Gärprodukte

Die homofermentative Milchsäuregärung
COOH
C O
6 ATP
CH3
Glucose 2 Pyruvat
2 NAD+ 2 NADH
2 Lactat
Lactat-Dehydrogenase
COOH
HC OH
CH3
Die heterofermentative Milchsäuregärung
Abb.: Schlegel. (1992)

Die heterofermentative Milchsäuregärung
Abb.: Schlegel. (1992)

Der „Alleskönner“
Shewanella

Bsp.: Shewanella spec.
- aerobe Atmung
- Denitrifikation
- Schwefelreduktion
- Fe3+-Reduktion
- Mn4+-Reduktion
- versch. Gärungen Photo: Ken Nealson
Wieso finde ich den Stamm nicht?
Bsp.: Shewanella putrefaciens Bsp.: Shewanella violacea

MacDonell and Colwell 1986, comb. nov.
oder auch:
Alteromonas putrefaciens
oder auch:
Pseudomonas putrefaciens
oder auch:
Achromobacter putrefaciens
1 µm
Tip: List of Bacterial Names with Standing in
Nomenclature http://www.bacterio.cict.fr/
Abb.: Nogi et al. (1998)

Zur Zeit kennt man folgende Shewanella-Arten:

Nitrosomonas europaeaT
Shewanella algaeT
Shewanella amazonensisT
„Shewanella massilia“
eigenes Isolat
Shewanella balticaT
Shewanella baltica OS155
Shewanella baltica OS195
Shewanella putrefaciensT
Shewanella oneidensisT
Shewanella livingstonensisT
Shewanella frigidimarinaT
Shewanella baltica KT0246
Shewanella japonicaT
Shewanella gelidimarinaT
Shewanella colwellianaT
Shewanella pealeanaT
Shewanella woodyiT
Shewanella hanedaiT
Shewanella benthicaT
Shewanella violaceaT
Photobacterium fischeriT
Escherichia coliT
Desulfovibrio desulfuricans ATCC27774
0,05
Wieso eigentlich „Alleskönner“?

z.B. Shewanella oneidensis MR-1 z.B.
- wächs aerob und anaerob
- „veratmet“ verschiedene Elektronenakzeptoren
- Nitrit, Nitrat, Thiosulfat, EisenIII, ManganIV, UranVI
Besonders die nahe Verwandschaft zu E. coli hat Vorteile:
- Untersuchung der Metallreduktion
- Techniken, die für E. coli entwickelt wurden funktionieren auch für Shewanella

„Veratmung“ von alternativen Elektronenakzeptoren:
NAD+
Glucose
NADH
2 e-
ATP
NADH X
Pyruvat Xred.
CO2
ATP
Nitrit
Nitrat
TCC
CO2 Thiosulfat
EisenIII
GTP
ManganIV
NADPH
FADH2 NADH UranVI
Ein Ausflug in den Schwefelkreislauf

Sulfat-Reduktion (dissimilatorisch)
SO42- + H+ + 8 [H] HS- + 4 H2O
Sulfat ist ein energetisch schlechter Elektronenakzeptor:
- ungünstiges Redoxverhältnis Adenosin-Phosphosulfat (APS)
- Aktivierung von Sulfat durch ATP-Verbrauch
- hohe Sulfat-Reduktionsrate für Wachstum nötig
„aktiviertes“ Sulfat

Ein Ausflug in den Schwefelkreislauf

Sulfat-Reduktion (dissimilatorisch)
Bsp.: Desulfovibrio sp.
Abb.: Fritsche (1999) mod.
Metahnproduzierende
Archaea
Methanosarcina sp.

Bsp.: Methanosarcina spec.
Methanbildung durch strikt anaerobe Archaea
- Reduktion von CO2 mit H2 zu CH4
- Spaltung von Acetat zu CO2 und CH4
- Carbonat-Atmung
Photo: Steffen Battenberg
Vorkommen von Metanogenen Prokaryoten
Abb.: Brock (2001)

Pansenbiozönose:
- Vergärung von Glucose
(verschiedene Prokaryoten) und
- Reduktion von CO2 mit H2 zu CH4

Abb.: Brock (2001)
„Volta-Experiment“ (z.B. Methanobrevibacter ruminantium)

Entzünden von Sumpfgas
- Eruktation von CO2 (65%) und Methan (35%)

Methanogenese durch Reduktion von CO2
Reduktion von CO2 mit H2 zu CH4
CO2 + 4 H2 CH4 + 2 H2O
- Aktivierung des CO2 durch ATP

(Energieverbrauch)
- Bildung von H2 durch syntrophe Bakterien
- Aufbau eines Protonen-Gradienten
- Carbonat-Atmung
e-
Protonen-Gradient
Abb.: Fritsche (1999) mod.
Methanogenese durch Spaltung von Acetat
Spaltung von Acetat zu CO2 und CH4
CH3COO- + H2O CH4 + CH3O
- Wichtigster Prozess der Methanbildung

(Methanosarcina sp., Methanothrix sp.)

Ist das alles nur „biochemische Spielerei“?
Oder haben die vorgestellten Prozesse

eine besondere Bedeutung in der Natur?
Verlauf des Stoffwechsels in der Pansenbiozönose
Abb.: Brock (2001) SS 2003 ©Bert Engelen

Abbau organischen Materials

Bsp.: Faulturm Primäre Gärer
Polymere Sekundäre Gärer
Methanogene
Sulfatreduzierer
Monomere
Fettsäuren, Succinat,
Alkohole, Lactat
Formiat, H2, Acetat

CO2, Methanol
CH4, CO2 CO2
Verschiedene Gärungen:
Keine Atmungskette, Substrat-Phosphorylierung, charakteristische Endprodukte
Homofermentative Milchsäure-Gärung Streptococcus thermophilus
Heterofermentative Milchsäure-Gärung Lactobacillus brevis, Leuconostoc mesenteroides
Gemische Säure-Gärung Escherichia coli
Buttersäure/ Butanol-Aceton-Gärung Clostridium acetobutylicum
Propionsäure-Gärung Propionibacterium freudenreichii
Alkoholische Gärung Saccharomyces cerevisiae
Vergärung von Aminosäuren Clostridium botulinum

Idealisiertes Schema:
Abfolge der verschiedenen Elektronenakzeptoren im Sediment
O2 Eo’ [mV]
O2/H2O +820 Aerobe Atmung
NO3 -
NO3-/N2 +751 Denitrifikation
MnO2 NO3-/NH4 +363 Nitratammonifikation
Fe(III) MnO2/Mn2+ +390 Manganreduktion
FeOOH +150 Eisenreduktion
SO42- SO42-/HS- - 218 Sulfatreduktion
So/HS- - 240 Schwefelreduktion
CO2/CH4 - 244 Methanogenese
NADH/NAD+ - 320
FADH/FAD + - 220
H+/H2 - 420
CH4
Aerobe und anaerobe Atmungen:
Atmungskette, Protonengradient verschiedene Elektronenakzeptoren:
O2 aerobe Atmung Escherichia coli
NO3- Denitrifikation (zu N2), Nitratatmung Paracoccus denitrificans
NO3- Ammonifikation (zu NH4+) Desulfovibrio desulfuricans
MnO2 Manganreduktion Shewanella algae
FeOOH Eisenreduktion Geobacter metallireducens
So Schwefelreduktion Desulfuromonas acetoxidans
SO42- Sulfatreduktion Desulfotomaculum australicum
CO2 Methanogenese (zu CH4) Methanosarcina methanica
CO2 Homoacetogenese (zu Acetat) Acetobacterium woodii

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Abb.: Fritsche (1999)

SS 2003 ©Bert Engelen

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Bsp.: Escherichia coli

SS 2003 ©Bert Engelen

- bewegliche Stäbchen (Ausnahmen)

- wachsen aerob und fakultativ anaerob

- fermentieren Glucose, reduzieren Nitrat zu Nitrit (Ausnahmen)

- Oxydase-Reaktion ist negativ

- weit verbreitet (hauptsächlich im Darm von Mensch und Tier)

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Was gibt es über E. coli zu erzählen?

- generell nicht pathogen (Ausnahme: Toxin-produzierende Stämme)

- das „Haustierchen“ der Genetiker

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-der best verstandene Organismus

- Bsp.: Escherichia coli and Salmonella,

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- ungefähr 1 % der bakteriellen Darmflora

Indikatorkeim für fäkale Kontamination

- stäbchenförmig (1,5 x 4 µm)

- meist beweglich (peritriche Begeißelung)

- z.T. unbewegliche Stämme,

- einige bilden Polysaccharidkapsel

- z.T. Fimbrien, konjugative Pili Abb.: Neidhard (ed., 1987)

Plasmide codieren für:

Möglichkeiten der Dissimilation bei E. coli

1. Aerobe Atmung <CH2O> + O2 CO2 + H2O

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Möglichkeiten der Dissimilation bei E. coli

GTP Bei nitratreicher Nahrung:

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Ein Ausflug in den Stickstoffkreislauf

2 NO3- + 2 H+ + 10 [H] N2 + 6 H2O

Abb.: Cypionka (2003)

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Ein Ausflug in den Stickstoffkreislauf

NO3- + 2 H+ + 8 [H] NH4 + 3 H2O

Abb.: Cypionka (2003)

SS 2003 ©Bert Engelen

Gewinn an freier Energie (∆G0’)

Aerobe Atmung O2/H2O +820 ∆G0’ = -2870 kJ/mol Glucose

Denitrifikation NO3-/N2 +751 ∆G0’ = -2715 kJ/mol Glucose

Nitrat-Ammonifikation NO3-/NH4 +363 ∆G0’ = -1800 kJ/mol Glucose

FADH/FAD + - 220 Energiegewinn

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Was kann E. coli noch?

Was tun, wenn kein Elektronenakzeptor

für die Atmungskette vorhanden ist?

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Das generelle Prinzip einer Gärung